GULO-gen


 

 

Waarom het GULO-gen bewijs is voor evolutie /

http://evolutie.blog.com/2523702/

gastbijdrage Bart Klink

 zie ook 

Zoals iedereen weet, moeten wij vitamine C (ascorbinezuur) via ons voedsel binnenkrijgen, hetgeen we voornamelijk doen door groente en fruit te eten. Wie dit lange tijd niet doet, zal scheurbuik krijgen.

Dit kwam vroeger voornamelijk voor bij zeelieden die lange tijd van wal waren, omdat zij niet aan de nodige verse groente en fruit konden komen. Zo lang we maar voldoende vitamine C binnen krijgen, is er niets aan de hand. Scheurbuik komt in de ontwikkelde wereld dan ook praktisch niet meer voor.

Het consumeren van vitamine C lijkt misschien niets opmerkelijks, ware het niet dat bijna alle andere ‘hogere’ dieren deze vitamine zelf aan kunnen maken en het dus niet via voeding binnen hoeven te krijgen. De uitzonderingen die goed gedocumenteerd zijn, zijn een aantal primaten (de menschimpanseeorang-oetan, en makaak) en de cavia (Nishikimi et al,, 1992, 1994; Ohta & Nishikimi, 1999). Hoe kan het dan dat deze dieren dat niet kunnen, en bijna alle andere wel? Het probleem zit in de aanmaak (synthese) van de betreffende vitamine. Dit geschiedt namelijk via een cascade aan stappen die door enzymen gedreven worden, maar het laatste enzym in deze cascade wordt niet gesynthetiseerd bij de primaten en de cavia. Het betreffende enzym is L-gulono-gamma-lactone oxidase en het gen dat dit enzym zou moeten aanmaken wordt het GULO-gen (of GLO-gen) genoemd. Omdat dit gen bij de primaten en de cavia wel aanwezig is, maar defect is, wordt het een pseudo-gen genoemd.

Tot zover niets bijzonders. De oplettende lezer is het misschien al opgevallen dat het feit dat de primaten dit pseudo-gen hebben evolutionair gezien niet toevallig kan zijn. Aangezien volgens de evolutietheorie alle primaten van een gemeenschappelijke voorouder afstammen, is te verwachten dat het betreffende pseudo-gen binnen de primaten sterk gelijkend is. Sterker nog: volgens het gangbare afstammingspatroon is te verwachten dat het GULO-gen van de mens het meest lijkt op die van de chimpansee, iets minder op die van de orang-oetan en nog iets minder op die van de makaak.

Het mooie is dat we dit kunnen toetsen. Daarvoor eerst wat basics genetica. Ons DNA bestaat uit een discrete code die wordt weergegeven met slechts vier letters: A, C, G en T. Een gen is een stukje DNA en bestaat dus ook uit deze letters. Een bepaalde volgorde van deze letters wordt een (DNA-)sequentie genoemd. Het GULO-gen bestaat uit 165 letters. Een werkend gen kan via een ingewikkeld proces worden uitgelezen en als instructie dienen voor de bouw van bijvoorbeeld een eiwit (zoals een enzym). Wanneer door een mutatie in het gen de sequentie (lettervolgorde) zodanig verandert dat het gen niet meer uitgelezen kan worden (en dus het eiwit niet geproduceerd kan worden), ontstaat er een pseudo-gen. Dit is ook het geval bij het GULO-gen: door een mutatie is het werkende gen veranderd in een pseudo-gen.

Om nu de gelijkenis van het gen te toetsen, moeten we de sequenties met elkaar gaan vergelijken. Dit is in theorie voor iedereen mogelijk omdat de genetische informatie van aardig wat dieren via het internet toegankelijk is.

Hier is een overzicht te vinden van de 165 letters die het GULO-gen vormen. Omdat het een vrij kort gen is, is met de hand na te gaan hoe identiek de sequenties zijn. Daaruit blijkt (tel en reken het gerust na) dat de sequentie van de mens voor 97.6% identiek is aan die van de chimpansee. Onze sequentie is verder voor 93.9% identiek aan die van de orang-oetan en voor 90.9% identiek aan die van de makaak. Dit is precies het patroon dat je zou verwachten op grond van gemeenschappelijke afstamming: hoe verder geleden de gemeenschappelijke voorouder leefde, hoe minder identiek het DNA is (want er is meer tijd voor het ontstaan van verschillen).

cavia (Guinea pig) Cavia porcellus

Maar hoe zit het dan met de cavia? Die heeft immers ook een defect GULO-gen. Op grond van het gangbare afstammingspatroon is niet te verwachten dat het GULO-gen van de cavia erg lijkt op dat van ons, we delen immers geen recente gemeenschappelijke voorouder. Het defecte GULO-gen in de cavia zou dus onafhankelijk moeten zijn ontstaan van het defecte GULO-gen in de primaten. Nog specifieker: het zou uiterst problematisch zijn voor gemeenschappelijke afstamming als de sequentie van ons meer zou lijken op die van de cavia dan op die van de chimpansee, orang-oetan of makaak (die zijn immers nauwer aan ons verwant dan de cavia). Dit blijkt inderdaad ook niet zo te zijn: de sequentie van de cavia lijkt slechts voor 83.0% op die van ons, minder dan welke primaat dan ook.

Wat nog belangrijker is, is de manier waarop de veranderingen verdeeld zijn. Bij het achterhalen van evolutionaire verwantschappen kijkt men namelijk naar gedeelde veranderingen ten opzichte van het ancestrale (voorouderlijke) gen. Dit worden synapomorfie챘n genoemd en zijn het belangrijkste bij het bepalen van verwantschappen. De mate van overeenkomst in het GULO-gen van de primaten wordt voor een belangrijk deel bepaald door deze synapomorfie챘n (alle primaten delen er 11, de mens en de chimpansee daarbovenop nog eens 3).

De mate van overeenkomst tussen het GULO-gen van het varken en de muis is bijvoorbeeld ook vrij groot (93.3%), maar wordt nagenoeg alleen bepaald door het feit dat beide relatief weinig zijn veranderd ten opzichte van het ancestrale gen (er is geen enkele synapomorfie tussen deze dieren). Er zijn overigens wel 6 synapomorfie챘n tussen de rat en de muis, aangevend dat deze twee samen groeperen (het meest aan elkaar verwant zijn). De veranderingen die het GULO-gen van het varken heeft ondergaan, zijn veranderingen die alleen voorkomen in zijn eigen soort. Dit wordenautapomorfie챘n genoemd en autapomorfie챘n alleen zijn niet voldoende om evolutionaire verwantschappen te bepalen. Aangezien varkens en muizen geen synapomorfie챘n hebben in het GULO-gen, is er geen redenen om ze met elkaar te groeperen (ze zijn niet het nauwst verwant aan elkaar).

Het is belangrijk te beseffen dat er geen functionele redenen zijn voor deze overeenkomsten en synapomorfieën, het gen is immers zowel bij de primaten als bij de cavia defect. Toch lijkt dat van de primaten sterk op elkaar en is dat van de mens en de chimpansee bijna identiek. De veelgehoorde creationistisch ‘verklaring’ “God heeft de genen vanwege functionele redenen zo sterk gelijkend geschapen” gaat hier dus niet op. God schept geen defecte, nagenoeg identieke genen, dunkt me. Daarnaast is het ook goed te beseffen dat de evolutionaire voorspelling hier erg concreet en precies is: als onze sequentie meer zou lijken op die van de cavia dan op die van de chimpansee, zou dat een groot probleem vormen voor gemeenschappelijke afstamming.

Op grond van gemeenschappelijke afstamming zijn concrete en precieze voorspellingen te doen die empirisch toetsbaar zijn. De creationistisch ‘verklaring’ van ‘gemeenschappelijke schepping’ doet daarentegen geen concrete en precieze voorspellingen en is ook niet empirisch toetsbaar. Dat onderscheidt wetenschap van pseudo-wetenschap, de evolutiebiologie van creationisme.

Dit gedeelde pseudo-gen is natuurlijk een doorn in het oog van creationisten. Een aantal creationisten hebben dan ook geprobeerd om dit bewijs te ontkrachten.

 Op deze pogingen zal ik binnenkort in een volgend stuk ( zie hieronder  )  op deze weblog terugkomen.

Referenties

Nishikimi, M., Kawai, T., Yagi, K. (1992). Guinea pigs possess a highly mutated gene for L-gulono-gamma-lactone oxidase, the key enzyme for L-ascorbic acid biosynthesis missing in this species. J Biol Chem, 267(30):21967-72.

Nishikimi M, Fukuyama R, Minoshima S, Shimizu N, Yagi K. Cloning and chromosomal mapping of the human nonfunctional gene for L-gulono-gamma-lactone oxidase, the enzyme for L-ascorbic acid biosynthesis missing in man. J Biol Chem. 1994 May 6;269(18):13685-8.

Ohta, Y., Nishikimi, M. (1999) Random nucleotide substitutions in primate nonfunctional gene for L-gulono-gamma-lactone oxidase, the missing enzyme in L-ascorbic acid biosynthesis. Biochim Biophys Acta, 1472(1-2):408-11.

De sequenties van het GULO-gen komen uit de genetische databanken die voor iedereen op internet beschikbaar zijn: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi.
(In het document: c. porcellus = cavia)

Creationisten en het GULO-gen

gastbijdrage Bart Klink
http://evolutie.blog.com/2534762/

 

In een eerder stuk op dit blog heb ik reeds gewezen op een gen (het GULO-gen) dat wij hebben, maar dat niet werkt. Wij zijn niet de enigen met dit pseudo-gen, andere primaten hebben het ook en dat lijkt sterk op dat van ons. Bij cavia’s is dit gen ook defect, maar het lijkt veel minder op ons pseudo-gen. Dit is precies wat je op grond van evolutie zou verwachten.

De grote vraag is natuurlijk wat creationisten doen wanneer ze hiermee geconfronteerd worden. Twee creationisten die het GULO-gen als bewijs voor evolutie hebben proberen te ontkrachten zijn Peter Scheele (die met zijn ‘degeneratietheorie’ het einde van de evolutietheorie meende in te luiden) en Peter Borger (die meent de General & Universal Theory of Biology (GUToB) te hebben ontdekt). Beide heren zijn dus nogal pretentieus, maar hoe sterk zijn hun argumenten?

Peter Scheele doet zijn poging in een stukje op zijn website 1. Na uitgelegd te hebben wat het punt is 2citeert hij een aantal samenvattingen van artikelen (waarbij hij overigens geen referenties plaatst). Op grond van 챕챕n van die artikelen (Inai et al., 2003 3 beweert hij “Ofwel: een vergelijking toont dat cavia’s en mensen heel veel dezelfde vervangingen vertonen. Dat is natuurlijk uitermate vreemd, want die twee hebben hun disfunctionele Vitamine C-gen natuurlijk niet gemeenschappelijk geërfd.”. Hierbij maakt hij dezelfde fout als de auteurs van het betreffende artikel maken 4 ze menen namelijk dat het menselijke pseudo-gen en dat van de cavia zijn gemuteerd ten opzichte van het (werkende) gen van de rat. Inai et al. doen dat expliciet (“the same substitutions from rats to both species”) en Scheele impliciet.

De fout zit in het feit dat de rat niet een voorouder is van mensen of cavia’s 5. Ook de sequentie van het GULO-gen van de rat is dus niet voorouderlijk. Het is daarom onzinnig om te spreken over veranderingen ten opzichte van de rat. De rat heeft sinds zijn gedeelde gemeenschappelijke voorouders met apen en de cavia zijn eigen veranderingen gekregen. De rat is niet een soort onveranderlijke Gouden Standaard ten opzichte waarvan de rest veranderd is. Wanneer de sequentie van de rat op een bepaalde positie verschilt van zowel die van zowel de apen als van de cavia’s, is de meest waarschijnlijke verklaring dat het een verandering in de rat betreft (en dus niet dezelfde verandering in zowel de primaten als de cavia).

Dit is te controleren door de sequenties van nog meer dieren bij de vergelijking te betrekken 6. Wanneer bijvoorbeeld naar positie 1 gekeken wordt, is te zien dat de rat een G heeft en de primaten en de cavia een A. In Scheeles redenering is deze positie bij zowel de vier primaten als de cavia veranderd ten opzichte van de rat (van een G naar een A). Wat echter veel waarschijnlijker is, is dat de rat op deze positie veranderd is (van een A naar een G). Wanneer gekeken wordt naar wat andere dieren op deze positie hebben (ook een A), blijkt dat dit zeker het geval is.

Opmerkelijk genoeg merkt Scheele wel op dat het pseudo-gen van de mens erg op dat van de chimpansee lijkt en veel minder op dat van de cavia. Hij probeert onder de evolutionaire verklaring hiervoor uit te komen door drie alternatieve verklaringen te geven.

“in de eerste plaats: als het aan de buitenkant meer op elkaar lijkt, dan moet het in de binnenkant ook meer op elkaar lijken.” In biologische termen lijkt hij hiermee te bedoelen dat het logisch is dat fenotypische overeenkomsten ook genotypische overeenkomsten hebben. Het mooie van het voorbeeld van het GULO-gen is echter dat er geen ‘buitenkant’ (meer) is, het gen is immers defect, het leidt niet tot een fenotypisch resultaat. Er is dus geen enkele fenotypische (en daarmee functionele) reden waarom de genen zoveel op elkaar zouden lijken.

“Er is (uiteraard) een verschil in generatie-snelheid [sic] van de verschillende soorten.” Dit maakt niets uit omdat het niet kan verklaren waarom mensen en chimpansee (en andere primaten) zoveelgedeelde mutaties hebben (wanneer gemeenschappelijke afstamming geen optie is).

“Verder is het ook nog maar de vraag of al de reparatie-mechanismen [sic] in de verschillende soorten identiek zijn.” Ook dit is irrelevant omdat het wederom niet verklaart waarom er zoveelgedeelde mutaties zijn (die blijkbaar niet gerepareerd zijn).

Ook merkt Scheele op dat er bij de vier primaten op positie 97 een deletie (verwijdering van een letter) heeft plaatsgevonden. Is dit het gevolg van gemeenschappelijke afstamming? Volgens Scheele is de verklaring hiervoor dat er ‘hotspots’ zijn (“plekken waar afwijkingen sterker geneigd zijn op te treden dan op andere plekken en zodoende niets met gemeenschappelijk afstamming te maken hebben”). Als positie 97 al een hotspot is (en dat is niet eens met zekerheid te zeggen), dient Scheele nog te verklaren waarom alle primaten op exact dezelfde positie dezelfdeverandering (een deletie) hebben. Daarnaast zijn er naast deze ene positie nog vele andere posities (12 stuks) in de primatensequenties die gedeelde mutaties bevatten. Ook deze ene mogelijkehotspot ontkracht gemeenschappelijke afstamming dus niet. Hiermee valt heel Scheeles kritiek in duigen en blijft gemeenschappelijke afstamming als enige wetenschappelijke verklaring over.

Creationist Peter Borger maakt in zijn eerste artikel waarin hij het GULO-gen bespreekt (Borger, 2006) dezelfde fout. Hij beweert daarin dat de overeenkomsten niet het resultaat zijn van gemeenschappelijke afstamming, maar van een gemeenschappelijk mechanisme (“common mechanism”): de hotspots. Hij stelt: over 50 percent of the mutations in the GULOpseudogene that are shared between humans and the great apes are mutational hot spots also found in guinea pigs” (p. 2). Dit onderbouwt hij met figuur 2, waarin de vetgedrukte letters de vermeende hotspots zijn (13 stuks).

Wederom geldt hier: wanneer zowel de primaten als de cavia op dezelfde manier (dezelfde letter) verschillen van de rat (7 van de 13 vermeende hotspots), is hetde rat die verschilt van het ancestrale gen, niet de primaten en de cavia. Alleen op positie 81 hebben de primaten en de cavia door toeval dezelfde verandering 7. In de andere 5 gevallen betreft het twee keer een gedeelde verandering bij de primaten waarbij 챕챕n primaat nog weer een eigen verandering heeft (posities 55 en 131), twee veranderingen die de primaten delen en de cavia een eigen verandering heeft (posities 76 en 156) en 챕챕n mogelijke hotspot (positie 97, zie hierboven). De 13 hotspots van Borger zijn dus helemaal geen hotspots (met 챕챕n mogelijke uitzondering, positie 97). Dit blijkt allemaal heel duidelijk als je de sequenties van meerdere dieren vergelijkt6. Aangezien zijn argument van “common mechanism” is gebaseerd op deze hotspots die niet bestaan, blijft wederom alleen gemeenschappelijke afstamming als wetenschappelijke verklaring over.

Borger geeft echter de moed niet snel op. Na door een aantal mensen op bovenstaande fout te zijn gewezen, doet hij samen met een andere creationist (Royal Truman) een nieuwe poging met een publicatie in de ‘Journal of Creation’, een jonge-aarde-creationistisch blad. Creationisten moeten wel hun eigen blad hebben, want bij de serieuze wetenschapsbladen vallen ze uiteraard meteen door de mand. De publicatie van Borger (Truman & Borger, 2007) zou zeker geen uitzondering daarop vormen, gezien het aantal (grote) fouten en slordigheden.

Het begint al bij de tweede regel van zijn samenvatting: “Since Hominidae are claimed to have evolved from a rat common ancestor, the modern rat GULO sequence was used as the outgroup in phylogenetic tree building.” Dit is niet, zoals het op het eerste gezicht lijkt, wat Borger denkt, maar wat hij denkt dat evolutiebiologen denken. Echter, geen enkele evolutiebioloog beweert dat de Hominidae een rat als gemeenschappelijke voorouder hebben. Geen enkele evolutiebioloog zal ook dus denken dat het GULO-gen van de rat ancestraal is. Hij beweert constant dat de ‘evolutionisten’ dit steeds gedacht hebben en dat hij dit met deze publicatie voor het eerst recht zet. Ironisch genoeg was het Borger zelf die dat steeds dacht (zie Borger (2006)) en creationist Scheele die dat waarschijnlijk nog steeds denkt. Hun fout is gebaseerd op de fout van Nishikimi, die een medicus is 8, geen bioloog, laat staan een evolutiebioloog.

Zelfs de gehele orde der primaten heeft geen rat als gemeenschappelijke voorouder, vanwege de simpele reden dat geen enkele levend dier een voorouder is van een ander levend dier (afgezien van de contemporaine situatie waarin jongen, ouders en eventueel grootouders tegelijk leven). Ratten zijn vrij nauw verwant aan primaten, maar er zeker geen voorouders van. Voorts meent Borger tevens dat ook de makaak tot de Hominidae behoort (“Hominidae (humans, macaques, orangutans, gorillas and chimpanzee)”, p.118), terwijl die tot de Cercopithecidae behoort. Dit blijkt, ironisch genoeg, ook uit figuur 4 van zijn eigen artikel.

Na de inleiding geeft Borger aan waarom de evolutionaire interpretatie volgens hem niet opgaat. Hij stelt: “We collected exon X sequences reported for the GULO pseudogene of orangutan, human, chimpanzee, macaque and guinea pig genomes and discovered (table 1) that all these sequences shared the same nucleotide at nine positions which differed from that of the rat, whose GULO is functional.” (p.119). Hoewel het niet helemaal duidelijk is, lijkt hij hier in dezelfde fout te vervallen door het pseudo-gen van de primaten en de cavia te vergelijken met het werkende gen van de rat. Als hij deze fout echter niet maakt, heeft het plaatsen van tabel 1 geen nut. Volgens het bijschrift van deze tabel zijn identieke nucleotiden (waarvan de letters representaties zijn) niet weergegeven, maar heel veel niet-identieke nucleotiden ontbreken (op posities 2, 12, 55, 56 enz.). Tabel 1 is dus misleidend of onzinnig.

Ook stelt hij dat er behoorlijke controverse (“conciderable controversy”, p. 119) bestaat over de evolutionaire positie van de cavia. Meer dan 10 jaar geleden was het inderdaad niet helemaal duidelijk of cavia’s wel knaagdieren waren, gebaseerd op beperkte data. Als Borger echter een beetje op de hoogte was geweest van de wat meer recente literatuur hierover, had hij geweten dat het nu duidelijk is dat cavia’s gewoon knaagdieren zijn (Robinson-Rechavi, 2000; Reyes, 2004).

Borger maakt het vervolgens nog bonter door conclusies over evolutionaire patronen te trekken op basis van zelfgemaakte ‘ongewortelde bomen’ (unrooted trees, figuren 2 en 3). Hier wordt pijnlijk duidelijk dat hij geen idee heeft waar hij mee bezig is. Dat kan namelijk helemaal niet op basis van ongewortelde bomen, maar alleen op basis van gewortelde bomen (rooted trees) (Graur & Li, 2000, p.169). Blijkbaar denkt Borger dat de meest recente gemeenschappelijke voorouder in het midden van deze ongewortelde boom moet zitten: “The extant seven organisms possessing an intact GULO gene would have arrived through different lineages from a common starting point involving the same amount of time. To a first approximation, these should be roughly equidistant from a central point for all these organisms, point p1 in figure 2 and figure 3.” (p. 120, nadruk BK).

Buiten de slordigheid om dat er in de figuren 2 en 3 nergens een “point p1” is aangegeven, is het onmogelijk om in een ongewortelde boom een “gemeenschappelijk startpunt” aan te geven. Ongewortelde bomen laten namelijk heel veel evolutionaire scenario’s open, die pas tot één scenario gereduceerd wordt als er een wortel is gekozen (zodat een gewortelde boom ontstaat). Strikt genomen zijn ongewortelde bomen dus niet eens fylogenetische bomen omdat ze geen evolutionaire geschiedenis beschrijven . Dit is basale kennis fylogenetica (de wetenschap die zich bezighoudt met het vasttellen van evolutionaire verwantschappen).

Volgens Borger zijn de eerste 4 punten op p. 120 evolutionair gezien niet logisch (“make no sense in evolutionary terms”). Zo stelt hij als punt 1 dat het ratgenoom abnormaal snel gemuteerd is: “Rat vs mouse: these supposedly share a recent common ancestor. Since their divergence, the rat genome seems to have mutated abnormally fast.” (p.120). Wat is abnormaal snel? De rat heeft 10 verschillen met het ancestrale gen, de muis 7. Hier is niets abnormaals aan, zeker niet gezien het feit dat 5 van de 10/7 mutaties gedeeld zijn. Voorts zijn punten 2, 3 en 4 gebaseerd op bovenstaand misverstand wat ongewortelde bomen betreft. Dit dus zijn geen problemen voor gemeenschappelijke afstamming, maar exposities van Borgers onkunde en onbegrip. Het is sowieso onverstandig om alleen op basis van deze sequentie een fylogenetische boom te bepalen, omdat werkende genen met niet-werkende genen worden vergeleken en de sequentie vrij kort is.

Borger meent ook dat enkele individuele veranderingen die niet in lijn zijn met gemeenschappelijke afstamming bewijs zijn dat mutaties sterk vertekend (“Strongly biased”, p. 122) en dus niet random zijn (op p. 123 doet hij dit eveneens). Geen enkele evolutiebioloog verwacht echter dat alle mutaties in lijn zijn met gemeenschappelijke afstamming. Dat zou zelfs zeer merkwaardig zijn voor een proces als evolutie dat een random component heeft. Waar het echter om draait is de waarschijnlijkheid van het optreden van een bepaald patroon in een hele sequentie, niet om enkele individuele posities. Als Borger wil bewijzen dat mutaties in dit gen biased zijn, zal hij met een goede statistische analyse moeten komen waaruit een significante bias blijkt. Dat doet hij echter niet.

Verderop heeft hij het toch weer over hotspots: “Apropos hotspots, the data summarized in table 2 indicates strongly that at the time point mutations supposedly occurred, they all did so at the same location in a manner that cannot explainable by common descent.“ (p. 123). Volgens noot 31 zijn er nog 11 andere mogelijke hotspots, maar wie de betreffende posities opzoekt, zal er achterkomen dat het vrijwel uitgesloten is dat het hotspots zijn (want nagenoeg geen variatie). Op zijn eigen weblog antwoordde hij overigens op de vraag hoeveel hotspots er volgens hem zijn: “Maar het zijn er 0.” 9. Blijkbaar is hij er zelf niet uit. Nogmaals: dit zijn geen hotspots, maar gedeelde veranderingen die juist heel goed te verklaren zijn met gemeenschappelijke afstamming.

Niet alleen bij het interpreteren van de DNA-sequentie gaat Borger de mist in, ook bij het interpreteren van de aminozuren (waar DNA voor codeert) slaat hij de plank mis. Op p. 124 stelt hij hierover: “This confirms the observation that guinea pig genes tend to be very different from those of other rodents, contra evolutionary morphological expectations.”. Het is op evolutionaire grondenjuist te verwachten dat de cavia hier verschilt van de andere knaagdieren omdat zijn GULO-gen niet meer werkt en dat van de andere knaagdieren wel. In een werkend gen is slechts in beperkte mate aminozuurvariatie mogelijk (anders zou het enzym niet meer werken), in een pseudo-gen is die beperking er niet. De cavia heeft dus meer aminozuurveranderingen kunnen oplopen dan de andere knaagdieren. Hetzelfde geldt voor de primaten.

Bijna aan het einde (p.125) probeert Borger een creationistische verklaring te geven voor de deletie op positie 97 die alle primaten gedeeld hebben. Hij wijst erop dat ook gorilla’s hier ook een deletie zouden moeten hebben. Dit is op dit moment niet bekend, maar het is inderdaad een precieze en toetsbare evolutionaire voorspelling. Als dit niet het geval zou blijken te zijn, zou Borger een serieus punt hebben. Voorts meent hij dat de evolutietheorie niet het betreffende patroon voorspeld zou hebben en dat pas achteraf een evolutionair scenario is gegeven. Dat is onzin. Het evolutionaire scenario bestond al veel eerder en wordt hierdoor slechts bevestigd. De gemeenschappelijke deletie wijdt hij aan toeval. De kans dat dit door toeval gebeurt is vrij klein, maar Borger vergeet blijkbaar dat er nog 12 andere gedeelde mutaties zijn (die ook geen hotspots zijn). De kans dat op 13 posities 4 keer dezelfde mutaties door toeval ontstaan, is astronomisch klein.

Uiteindelijk weet Borger in zijn artikel geen goede verklaring te geven voor de centrale vraag over dit onderwerp: Waarom lijkt het GULO-gen van de mens veel meer op dat van de chimpansee (en andere primaten) dan op dat van de cavia, terwijl daar geen functionele reden toe is? Borger dient niet alleen te verklaren waarom alle vier de primaten een deletie delen op dezelfde positie, maar ook waarom alle vier de primaten op nog 12 andere dezelfde posities dezelfde letters hebben. Nogmaals: de kans dat dit door toeval gebeurt, is astronomisch klein en de hotspot-verklaring is ook ontoereikend. De optie dat God vier dieren geschapen heeft met een defect gen, dat ook nog eens zeer sterk de indruk wekt van gemeenschappelijke afstamming, lijkt voor hem ook niet bepaald aantrekkelijk. Ook nu weer blijft gemeenschappelijke afstamming als enige verklaring over, zeker de enige wetenschappelijke.

Afgezien van de bovenstaande fouten, zijn er nog veel meer fouten in zijn artikel aan te wijzen. Omdat het onbegonnen werk is om op alles in te gaan, noem ik er nog slechts twee. Op p. 127 spreekt Borger van “humans and various monkeys”, blijkbaar denkende dat chimpansees en orang-oetans ook “monkey’s” zijn. Dat zijn echter “apes” (mensen ook trouwens). De enige “monkey” is de makaak. Ook spreekt hij in zijn samenvatting over verklaringen met behulp van “Bayes rule”, maar in het gehele artikel is niets bayesiaans terug te vinden 10. Ook is het vaak lastig te onderscheiden wat Borger nu denkt, wat hij eerder dacht en wat hij denk dat evolutiebiologen denken. Ik ben dan ook voornamelijk op de punten ingegaan waarvan ik (vrijwel) zeker weet dat Borger ze nu maakt.

Een artikel dat zoveel grote en kleine fouten bevat, zal nooit door het peer-review proces van de serieuze wetenschapsbladen heen komen. Een eerstejaarse biologiestudent zou hier zelfs nog geen voldoende voor krijgen. Hierdoor is Borger genoodzaakt zijn toevlucht te nemen tot een creationistisch tijdschrift, waar ze het blijkbaar niet zo nauw nemen met inhoudelijke juistheid (als ze dat al kunnen beoordelen). Fylogenetica is een vak apart met haar eigen methoden, specialistische kennis, discussiepunten, problemen en oplosstrategieën. Ik ben daar geen expert in en Borger is dat gezien zijn schrijven zeker niet. Daar laat hij zich echter niet door hinderen bij zijn verwoede pogingen de evolutiebiologie te ‘ontmaskeren’. Ondanks het feit dat hij ongekend pretentieus is, blijkt de man die meent de biologie op z’n kop te hebben gezet reeds op basale punten de mist in te gaan.

Referenties

Borger, P. (2006). Shared mutations: Common descent or common mechanism?

Borger, P. (2007). Why the shared mutations in the Hominidae exon X GULO pseudogene are not evidence for common descent. Journal of Creation, 21(3): 118-127.

Graur, D., Li, W.H. (2000). Fundamentals of molecular biology, 2nd ed., Sinauer Associates

Holder, M., Lewis, P.O. (2003). Phylogeny estimation: traditional and Bayesian approaches. Nature Reviews Genetics, 4(4):275-84.

Inai, Y., Ohta, Y., Nishikimi, M. (2003). The whole structure of the human nonfunctional L-gulono-gamma-lactone oxidase gene–the gene responsible for scurvy–and the evolution of repetitive sequences thereon. Journal of nutritional science and vitaminology, 49(5):315-9.

Reyes, A., Gissi, C., Catzeflis, F., Nevo, E., Pesole, G., Saccone, C. (2004). Congruent mammalian trees from mitochondrial and nuclear genes using Bayesian methods. Molecular biology and evolution, 21(2):397-403

Robinson-Rechavi, M., Ponger, L., Mouchiroud, D. (2000). Nuclear gene LCAT supports rodent monophyly. Molecular biology and evolution, 17(9):1410-2.

Noten
  1. http://www.degeneratie.nl/index.asp?PaginaID=1803
  2. Hier gaat hij al de fout in door te beweren dat exons “coderende onderdelen van het eiwit” zijn, terwijl het hier om coderende delen van het pre-mRNA gaat (of het equivalente deel daarvan in het DNA).
  3. Van dit artikel is helaas alleen een samenvatting beschikbaar via internet.
  4. Deze groep van Nishikimi maakt deze fout vaker. Nishikimi is ook geen (evolutie)bioloog maar een medicus (zie noot 8). Desalniettemin is het een grote en slordige fout die gecorrigeerd had moeten worden.
  5. Een vergelijkbare fout wordt overigens wel vaker gemaakt, vooral door creationisten. Michael Denton maakte in zijn “Evolution: a theory in crisis” dezelfde fout met betrekking tot cytochroom c (http://home.wxs.nl/~gkorthof/kortho18.htm#Crit3). Ben Hobrink neemt deze fout in zijn “Moderne wetenschap in de Bijbel” over.
  6. http://www.freewebs.com/deatheist/GULOsequentie.doc
  7. De kans is vrij groot dat dit af en toe gebeurt. Er zijn namelijk maar twee (niet vijf) dezelfde veranderingen voor nodig: 챕챕n in de voorouder van de primaten en 챕챕n in de voorouder van de cavia.
  8. NISHIKIMI Morimitsu
  9. http://www.volkskrantblog.nl/bericht/173735 Bericht geplaatst door “peebee” (Peter Borger) op 28-12-2007 18:00
  10. Het theorema van Bayes wordt door serieuze wetenschappers overigens steeds meer gebruikt in de fylogenetica, zie voor een review Holder & Lewis (2003).

http://www.natuurinformatie.nl/nnm.dossiers/natuurdatabase.nl/i005508.html

http://www.sciencedaily.com/releases/2006/07/060721201320.htm
http://www.genome.gov/19517271

http://www.sanger.ac.uk/resources/downloads/gorilla/
http://www.ensembl.org/Gorilla_gorilla/Location/Genome?r=18:63103132-63203133
http://www.ensembl.org/Gorilla_gorilla/Location/Chromosome?r=8:120361084-120461084

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=genomeprj&cmd=search&term=Gorilla+gorilla
http://sandwalk.blogspot.com/2007/02/human-gulop-pseugogene.html

1.-All simians(haplorini) including humans share at least one pseudogene of inactivated 
L-gulonolactone oxidase,
-However the mutation(s)  inactivating the functional gene can be several  and different:Possibly  crafting different pseudo-genes  from the same orignal functioning L-gulonolactone oxidase 
… 
 
2.-For example : the guinea pig has a different pseudogene indicating a different mutation.

Natuurlijk heeft   de megalomane  ( ondertussen beruchte ) Dr   PB   zelf  uitgebreid gereageerd  :  

Lees het   beschamende  gedoe  ___ en ook een   uitstekend  voorbeeld   van   ID-oten  gemanoevreer    ___op diens  eigenste blog  ….

Bart Klink   is    uitgebreid ingegaan op Borgers repliek(en)  op zijn diens  weblog: 
http://www.volkskrantblog.nl/bericht/180004 
Dat heeft ook  een paar interressante en leerzame momenten opgeleverd :
bv  iets  over : Convergente evolutie … ?

*Homoplasie 
wil zeggen dat een bepaalde eigenschap in verschillende evolutionaire lijnen 
onafhankelijk van elkaar is ontstaan, de eigenschap is dus niet afkomstig van de 
gemeenschappelijke voorouder van die lijnen (dan zou er sprake zijn van homologie). 
Dit kan voorkomen op verschillende niveaus, van morfologie (de vleugels van een vlinder en 
vogel bijvoorbeeld) tot in de DNA-sequentie. 
Vooral in het laatste geval is te verwachten dat de kans op homoplasie reëel aanwezig is 
omdat elke positie in de sequentie slechts 4 mogelijke waardes kan aanemen. 
*Dit heeft allemaal niets te maken met het verklaren van simpele falsifiërende waarneming, 
maar met wat we weten over hoe evolutie werkt en kansberekening.

*Mutaties die de homoplasie veroorzaken  vallen  op precies dezelfde plaats in een sequentie.
Waarom vallen ze juist op die plaats die je mag verwachten op grond van gemeenschappelijke afstamming? 
Waarom ontstaat door de mutation bias niet juist één van de bijna oneindig mogelijke patronen die je niet mag verwachten op grond van gemeenschappelijke afstamming?

Dat is de vraag die creationisten moeten beantwoorden maar steeds consequent blijven negeren!

——————————–NOTE   : MUTATION BIAS  ———————————————————————————————-

Note

Bias = 
1.-palet aan vaste mogelijkheden / oplosruimte-afbakening (= constraints ) 
2.-partijdigheid 

TECHNISCHE BETEKENISSEN 
(Bart kLINK ): 

Het verschijnsel dat de kans dat er een bepaalde mutatie ontstaat niet voor elke soort gelijk is
en ook niet op elke plek (locus = een locatie in een DNA sequentie )i n het genoom van één organisme gelijk is 
en dat bepaalde typen mutaties meer of minder voorkomen dan andere. 
( of zelfs gebonden kunnen zijn aan de sexen (1) 
Dit wordt in de Engelstalige literatuur vaak aangeduid met mutation bias.

En voor de duidelijkheid: 
wat evolutiebiologen bedoelen met random is dat een mutatie onafhankelijk optreedt van de consequentie (bijvoorbeeld: een bepaalde mutatie vindt NIET plaats met het doel het organisme een selectief voordeel te geven). (2)

Het staat duidelijk in elk handboek evolutiebiologie, bijvoordeel de meer dan 20 jaar oude van Futuyma (Evolutionary biology, 1986, p. 76): 
“Mutations occur at random. 
This does not mean that all loci mutate at the same rate, nor that all imaginable mutations are equally likely. 
Nor does it mean that mutations are independent of the effects of the environment […]. 
Mutation is random in that the chance that a specific mutation will occur is not affected by how useful that mutation would be.”. 

NOTEN 
(1.)- 
Male mutation bias is a higher mutation rate in mammalian males than in mammalian females thought to result from the greater number of germline cell 
(2) 
Dit is wat sommige ID-creationisten niet kunnen of willen begrijpen, ondanks het reeds vele malen is uitgelegd….
“…..dat op bepaalde plekken in het genoom meer mutaties plaatsvinden dan andere plekken, 
dat de ene soort mutatie vaker optreedt dan de andere 
en 
dat omgevingsfactoren hier invloed op hebben….. ” is allemaal al vele jaren in de literatuur en bij iedere evolutiebioloog bekend.
Ze blijven beweren dat het allemaal misleidende definities /omschrijvingen zijn : 

( quote ) ” Obscurantisme staat aan de basis van Darwinisme, blijkbaar.” 

NEEN dus , die definities zijn onderdeel van het technisch jargon, vaktaal. 
Elke wetenschap kent woorden die een vakspecifieke betekenis hebben.
Het is ongeoorloofd en misleidend om termen uit het technisch jargon te gebruiken in andere betekenissen dan de vastgelegde ….Maar dat is precies wat creationisten willen doen en daarbij de zaak kompleet verknoeien voor iedereen die zich daarover wil informeren 

http://armandleroi.com/media/pdf/AML_journ010.pdf (2004)


“Lineages(were considered by many to ) have an intrinsic drive to evolve in particular directions “this is called traditionally “Orthogenesis” 
but never was proposed a mechanism by which it might work

Most biologists believe that the evolutionary direction of lineages is largely determined by natural selection
A minority make great play of contingency (the non-selective effects of meteor strikes and the like)
–>” evolution has NO DIRECTION” 

Proposed mechanism for orthogenesis is –> ‘mutation bias’.
Mutation produces novel phenotypes, but it does not produce all novel phenotypes in equal frequency in a given population. For example, mutations
that cause an animal to become smaller than normal might be more common than those that cause it to become larger.

This bias is the result of the way body size is specified in development — a bias that might influence the direction that evolution takes, causing
small animals to evolve more often than large ones

(therefore ) 
“a bias in the production of variant phenotypes or a limitation on phenotypic variability caused by the structure, character, composition or dynamics of the developmental system”
= .most of us(biologists) call this ‘developmental constraints’

Many, perhaps most, evolutionary biologists accept that developmental constraints exist. 
If they aren’t a major topic of study — and they should be — it is because distributions of mutational effects are very hard to measure.
Mutation bias is not enough to produce orthogenesis, however.

Mutation bias
http://everything2.com/title/bias%2520mutation
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/short/23/3/565
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?Db=pubmed&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=10654254
http://evolutionblog.blogspot.com/2004/07/mutation-bias.html 

—————————————————————————————————————————————————————-


 

 
Er is een deletie ( en een frame shift mutatie )op positie 97 bij alle haplorini, en in het   bijzonder de hominidae. 
Ook gorilla’s zouden  hier een dergelijkke deletie moeten hebben. 
Dit is op dit moment niet bekend, maar het is inderdaad een precieze en toetsbare evolutionaire voorspelling.
 
Als dit NIET het geval zou blijken te zijn, zouden de creato’s(= Borger )een serieus punt 
hebben.
M.a.w. de afwezigheid  van de  deletie op positie 97( wel aanwezig bij de makaak die geen 
homida is ) bij de gorilla zou dan een goede falsificatie kunnen zijn van de theorie dat deze  van  gorilla , chimp en mens ( overigens  afgezien van het feit dat er nog andere “bewijzen” zijn?)
 
Borger                        
“de ‘shared deletie(frameshift-)mutatie’ op positie 97  is(grijpt) gewoon( plaats op)een 
hotspot
 
“shared deletions in pseudogenes” is het beste bewijs voor common descent. 
Maar dat is het dus niet. Dat is wat Truman en ik tonen.”
 
 
Borger doet net alsof  alsof ze met hun beidjes  alle  shared pseudogenes volledig hebben 
onderzocht en gevonden ….
Het enige (wat nog niet bekend is )en waarop ze zich steunen is het al dan niet voorkomen van de frameshift mutatie door een deletie op (een homologe ) positie 97  bij gorilla .
 
 

 
Blog –  OPERETTE
 
PB 
” …waarom zou ik vlug weg lopen van een discussie die ik toch al lang heb gewonnen?...”
 
Simon ;

 

 ….De twee hoofdargumenten van Peebee zijn dat
(1) GULO een sterk CD-argument is, maar dat er andere waarnemingen pleiten tegen CD.
(2) Verder stelt hij dat een andere verklaring van de overeenkomsten in het GULO-gen net zo sterk (of zelfs sterker) is.(1) gaat niet over GULO
(2) is niet overtuigend

Wat mij betreft is de analyse van Bart Klink van het GULO-gen zeer sterk en zijn rebuttal van Peebee’s analyse is helder en steekhoudend.

 
De verdere discussie toont vooral aan dat Peebee niet WIL inzien dat ook hij wel eens ongelijk kan hebben en dat hij NIET in staat is om een goede theorie te ontwerpen die alle waarneming goed verklaart of in ieder geval beter dan Darwin.
 
 
 
 
Bart klink  :
 
PB: Jammer voor de Darwinist dat er nu een ijzersterk alternatief is. Samen met je zogenaamde “off topics” blijft de GUToB verklaring de beste.”

 
Bart :
Er is geen alternatieve wetenschappelijke verklaring voor de gedeelde mutaties in het GULO-gen van de primaten.
Je hebt zelf toegegeven dat je dit niet kunt verklaren.Voor de rest duik je weer allerlei zijstraatjes in.

Je strategie is telkens weer om allerlei andere onderwerpen erbij te halen om te verdoezelen dat je het GULO-argument niet kunt ontkrachten.
 Ik doe daar niet aan mee en blijf hameren op het onderwerp waar het hier om draait: het gedeelde GULO-genVoor de zoveelste keer Peter: het gaat hier over het gedeelde GULO-gen, niet over het ontstaan van nieuwe genetische informatie, genetische redundantie, cytochroom c of wat je er allemaal nog meer bij wilt halen.

en 
Ik wil best je artikel op mijn site plaatsen, maar ik had verwacht dat je het zelf wel on-line zou zetten. Ik weet ook niet hoe het zit met eventuele copyrights.
 
 
 
Peter Borger, vraagt: Mag dat in de wetenschap?”
 
Tuurlijk, dat mag in de wetenschap.
Maar de blaadjes waar jij(=PeeBee )  in publiceert, zijn geen wetenschappelijke tijdschriften.
Is het je soms niet gelukt om je resultaten bij een regulier wetenschappelijk tijdschrift gepubliceerd te krijgen?
 Dus ik betwijfel of het wetenschap is wat je doet…
Tsja, en of je dan nog goede gronden hebt die resultaten aan te vallen…
 

zie ook  :

Vitamine C ( unintelligent design #6) –> IP Theorie

door Tomaso Agricola Unintelligent design. 16 februari 2006 

 

Over tsjok45
Gepensioneerd . Improviserend jazzmuzikant . Instant composer. Jamsession fanaat Gentenaar in hart en nieren

One Response to GULO-gen

  1. Pingback: VERKLARENDE WOORDENLIJST PALEONTOLOGIE E | Tsjok's blog

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

%d bloggers op de volgende wijze: