Dr Peter Borger en Co


(interview   met  Dr. Peter Borger in het huisblad van de Nederlandse  creationisten ;  Reformatorisch Dagblad  ).

 

In het dagelijks leven is PB  als bioloog werkzaam aan het academisch ziekenhuis in de Zwitserse stad Basel.
De nieuwste ontwikkelingen in de moleculaire biologie (1)luiden volgens hem het einde van de evolutietheorie in.

U bestudeert genregulatie. Wat houdt dat in?
„Ik houd me bezig met de vraag hoe genen aan- en uitgezet kunnen worden. Zo heb ik aanzienlijk inzicht gekregen in de complexiteit van het genoom:
hoe de informatie die erin wordt opgeslagen tot uitdrukking kan worden gebracht in levende cellen en wat er allemaal fout kan gaan door veranderingen
in het DNA.
Het is een wonder dat een mens bijna altijd gezond ter wereld komt.”
(2)
Wat is het belang van de nieuwe biologie voor het evolutiedebat?
„De grootste verrassing van de afgelopen twintig jaar was dat het uitschakelen van genen bij bijvoorbeeld een muis, geen gebrekkig dier oplevert.(3)
Op deze genen werkt selectiedruk(4) namelijk niet.
Daardoor komt Darwins evolutie op losse schroeven te staan: de motor –het selectiemechanisme– werkt niet.
In de praktijk kan 90 procent van de genen van bacteriën, rondwormen en planten zonder probleem worden uitgezet.”(4b)

Wat hebben evolutionisten hiervan te duchten?
„Heel veel.
De selectiehypothese verklaart niet hoe zulke genen zich hebben ontwikkeld.
Biologische systemen werken als netwerken waarin verschillende onderdelen dezelfde functie vervullen.
Darwins selectiemechanisme verklaart deze functies niet.

Daarnaast heeft de moleculaire fylogenetica laten zien dat de afstammingsboom van Darwin niet bestaat: er zijn veel boompjes en bosjes; er zijn dus takken zonder ‘stam’.
Dat duidt op meerdere oorsprongen in plaats van één.
Het hele idee van gemeenschappelijke afstamming van een enkel oerorganisme is feitelijk hopeloos ineengestort.”

En wat betekent dit voor mensen die Genesis 1 tot en met 11 historisch opvatten?
„De biologie laat zien dat er meerdere oorsprongen van het leven zijn en niet één enkele.
Hoeveel precies, is nog onduidelijk.
Persoonlijk denk ik dat het leven werd geschapen in de vorm van wezens die beschikten over baranomen (5)– niet-gedifferentieerde genomen van
waaruit heel snel variatie kon ontstaan.

De genomen van alle organismen beschikken over mobiele elementen en evolutionisten snappen niet wat ze doen. (6)
Ze denken dat het overblijfselen zijn van oeroude invasies van virussen.
Ik denk echter dat het een mechanisme van complexe genetische elementjes betreft die variatie in het genoom kunnen genereren.
Variatie ontstaat dus niet toevallig, (7)en dat luidt het einde van Darwins evolutietheorie in.”

De deeltjes hebben niets met virussen te maken?
„Jawel. Vanuit zulke elementjes kunnen op heel eenvoudige wijze virussen –en daarmee ziekten– ontstaan.
Met dit inzicht is de juiste oorsprong van virussen achterhaald(8): God schiep geen ziekteverwekkende RNA-virussen, ze ontstonden in het genoom, pas na de zondeval.”

Geeft het genoom aanleiding voor macro-evolutie en gemeenschappelijke afstamming?
„Nee, de biologie toont dat er in het menselijk genoom genetische informatie –miRNA-genen– aanwezig is die niet wordt aangetroffen in de mensapen. (9)
Niemand heeft ook maar enige notie waar deze informatie vandaan komt.
Gemeenschappelijke afstamming wordt daardoor bijzonder onwaarschijnlijk.”

 

 

_______________________________________________________________________________________________

NOTEN  

 

(1 ) – Net zoals   M Behe  dus ,  meer dan tien jaar geleden

-het lopende  onderzoek in die materie   is niet van Borger en is al minstens 25 jaar bezig   /zie ook hieronder (6 )

 

°

(2)  Het” wonderlijke”  is geen wonder  : de embryo’s waarmee  in de ontwikkeling ( en de expressie van de genen ) iets fout loopt zijn niet levensvatbaar en/of niet -fertiel  (uitzonderingen  daargelaten ) …..Dat is dus Natuurlijke selectie …uiteindelijk wordt de menselijke levenscyclus (= development )geoptimaliseerd

(3) Het gaat om “knock out ” genen  bij laboratorium- muizen

Knock out muizen ->>>Multiply

Knock out  <—doc

(4) Labmuizen  zijn  uiteraard  in hun gepamperde omgevingen niet  onderhevig  aan dezelfde selectie-drukken  als de “wild-types “…Het is nog maar de vraag of deze gemanipuleerde labmuizen ook in staat zullen zijn  te overleven in een natuurlijke biotoop …

*Veranderingen van omgeving  is uiteraard ook verandering  van selectiedruk : zo zullen hagedissen die worden overgeplant naar eilanden zonder predator maar met weinig “dierlijke ” prooien voor henzelf  overgaan tot het aanboren van andere voedselbronnen –> bijvoorbeeld  een groter aandeel in het dieet  van  plantaardig voedsel(en met als gevolg(bijvoorbeeld)   de evolutie van  nieuwe  organen  in het verteringsstelsels )  –> Kroatische muurhagedissen–>  http://www.bloggen.be/evodisku/archief.php?ID=97

 (Bart klink )schreef een verslag over dit creationisten -congres
http://www.deatheist.nl/index.php?option=com_content&view=article&id=309:een-dagje-op-een-creationistische-congres&catid=2:artikelen&Itemid=3

-GUToB is eigenlijk gewoon jonge-aarde-creationisme.

(4b) (Eric/God voor dommen )   Het fenotype is  het waarneembare resultaat van het genoom van een organisme (+ omgevingsfactoren).
Borger stelt dat 90% van het genoom achterwege gelaten kan worden zonder dat het fenotype verandert.
Daaruit concludeert hij dat natuurlijke selectie slechts kan plaatsvinden op 10% van het genoom en daarom stelt hij dat natuurlijke selectie nooit  zoveel invloed kan hebben dat er bijvoorbeeld sprake kan zijn van het ontstaan van nieuwe soorten.

De fout van ‘moleculair bioloog’ Borger is dat ook niet- waarneembare resultaten van het genoom van een organisme vatbaar zijn voor natuurlijke selectie.
Daarnaast spreekt hij zichzelf ook tegen doordat hij beweert dat bijvoorbeeld ‘Junk-DNA’ ook een functie heeft.
Junk DNA = Het DNA dat niet tot expressie komt als functioneel RNA of eiwit.+ het DNA waarvan de functie nog niet is bepaald.) 

– Alles dat een functie heeft in een organisme staat bloot aan natuurlijke selectie.

(5) God schiep de ‘baranomen’ (te herkennen aan ‘indicatorgenen’)
en van daaruit is de huidige biodiversiteit ontstaan via ‘VIGE’s’: variatie-inducerende genetische elementen (bij ons bekend als SINE’s, LINE’s enz.).
Alle termen tussen haakjes zijn zijn eigen termen.

Wat dit allemaal precies inhoud, hoe het werkt en hoe we het kunnen toetsen weet PB zelf ook niet.
Toch schreeuwt hij van de daken een nieuwe biologie te hebben opgezet.
De inhoudelijk kritiek is vooral dat zijn ‘nieuwe biologie’ niet wetenschappelijk getoetst kan worden en dus geen wetenschap is.

Daarnaast blijkt hij duidelijk NIET  te begrijpen waar hij het over heeft, gezien zijn begrip van randomness

Het is  al een tijd bekend dat niet alle mutaties even waarschijnlijk zijn. Dit heeft biochemische oorzaken en maakt het soms mogelijk de waarschijnlijkheid van bepaalde mutaties te voorspellen. Deze onregelmatigheden in mutaties worden in de gewone biologie mutation bias (of mutational bias) genoemd.

Note MUTATION BIAS

(Het jargon van Peter Borger is een voorbeeld  van “Orwelliaanse newspeech ”  / het is bovendien eigenzinnig ,hoogheidswaanzinnig  en speciaal ontwikkeld  om de (natuur)wetenschappelijke  evolutietheorie te beschrijven ;het is gespecialiseerde  pseudo-wetenschap  terminologie met morosofe trekjes—> en het is misschien vooral bedoeld om twijfel en verwarring te  zaaien … en bruikbaar  : net zoals nuttige  wauwelaars en  idioten ook altijd  kunnen worden ingezet  door machiavellistische  opportunisten      )

Blog Entry Twijfel zaaien

Wat mij vooral erg misleidend  is  , is PB’s vermengeling van reguliere wetenschap (die hij vaak ook nog eens verkeerd voorstelt)–> stroman versies   met zijn eigen pseudowetenschap. Degoedgelovige lezer denkt daardoor  misschien wél dat termen als baranomen’, ‘indicatorgenen’, ‘non-random mutaties’ en ‘VIGE’s’ reguliere wetenschappelijke termen zijn.

Ze behoren echter  NIET tot de gehanteerde  vaktaal …Alhoewel  ze dus net als die andere creationistische  versies  van  gecorrumpeerde  termen, begrippen  begripsverschuivingen  spreektaal betekenissen ,subjectieve omschrijvingen ,intuitieve gokken (= en  aangemoedigde verwerping van  contra-intuitieve vaststellingen–>  de zogenaamd  gemakkelijke “logica”  )  ,   journalistieke  “creatieve ” en “literaire ” vondsten  …. etc  ( ‘missing link’/micro en macroevolutie /” Theorie” (als synoniem voor  verklarende  “gissing ” /anything goes ), ook kunnen( en/of mogelijks zullen) deel gaan uitmaken  van de  “creationistische  rethoriek ” die is gebaseerd op de ” autoriteit ” van dit  doktoraal genie 

Blog Entry Woordzwendel

 (Bart Klink )Borger heeft  voor: *  Mutation biazijn eigen term geïntroduceerd: ‘non-random mutation’, wat zeer misleidend is omdat random al een hele specifieke betekenis heeft in de biologie (zie het verslag van Bart Klink  over het creationisten congres ). Dit heb ik hem al vele malen uitgelegd, maar hij kan of wil het niet begrijpen.

Zijn bewering dat de mutation bias zorgt voor de illusie van gemeenschappelijke afstamming is tot op vandaag totaal niet onderbouwd. Sterker nog: er is genoeg bewijs dat dit niet het geval is, zie bijvoorbeeld mijn stuk over het GULO-gen.

*GuTob –> General Universal theory of Biology  —> New Biology by this new genius of the “new” biology  PB

(Bart klink) -Voor zover ik me kan herinneren zei PB nergens expliciet dat hij een YEC is, maar ik vermoed het wel.
*Hij zei dat volgens ‘de nieuwe biologie’—> miljoenen jaren niet nodig zijn.—>Zijn  toehoorders kunnen  daardoor   simpelweg deugdelijk   veronderstelden dat hij een YEC is

*Ook op zijn blog heeft hij wel eens—> dateertechnieken aangevallen.
* In zijn ‘publicaties’ gaat hij uit van een —> werkelijke zondvloed.

*MPG (Multi Purpose Genome )”zwitsers zakmes”  —> Baranoom = Baramin ( een vijftigtal ? ) = created Kinds —>  Biblical kinds …… Dat de ‘baranomen’ allemaal afzonderlijk door God geschapen (–> created ‘kinds’ ) zijn, kunnen zijn toehoorders/medestanders  zelf  wel invullen  zo onderontwikkeld zijn ze nu ook weer niet  …

*Vige’s —>Variation inducing genetic elements    —> parapluterm van eigen vinding  —> staat voor allerlei , transposons  , NCV ’s   etc ..  Volgens Dr Borger zelf  bestaat het grootste   deel van het zogenaamde’ junk DNA’ : ”   uit VIGEs en ontspoorde VIGEs”.—-> (Pierra) De VIGE’s van PB zijn eigenlijk alles  dat variatie kan veroorzaken:
CNV’s (in grotere of kleinere hoeveelheden in ons genoom),
(retro)transposonen, die ook in aantal varieren
en DNA dat kleine RNA’s als piRNA, siRNA genereert die de transcriptie van deze transposonen verhinderen.

(Eelco) Als “VIGE” alleen maar een verzamelwoord zou zijn voor al bekende termen, dan zou dat onschuldig zijn (en zinloos !).
Maar PB bedoelt er meer mee:
Borger’s  VIGE’s waren “geprogrammeerd om op een gecontroleerde en gereguleerde manier variatie en speciatie te bewerken.”.
Ze zijn ‘front-loaded’.
Dat laatste  is een oud creationistisch ideetje, hier in een nieuw jasje gestoken …
. 

(PM aangepast )

1.-Het hele vige-concept van PB is erop gebouwd dat ;
de variatie( binnen een “baranoom“) gefrontload is..
Zonder dat bepaald “‘frontloaded”element is het niet anders dan wat de gewone wetenschap presenteert ( en gewoon volgens de ET verklaart) .

Vige’s  hebben geen bordje om hun nek hangen ( waarop staat vermeld dat ze “gefrontlaod “zijn): maar PB beweert toch dat ze gefrontload zijn en als dat niet aan een bordje om hun nek te herkennen is, moet het toch ergens anders aan te herkennen zijn..
Of het is een wilde veronderstelling die hier als een waarheid gebracht wordt.. Ik denk het laatste.

Note Database of Genomic Variants

Hotspots

Het al vrij lang bekend dat bepaalde plekken in het genoom sneller muteren dan andere, onafhankelijk van selectie. Dit worden hotspots genoemd.

(Gert Korthof  & Gerdien De Jong )
-Het voorkomen van hotspots is onderdeel van normaal wetenschappelijk onderzoek dat vastgesteld kan worden door experimenteel onderzoek en
gepubliceerd in peer-reviewed genetische vakbladen.

Hotspots komen al in de geneticaleerboeken uit 1965 voor
Bepaalde plekken muteren veel vaker dan andere.
(6)(Gerdien De jong  )
Borger heeft het ook over mobiele element (–> transposable elements)

Blog Entry Transposons

.

Althans sommige daarvan kunnen zich verplaatsen, en als ze midden in een werkend gen terecht komen schakelt dat gen uit – er komt geen werkend product.
Dit is een manier om mutaties te genereren.
Zulke mutaties zijn nog steeds toevallig, dat wil zeggen niet gericht.
(Als je over “hotspots” schrijft   )___>
Dan heb je het ook over onderzoek dat al 25 jaar gaande is, en datonderzoek is  NIET van/ door Borger.
(7)Borger lijkt te denken dat random mutatie betekent dat mutatie een uniforme verdeling over het DNA heeft.
Niemand heeft dat ooit gezegd.
Ook is de mutatie frequentie van het milieu afhankelijkDat is standaard(achtergrondkennis) 
Toevallige mutatie ( randommutation) betekent ongerichte mutatie(non -teleological  or non-intelligent designed ), dat het effect dat een mutatie eventueel heeft niets te maken heeft met wat nuttig zou zijn voor het beest of de bacteriofaag op dat moment in dat milieu.
-Dat is Borger al eerder uitgelegd.

-Vraag PB op de man af of hij gelooft dat God die hotspots uitkiest en creeërt.
Zo niet, waar gaat het hier dan over?
Alweer mist en stofwolken creëren!

De toehoorders van PB  worden door hem  op het verkeerde been gezet. Ze krijgen de indruk dat PB een aardige theorie ontwikkeld heeft die steunt op moderne genetica en die je geïsoleerd kunt verdedigen. Dat klinkt allemaal ambitieus maar toch redelijk en overzichtelijk.
Maar in feite blijft dan geheel buiten zicht dat een zéér groot deel van de huidige wetenschap nl. alle resultaten en methodieken uit geologie, paleontologie, natuurkunde, cosmologie en astronomie verworpen worden.

En dát moet PB natuurlijk aantonen. Het gaat dus niet om een‘General and Universal Theory of Biology’ maar om een nieuwe
‘General and Universal Theory of the Biological and Physical Universe’! Dat is iets wat zelfs Einstein nooit heeft durven dromen…… Einstein beperkte zich tot een klein gebiedje: natuurkunde.

Rookgordijn : 

(Gerrit Korthof  )…..Is  het niet uiterst vreemd dat iemand een verhaal over allerlei genetische details gaat houden, mutation hotspots, etc. en daarbij de standaard wetenschappelijke literatuur gebruikt, maar niet vanaf het begin zijn toehoorders duidelijk maakt dat hij een zéér groot deel van de huidige wetenschap nl. alle resultaten en methodieken uit geologie, paleontologie, natuurkunde, cosmologie en astronomie verwerpt?

Dan breng je toch op z’n zachtst gezegd het publiek in verwarring? Waarom laat hij dat weg? Schaamt hij zich voor zijn YEC standpunt?

Zonder het YEC standpunt is er niets van zijn hele verhaal over genetische mechanismen te volgen, want die moeten aannemelijk maken dat er grote veranderingen in zeer korte tijd zijn opgetreden. Als je die context niet vertelt, hangt je hele verhaal in de lucht. Nog afgezien of het waar is, het wordt dan een onbegrijpelijk verhaal

(8)

Borger
VIGEs zijn biologische (en dus natuurlijke) fenomenen.
Het zijn genetische elementjes die door positie effecten variatie induceren.
En ze kunnen op eenvoudige wijze DNA recombineren.
Het zijn echter geen overblijfselen van virussen (zoals het paradigma voorschrijft), maar virussen ontstaan juist uit VIGEs.
Daarvoor is zo langzaamaan heel veel bewijsvoering.

Vige’s (–>  zie ook hierboven  de noten bij   het interview in het RD)
“Het zijn variatie-inducerende genetische elementen en hieruit ontstaan (RNA) virussen.
Hiermee hebben we de meest parsimone verklaring voor het ontstaan van nieuwe ziekten.”

Is het waargenomen dat (RNA) virussen uit die VIGE’s onstaan?
Als die elementen (ERVs etc) een vaststelbare functie blijken te hebben die anders is dan tot nu toe gedacht, dan hebben ze die functie.
Daar zou ik niet moeilijk over doen.
Het feit dat je het echter  over “parsimoon” hebt doet echter vermoeden dat dit nog niet duidelijk is ….

Borger :
Ja, het is waargenomen dat RNA virussen uit VIGEs ontstaan.
Door het oppikken van een stukje van het SRC gen (de “aan”knop zonder de “uit”knop) verandert HERV-K in het Rous Sarcoma Virus (een RNA oncovirus).

Rene Fransen
als een ERV inderdaad een gefixeerd endogeen retrovirus is (dus een virus dat in het DNA is gekropen) is het niet raar dat je het ‘tot leven kunt wekken’
door er een ‘aan’ knop voor te plakken.
Dat bewijst alleen dat ze eruit komen, maar niet dat ze er niet eerder ingekropen zijn.

Tsjok
Herv’s ( en ERV’s ) zijn misschien zelf virussen( restanten ) die “uit “gezet zijn ?( = het “aan knop ” -stukje hebben verloren ) …Het is maar een vraagje dat zomaar bij mij opkomt

Virussen ( fagen incluis ) planten zich trouwens allemaal voort in cellen van niet-virussen en wel door de aanwezige replicatiemechanismen te kapen
Natuurlijk worden virussen ( inclusief de “nieuwe ”, de  mutante   en de recombinanten  met “andere “overspringende  ” varianten ” virussen in dezelfde  somatische stamlijnen van het besproken genoomtype    ) allemaal “gemaakt “in een gastheercel die een genoom bezit met de coderingen voor de celmechanismen voor replicatie …

Lintwormen onstaan natuurlijk ook uitsluitend in de “darmen” van de levende lintworm-bezitter ? is het niet ?

“Virussen onstaan  in het zich copieerende  genoom zelf”    Maar  ; dit is slechts één van de hypotheses over het onstaan van virussen  …

(Prof Dr Anne-Mieke Vandamme  Katholieke Universiteit Leuven)
De twee meest waarschijnlijke voorstellen   zijn de volgende:
* Cellen waren eerst, en virussen zijn onstaan doordat genetisch materiaal uit cellen is ‘ontsnapt’, ingekapseld in proteïnen en membranen.
Virussen  kunnen niet overleven zonder de vermenigvuldigings mechanismen van nieuwe cellen te gebruiken.
* Een andere theorie is dat beiden samen zijn onstaan. Bacteriecellen, en meteen ook stukjes genetisch materiaal die als parasieten leefden op die eerste baceterie(achtige) cellen.
Er zijn heel wat argumenten en wetenschappelijke gegevens voor beide thesen , vandaar dat er nog steeds discussie rond is.
-Misschien zijn beiden wel tegelijk waar en zijn sommige virussen zo oud als het leven zelf , terwijl andere virussen later zijn onstaan uit cellen.

zie ook —>

http://evodisku.multiply.com/journal/item/442/Virushttp://sandwalk.blogspot.com/2009/05/nobel-laureate-harald-zur-hausen.html

http://www.carlzimmer.com/articles/2006.php?subaction=showfull&id=1177180979&archive=&start_from=&ucat=9&

(9) Borger stelt dat het genetische verschil tussen de verschillende soorten primaten niet door eiwitcoderende genen wordt bepaald, maar dat de grootste verschillen tussen mens en chimpansee bestaan in de genetische elementen die normaal gesproken ”junk-DNA” genoemd worden.

Boek van het nieuwste creationistische genie ?”     of  

De hoop in  de bange nadagen van het “geloof” 

(afomstig van een  URKSE    site ) 

Darwinisme afgedankt

Note “DARWINISME “

Het boek ”Terug naar de oorsprong, of hoe de nieuwe biologie het tijdperk van Darwin beëindigt” (De Oude Wereld, 2009) van dr. Peter Borger licht de genetische basis van de micro-evolutie toe.

In het eerste deel maakt Borger korte metten met natuurlijke selectie als drijvende kracht achter macro-evolutie. Selectie kan volgens de auteur alleen plaatshebben als er iets te kiezen valt: Een hert met genetische informatie voor de vorming van een gewei moet eerst bestaan om selectie op geweigrootte te kunnen ondergaan en niet omgekeerd. De natuur kan de dieren pas daarna selecteren op de grootte van een gewei.

Natuurlijke selectie kan niet voor nieuwe informatie zorgen, die moet er vooraf zijn. Hij concludeert dat het selectiemechanisme conserverend is: het houdt voordelige eigenschappen bij bestaande soorten in stand.

Inderdaad  ,evolutie is dan ook niet ALLEEN maar selectie  … Nieuwe info onstaat ( spontaan =out of the blue ? ) bij het kopieeren van de genetische info (mutaties ) en er onstaan zelf nieuwe  coderende genen  uit het  zogenaamde ( niet  voor eiwitten coderende)Junk  DNA  –>  New and  fully functional   genetic  information coding for new proteins   from scratch : 
http://pandasthumb.org/archives/2007/05/on-the-evolutio-1.html
http://pandasthumb.org/archives/2009/11/hunter-vs-hunt.html#more

Daarnaast ziet Borger overvloedig bewijs tegen Darwins evolutie, die in kleine stapjes zou verlopen.

Waarom zou een mens muzikaliteit hebben ontwikkeld? Het is immers een nutteloze eigenschap.(1)  Bovendien is een klein beetje muzikaliteit zinloos, waardoor positieve selectie is uitgesloten(1b).

De vele voorbeelden wijzen volgens de auteur op een intelligent ontwerp. Waarom hebben sommige zaden –zoals die van de Javaanse kalebas– bijzonder verfijnde aerodynamische vormen, zodanig dat mensen hun hoofd erover breken om ze te kunnen nabootsen bij vliegtuigen?

In het tweede deel van het boek ”Terug naar de oorsprong” beschrijft Borger hoe de genetische informatie zich na de zondvloed  ** op aarde heeft ontwikkeld. Zijn model noemt hij de ”Generale en universele theorie over biologische verandering” (GUToB): De oorsprong van het leven kan niet in wetenschappelijke termen worden beschreven, het heeft geen naturalistisch begin.(2)Leven is geschapen met zogenaamde pluripotente baranomen:(3) genetische informatiedragers waarin alle variatie die later optrad binnen de soorten, was opgeslagen

http://www.godvoordommen.nl/2009/11/24/live-presentatie-urker-scheppingsfolder/
Live presentatie Urker scheppingsfolder=


*Er was tijdens die presentatie  ook  een inleiding door Peter Borger op zijn boek
* PB is  een andere scheppingsmafketel die denkt dat hij op het punt staat een “nieuwe biologie volgens de schepping” te introduceren in de wetenschap, daarmee Darwin overbodig makend en te ontmaskeren als bedrieger.

Tijdens zijn halfuurtje ouwehoeren  wordt duidelijk dat  :
– Borger geeft toe overtuigd te zijn door het boek “Degeneratie” van Peter Scheele.
– Borger stelt dat er NIET ALLEEN sprake is van degeneratie (= wacht even, is dat geen evolutie?).

Blog Entry DEGENERATIE

– Vraag: Zijn alle genen van de oersoorten nog aanwezig?
Kunnen we nog de origineel geschapen soorten terugkruisen naar het oertype?
Borger lijkt het eerst te bevestigen(= het is een hypothetische  insteek   die moeilijk is te realiseren )  , maar plaatst daar wel een kanttekening bij  over de onomkeerbaarheid *van de  bekomen huidige varianten binnen  een gegeven (=geschapen ) baranoom , vanwege zijn versprongen en verspringende  regulatorgenen(Vige’s).

(Bart Klink ) Wat me ook nog opviel aan PB’s presentatie is het volgende.

PB geeft een plaatje weer uit Rokas&Carrol over de verwantschappen tussen gorilla, mens en chimpansee. In dit artikel worden drie vormen van genetische informatie vergeleken om de juiste verwantschap te bepalen tussen deze soorten. PB laat echter slechts twee vormen zien, en juist die twee waarvan je kunt verwachten (zie het artikel) dat ze ruis (t.g.v. van homoplasie) geven in het fylogenetische signaal. De ene vorm waarbij deze ruis juist zeer klein is (RGC’s in het artikel), laat PB niet zien!

Over dataselectie gesproken…..

Rokas A, Carroll SB., Bushes in the tree of life., PLoS Biol. 2006 Nov;4(11):e352.

*zie ook  =  J.  Gould : de praktische  onomkeerbaarheid van de evolutie : o.a. door contingentie

**De zondvloed is een niet houdbare these  http://www.freethinker.nl/index.php?option=com_content&task=view&id=49

Herhaling  van de boekpresentatie :

op 27november greep een” openbaar”  ( welgeteld 10 man aanwezig ) debat plaats tussen Dr  Peter Borger en  prof Dr Nico Van der Straalen 

Het ging daarbij over enkele van  Peter’s  standpunten  ( zoals ook beschreven in zijn pas gepresenteerd boek) 

Prof Dr N.van Straalen, had  zich eigenlijk alleen op het boek  gericht met zijn krachtige kritiek van “Misinterpretaties en desinformatie van een gelovig bioloog”. Van Straalen had het dus  voornamelijk over het boek  

Bart  Klink melde op  http://www.vkblog.nl/blog/5720/Peter%5C%27s_GUToB  # 308) :

Prof Dr Nico Van Straalen ging in  op de hoofdpunten van PB’s boek , wat in de meeste gevallen neerkwam op

dat PB’s kritiek of geen probleem is voor de moderne evolutiebiologie (die niet behoorlijk veranderd is sinds Darwins tijd(4) is

of een vertekend beeld geeft van evolutie (o.a. PB’s visie op selectie en randomness(5).

Van Straalen wees ook op de ontoetsbaarheid van PB’s verhaal (waar hebben we dat eerder gehoord….).

 PB vergeleek natuurlijk selectie met god-did-it, maar vergat daarbij helaas dat we selectie kunnen waarnemen overal om ons heen, terwijl de Almachtige sinds Bijbelse tijden niets meer van zich laat zien op empirisch gebied.

 PB wees tevens op een paar open vragen in de evolutiebiologie, wat Van Straalen erkende (en ook normaal is bij wetenschap in progress), maar terecht opmerkte dat dit geen bewijs is voor PB’s verhaal.

Ik heb helaas ook nog geen antwoord gekregen op mijn vragen over de ‘baranomen’ en ‘indicatorgenen’, maar PB verwees me naar zijn(pseudowetenschappelijk ) boek

Debat dr. Peter Borger en bioloog prof.dr. Nico van Straalen

Deel 1  http://www.youtube.com/watch?v=MZT6BiYrx-w

Deel 2 http://www.youtube.com/watch?v=ZeSHWuKle3s
Deel 3
http://www.youtube.com/watch?v=bvVgEZOtCAU

Deel 4
http://www.youtube.com/watch?v=DGYSC8yxVOo
Deel5
http://www.youtube.com/watch?v=QGUWCEh3uEw

Deel 6 http://www.youtube.com/watch?v=TP3y-_wIn4Q

Deel7
http://www.youtube.com/watch?v=FyppTAMdMYM
Deel8
http://www.youtube.com/watch?v=kSlkKZe-LkI

(1) 

Met muziek  kan je  alleen maar een mogelijke  sexuele partner in de paarstemming krijgen  ….Muziek is sex ( Miles  Davis) …Er bestaat trouwens ook  nog zoiets  als sexuele selectie  … 

Muziek is net als taal een communicatiemiddel en een hefboom om iets  gedaan te krijgen van anderen  ;taal is ook  compleet nutteloos ? 

(1b)    Wat is het nut van een half oog / een halve vleugel  ?

Blog Entry Slecht en half oog

http://www.newscientist.com/article/dn13683-evolution-myths-half-a-wing-is-no-use.html

(2)

Dat betekent  dat het onstaan van het leven  niet wetenschappelijk kan worden bestudeerd De schrijver die  dit beweerde ( = en integendeel een   niet-naturalistische godssdienstige verklaring aanhangt ) bedrijft dus ook nooit   wetenschap …..Dit soort beweringen( inclusief   de inhoud van het aangehangen (binnen te smokkelen) mythische  model )  is non-falsifeerbaar ….

(3)

= MPG(Multi Purpose Genome )  = baramins = KINDS = bijbelse geschapen soorten  = waarbinnen “micro-evolutie”(=aanpassende variatie volgens vooraf  geplande mogelijkheden (= frontloaded )  mogelijk is 

(4)

Nico maakte  goed duidelijk dat Darwin’s theorie een oude theorie is en dat de huidige evolutie biologie flink is vernieuwd. PB drijft dat  te ver door in zijn boek. De obsessie van PB  voor Darwin heeft iedereen ondertusen wel gezien .

(5)

(D  geeft in Commentaar #312 op datzelfde blog  , een nuttige en gedetailleerder  aanvulling op het verslag van Bart klink )  

Het punt van Peter is duidelijk, hij ziet non-random mutaties, ( in de zo)genoemde hotspots.

Nico gaf Peter hier  gelijk in = het was en is  een algemeen geaccepteerd en bekend fenomeen in de biologie dat bepaalde plekken in het DNA eerder geneigd zijn te muteren(om chemische redenen wellicht) dan andere plekken.
Maar Nico geeft hier in mijn ogen daarover  wél een heel sterk punt aan ….want Nico vraagt zich ook  af of deze plekken bewust naar een bepaalde mutatie toe werken.?

Dus als je een dier in een koude omgeving zet ; of er dan gerichte mutaties komen om beter tegen de kou te kunnen.

En dat is wat Peter wel beweerd, dus dat er een mechanisme is die stuurt naar een bepaalde richting toe die voordelig is voor het organisme.*  (*=  non randomness: mutaties zijn voorspelbaar volgens Borgerjuist niet random! (en wordt  natuurlijk onmiddelijk  gekoppeld door de meeste  van zijn volgelingen ,  aan de ID- mantra  Waar komt die nieuwe info vandaan?)

 Peter kan dit allemaal  niet hardmaken.

In de praktijk weten we ook wel beter.

Redundante genen
Het volgende punt ging meer bepaald  over redundante genen en hoe deze konden ontstaan.

Nico gaf ten eerste aan dat redundante genen geen probleem zijn voor de evolutietheorie. Als analoog gaf Nico aan dat er meerdere wegen zijn, dus eentje via Frankfurt en de andere via Lyon.

Maar Peter gaf ook aan dat dit het geval was maar wilde van Nico horen hoe de splitsing tot stand is gekomen.(m.a.w = hoe is dit  netwerk “geevolueerd  “*= een verdere variant/voorbeeld   van hetIComplexity argument  van Behe , natuurlijk )

In mijn ogen kon prof Dr Nico  ( en dat is  niet  de komplete evolutiebiologie  in het algemeen ) ,  hier(nog) geen  direct duidelijk antwoord op geven

Er viel me nog iets op over de redundante genen waar ze in mijn ogen fundamenteel in mening verschillen.

Peter stelt, als er redundante genen zijn, dan vind hier geen selectie op plaats dus is het onlogisch dat deze redundante genen in stand worden gehouden in het genoom. (Sterker nog =ze moeten ,door de voortdurende mutaties , steeds verder genetisch eroderen –>zie : Sanford )  

Maar Nico geeft aan  :  de selectie vind plaats op het algehele organisme en daarom  is het wél een voordeel als er redundante genen bestaan.

Peter Borger  geeft aan dat genduplicatie niet de motor is achter redundante genenwat nogal een probleem is.  
Peter haalt hierbij een onderzoek van Wagner(dit artikel? laral.istc.cnr.it/rcalabretta/… ?)
Hier wordt naar mijn weten niet echt op gereageerd door Nico.

Nog een interessant punt vond ik het argument van Nico over de medische toepassingen. Muizen worden gebruikt als proefdieren en volgens Nico komt dit omdat we genetisch erg veel overeenkomsten hebben die alleen te verklaren zijn door common descent. Peter is het hier niet mee eens en geeft aan
“Ik werk zelf ook met muizen in het laboratorium en loop vaak genoeg tegen problemen aan, dus zo rooskleurig als je stelt is het niet”.


Daarnaast geeft Peter op een later tijdstip wel toe dat elk medisch medicijn succesvol op muizen getest wordt voordat het op mensen uitgetest wordt, wat nogal tegenstrijdig is(met de overtuiging dat ze niet verwant zijn maar apart “geschapen ” –> common design ? )  in mijn ogen…maar goed.

De wetenschappelijke dwaalwegen van een creationistisch bioloogGeschreven door Bart Klink   
donderdag, 10 december 2009
In de biologische wereld is de moderne evolutietheorie universeel geaccepteerd. Het is de grote verbindende theorie in de biologie. Het valt dan ook niet mee om een bioloog te vinden die deze theorie ontkent, laat staan een die gelooft dat alle soorten een paar duizend jaar geleden, in zes dagen, door God geschapen zijn. Een creationistische bioloog, dat is eigenlijk een contradictio in terminis. Toch hebben we in Nederland lange tijd zo’n lopende tegenstrijdigheid gehad: Willem Ouweneel. Nu Ouweneel echter zijn creationisme schijnt te hebben opgegeven in ruil voor een minder letterlijke lezing van Genesis, heeft creationistisch Nederland een nieuwe voorman nodig. Dat lijkt Peter Borger te willen worden.Borger studeerde biologie in Groningen en promoveerde daar ook op medisch-biologisch onderzoek. Later bekeerde hij zich tot het evangelische christendom en werd tevens creationist. Sinds zijn promotie heeft hij zich beziggehouden met astmaonderzoek op moleculaire schaal, waardoor hij goed thuis is in de moleculaire biologie.Hierin verschilt hij van de meeste creationisten, die van moleculaire biologie doorgaans weinig weten. Het is dan ook niet verwonderlijk dat Borger zijn creationistische pijlen vooral richt op evolutie op moleculaire schaal. Volgens hem laat moleculairbiologisch onderzoek van de afgelopen jaren zien dat de evolutietheorie onhoudbaar is geworden. Dit betoogt hij niet alleen op zijn weblog, maar ook in zijn recent verschenen boek “Terug naar de oorsprong, of hoe de nieuwe biologie het tijdperk van Darwin beëindigt”.Het is uitgegeven door stichting ‘De Oude Wereld’, die opmerkelijk genoeg een jonge wereld verkondigt, conform een letterlijke lezing van Genesis. Borger heeft zijn opvattingen tot ‘GUToB’ gedoopt: generale en universele theorie over biologische verandering.Heeft deze creationistische bioloog werkelijk laten zien dat de evolutietheorie niet langer houdbaar is? Moet de moderne biologie overstappen op ‘GUToB’?Borger verkondigt dit vrijwel elke dag, vaak meerdere malen, op zijn blog. Aan pretenties ontbreekt het hem dus niet. Wat dat betreft had hij wat kunnen leren van Darwins bescheidenheid. Ik zal in dit artikel proberen te laten zien dat beide bovenstaande vragen negatief beantwoord moeten worden. Zijn boek is vooral een verwoede poging om Darwin af te kraken en impliciet een letterlijke lezing van de scheppingsmythe uit Genesis een wetenschappelijk cachet te geven.Ik zal niet op alle problemen met Borgers verhaal in kunnen gaan; daarvoor zou waarschijnlijk een heel boek nodig zijn. Daarom zal ik die problemen eruit pakken die mijns inziens het belangrijkst zijn. Ik zal eerst ingaan op enkele problemen die zijn gehele boek kenmerken, dan op een paar van zijn kritiekpunten op de evolutietheorie, en besluiten met waarom zijn ‘GUToB’ pseudowetenschap is.Omdat het boek over moleculaire biologie gaat, is enig technisch moleculairbiologisch taalgebruik niet te vermijden. Omdat een uitleg van elk begrip dit artikel veel te lang zou maken, heb ik ervoor gekozen om deze begrippen te voorzien van een hyperlink naar een internetpagina waarop dit begrip wordt uitgelegd.
Darwin is dood, zijn theorie in aangepaste vorm niet

Opvallend aan heel Borgers boek is dat hij zijn pijlen steeds richt op wat Darwin zelf heeft geschreven, 150 jaar geleden. Dit blijkt niet alleen uit zijn ondertitel, maar ook uit de vele passages uit Darwins werk die hij aanhaalt om vervolgens te bekritiseren. Blijkbaar heeft Borger niet door dat de moderne evolutiebiologie Darwin al een tijd ontgroeid is (Koonin 2009). In die zin is Darwins tijdperk inderdaad ten einde, maar dat weten evolutiebiologen ook. Darwin wist bijvoorbeeld niets over de moderne genetica, en dus ook niets over evolutie op moleculair niveau, terwijl juist dat het onderwerp is van Borgers boek. Het is dan ook hoogst merkwaardig dat Borger geen enkel modern handboek over evolutiebiologie aanhaalt (zoals (Barton et al. 2007; Futuyma 2009). Als hij dat had gedaan, had hij geweten dat de evolutiebiologen nu veel meer weten dan Darwin, en zijn opvattingen vaak hebben genuanceerd en aangepast. Ook in de toekomst zullen er ongetwijfeld nog verdere verfijningen en bijstellingen komen, dat is hoe wetenschap voortschrijdt. Darwins On the Origin of Species is net zo min representatief voor de huidige evolutiebiologische kennis als Newtons Principia dat is voor de huidige natuurkundige kennis.Dit blijkt vooral op het moleculaire niveau. Borger heeft het constant over natuurlijke selectie, terwijl hier juist genetic drift een grote rol speel. (Barton et al. 2007; Futuyma 2009). Deze willekeurige veranderingen in het DNA die selectief neutraal zijn (daarom spreekt met ook wel van de neutral theory of molecular evolution), waren Darwin natuurlijk onbekend, maar worden uitgebreid behandeld in de moderne handboeken. Daar rept Borger echter met geen woord over. Borger heeft het wel een aantal keer over ‘neutrale selectie’, wat in de evolutiebiologie niet bestaat en ook een onzinnige begrip is. Selectie is immers per definitie niet selectief neutraal; daarom wordt het ook onderscheiden van genetic drift (wat dus wel selectief neutraal is). Zo’n gebrek aan verwijzingen naar moderne handboeken evolutiebiologie is ontoelaatbaar voor iemand die meent zinnige kritiek te leveren op de moderne evolutiebiologie, zeker evolutie op moleculaire schaal.


Naturalistisch dogma? 

Borger heeft nogal wat problemen met het naturalistische karakter van de moderne wetenschap. Waarom worden alleen naturalistische verklaringen geaccepteerd in de wetenschappelijke wereld, en is er een taboe op het bovennatuurlijke, lijkt hij zich af te vragen (p. 27-28, 230)? Is er misschien sprake van een naturalistisch dogma?

Ik denk het niet. Het grote probleem met bovennatuurlijke verklaringen is dat ze problematisch zijn gezien de aard van wetenschappelijk onderzoek. Wetenschappers moeten beweringen namelijk empirisch kunnen toetsen, en dat is meestal onmogelijk met bovennatuurlijk claims (het vermeende bovennatuurlijke effect van gebed op genezing is bijvoorbeeld wél empirisch toetsbaar). Zelfs de meeste gelovige wetenschappers uit allerhande disciplines zien dit in, en blijven daarom zoeken naar naturalistische verklaringen. Niet omdat ze een naturalistisch wereldbeeld hebben (dat hebben ze uiteraard niet), maar omdat ze alleen daar wat mee kunnen als wetenschapper.

Dit cruciale wetenschapsfilosofische punt lijkt Borger niet te snappen. Een centraal element in Borgers verhaal is bijvoorbeeld common design: de overeenkomsten tussen organismen zijn het resultaat van onafhankelijke scheppingsdaden van een gemeenschappelijke Ontwerper, niet van gemeenschappelijke afstamming. Dit is echter onmogelijk empirisch te toetsen. Hoe kunnen we immers weten wat het gevolg is van gemeenschappelijk ontwerp en wat van naturalistische processen? Borger blijft het antwoord schuldig. Daarmee is zijn common design onwetenschappelijk.

Een ander probleem met bovennatuurlijke verklaringen is dat de wetenschapsgeschiedenis heeft geleerd dat ze keer op keer werden vervangen door naturalistische. Wetenschap ‘ontbovennatuurlijkt’. Blikseminslag wordt niet meer gezien als een act Gods, maar als het gevolge van fysische wetmatigheden. Hetzelfde geldt voor het ontstaan en verspreiden van ziektes. De naturalistische verklaring blijkt ook nog eens vruchtbaarder: bliksemafleiders en inenting werken beter dan gebed. Naturalisme is geen dogma in de wetenschap, het is het enige uitgangspunt dat blijkt te werken. Borger heeft overigens nog steeds een Popperiaanse visie van wetenschapsfilosofie (p. 22-25), wat hedendaagse wetenschapsfilosofen terecht als te naïef en onrealistisch hebben verworpen.


Een elementaire logische fout

Het is elementaire logica dat als twee verklaringen elkaar uitsluiten, er ten minste één fout is, maar dat niet automatisch de ander goed is. Dit zou namelijk alleen opgaan als deze twee verklaringen het logische domein der mogelijkheden zouden uitputten, maar dat is vrijwel nooit het geval in de (natuur)wetenschap. Het zou derhalve een evidente fout zijn om in de wetenschap te concluderen dat verklaring A juist is omdat B onjuist is. Toch is dit precies wat Borger, en creationisten in het algemeen, vaak doen: als de evolutietheorie onjuist is, moet het creationisme wel waar zijn. Stichting ‘De Oude Wereld’, die Borgers boek heeft uitgegeven, spreekt op haar website over “twee wetenschappelijke ontstaansmodellen”. Blijkbaar zijn er volgens hen geen andere mogelijkheden. Dit is een drogreden (vals dilemma) en wetenschappelijk naïef. Het zou immers goed kunnen zijn dat, als de evolutietheorie onjuist zou blijken te zijn, er een andere niet-creationistische verklaring bestaat die haar vervangt.

Kritiek op, of tekortkomingen van de evolutietheorie kunnen op zichzelf dus nooit het creationisme ondersteunen, ondanks dat creationisten dit vaak wel zo voorstellen. Borger zal dus met een onderbouwing van zijn eigen verhaal moeten komen die losstaat van de evolutietheorie. Hij zal de wetenschappelijke merites van zijn verhaal moeten verdedigen, niet alleen de evolutietheorie aanvallen. Dat is wat hij ook probeert in het tweede deel van zijn boek, maar daar faalt hij schromelijk in. Ik kom daar later op terug. Laten we eerst eens kijken of Borgers kritiek op de evolutietheorie werkelijk steekhoudend is.


Is common descent with modification weerlegbaar? 

Centraal in Darwins evolutietheorie staat common descent with modification: organismen ontstaan uit gemeenschappelijke voorouders, maar verschillen daar altijd een beetje van (de modification), waardoor ze ook unieke eigenschappen hebben. Hierdoor ontstaan er groepen binnen groepen binnen groepen, een geneste hiërarchie. Wanneer al het leven wordt beschouwd, wordt vaak de metafoorTree of Life (ToL) gebruikt. In algemene zin wordt zo’n boom die verwantschappen beschrijft een fylogenetische boom genoemd. Het concept van de ToL staat nog steeds in de moderne evolutiebiologie, zij het in een wat aangepaste vorm. Micro-organismen blijken bijvoorbeeld niet alleen informatie uit te wisselen van ouder op nageslacht (verticale genoverdracht), maar ook onderling (horizontale genoverdracht, HGT). Dit maakt het opstellen van een fylogenetische boom lastiger voor micro-organismen dan voor bijvoorbeeld dieren, waarbij vrijwel geen HGT plaatsvindt. Door de HGT bij micro-organismen is ook de ‘wortel’ van de ToL lastig te bepalen; daar is hoogstwaarschijnlijk sprake geweest van een netwerk in plaats van een stam met takken. Dit is allemaal terug te vinden in moderne handboeken evolutiebiologie.

Borger meent dat common descent with modification onweerlegbaar is, omdat alle overeenkomsten toegeschreven worden aan de gemeenschappelijke afstamming en alle unieke eigenschappen aan de modificatie (p. 26). Maakt dit het hele idee van gemeenschappelijke afstamming met modificatie niet inderdaad onweerlegbaar? Nee, omdat er alleen een bepaald patroon (geneste hiërarchie) verwacht mag worden, en niet elk willekeurig patroon. Bij dieren bijvoorbeeld komen eens goed gescheiden evolutionaire lijnen niet weer bij elkaar. Daarom kunnen denkbeeldige wezens als een sfinx (mens en leeuw) of een centaur (mens en paard) niet bestaan. Ook een paard met vleugels of een vogel met een placenta kunnen niet bestaan. Dit komt doordat vanuit gemeenschappelijke afstamming slechts in beperkte mate modificaties mogelijk zijn. Daardoor kan een paard nooit zomaar vleugels op zijn rug krijgen. Dát zou een weerlegging van common descent with modification betekenen.

Hoe zit het dan met convergente evolutie, die resulteert in homoplasieën? Denk bijvoorbeeld aan de hydrodynamische lichaamsvormen van walvissen en vissen. Walvissen zijn geen vissen, maar toch hebben ze een vorm die lijkt op die van vissen. Dit is geen weerlegging omdat vrijwel alle andere eigenschappen de walvissen binnen de groep van de zoogdieren plaatsen, en niet binnen die van de vissen. De oppervlakkige overeenkomst in lichaamsvorm is het gevolg van dezelfde aanpassingen aan het milieu, en die kunnen onafhankelijk van gemeenschappelijke afstamming optreden. Homoplasie door convergente evolutie komt ook voor op moleculaire schaal, naast overeenkomsten die toevallig ontstaan zijn doordat onafhankelijk van elkaar dezelfde mutatie op dezelfde plek is opgetreden. Hiermee is elke evolutiebioloog goed bekend en er zijn vrijwel altijd goede technieken om deze ruis in het fylogenetische signaal te omzeilen. Ook dit is te vinden in elk handboek evolutiebiologie (zie bijvoorbeeldhier).

Wat gemeenschappelijke afstamming ook zou weerleggen, is als afstammelingen in het fossielenbestand zouden verschijnen vóór hun vermeende voorouders. Er mogen dus geen fossielen van mensen gevonden worden voor die van de eerste primaten, en geen primaten voor de eerste zoogdieren. Helemaal problematisch zou een konijn in een Precambrische laag zijn, zoals de eminente evolutiebioloog J.B.S. Haldane ooit opperde als potentiële weerlegging. Dit soort fossielen op ‘verkeerde’ plaatsen worden dan ook niet aangetroffen, terwijl het gemakkelijk had gekund als alle organismen tegelijk geschapen zouden zijn, zoals Borger en andere creationisten geloven. Het fossielenbestand had gemeenschappelijke afstamming gemakkelijk kunnen weerleggen, maar het is er juist een prachtige bevestiging van, zoals paleontoloog Donald Prothero laat zien in zijn voortreffelijke boek (Prothero 2007). Daarnaast had het Borgers verhaal makkelijk kunnen bevestigen, maar is het er juist een weerlegging van.

Borger voert ook het vogelbekdier aan als probleem voor gemeenschappelijke afstamming (p. 26-27). Is de ‘eendenbek’ van dit zoogdier niet een weerlegging? Zoogdieren mogen toch geen snavels hebben?, suggereert Borger. Inderdaad, en dat hebben ze ook niet. Dat weet hij als bioloog vermoedelijk best, maar blijkbaar kan hij het niet laten om de goedgelovige lezer te suggereren dat dit wel zo is. De vorm van de bek van het vogelbekdier lijkt inderdaad een beetje op die van een vogel, maar is zowel qua bouw als weefsel totaal anders. Ook de rest van het lichaam is totaal anders dan dat van vogels. Een vogelbekdier heeft geen snavel, heeft niets met vogels te maken en is dus ook geen weerlegging.


De willekeurigheid van mutaties

In de evolutiebiologie wordt gezegd dat mutaties willekeurig of random zijn. Wat hiermee bedoeld wordt, is dat ze ongericht zijn: een bepaalde mutaties ontstaat niet omdat dat een bepaalde selectief voordeel oplevert. Elke evolutiebioloog begrijpt dit en het staat ook in elk handboek. Borger begrijpt het echter niet, ook al is hij hier vele malen op gewezen. Hij denkt dat evolutiebiologen bedoelen dat mutaties “volstrekt niet te voorspellen” zijn en niet beïnvloed worden door milieufactoren (p. 248-249). Zelfs in een handboek van meer dan 20 jaar oud staat al expliciet dat dit niet is wat er in de evolutiebiologie met ‘willekeurig’ bedoeld wordt (Futuyma 1986)!

Omdat mutaties niet willekeurig zijn in de zin dat elke plaats in het genoom even vaak muteert en elk type mutatie even waarschijnlijk is (zoals elke evolutiebioloog weet), meent Borger dat we hier te maken hebben met wat hij noemt ‘non-random mutaties’. Dit is misleidend omdat het uitgaat van een andere definitie van randomness dan in de (evolutie)biologie gebruikelijk is. Daarnaast bestaat voor het fenomeen dat Borger beschrijft al een goede term: mutation(al) bias (Yampolsky 2005). Natuurlijk is Borger vrij woorden te definiëren zoals hij wil – hij mag protonen ook negatief geladen deeltjes noemen en elektronen negatief – , maar het is overbodig en misleidend.


Niet-coderende, ultrageconserveerde genetische elementen

Borger maakt er nogal een punt van dat er identieke sequenties in de genomen van mensen en muizen zitten die niet voor eiwitten coderen. Je kunt ze zelfs weghalen zonder dat dit schijnbaar een effect heeft (p. 154-155) (Ahituv et al. 2007). Biologen spreken dan over de deletie van niet-coderende, ultrageconserveerde genetische elementen zonder fenotype. Dit zijn onderzoeksresultaten van de afgelopen paar jaar en werpen interessante vragen op. Normaliter betekent dit in de wetenschap een goede ingang voor nieuw onderzoek. Voor Borger betekent het echter dat een zeer goed bevestigde theorie volledig weggegooid kan worden.

Gelukkig gaan andere wetenschappers niet zo kort door de bocht: ze gaan verder onderzoek doen, zoals het wetenschappers betaamt. Daaruit blijkt dat het erg waarschijnlijk is dat de betreffende sequenties wel degelijk een fenotypisch effect hebben, maar dat dit effect zich niet manifesteert in korte tijd onder laboratoriumcondities (Barbaric et al. 2007; McLean and Bejerano 2008). Dit gaven de ontdekkers overigens ook al als mogelijke verklaring (Ahituv et al. 2007). Deze laboratoriumcondities zijn namelijk optimaal, en staan dus ver af van het normale leven in het wild, waar natuurlijke selectie volledig werkt. Zo werd bijvoorbeeld de temperatuur constant gehouden, waardoor een fenotype ten gevolge van de normale schommeling in temperatuur, die de muizen in het wild ervaren, nooit ontdekt zou worden. Borger trekt dus een grote conclusie uit zeer beperkte data. Een goede wetenschapper zou veel voorzichtiger zijn.


Duplicatie en redundantie

Omdat evolutiebiologen zich niet beroepen op een Schepper die op miraculeuze wijze complete genomen uit het niets tovert, moeten zij een mechanisme hebben waarmee de informatie-inhoud van genomen uitgebreid kan worden sinds het ontstaan daarvan, ongeveer 3,5 miljard jaar geleden. Genen ontstaan dus nooit ex nihilo, maar moeten altijd gevormd worden door aanpassingen van het reeds bestaande genoom. De geneticus Susumu Ohno stelde in zijn boek Evolution by gene duplication uit 1970 voor dat genduplicatie hierbij een belangrijke rol speelt. Wanneer een gen gedupliceerd wordt, zal het duplicaat in veel (maar niet alle) gevallen overbodig zijn en dus ongestraft kunnen muteren. Men zegt dan dat het duplicaat redundant is.

Als Ohno gelijk heeft, zou met de moderne genoomanalysetechnieken moeten blijken dat er zeer veel duplicaten in de genomen zitten. Dit blijkt inderdaad zo te zijn, vaak in de vorm van genfamilies (Zhang 2003; Britten 2006; Demuth and Hahn 2009). In zo’n genfamilie zitten meerdere genen die gedupliceerd zijn en vervolgens van elkaar zijn gaan afwijken (divergeren) door geaccumuleerde mutaties. Na lange tijd kan het duplicaat zo ver gedivergeerd zijn dat het nauwelijks of niet meer herkenbaar is als een duplicaat. Duplicaties kunnen op verschillende schalen voorkomen: van kleine stukjes DNA tot complete genomen (Li 2007).

Zo’n genoomduplicatie leidt in één keer tot heel veel nieuwe genetische informatie en biedt daardoor vele evolutionaire mogelijkheden. Het heeft bij gewervelde dieren vermoedelijk twee keer plaatsgevonden sinds de gewervelden met kaken zijn ontstaan. Daarom spreekt men van de 2R-hypothese, naar de twee rondes van duplicatie. Borger gaat hier kort op in (p. 88-90) en verwijst naar twee artikelen die kritisch zijn ten aanzien van deze hypothese (Martin 2001; Hughes and Friedman 2003). Nu de laatste jaren steeds meer genomen gesequenced zijn, en de methoden om genomen te vergelijken steeds beter zijn geworden, is steeds meer ondersteuning van de 2R-hypothese gekomen (Cotton and Page 2005; Dehal and Boore 2005; Putnam et al. 2008). Hier meldt Borger echter niets over, terwijl juist dit recente onderzoek de 2R-hypothese aannemelijker heeft gemaakt dan ooit (Kasahara 2007). Eerder negatief onderzoek citeren en later positief onderzoek weglaten is niet erg netjes. De evolutietheorie is overigens niet afhankelijk van de juistheid van de 2R-hypothese omdat dit niet de enige manier is om nieuwe genetische informatie te verkrijgen. Het is een hypothese binnen het moderne evolutieonderzoek die plausibel is gebleken.

Borger is op de hoogte van het evolutionaire potentieel van duplicaties, maar probeert het onderuit te halen door op drie vermeende problemen te wijzen. Als eerste komt hij met het feit dat er geen relatie bestaat tussen het aantal eitwitcoderende genen en de complexiteit van het organisme (p. 148). Dit is de afgelopen jaren duidelijk geworden door de vele genoomanalyses. Dergelijke analyses hebben echter ook duidelijk gemaakt dat juist veel van het fenotype bepaald wordt door de stukken DNA die niet voor eiwitten coderen. Het gaat dus niet alleen om de eiwitcoderende genen. Elke moderne evolutiebioloog weet dat. Dit doet overigens weinig af aan de rol van duplicatie, want ook het niet-eiwitcoderende DNA wordt gedupliceerd. Borgers eerste probleem is dus helemaal geen probleem voor de rol van duplicatie in evolutie. Het is tevens niet waar dat in bacteriën bijna geen gedupliceerde DNA-sequenties worden aangetroffen, zoals Borger beweert (p. 148-149); ook bacteriële genomen zitten er vol mee (Serres et al. 2009).

Het tweede probleem is volgens Borger dat redundantie niet geassocieerd is met genduplicatie. Hij schrijft bijvoorbeeld dat een organisme (zoals de bakkersgist) met een groot aantal redundante genen maar relatief weinig genduplicaten heeft. Hij lijkt echter twee verwante termen te verwarren: redundantie en robuustheid (p. 150). Robuustheid is een eigenschap van een systeem, namelijk dat het goed bestand is tegen perturbaties (verstoringen, bijvoorbeeld schadelijke mutaties in het genoom). Redundantie echter is een mechanisme om robuustheid te bereiken: ‘back-upgenen’ (de duplicaten) kunnen essentiële genen overnemen als die verstoord raken.

Er is evenwel nog een manier om robuustheid te bereiken, en dat is door de interactie van genen met ongerelateerde functie, hetgeen Borger ook erkent. Vergelijk het met het ergens uitdraaien van een schroef. In principe gebruik je hiervoor een schroevendraaier, maar als alternatief daarvoor kun je vaak ook een mes of zelfs een muntstuk gebruiken. Terwijl beide een geheel andere functie hebben, zijn ze bruikbaar als schroevendraaier. Dit is dus het andere mechanisme om robuustheid te bereiken.

De onderzoeker die Borger aanhaalt (Wagner 2000), legt het onderscheid tussen robuustheid en redundantie ook helder uit. Redundante genen ten gevolge van duplicatie leiden dus tot robuustheid, maar niet alle robuustheid is het gevolg van gedupliceerde redundante genen. Daarom is er ook geen directe relatie tussen robuustheid en duplicatie, er is immers een ander mechanisme om tot robuustheid te komen naast redundante duplicaten. Beide mechanismen blijken een rol te spelen bij het creëren van robuustheid, al is er discussie over de mate waarin (Gu et al. 2003; Conant and Wagner 2004; Hsiao and Vitkup 2008). Het is dan ook geen probleem voor evolutie en de rol van duplicatie daarin.

Borgers derde probleem is dat duplicaten niet sneller zouden muteren dan essentiële genen (p. 150). Natuurlijk muteren ze niet sneller, maar ze zullen wel in veel gevallen sneller mutaties accumuleren(en dus sneller evolueren). Waarschijnlijk bedoelt Borger dit ook. Dat dit niet in alle gevallen zo is, is ook niet lastig te begrijpen: het kan immers nuttig zijn om een duplicaat te hebben als meer eiwitten geproduceerd moeten worden of om een belangrijk gen te back-uppen. In dat geval is het duplicaat niet redundant, maar zal selectie het onderhouden. In veel gevallen echter zullen duplicaten wel redundant zijn en dus vrij om mutaties te accumuleren. Dit kan tot gevolg hebben dat er een nieuwe functie (neofunctionalisatie), een deelfunctie (subfunctionalisatie) of een defect gen ontstaat (nonfunctionalisatie of degeneratie). Een expert op dit gebied is Michael Lynch en hij publiceerde in 2000 al een onderzoek naar het evolutionaire lot van genduplicaten (Lynch and Conery 2000). Dit onderzoek is zo belangrijk gebleken dat het ondertussen meer dan 1200 keer aangehaald is in de literatuur, maar Borger rept er met geen woord over. Het laat zien dat Borger ongelijk heeft: de meeste duplicaten evolueren na de duplicatie snel. Dit is tevens bevestigd door later onderzoek (Conant and Wagner 2003; Zhang et al. 2003; Brunet et al. 2006).

Samenvattend is duplicatie een zeer belangrijk evolutionair mechanisme om genomen uit te breiden. Genduplicaten dragen bij aan de robuustheid van genetische systemen omdat ze vaak redundant zijn. Redundantie van duplicaten is echter niet het enige mechanisme dat voor robuustheid zorgt, waardoor er geen directe relatie is tussen redundante duplicaten en robuustheid. Duplicaten ondergaan veelal een versnelde evolutie na de duplicatie, waarna ze of ‘kapotmuteren’ of een nieuwe (deel)functie krijgen. Borger lijkt redundantie en robuustheid te verwarren en zijn argumenten tegen de rol van genduplicatie in evolutie zijn ongefundeerd.


De paradox van RNA-virussen

Een ander probleem voor evolutie is volgens Borger de ouderdom van RNA-virussen. Hij beroept zich hiervoor op een publicatie van Edward Holmes (Holmes 2003) en stelt dat RNA-virussen slechts 50.000 jaar geleden ontstaan zijn. Dit zou problematisch zijn omdat gastheren natuurlijk vele malen ouder zijn. Is dit inderdaad wat uit Holmes onderzoek blijkt? Nee, want Holmes heeft alleen gekeken naar hedendaagse RNA-virussen, en die lijken een gemeenschappelijke voorouder gehad te hebben die ongeveer 50.000 jaar geleden leefde. Een goede verklaring hiervoor, die Holmes zelf ook aandraagt, is dat de virusfamilies waartoe de huidige virussen behoren veel ouder zijn, maar dat de oudere familieleden al lang uitgestorven zijn. De gemeenschappelijke voorouder van de huidigevirussen is dan niet de gemeenschappelijke voorouder van alle virussen. Dit is vergelijkbaar met de mitochondriale Eva. Zij is wat het mitochondriale DNA betreft moeder van alle huidige vrouwen, maar was zeker niet de eerste vrouw (zie hier voor verdere uitleg).

Een andere goede verklaring die Holmes geeft is dat moleculaire klokken die gebruikt worden voor dateringen niet goed geschikt zijn voor virussen. Deze klokken gaan namelijk uit van een min of meer constante ‘tiksnelheid’, en er zijn goede redenen om te denken dat dat bij virussen niet het geval is. Daarnaast moeten dit soort klokken gekalibreerd worden met behulp van fossielen, en die zijn er niet van virussen. Er is ook nog een andere, technischere verklaring in het artikel te vinden. Borger bespreekt geen van deze plausibele verklaringen voor de RNA-viruspuzzel, maar suggereert simpelweg dat het een probleem is. Dit is een bijzonder bedenkelijke werkwijze voor een wetenschapper.


Het genetische verschil tussen mens en chimpansee

Vraag een persoon op straat hoeveel mens en chimpansee genetisch van elkaar verschillen en de kans is groot dat je als antwoord krijgt: “ongeveer 1%”. Dit percentage is gebaseerd op de eerste vergelijkingsonderzoeken en is destijds breed uitgemeten in de media. In het huidige tijdperk van genoomonderzoek weten we echter dat het wat genuanceerder ligt. Die 1% gaat namelijk alleen op als je de stukken DNA vergelijkt die mens en chimpansee beide hebben. Wanneer ook de stukken meegerekend worden die de één wel heeft, maar de ander niet (de inserties en deleties, indels), komt men uit op totaal ongeveer 4% verschil (Mikkelsen et al. 2005). Wanneer echter alleen gekeken wordt naar de aanwezigheid van genen tussen de soorten, blijken beide soorten de nodige unieke genen te hebben, een verschil van 6,4% (Demuth et al. 2006). Uit datzelfde onderzoek blijkt overigens dat het verschil tussen muis en rat aanzienlijk groter is. Hoeveel wij genetisch met chimpansees verschillen, is dus afhankelijk van waar je precies naar kijkt: de hele genomen verschillen ongeveer 4%, de aanwezigheid van genen 6,4% en de delen die we beide hebben ongeveer 1%.

Borger denkt daar echter anders over en wijdt er een heel hoofdstuk aan (hoofdstuk 10). Hij spreekt zelfs van “het grote apenverhaal” om zijn afkeer te laten blijken. Volgens Borger is het verschil namelijk 8,5% (p. 142), en in zijn presentaties en op zijn weblog heeft hij het over nog grotere verschillen. Die 8,5% baseert hij op de totale grootte van de geanalyseerde genomen. Hoe is dit te rijmen met de bovengenoemde 4%? Hebben al die onderzoekers in hun genoomanalyses iets gemist wat Borger wel ziet? Nee, want de vergelijking tussen de genoomgroottes die Borger maakt kun je helemaal niet maken. De groottes die Borger gebruikt voor zijn berekening zijn namelijk niet van het complete genoom, maar van het deel dat gesequenced is. Dit staat ook netjes in de artikelen, maar daar heeft Borger blijkbaar overheen gelezen. Bepaalde delen van het genoom zijn zeer lastig of niet te sequencen en zijn daarom niet meegenomen in de analyses. Derhalve mag Borger de vergelijking die hij maakt helemaal niet maken, en is zijn 8,5% op z’n zachts gezegd nattevingerwerk. De beste schatting van het verschil tussen de totale gesequencede genomen blijft daarom ongeveer 4%.

Wat echter belangrijker is, is dat het voor de verwantschappen niet zozeer gaat om de absolute verschillen, maar om de relatieve verschillen. Als de evolutietheorie waar is, mag je verwachten dat ook in de genomen de geneste hiërarchie te zien is. Dit is immers het gevolg van gemeenschappelijke afstamming met modificatie. Het is inderdaad wat we aantreffen: genomisch gezien verschilt de mens meer van de makaak dan van de chimpansee, en meer van een muis dan van een makaak.


Het GULO-gen

Het GULO-gen is een pseudogen dat wij delen met de andere mensapen. Doordat dit gen bij de mens defect is, kunnen wij zelf geen ascorbinezuur aanmaken. We moeten het daarom via onze voeding binnenkrijgen: het is voor ons een vitamine (vitamine C) geworden. Omdat dit pseudogen vele mutaties bevat die wij met de andere mensapen delen, is het een prachtig bewijs voor gemeenschappelijke afstamming, zoals ik hier en hier heb laten zien. Het is dan ook niet verwonderlijk dat Borger dit bewijs probeert te ontkrachten, zowel op internet als in zijn boek (p. 256-257).

Dit probeert hij door te beweren dat de mutaties die wij delen met de andere mensapen niet het gevolg zijn van gemeenschappelijke afstamming, maar ‘non-random’ zijn (sensu Borger). De gedeelde deletie op positie 97 is bijvoorbeeld onafhankelijk ontstaan in de mensapen (inclusief de mens), omdat het een zeer variabele positie is. Als deze positie al zo zeer variabel is als Borger beweert (en dat is op dit moment nog niet geheel duidelijk), beantwoordt dit niet de vraag waarom alle mensenapen exact dezelfde mutatie (namelijk een deletie) hebben. Wat echter nog problematischer is met Borgers verklaring, is dat er naast positie 97 nog 12 gedeelde mutaties in dit gen zijn onder de mensapen, en dat de mens en chimpansee daarbovenop nog eens 3 mutaties delen. Deze posities zijn, in tegenstelling tot positie 97, in ieder geval niet zeer variabel. Borgers alternatieve verklaring met ‘non-random mutaties’ gaat hier dus niet op. Het GULO-gen blijft daarmee een krachtig bewijs voor gemeenschappelijke afstamming.


De beste genetische code?

Vrijwel alle organismen gebruiken dezelfde genetische code voor hun erfelijk materiaal. Dit is een prachtig bewijs voor gemeenschappelijke afstamming, maar voor Borger is het juist een bewijs voorIntelligent Design. Volgens hem is dit namelijk de beste genetische code die mogelijk is. Zelfs al zouden wetenschappers doelbewust proberen een betere code te ontwerpen, zouden ze nog op de huidige code uitkomen (p. 227). Hiervoor beroept hij zich op een artikel dat bijna een decennium geleden verscheen (Freeland et al. 2000). Is dit niet overduidelijk bewijs voor Intelligent Design, vraag Borger zich af?

Als Borger het artikel waarnaar hij verwijst wat beter had gelezen, had hij geweten dat het wat genuanceerder ligt. De onderzoekers hebben namelijk gekeken naar een beperkt aantal codes, namelijk alleen die codes die biosynthetisch mogelijk zijn. Zonder dergelijke beperkingen is de huidige code helemaal niet optimaal. Dit is ook bevestigd door recenter onderzoek (Novozhilov et al. 2007). Een almachtige Designer is natuurlijk niet gebonden aan zulke restricties en had daarom gemakkelijk een betere code kunnen ontwerpen. Daarnaast laten Novozhilov et al. zien dat de huidige code evolutionair gemakkelijk te bereiken is vanuit een willekeurige code van hetzelfde type. Vanuit het perspectief van een almachtige Designer is de huidige code dus helemaal niet de beste. Borger trekt dus een onterechte conclusie.


Archaeopteryx
 en overgangsvormen

Ofschoon Borgers boek voornamelijk over moleculaire biologie gaat, komt hij ook even te spreken over fossielen. Hij vraag zich af waarom er uit de evolutie van vogels niet meer overgangsvormen zijn gevonden naast Archaeopteryx, een fossiel dat al in Darwins tijd werd gevonden (p. 164). Hieruit blijkt dat Borger totaal niet op de hoogte is van de relevante literatuur, want juist de afgelopen jaren zijn er vele van dergelijke fossielen beschreven, fossielen die vaak ook nog eens prachtig geconserveerd zijn (Zhou 2004). Deze zijn vrijwel allemaal beschrijven in grote wetenschapsbladen als Nature enScience, dus Borger had dit kunnen weten. Zelfs zeer recentelijk zijn er nog twee prachtige exemplaren beschreven (Zhang et al. 2008; Hu et al. 2009). Niet alleen de evolutie van vogels is goed gedocumenteerd in het fossielenverslag, ook uit de evolutie van andere dieren zijn vele overgangsvormen bekend. Een recente expositie hiervan is te vinden in het uitstekende boek van paleontoloog Donald Prothero (Prothero 2007). Overgangsvormen bestaan alleen niet in Borgers hoofd omdat hij simpelweg niet op de hoogte is van de literatuur.


Cambrische explosie “overnacht”?

Volgens Borger zijn alle door God geschapen ‘oersoorten’ er vanaf het begin geweest, conform het Bijbelboek Genesis. Volgens evolutiebiologen echter is het leven heel simpel begonnen en heeft zich daaruit steeds verder gediversificeerd, over een tijd van ongeveer 3,5 miljard jaar. Dit leidt tot twee verschillende voorspellingen over het fossielenbestand. Als we Borger volgen, zouden we in de oudste lagen al representanten van alle oersoorten moeten aantreffen. Als we daarentegen de evolutiebiologen volgen, zouden we in de oudste lagen alleen eencellig leven moeten aantreffen, en naarmate de lagen jonger worden steeds grotere vormen van complexiteit. Dit is ook wat we aantreffen (Prothero 2007), al is er een periode geweest waarin in relatief korte tijd veel variatie in bouwplannen (morfologie) is ontstaan, of lijkt te zijn ontstaan.

Paleontologen noemen deze periode de ‘Cambrische explosie’. Opmerkelijk genoeg lijkt Borger dit als bewijs voor zijn verhaal te zien: zo’n grote variatie in zo’n korte tijd, lijkt dat niet erg op schepping uit het niets? Hij denkt zelfs dat deze explosie “vrijwel overnacht” (p. 230, wat overigens ‘overnachts’ had moeten zijn) plaatsvond. Wat Borger blijkbaar niet heeft begrepen, is dat deze ‘explosie’ in een relatiefkorte tijd plaatsvond: het gaat nog steeds over vele miljoenen jaren. Op geologische schaal is dat kort, maar het geeft ruim voldoende tijd voor evolutie. Daarnaast meent Borger dat deze bouwplannen “volkomen nieuw” (p. 230) waren, terwijl van vele bouwplannen al oudere voorlopers bekend zijn (Gishlick 2003; Prothero 2007). Tevens laat moleculaire evidentie, gecombineerd met het nu bekende fossielenmateriaal, zien dat de ‘explosie’ minder explosief is geweest dan creationisten graag willen (Peterson et al. 2008). Borger is simpelweg wederom niet op de hoogte van de relevante literatuur.

Dat hij de Cambrische ‘explosie’ ziet als een probleem voor evolutie (p. 26), komt doordat hij blijkbaar denkt dat evolutie altijd even snel verloopt. Dat is een gigantische misvatting. Er zijn zowel goede theoretische als empirische redenen waarom het tempo van evolutie niet altijd hetzelfde is (Futuyma 2009). Dit wordt in elk handboek evolutiebiologie uitgelegd, maar daar is Borger blijkbaar ook nu weer niet van op de hoogte. Tot slot biedt de Cambrische explosie weinig ondersteuning voor zijn verhaal, omdat veel van de grote hedendaagse diergroepen toen nog niet bestonden. We vinden in Cambrische lagen bijvoorbeeld nergens fossielen van vogels of zoogdieren, en al helemaal geen mensen, terwijl deze er volgens Borger hadden moeten zijn. Als die wel gevonden zouden worden, zou dat uiterst problematisch zijn voor de evolutiebiologie.

De Cambrische ‘explosie’ is een interessant onderzoeksonderwerp waar de nodige wetenschappers wereldwijd mee bezig zijn. Er is nog steeds discussie over in hoeverre deze morfologische explosie reëel is of het effect is van de incompleetheid van het fossielenverslag (niet alle organismen fossiliseren immers even goed). Het is echter geen probleem voor de evolutiebiologie en al helemaal geen ondersteuning voor Borgers verhaal. Laten we nu dan eens kijken hoe sterk zijn ‘GUToB’ wetenschappelijk gezien is.


Variatie-inducerende genetische elementen 

‘Variatie-inducerend genetische element’ (‘VIGE’) is een door Borger bedachte term voor alle genetische elementen die voor variatie in genomen kunnen zorgen. Hij rekent er genetische elementen alsSINE’sLINE’sIS-elementen en endogene retrovirussen onder, elementen die in de reguliere literatuur ook wel niet-coderend DNA of ‘junk-DNA’ (een verwarrende term) worden genoemd. Volgens Borger bestaat het ‘junk-DNA’ voornamelijk uit zijn ‘VIGE’s’ (p. 159). De oergenomen die God in den beginne schiep, waren afgeladen met deze ‘VIGE’s’, opdat het leven zich snel kon aanpassen en verspreiden over de aarde. Dit is volgens Borger dus het doel van deze elementen. Met VIGE’s zou het zelfs mogelijk zijn dat het genoom anticipeert op een veranderende omgeving (p. 172).

Niemand zal ontkennen dat sommige van de genetische elementen die Borger tot zijn VIGE’s rekent fenotypische effecten hebben. Hiervan zijn genoeg voorbeelden in de literatuur bekend. Dit is tevens goed bekend bij evolutiebiologen en past prima in de moderne evolutietheorie (Oliver and Greene 2009). De vraag is echter hoe we wetenschappelijk kunnen toetsen dat het doel van deze elementen het induceren van genetische informatie is, in plaats van dat ze dat effect kunnen hebben. Borger geeft hier geen antwoord op. Dat gaat er waarschijnlijk ook nooit komen, omdat dat doel onwaarschijnlijk is. Het verklaart bijvoorbeeld niet waarom de ui (Allium cepa) ongeveer drie keer meer van deze elementen heeft dan de lezer van dit stuk. Zelfs uiensoorten van hetzelfde geslacht (Allium) variëren in genoomgrootte van 7 tot 31,5 picogram. Zulke grote genomische variatie onder zeer nauw verwante soorten is onwaarschijnlijk als al dit DNA een specifiek doel heeft, zoals het induceren van variatie. Voor een anticiperend genoom is al helemaal geen evidentie.

Dat sommige van de genetische elementen die Borger tot zijn ‘VIGE’s’ rekent fenotypische effecten hebben, is dus geen probleem voor evolutiebiologen. Dat ze een variatie-inducerend doel hebben daarentegen is tot dusverre ontoetsbaar en tevens onwaarschijnlijk. ‘VIGE’s’, in de rol die Borger eraan toekent, hebben daardoor ook geen meerwaarde voor de biologie.


De cirkel van ‘baranomen’ en ‘indicatorgenen’

Centraal in Borgers ‘GUToB’ staan de ‘baranomen’: de genomen zoals die oorspronkelijk door God zijn geschapen, afgeladen met genetische elementen die variatie kunnen induceren (de ‘VIGE’s’). Het is een door hem bedachte term, ontleend aan het Hebreeuwse werkwoord bara, dat ‘scheppen’ (of ‘scheiden’) betekent, en ‘genoom’. De grote vraag is natuurlijk: hoe kunnen we een ‘baranoom’ herkennen? Wat onderscheidt het ene ‘baranoom’ van het andere? Borgers antwoord is dat we dat kunnen doen met behulp van ‘indicatorgenen’: “essentiële genen met een zeer specifiek kenmerk, waarmee ze het baranoom definiëren” (p. 234, wederom een door hem bedachte term). Het is niet lastig in te zien dat deze definitie circulair is: een ‘baranoom’ herken je aan een ‘indicatorgen’, en een ‘indicatorgen’ aan dat het specifiek is voor een ‘baranoom’.

Volgens Borger zijn indicatorgenen uniek voor bijvoorbeeld de mens, maar ook daarmee schieten we niet op als we ‘baranomen’ willen afbakenen. Er zijn namelijk voor elke clade in een fylogenetische boom unieke kenmerken aan te wijzen, zelfs als ik die zou opstellen voor mijn naaste bloedverwanten. Ik draag genen in mij die uniek zijn voor mij als persoon, voor mijn familie, voor mijn soort (Homo sapiens), voor mijn orde (primaten), voor mijn klasse (zoogdieren), enzovoort. Dit is juist wat je mag verwachten op grond van de geneste hiërarchie, die het gevolg is van gemeenschappelijke afstamming met modificatie. Het is echter volstrekt arbitrair wat als ‘indicatorgen’ gebruikt wordt om een ‘baranoom’ af te bakenen.

Als voorbeeld van een ‘indicatorgen’ draagt Borger het FOXP2-gen aan, een gen dat geassocieerd wordt met taal. De menselijke sequentie van dit gen is uniek voor zijn soort. Toch treffen we dit gen ook aan in andere zoogdieren; op aminozuurniveau verschilt onze variant van dit gen slechts twee aminozuren met die van de chimpansee, en drie met die van de muis. Waarom legt Borger hier de grens bij een verschil van slechts twee aminozuren? Waarom niet bij drie, zodat alle mensapen tot hetzelfde ‘baranoom’ gerekend moeten worden, met uitsluiting van (onder andere) de muis? De enige reden is een religieuze: volgens zijn Bijbelse opvattingen is de mens afzonderlijk van de andere mensapen geschapen, waardoor daar de grens wel moet liggen. Er is geen enkele biologische reden om te denken dat er op harde grenzen tussen groepen organismen bestaan die evolutionair niet te overbruggen zijn. Samenvattend hebben ‘indicatorgenen’ en ‘baranomen’ geen biologische realiteit. Ze zijn circulair gedefinieerd en niet objectief vast te stellen.


De toetsing van ‘GUToB’

Een goede wetenschappelijke hypothese of theorie moet getoetst kunnen worden: wetenschappers moeten kunnen bepalen of ze waar is of niet. Borger zal dit dus ook moeten doen, wil zijn idee door wetenschappers au sérieux genomen worden. Dit probeert hij aan het einde van zijn boek (p. 273): “GUToB wordt verworpen na de observatie van het naturalistisch ontstaan van nieuwe unieke functionele genetische informatie. Genetische informatie die niet gerelateerd is aan al bestaande genetische elementen.”

Het grote probleem hiermee is echter dat volgens de evolutietheorie genetische informatie altijd gerelateerd is aan al bestaande genetische elementen (het ontstaan van de genetische code uitgezonderd). Nieuwe genetische informatie ontstaat door het kopiëren (dupliceren) en aanpassen van wat er al is, zoals hierboven reeds werd uitgelegd. Nieuwe informatie ex nihilo zou juist op een wonder duiden! Dit leidt tot de uiterst vreemde situatie dat Borgers ‘GUToB’ alleen weerlegd kan worden als de evolutietheorie onjuist is. Wetenschapsfilosofisch gezien is deze toetsingsmogelijkheid daarom onzinnig.


Besluit

Darwin is al een tijd dood, maar zijn theorie is in aangepaste vorm springlevend, ook op moleculaire schaal. Borger baseert zich op verouderde evolutiebiologische opvattingen en heeft weinig kaas gegeten van de moderne evolutiebiologie. Hierdoor zijn zijn vermeende problemen voor de evolutiebiologie gebaseerd op onwetendheid of onbegrip. Natuurlijk zijn er open vragen en problemen in de evolutiebiologie, maar die zijn er in elke wetenschappelijke discipline. Dat is wat wetenschappers bezighoudt en voortdrijft.

Zijn voorgestelde alternatief, ‘GUToB’, is op die vragen en problemen geen wetenschappelijk antwoord. Het is louter een poging om een letterlijke lezing de Bijbelse scheppingsmythe te verwoorden in een moleculairbiologisch jargon, al geeft hij dit nergens expliciet toe. Borgers idee is grotendeels ontoetsbaar of circulair, en daarmee geen wetenschap. De ideologie van het creationisme heeft de bioloog Borger helaas van het wetenschappelijke pad doen afdwalen.

Mijn dank gaat uit naar dr. Gerdien de Jong en prof. dr. Nico van Straalen voor hun nuttige commentaar op een eerdere versie van dit artikel.


Referenties

Ahituv, N., Y. Zhu, et al. (2007). “Deletion of ultraconserved elements yields viable mice.” PLoS Biol 5(9): e234.

Barbaric, I., G. Miller, et al. (2007). “Appearances can be deceiving: phenotypes of knockout mice.” Brief Funct Genomic Proteomic 6(2): 91-103.

Barton, N. H., D. E. G. Briggs, et al. (2007). Evolution, Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Britten, R. J. (2006). “Almost all human genes resulted from ancient duplication.” Proc Natl Acad Sci U S A 103(50): 19027-32.

Brunet, F. G., H. R. Crollius, et al. (2006). “Gene loss and evolutionary rates following whole-genome duplication in teleost fishes.” Mol Biol Evol 23(9): 1808-16.

Conant, G. C. and A. Wagner (2003). “Asymmetric sequence divergence of duplicate genes.” Genome Res 13(9): 2052-8.

Conant, G. C. and A. Wagner (2004). “Duplicate genes and robustness to transient gene knock-downs in Caenorhabditis elegans.” Proc Biol Sci 271(1534): 89-96.

Cotton, J. A. and R. D. Page (2005). “Rates and patterns of gene duplication and loss in the human genome.” Proc Biol Sci 272(1560): 277-83.

Dehal, P. and J. L. Boore (2005). “Two rounds of whole genome duplication in the ancestral vertebrate.” PLoS Biol 3(10): e314.

Demuth, J. P., T. De Bie, et al. (2006). “The evolution of mammalian gene families.” PLoS One 1: e85.

Demuth, J. P. and M. W. Hahn (2009). “The life and death of gene families.” Bioessays 31(1): 29-39.

Freeland, S. J., R. D. Knight, et al. (2000). “Early fixation of an optimal genetic code.” Mol Biol Evol 17(4): 511-8.

Futuyma, D. J. (1986). Evolutionary Biology, Sinauer Associates, Inc.

Futuyma, D. J. (2009). Evolution, Sinauer Associates, Inc.

Gishlick, A. D. (2003). Icons of Evolution? Why Much of What Jonathan Wells Writes about Evolution is Wrong, National Center for Science Education.

Gu, Z., L. M. Steinmetz, et al. (2003). “Role of duplicate genes in genetic robustness against null mutations.” Nature 421(6918): 63-6.

Holmes, E. C. (2003). “Molecular clocks and the puzzle of RNA virus origins.” J Virol 77(7): 3893-7.

Hsiao, T. L. and D. Vitkup (2008). “Role of duplicate genes in robustness against deleterious human mutations.” PLoS Genet 4(3): e1000014.

Hu, D., L. Hou, et al. (2009). “A pre-Archaeopteryx troodontid theropod from China with long feathers on the metatarsus.” Nature 461(7264): 640-3.

Hughes, A. L. and R. Friedman (2003). “2R or not 2R: testing hypotheses of genome duplication in early vertebrates.” J Struct Funct Genomics 3(1-4): 85-93.

Kasahara, M. (2007). “The 2R hypothesis: an update.” Curr Opin Immunol 19(5): 547-52.

Koonin, E. V. (2009). “Darwinian evolution in the light of genomics.” Nucleic Acids Res 37(4): 1011-34.

Li, W.-H. (2007). Gene duplication: evolution. Encyclopedia of Life Sciences, John Wiley & Sons, Inc.

Lynch, M. and J. S. Conery (2000). “The evolutionary fate and consequences of duplicate genes.” Science 290(5494): 1151-5.

Martin, A. (2001). “Is tetralogy true? Lack of support for the “one-to-four rule”.” Mol Biol Evol 18(1): 89-93.

McLean, C. and G. Bejerano (2008). “Dispensability of mammalian DNA.” Genome Res 18(11): 1743-51.

Mikkelsen, T. S., L. W. Hillier, et al. (2005). “Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome.” Nature 437(7055): 69-87.

Novozhilov, A. S., Y. I. Wolf, et al. (2007). “Evolution of the genetic code: partial optimization of a random code for robustness to translation error in a rugged fitness landscape.” Biol Direct 2: 24.

Oliver, K. R. and W. K. Greene (2009). “Transposable elements: powerful facilitators of evolution.” Bioessays 31(7): 703-14.

Peterson, K. J., J. A. Cotton, et al. (2008). “The Ediacaran emergence of bilaterians: congruence between the genetic and the geological fossil records.” Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci 363(1496): 1435-43.

Prothero, D. R. (2007). Evolution: What the Fossils Say and Why It Matters, Columbia University Press.

Putnam, N. H., T. Butts, et al. (2008). “The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype.” Nature 453(7198): 1064-71.

Serres, M. H., A. R. Kerr, et al. (2009). “Evolution by leaps: gene duplication in bacteria.” Biol Direct 4: 46.

Wagner, A. (2000). “Robustness against mutations in genetic networks of yeast.” Nat Genet 24(4): 355-61.

Yampolsky, L. Y. (2005). Mutational biases. Encyclopedia of life sciences, John Wiley & Sons, Inc.

Zhang, F., Z. Zhou, et al. (2008). “A bizarre Jurassic maniraptoran from China with elongate ribbon-like feathers.” Nature 455(7216): 1105-8.

Zhang, J. (2003). “Evolution by gene duplication: an update.” TRENDS in Ecology and Evolution 18(6): 292-298.

Zhang, P., Z. Gu, et al. (2003). “Different evolutionary patterns between young duplicate genes in the human genome.” Genome Biol 4(9): R56.

Zhou, Z. (2004). “The origin and early evolution of birds: discoveries, disputes, and perspectives from fossil evidence.” Naturwissenschaften 91(10): 455-71.

Recensie Terug naar de Oorsprong

door renefransen op feb.05, 2010,

borgerboekHet heeft even geduurd – een combinatie van drukte en wat misverstanden met het ND over de vraag of ze ‘m daar fulltext op de site zouden publiceren – maar hier is de recensie, voor wie ‘m nog niet gelezen heeft.

Er onder volgt de kritiek van Peter Borger, zoals hij die naar mij heeft gestuurd in een eerste reactie. Een groot deel van de discussie heeft al plaatsgevonden onder de vorige post, ik heb geen idee hoe ik dat hieronder kon krijgen, dus als het niet kan zoals het moet, moet het maar zoals het kan.

Ik wil wel ingaan op de kritiek van Peter, maar – wederom – daartoe ontbreekt mij de tijd op dit moment. Ik hoop dit wel binnenkort te kunnen doen.

Het schijnbare gelijk van Peter Borger

Terug naar de oorsprong. Of hoe de nieuwe biologie het tijdperk van Darwin beëindigt
Peter Borger. Uitg. De Oude Wereld/Johannes Multimedia, Amerongen 2009. 326 blz. € 19,95

door rené fransen

Als een boek begint met twee kolossale en vermijdbare fouten, maakt dat wantrouwend. Peter Borger begint Terug naar de oorsprong, waarin hij zegt de evolutietheorie te weerleggen, al met een fout in de eerste zin: ,,Mensen hebben altijd geloofd dat levende organismen hun oorsprong vinden in een daad van goddelijke schepping. Tot 1859.’’ Want toen verscheen Darwins On the Origin of Species en, schrijft Borger even verder: ,,Al op de eerste dag werden alle 500 exemplaren verkocht!’’.
Dat laatste is een domme slordigheid, want de eerste druk telde ongeveer 1250 exemplaren, die inderdaad nog dezelfde dag waren verkocht. Het eerste is een bizarre uitspraak. Ook voor 1859 waren er atheïsten en er werd door velen nagedacht over een vorm van ‘evolutie’. Charles Darwins grootvader Erasmus Darwin had er al over geschreven. Helaas blijkt deze valse start kenmerkend voor de manier waarop Borger omgaat met feiten en ideeën.
Zo citeert Borger op bladzijde 35 de evolutiebioloog Stephan J. Gould, die een bezwaar van Jackson Mivart, een tijdgenoot van Darwin, tegen de evolutietheorie aanhaalt. Mivart stelde in 1871 dat natuurlijke selectie niet kon verklaren hoe nieuwe kenmerken ontstaan. Een vleugel werkt pas als deze volledig is, dus: ,,hoe kan natuurlijke selectie de beginstadia van structuren verklaren, die pas van nut zijn als ze volledig zijn ontwikkeld?’’. Daarmee eindigt Borger zijn citaat. De argeloze lezer zal het bezwaar wellicht overtuigend vinden en Gould, een autoriteit, lijkt dit bezwaar te delen. Lezing van het essay waaruit Borger citeert, laat zien dat hij onvolledig citeert. Gould schrijft namelijk ook:
,,Ik bespreek dit oude onderwerp om twee redenen. Ten eerste, ik geloof dat Darwinisme nu, en al heel lang, een voldoende en interessant antwoord heeft op de uitdaging van Mivart (…). Ten tweede, een artikel dat recent is gepubliceerd in het wetenschappelijke tijdschrift Evolution heeft overtuigend experimenteel bewijs geleverd voor deze oplossing, toegepast op de meest beroemde casus – het ontstaan van vleugels.’’
Dit vervolg zet het citaat van Borger in een heel ander licht. Volgens Gould is de kritiek van Mivart al lang verworpen. Maar dat vertelt Borger niet.

Hoofdbezwaar

Borger begint zijn boek met het betoog dat nieuwe informatie over het erfelijk materiaal van soorten (het DNA) de evolutietheorie ontkracht. Een hoofdbezwaar van Borger is, dat natuurlijke selectie op tal van genen geen vat heeft. Ter ondersteuning citeert hij vele wetenschappelijke studies die zijn gelijk zouden aantonen. Maar wie de moeite neemt deze studies op te zoeken, merkt telkens dat de betrokken onderzoekers nergens concluderen dat hun resultaten in strijd zijn met de evolutietheorie.
Vervolgens presenteert Borger in zijn boek een eigen theorie, de ‘Generale & Universele Theorie over Biologische Variatie’, afgekort GUToB. Volgens deze theorie is het leven geschapen in een aantal oervormen, die elk een oergenoom bevatten (een genoom is het totaal aan genetische informatie dat een organisme heeft). Dat oergenoom leek op een Zwitsers zakmes: het bevat allerlei hulpstukken voor onvoorziene omstandigheden. Bovendien zaten er mechanismen in waarmee die hulpstukken geactiveerd konden worden.
Zo kunnen soorten zich aanpassen aan veranderende omstandigheden en kan er vanuit één oersoort een hele serie verwante ondersoorten voortkomen. Niet via geleidelijke verandering, zoals Darwin dacht, maar doordat een nieuw genetisch programma geactiveerd wordt, met een druk op de juiste knop. Een gevolg hiervan is wel, dat het oergenoom langzaam uiteenvalt. Alleen die onderdelen die nodig zijn, blijven bestaan; de rest verdwijnt. Kortom: elke aanpassing is in feite een afname van genetische informatie. Geen evolutie dus, maar degeneratie van een ‘intelligent ontworpen’ genoom.
De ‘knop’ die nieuwe onderdelen van het Zwitserse zakmes activeert, vindt Borger in wat hij het variatie-inducerend genetisch elementen of VIGE’s noemt. VIGE is een verzamelnaam voor een verschillende genetische elementen. Het zijn stukken DNA waarvan in het algemeen geen functie bekend is. Sommige bestaan uit zichzelf herhalende stukjes DNA, andere worden door biologen gezien als virussen die zich in het DNA hebben verstopt. Borger veegt al deze verschillende elementen bijeen onder een nieuwe naam en stelt dat ze door de Schepper in het DNA zijn gestopt om variatie te veroorzaken.
Daarbij negeert hij problemen die zijn eigen GUToB-theorie veroorzaakt. Hoe bleef al die overtollige informatie intact totdat ze gebruikt kon worden? En waar is het bewijs dat genomen nog steeds ‘verborgen’ programma’s bevatten, waardoor nieuwe soorten zouden kunnen ontstaan?
Een andere vraag is, hoe Borger, een evangelisch christen, denkt over de theologische aspecten van zijn theorie. Met geen woord rept hij over de tijdsduur van de biologische ontwikkeling, zoals hij die zich voorstelt. Miljarden jaren, miljoenen, of misschien zesduizend?

Toevallig

Door kwistig te strooien met technische termen en wetenschappelijke publicaties walst Borger over de argeloze lezer heen. Toevallige mutaties bestaan niet, zegt hij bijvoorbeeld, want er zijn aanwijzingen dat sommige stukken DNA mutaties ‘aantrekken’. Dat klopt, maar biologen bedoelen met ‘toevallige mutaties’ niet dat mutaties op een toevallige plek in het DNA plaatsvinden, maar dat die mutaties nietdoelgericht zijn.
Zo geeft hij telkens een eigen invulling aan termen die algemeen gebruikt worden, waardoor de reguliere wetenschap hem gelijk lijkt te geven. Maar wie de moeite neemt om Borgers referenties na te trekken, moet steeds weer constateren dat de auteurs van de wetenschappelijke artikelen op geen enkele manier de theorieën van Borger bevestigen. Wie niet goed ingevoerd is in de moleculaire biologie, ziet de verdraaiingen en ongerijmdheden in het betoog vermoedelijk over het hoofd.
Als hij de evolutietheorie aanvalt, gebruikt hij foutieve of verouderde concepten uit de evolutietheorie of citeert hij eenzijdig. Als hij zijn eigen theorie probeert te verdedigen, blijft hij vaag over de bewijzen. Wel geeft hij een manier om zijn GUToB-theorie te testen: die wordt verworpen na ,,de observatie van het naturalistisch ontstaan van nieuwe unieke functionele genetische informatie. Genetische informatie die niet gerelateerd is aan al bestaande genetische elementen’’. Deze uitsmijter is dwaas, want de evolutietheorie stelt juist, dat nieuwe informatie ontstaat uit bestaande informatie, via toevallige veranderingen en natuurlijke selectie. Door bijvoorbeeld verdubbeling van genen gevolgd door veranderingen in een van beide, of door samenvoeging van twee genen tot een nieuwe gen (recombinatie) kan nieuwe informatie ontstaan. Maar die is altijd gerelateerd aan bestaande genetische informatie.

Ongetwijfeld is er een publiek voor dit boek. Wie principiële bezwaren heeft tegen het idee van evolutie, vindt hierin een wetenschappelijk uitziende weerlegging van Darwins theorie. Helaas blijkt de keizer geen kleren te dragen, zoals zo vaak bij boeken die het wetenschappelijk creationisme verkondigen.

http://korthof.blogspot.be/2013/02/joris-van-rossum-promoveert-aan-de-vu.html#comment-form

  1. In mijn boek beschreef ik een leuk voorbeeldje van een zowel sexueel-als-asexueel-voorplantertje: Dyctiostelium.

    Voor Dyctie geldt “Waarom sexueel voortplanten als het ook asexueel kan”? Dyctiostelium heeft voor sex namelijk wel meer dan 2000 extra genen voor nodig! Wist u dat, geachte Darwinstische gradualistische opponenten? En waar haal je 2000 extra genen…??? Stap voor stap door random puntmutaties?

    Een organisme, zelfs een eencellige als Dyctiostelium, is GEEN blob protoplasma. Het is een informatieverwerkend systeem. Een zichzelf reproducerende microprocessor. Dat wist Darwin niet, maar de moderne mens dient het te weten. Zeker als ze zich bezighouden met het debat. 

    1. “En waar haal je 2000 extra genen vandaan? “

      Bloomfield et al, 2010. Sex Determination in the Social Amoeba Dictyostelium discoideum. Science 330: 1533-1536.
      Bloomfield, 2011. Genetics of sex determination in the social amoebae. DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION 53: 608-616

      3 mating types, 4 genen

      Abstract

      The genetics of sex determination remain mysterious in many organisms, including some that are otherwise well studied. Here we report the discovery and analysis of the mating-type locus of the model organism Dictyostelium discoideum. Three forms of a single genetic locus specify this species’ three mating types: two versions of the locus are entirely different in sequence, and the third resembles a composite of the other two. Single, unrelated genes are sufficient to determine two of the mating types, whereas homologs of both these genes are required in the composite type. The key genes encode polypeptides that possess no recognizable similarity to established protein families. Sex determination in the social amoebae thus appears to use regulators that are unrelated to any others currently known.

      http://www.sciencemag.org/content/330/6010/1533.figures-only

      http://www.devbio.biology.gatech.edu/?page_id=34

      http://www.biomedcentral.com/1471-2148/11/84

      http://foreverasmileface.blogspot.be/2010/12/single-genetic-region-specifies-three.html#!/2010/12/single-genetic-region-specifies-three.html

      Sex determination is one of the most mysterious phenomena during the generation of life. The mechanism of sex determination is still unclear in most organisms. Recently, a report in Science magazine [1] by Bloomfield et al. had discovered how a single genetic region specifies three sex classes in an amoeba, Dictyostelium discoideum.Although most of the organisms are either nonsexual, such as bacteria, or bisexual like human beings, Dictyostelium discoideum has three sexes: type I, II, and III. Each of the three sexes can pair with the other two, but not itself, to form I/II, I/III, or II/III type zygotes. By using a technology called comparative genomic hybridization, Bloomfield et al. had searched for sequences that determine these three sexes. They identified a single genetic locus that specifies sex type of Dictyostelium discoideum.This genetic locus in type I sex encodes a single gene called matA. Deletion of matA gene disrupts the ability of type I sex to mate with type II and III. The same genetic locus in type II sex encodes three genes, matC, matB, and matD. And the locus in type III sex encodes two genes, matS and matT.

      Interestingly, in type II sex, the matB gene is very similar to matA gene of type I, while matC and matD genes are homologous to matS and matT genes, respectively, of type III. Introducing the DNA sequence encoding the genetic region of type II sex to the type I sex matA deletion strain partially restores the sex behavior of the deletion strain. Moreover, the authors discovered that overexpression of the gene matC of type II or the gene matS of type III is sufficient to switch the sex behavior of type I strain to type II/III-like.

      Thus, the authors concluded that type I and III sexes may have evolved independently while type II sex is a composite of the other two. How these mat genes specify sex type of this amoeba is still unknown. However, since these mat genes have no homologous genes in other organisms, the mechanism of sex determination in Dictyostelium discoideum is unlikely conserved.

       

      zie ook   onder het deeltje gewijd aan slime molds /Slijmzwammen 

Peter borger  heeft tot eind mei een VK- blog gevuld dat sinds 2007 zijn ideeen  trachte uiteen te zetten …
Het finale  eind-oordeel /mening     is  goed  ____en zonder  onduidelijke eufimismen te gebruiken ____  verwoord door  Peter Mudde  … Ik kan me er volledig in vinden  ….

 ” 

Conclusies trekken zonder bijpassende waarnemingen is  geen wetenschap     

Borger   doet niet anders..
als ‘wetenschapper’ is ie  blog na blog door de mand gevallen..:
Hij kunt niet rekenen, zelfs van kansberekening heeft ie geen kaas gegeten, Hij verzint feiten en als ie  door de mand valt noem hij  het ‘ een grapje’..
Hij komt met uitleg gebaseerd op cirkelredenaties.

Hij  probeert het bestaan van vige’s te bewijzen door naar bestaande – genetische elementen te verwijzen en er dan  zijn magische etiketje op te plakken..
En nergens, maar dan ook nergens heb ik 1 argument voor zijn   getob kunnen vinden dat niet gerelateerd was aan de evolutietheorie.

 

Verder heeft  hij zich  (brutaal , ruziezoekend en schammteloos    herhaaldelijk  ) schuldig gemaakt aan van alles en nog wat;

-Het onder pseudoniem zichzelf veren in de reet steken (als  bijvoorbeeld  ‘secundant’), dat vervolgens zogenaamd niet weten…
Borger   schend ’s mensens recht op privacy..Tracht aan e-mail   adressen te komen  (en zend ook  mailtjes naar de werkgevers van zijn tegenstanders  ? )onder voorwendsel ” zijn “teksten” op te sturen ….Hij dreigt met rechterlijke stappen  … 

-Borger houd zich intensief  bezig  met  het censureren  van reacties die hem niet aanstaan …Alhoewel iedereen die een blog onderhoudt dat recht bezit , is het  op zijn minst geen goede taktiek  dat  te doen  … Borger zegt herhaaldelijk geen schrik te hebben  van kritiek  maar hij verwijderd , censureert, schoffeert   en doet iedereen  in de ban die  met  een paar deftige argumenten aankomt  ….

De man is duidelijk  geschift  en paranoide   … in de toekomst  te mijden zulthoofd …Verdere lezing van dit blog kan uw mentale  gezondheid  schaden ….

Dit is pseudowetenschap  en apologetiek   van het  YEC   type  ; Bovendien is  Borger een aanhanger van de theocratische verzuchting  het onderwijs naar zijn hand te zetten … 
Borger  “ik heb vrijwel alles van Lenski gelezen “

(Tomaso)  De methode heeft  u anders  toch  steeds systematisch overgeslagen.
Iedere wetenschapper met een beetje hart voor zijn vak zou hier op zijn minst de wenkbrauwen over ophalen en ik ken er een paar die u recht in uw gezicht zouden uitlachen.
U oordeelde over een experiment waarvan u de methode niet eens kende (en het bewijs daarvoor staat gewoon op uw blog).
Hoe dom kun je zijn?

(het is dan ook ) een leugen, zwart op wit

Ook een prima voorbeeld van de nietserigheid die u aan de lopende band produceerde

Borger  vraagt  ook  herhaaldelijk op zijn blog om kritiek.
Hij krijgt op dit blog kritiek.
Maar wanneer hij dan kritiek krijgt blijkt weer dat hij eigenlijk helemaal niet tegen kritiek kan.
Waarom vraagt Borger in godsnaam om kritiek?
Maar het gaat me niet om de god.
Het gaat mij er om dat hij om kritiek vraagt terwijl hij helemaal niet tegen kritiek kan.

(Roel)  Ik ben ( door dit blog ) voornamelijk  tot de conclusie gekomen dat creationisten het niet alleen mis hebben, maar in het algemeen ook geen enkel fatsoen hebben.

Hoe hier bijvoorbeeld van het begin af aan de “profeet” Darwin en de “hogepriester” Dawkins zijn geïntroduceerd,
hoe er voor mij wordt bedacht wat ik allemaal geloof en waarom, 
die exclusieve claim op moraal, het gelieg en gedraai en alle stemmingmakerij, het is allemaal tenenkrommend.

Gelukkig zijn we in West-Europa verstandig genoeg om deze misdadige flauwekul buiten het wetenschapsonderwijs te houden.
In de VS gaat het echter al decennia bergafwaarts, daar maak ik me wel zorgen over.

Dat Borger een doorslagje is van de amerikaanse geloofsgenoten  van die strekking hoeft niet meer  te worden aangetoond , het wordt omstandig door hemzelf aangegeven …ik geloof zelfs dat hij maar wat graag “beroemde” autoriteit en  zou worden in creationistische middens ;
alleszins toch  de hoop van de creationisten in het Nederlandse taalgebied  
 

Ook hier valt aan het  europese  wetenschapsonderwijs nog een hoop te verbeteren .
Helaas wordt dat door de onkunde en intellektuele gemakzucht van  veel mensen zelf afgeschoten of op zijn minst bemoeilijkt .
Zo houdt domheid zichzelf in stand en krijgen creationisten, hersenspoelers , manipulatoren  en theocraten vrij spel.

BORGER IN GENT    of “BORGER IN EEN NOTEDOP  

 

09-03-2012 – Stefaan Blancke, 2012 /

Creabel, een Belgische creationistische organisatie, vierde onlangs haar twintigjarig bestaan met een tweedaags symposium. 

Op 28 oktober kon je in Gent een lezing bijwonen van de Nederlandse creationist Peter Borger. 

(Wat volgt is een verslag van de lezing  van Borger  op  vrijdagavond.)

Een 70-tal mensen, bijna uitsluitend sympathisanten, verzamelen in een zaaltje in het Europahotel aan de Gentse Gordunakaai.

De leeftijd varieert sterk, maar het is verrassend hoeveel jongeren en jongvolwassenen er aanwezig zijn.

Jos Philippaerts, samen met Rudi Meekers de drijvende kracht achter Creabel, leidt de gastspreker in:

Peter Borger.  (°1965) is doctor in de medische wetenschappen, een graad die hij behaalde aan de universiteit van Groningen. In 2009 publiceerde hij het boek Terug naar de oorsprong, waarvan hij ons deze avond een samenvatting zal geven.

Hij steekt meteen van wal met de boude stelling dat de nieuwe biologie, de biologie van de 21ste eeuw, aantoont dat E=CD+M niet langer houdbaar is.

‘E’ staat daarbij voor evolutie, ‘CD’ voor common descent, gemeenschappelijke afstamming, en ‘M’ betekent modificatie.

 Met andere woorden, recente bevindingen in de biologie, waaronder die van Borger zelf, zouden het einde inluiden van de theorie van descent with modification, zoals Darwin zelf aanvankelijk zijn evolutietheorie noemde.

 Waarop baseert Borger deze sterke claim?

 

De onwaarschijnlijke complexiteit van het DNA

Eerst stelt Borger – terecht – dat de genetica de idee dat alle leven op aarde van eenzelfde voorouder afstamt, sterk onderbouwt. Immers, elk leven op aarde draagt hetzelfde erfelijk materiaal in zich, deoxyribonucleïnezuur ofte DNA. Dit kan enkel afdoende worden verklaard door het feit dat alle leven op aarde afstamt van een organisme dat zelf ook dat DNA in zich droeg. Borger vraagt zich echter af of die universele aanwezigheid van DNA werkelijk een bewijs is voor gemeenschappelijke afstamming. Natuurlijk meent hij van niet, en hij verwijst daarbij naar een paper die in 2000 verscheen in Molecular Biology and Evolution. Daarin beweerden de auteurs dat de genetische code een globaal optimum benadert of heeft bereikt inzake het vermijden van de impact van kopieerfouten op het fenotype, de waarneembare eigenschappen van een organisme (Freeland, et al., 2000, p. 517). Hieruit concludeert Borger dat er nauwelijks een betere code te verzinnen is en dat de bestaande code getuigt van intelligent ontwerp. Hij gaat daarbij wel heel kort door de bocht. Ten eerste wilden de auteurs helemaal niet aantonen dat de genetische code het werk is van een intelligent ontwerper, integendeel. Freeland en zijn collega’s beschouwen het adaptieve karakter van de genetische code net als een bewijs dat ze het resultaat is van natuurlijke selectie. Hun bevindingen ondersteunen daarmee één scenario dat de oorsprong van de genetische code kan verklaren. Andere onderzoekers daarentegen beschouwen het DNA als een resultaat van co-evolutie of als een uitkomst gedetermineerd door chemische wetmatigheden, maar het is vandaag nog steeds onduidelijk welk scenario de voorkeur verdient (Koonin & Novozhilov, 2009).

Volgens Borger echter is de waarschijnlijkheid dat net die optimale code tot stand komt zo ontzettend klein dat enkel intelligent design een plausibele verklaring biedt. Kortom, zijn argument tegen de gemeenschappelijke afstamming van het leven op aarde is een ontwerpargument: de code van het DNA vertoont ‘ontwerp’, ergo er is een ontwerper. Maar natuurlijke selectie is best in staat om een dergelijke complexiteit tot stand te brengen. Dit brengt me tot mijn tweede punt: het ontwerpargument wordt vaak door creationisten naar voren geschoven als een argument tegen natuurlijke selectie, maar het is in ieder geval geen argument tegen de gemeenschappelijke afstamming van soorten. Zelfs als we zouden aanvaarden dat het DNA het werk is van een ontwerper, dan nog kan dit ontwerp reeds aanwezig zijn in de gemeenschappelijke voorvader van alle leven op aarde. Een eventueel intelligent ontwerp van DNA zou daarom perfect compatibel kunnen zijn met de theorie van common descent. Wil Borger aantonen dat alle leven op aarde niet afkomstig is van een gemeenschappelijke voorouder, dan zal hij uit een ander vaatje moeten tappen.

Geen verwantschap

Misschien is dat andere vaatje een artikel dat in 2004 verscheen in Nature. Daarin bespreekt wetenschapsjournalist John Whitfield de discussies omtrent het bestaan en de identiteit van LUCA, de Last Universal Common Ancestor (laatste universeel gemeenschappelijke voorouder) (Whitfield, 2004). Volgens Borger toont dit artikel aan dat het leven waarschijnlijk van verschillende voorouders afstamt en dat de idee van LUCA dood en begraven is. In één adem begraaft hij ook de theorie van gemeenschappelijke afstamming. Dit kan natuurlijk alleen als inderdaad zou blijken dat het leven op aarde verschillende oorsprongen kent. Daarvan is in het Nature-artikel echter niks terug te vinden. Wat nog het meest in de buurt komt van Borgers interpretatie, is de hypothese dat we LUCA meer moeten begrijpen als een gemeenschap van verschillende organismen die genen met elkaar deelden, dan als één organisme. Maar mocht deze hypothese worden bevestigd, dan is onduidelijk hoe ze de gemeenschappelijke afstamming van alle leven in twijfel zou trekken. Alle leven is afkomstig van een populatie genendelende organismen of van één soort organisme, maar in beide scenario’s heeft het leven één en dezelfde oorsprong.

Een laatste argument tegen de theorie van gemeenschappelijke afstamming vindt Peter Borger in de genetische verschillen tussen mensen en chimpansees. Ooit op 1 procent geschat, beweert Borger, variëren schattingen vandaag tussen 6 en 15 procent. Ook wijst hij erop dat mensen 23 chromosomen hebben en chimpansees 24, omdat bij die laatste het DNA is ‘gehusseld’ (wat dat ook moge betekenen). Maar ook hier is onduidelijk hoe dit een argument kan zijn tegen de gemeenschappelijke afstamming van mens en mensaap, laat staan van alle leven op aarde. Vijftien procent verschil betekent nog steeds 85 procent gelijkenis, en aangezien een mens geen chimpansee is kan je redelijkerwijs wel wat genetische verschillen verwachten. Of die nu 15 of 1 procent bedragen, maakt voor de gemeenschappelijke afstamming van mens en mensaap weinig verschil – tenzij Borger verwacht dat de door hem geschetste tendens zich doorzet en we binnen afzienbare tijd zullen vaststellen dat er nauwelijks of geen genetische verwantschap bestaat tussen beide soorten‹ De ‘toenemende’ genetische divergentie tussen mens en mensaap is precies wat genetici verwachten, omdat steeds meer van het niet-coderend DNA in kaart is gebracht. Omdat dit niet-coderend DNA niet onderhevig is aan selectiedruk, laat het de meeste ruimte voor variatie. Het verschil in coderend DNA blijft echter tussen de 1 à 2 procent liggen. (persoonlijke communicatie met Geert De Jaegher, geneticus aan de Universiteit Gent).›. En wat de 23 versus 24 chromosomen betreft: het DNA van chimpansees is helemaal niet ‘gehusseld’. Chromosoom 2 bij de mens vertoont duidelijke gelijkenissen met chromosomen 2A en 2B bij de chimpansee. Het feit dat er overblijfselen van telomeren (stukjes genetisch materiaal die zich doorgaans op het einde van een chromosoom bevinden om het DNA te beschermen tegen desintegratie) te vinden zijn middenin chromosoom 2 van het menselijk DNA, toont duidelijk aan dat dit chromosoom het resultaat is van een fusie van chromosomen 2A en 2B. Die fusie vond vanzelfsprekend plaats nadat de evolutionaire lijnen richting mens en chimpansee uiteenliepen. Kortom, in plaats van een bewijs te vormen tegen de gemeenschappelijke afstamming van mens en mensaap, onderbouwt het verschil in aantal chromosomen net het feit dat beide soorten een gemeenschappelijke voorouder delen (Fairbanks, 2007).

Geïnduceerde variatie

Borgers ‘kritische’ bespreking van modificatie (u weet wel, E= CD+M) brengt geen beterschap. Eerst verwijst hij naar het grote aantal soorten cichliden (kleine vissen die je ook in Belgische aquaria aantreft) in het Victoriameer: 450, dit terwijl het meer in geologische termen nog behoorlijk jong is. Volgens Dawkins (2009, p. 267) toont die rijke diversiteit aan dat evolutie soms zo snel verloopt dat we ze als het ware zelf kunnen waarnemen. Voor Borger betekent dit echter dat er een mechanisme in het genoom bestaat dat mutaties genereert om niches te vullen. Dit mechanisme meent hij te hebben gevonden in de Variatie-Inducerende Genetische Elementen (VIGE’s), die hij lokaliseert in wat vaak als junk DNA wordt omschreven. Junk of niet-coderend DNA is DNA dat niet codeert voor eiwitten en dus niet rechtstreeks bijdraagt tot de embryonale ontwikkeling van een organisme. Naar schatting bestaat ongeveer 95 procent van ons genoom uit dergelijk niet-coderend DNA. Borger meent dat junk DNA een functie moet hebben, omdat anders natuurlijke selectie er reeds lang komaf mee zou hebben gemaakt. Aan de ene kant heeft hij enigszins gelijk, omdat niet-coderend DNA inderdaad vaak een functie heeft, alleen niet de functie die Borger voor ogen heeft. Zo kan het ondermeer een rol spelen bij de regulatie van de omzetting van genen in eiwitten (Häsler, et al., 2007). Aan de andere kant hoeft DNA dat werkelijk geen enkele functie heeft geen probleem te vormen voor natuurlijke selectie. Als het geen effect heeft op het reproductief succes van een organisme, dan ontsnapt dit DNA aan selectiedruk. Om zijn betoog voor zijn VIGE’s overtuigend te maken, moet Borger meer doen dan verwijzen naar de diversiteit van cichliden in het Victoriameer (of naar de genetische variatie bij mensen).

Aan het einde van de lezing stelt Borger zich de vraag of E=CD+M wel falsifieerbaar en dus wetenschappelijk is. Volgens hem is dat niet het geval: met common descent verklaar je immers alle overeenkomsten tussen organismen en met modificatie alle verschillen. Kortom, elk fenomeen past binnen het plaatje van de evolutietheorie, waardoor de theorie niet weerlegd kan worden. Maar wat heeft Borger dan een heel uur lang geprobeerd? Tijdens de vragenronde vallen er nog opmerkelijke uitspraken te noteren. Zo poneerde Borger tijdens de lezing de bizarre stelling dat retrovirussen zoals het hiv-virus afkomstig zijn van de VIGE’s uit het niet-coderende DNA. Bij de vraag of dit betekent dat het hiv-virus uit de mens kan zijn ontstaan, blijkt de aap voor Borger toch weer voldoende op ons te lijken om het dier de schuld in de schoenen te schuiven. Op de vraag wat te denken van de fossielen van hominiden die de menselijke evolutie illustreren, antwoordt hij zonder verpinken dat de Neanderthaler gewoon een Homo sapiens blijkt (waarmee hij de moderne mens, Homo sapiens sapiens bedoelt, wat niet klopt. Mocht hij werkelijk Homo sapiens bedoelen, dan zou het wel kloppen, maar allerminst in zijn betoog passen) en dat de schedelinhoud van Homo erectus, zo’n 7 à 800 cc, niet veel verschilt van die van de moderne mens. Dit cijfer klopt voor Homo erectus, maar de gemiddelde schedelinhoud van de moderne mens bedraagt ongeveer 1400 cc (Dunbar, 2004). Kortom, ofwel heeft Borger geen kennis genomen van de paleontologische bewijzen voor de evolutie van de mens, ofwel staat hij boudweg te liegen. In beide gevallen leidt hij zijn publiek om de tuin, wat niet erg netjes is, maar het is maar de vraag of het publiek dit ook erg vindt. De Nederlander Borger kwam duidelijk vertellen wat de Vlaamse creationisten wilden horen.

Stefaan Blancke werkt als filosoof aan de Universiteit Gent, waar hij onderzoek doet naar het creationisme in Europa.

Met dank aan Geert De Jaegher.

Referenties

Dawkins, R. (2009). The greatest show on Earth. The evidence for evolution. London: Bantam.

Dunbar, R. (2004). The human story. A new history of mankind’s evolution. London: Faber and Faber.

Fairbanks, D. J. (2007). Relics of Eden. The powerful evidence of evolution in human DNA. New York: Prometheus.

Freeland, S. J., Knight, R. D., Landweber, L. F., & Hurst, L. D. (2000). Early fixation of an optimal genetic code. Molecular Biology and Evolution, 17(4), 511-518.

Häsler, J., Samuelsson, T., & Strub, K. (2007). Useful ‘junk’: Alu RNAs in the human transcriptome. Cellular and Molecular Life Sciences, 64(14), 1793-1800.

Koonin, E. V., & Novozhilov, A. S. (2009). Origin and Evolution of the Genetic Code: The Universal Enigma. Iubmb Life, 61(2), 99-111.

Whitfield, J. (2004). Origins of life: Born in a watery commune. Nature, 427(6976), 674-676.

Stefaan Blancke, 2012 –
GERDIEN DE JONG 
http://www.sterrenstof.info/?p=881Evidence for the design of life
Peter Borger heeft vier stukken geschreven in het Journal of  Creation.De hoofdtitel van de vier bijeenhorende stukken is ‘Evidence for the design of life’.
De stukken zijn:
Evidence for the design of life:
part 1 – Genetic redundancy  /Journal of Creation 22 (2) 2008 79-84  http://creation.com/genetic-redundancy
part 2 – baranomes. Journal of Creation 22 (3) 2008 68-76
part 3 – an introduction to variation-inducing genetic elements 23 (1) 2009 99-106
part 4 – variation-inducing genetic elements and their function 23 (1) 2009 107-114
(NB: alleen het eerste stuk staat online op de site van het JoC, rf)Peter Borger draagt veel biologie aan. Ook geeft hij als zijn mening dat Darwinisme de biologie niet verklaart.Een niet-bioloog die deze stukken leest kan de biologie niet controleren, en kan ook niet controleren of Peter Borgers idee van Darwinisme overeenkomt met wat evolutiebiologen zeggen. Daarom zal ik de biologie die Peter Borger aandraagt als gegeven beschouwen; hij baseert zich op deze biologie. Ook zal ik niet op Peter Borgers mening over Darwinistische verklaringen ingaan.Blijft over wat iedereen zou moeten kunnen: na gaan wat woordgebruik is, wat interpretatie, wat mening, wat argument, en of een conclusie volgt uit de aangedragen biologie.Wat volgt zijn wat voorbeelden van draaien in de redenering.Stuk 1 geeft informatie over genetische netwerken.Genen functioneren niet op zich zelf, maar in een netwerk van schakelingen, aan en uit, dat tot een groot biochemisch netwerk met veel mogelijke paden leidt. In dit netwerk zijn veel genen wat redundant, zoals dit genoemd wordt: als het gen uitgeschakeld wordt of experimenteel wordt verwijderd is er geen of weinig effect op het fenotype te zien. Er zijn veel wegen in het biochemische netwerk. Het hele genetische systeem zit vol backups. Mutaties in dezelfde genen hebben soms tot vaak wel een effect; het beest met mutant allel of allelen gaat soms dood.
Met andere woorden, als het gen er niet is en er geen genproduct is, neemt het biochemische systeem een andere weg. Als er een verkeerd genproduct is bij mutante genen, kan het zijn dat het hele biochemische systeem ontregeld raakt en vastloopt. Dat is een samenvatting van de biologie.Peter Borger zegt dan, in de conclusie op blz 84: “It is also important to realize that redundant genes cannot have resided in the genome for millions of years, because natural selection, a conservative force, cannot prevent their destruction due to debilitating mutations”.
Nu hadden we gezien dat mutaties in zo’n redundant gen soms tot sterfte leiden en vaak tot een nadelig fenotype. Dat wil zeggen dat er tegen die mutanten geselecteerd wordt, en het redundante gen met die mutaties nooit in de hele populatie aanwezig zal blijken te zijn. Selectie voorkomt daarmee de verwoesting van redundante genen door nadelige mutaties.  Peter Borgers conclusie op blz 84 staat in directe tegenstelling tot het gepresenteerde materiaal.Stuk 2 gaat over het baranoom, dat is het geschapen genoom.Het woord is samengesteld uit baramin en genoom. Baramin komt uit het Hebreeuwse werkwoord BR(alef), scheppen, en het woord min, het woord dat in Genesis vertaald wordt met ‘naar zijn aard’ (zie http://creationwiki.org/Baraminology ).  Borger geeft een lijstje met zeven punten over baranomen. De definitie van baranoom is: “ Baranomes are pluripotent, undifferentiated, uncommitted genomes”. Direct daarop volgt: “The origin of baranomes cannot be described in purely naturalistic terms.” Dit maakt het moeilijk om te veronderstellen dat het over wetenschap gaat.

‘Apparently’, dat wil zeggen naar Peter Borgers bewering, zijn de baranomen geschapen als ongedifferentieerd genoom met een eigen intrinsiek vermogen tot snelle aanpassing aan omstandigheden en soortvorming (blz 69). De overige punten zijn uitwerking van dat intrinsieke vermogen. Hoe gaat hij dit onderbouwen?

Begin met een ongedifferentieerd genoom. Wat voor beest of zo hoort daarbij? We zien alleen gedifferentieerde genomen. Volgens Peter Borger zijn baranomen geschapen met een overschot aan genetische elementen, en zijn de genomen die we zien het gevolg van desintegratie en herrangschikking van genetische elementen (eind blz 69). Zijn voorbeeld gaat over een coderend DNA in bakkersgist, Saccharomyces cerevisiae, op een plaats in het DNA waar drie verwante gisten geen coderend DNA hebben. Er zijn wat verschillen in het DNA, maar het is duidelijk te zien dat het om een overeenkomstig deel gaat. Volgens de mensen, Cai et al 2008, die dit onderzoek gedaan hebben was er een nieuw gen ontstaan uit een stuk niet coderend DNA. Waarom zeiden Cai et al dat dit een nieuw gen was? Omdat het DNA niet codeerde in drie van de vier verwante organismen, en men meestal aanneemt dat de meest voorkomende toestand de oorspronkelijke is, vooral als dat onderbouwd wordt door een stamboom. (Noot: de stamboom die Peter Borger geeft op blz 70 lijkt niet in overeenstemming met de DNA sequenties daarboven) Dat hoeft niet waar te zijn, maar het geeft iets meer basis dan een bewering zonder meer. De overgang van niet-coderend naar coderend DNA komt voort uit verandering in 1 basepaar, zo te zien aan het DNA dat Peter Borger geeft. Volgens Peter Borger was er een geschapen Saccharomyces genoom met coderend DNA, en hebben de drie andere soorten de codering verloren. Geen argumentatie, alleen een bewering zonder meer.

Het volgende punt is dat het milieu beslist welk onderdeel van het ongedifferentieerde baranoom in werking treedt. “From the creation paradigm, we might expect to find more than one carbon-fixation system”, een voor warmere en een voor koudere streken. Er is het gegeven dat er een C3 fotosynthese systeem is, en een C4 fotosynthese systeem, en dat C4 voordelen heeft bij hogere temperatuur. Zou het creation paradigm ook meer dan een carbon-fixation system voorspeld hebben als niet bekend was geweest dat er C3 en C4 planten waren?  Borger geeft een voorbeeld met planten van het geslacht Flaveria, die geacht worden tot dezelfde baramin te behoren – hoe dat bepaald zou zijn wordt niet gezegd. Er is een stamboom van het genus op blz 71.  Flaveria planten hebben volgens Borger C3 fotosynthese of C4 fotosynthese of zowel  C3 als C4. (Noot: Volgens Borger , niet volgens Kutchera & Niklas 2007 waaruit Borger de stamboom haalt. Volgens Kutchera & Niklas 2007  gaat het om planten met een C3-C4 intermediair systeem, niet om planten die een C3 én een C4 systeem hebben. Maar ik zou de gegevens zoals Borger die opdist gebruiken.) We zien een stamboom met opeenvolgende splitsingen waarbij de soorten aan de basis van de stamboom C3 hebben en C4 hogerop in de stamboom erbij komt. Dat maakt het verschijnen van  ‘frontloaded’ C4 wat moeilijk. Het milieu van het organisme bepaalt welke ‘genetische elementen’ bruikbaar zijn: C4 in de tropen en C3 in kouder klimaat. Waar C3+C4 dan voorkomt of nodig is vermeldt Borger niet.
Hoe identificeer je baranomen? De klassieke manier om baramins te onderscheiden is te kijken of ze kunnen kruisen – niet of ze kruisen, of tot dezelfde soort behoren, maar kunnen kruisen. Paard en ezel horen daarmee tot dezelfde baramin. Borger geeft de mogelijkheid een zygote te vormen als criterium om twee soorten tot hetzelfde baranoom te rekenen. Ook geeft hij indicator genen als een criterium om baranomen te onderscheiden. Hoe beslis je dan welk gen een indicatorgen is? Omdat het bij een specifiek baranoom hoort. Hoe weet je dat een baranoom apart geschapen is? Daar ga je van uit.
Stuk 3 komt tenslotte uit op wat Borger noemt Variation Inducing Genetic Elements, VIGEs.

Er bestaat een aantal genetic elements als transposons die mutatie en variatie in genexpressie kunnen induceren, en als Borger ze een gemeenschappelijke naam wil geven kan dat handig zijn, al verschillen deze stukken DNA verder nogal. Maar goed, variatie veroorzakende genetische elementen bestaan. Of dit omschreven kan worden als ‘the ability to induce genetic variation from within’ is een andere vraag. Variatie induceren klinkt nogal gericht, en laat de deur naar gericht variatie induceren op een kiertje staan. Dat zou wel de bedoeling kunnen zijn.
In dit stuk is er nog een subplot over RNA-virussen. Dat heet: ‘The RNA virus paradox’. Wat is de paradox? Dat alle beschikbare verschillen tussen viruslijnen van een specifiek RNA-virus erop wijzen dat deze viruslijnen per RNA virus hun laatste gemeenschappelijke voorouder misschien 50.000 jaar geleden hadden – de huidige variatie aan lijnen per RNA-virus zijn dan jonger dan de soort mens. Borger zegt dan (blz 102): “The implication of a recent origin of RNA viruses …” Sorry, dat is niet wat de aangehaalde citaten aangeven. Dit leest alsof Borger zegt: de variatie in tulpenrassen is van na 1600 – dus de tulp ontstond in 1600. De verschillen zijn jong, maar dat zegt niets over de ouderdom van een RNA virus zelf. Dus laat de paradox maar.
Stuk 4 gaat weer over VIGEs, maar nu over wat de door VIGE’s geintroduceerde mutaties zouden doen, en hoeveel regulatie door VIGEs zou gebeuren.

Het meeste over dit soort regulatienetwerken is nog onduidelijk, en welke rol transposons etc in het geheel spelen is ook onduidelijk.
Borger citeert artikelen uit de moleculaire genetica die laten zien dat er allerlei regulatie en variatie is, en dat soms sommige soorten VIGE daaraan deelnemen. Wat ik niet kan vinden bij Borger is dat deze variatie op enige wijze direct verband houdt met aanpassing aan het milieu van het organisme. Ik bedoel niet: onder stress komt er meer variatie, want dat komt er. De vraag is naar een specifieke voorspelling van nuttige variatie, dus naar op het milieu gerichte variatie direct veroorzaakt door VIGEs. Allerlei ongerichte variatie is niet interessant: dat is de random variatie van evolutiebiologie, en dat is waar selectie mee werkt. Alleen is er nu meer moleculaire achtergrond bij. Voor ‘front-loading’ zou het gerichte variatie moeten zijn, en voor veel ‘front-loading’ zou gerichte mutatie gemakkelijk te vinden moeten zijn..
Als Peter Borger zijn moleculaire variatie veroorzaakt door VIGEs tegenover evolutie wil stellen, moet hij aantonen dat de variatie gericht is op een nuttige eigenschap voor het milieu van het organisme op dat moment. Borger geeft geen voorbeeld. Ook het verhaal over beta-glucoside suikers in de bacterie E.coli is niet genoeg. Onder normale omstandigheden zijn de operons voor de alternatieve suikers afgeschakeld. Onder hongeromstandigheden gaan IS elementen springen: de snelheid van transpositie gaat omhoog. De IS-elementen komen her en der terecht, maar kennelijk ook op een positie die het operon aanschakeld. Als dit de ‘front-loaded’ functie van het IS element is, waarom gaat dan de snelheid van transpositie omhoog? Bij ‘front-loading’ zou één gerichte transpositie genoeg moeten zijn. Dit is het enige onderzoek waar Borger mee komt als voorbeeld voor front-loading door VIGEs.
Al met al, VIGEs mogen variatie induceren, Borger toont niet aan dat de variatie die VIGEs induceren gericht is en selectie overbodig maakt.
Mensen hebben 46 chromosomen, chimpansees, gorillas en orangs-oetans 48. Chromosoom 2 bij de mens komt overeen met een fusie tussen chromosoom 12 en 13 bij de chimpansee. Borger geeft een heel moleculair verhaal over de fusie, waarin hij drie keer VIGEs noemt. De eerste keer is het “may actually qualify as (deregulated) VIGEs”. De tweede keer is “the 150 kilobase DNA sequence demarcating the fusion site may have served as a particular kind of VIGE ..”.. De derde keer is op het einde van de paragraaf: “And, as argued above, the fusion was mediated by VIGEs”. Dat betekent dat twee keer ‘may’ tot een conclusie ‘was’ leidt. Veronderstelling en veronderstelling geven toch echt geen zekerheid.
Dit stukje, over menselijk chromosoom 2, geeft een duidelijk inzicht in Peter Borgers wereld. “Understanding the molecular properties of human chromosome 2 is no longer problematic if we simply accept that humans, like great apes, were originally created with 48 chromosomes. Two of them fused to form chromosome 2 when mankind went through a severe bottleneck  (33)”.

Met andere woorden, het valt niet te ontkennen dat 48 chromosomen een voorouderlijk chromosoom portret voor de mens is. Deze onontkoombare conclusie wordt in een letterlijke schepping ingepast.

In de discussie van dit stuk komt weer de bewering terug dat “created kinds were frontloaded with several types of controlled and regulated transposable elements to allow them to rapidly invade and adapt to all corners and crevices of the earth”.

Niets in de vier verhalen maakt het bestaan van ‘created kinds’ noodzakelijk. Niets in het verhaal toont ‘frontloading’ aan. Niets in de vier verhalen zegt dat al die moleculaire variatie gericht kan worden op aanpassing in een leven in een bepaalde omgeving als het organisme daar aankomt. De biologie van de vier verhalen zegt dat er massa’s aan moleculaire variatie rondzwerft: verder niets.
Gerdien de Jong
23 november 2009

Gerdien vat alles nog eens samen in  de comments   :
Laten we met een ‘open mind’ beginnen.

Er zijn vier stukken uit Journal of Creation van Peter Borger, en elk stuk voor zich vormt een afgerond geheel, al zijn ze onderdeel van een serie. Ik neem de biologie die Peter Borger aandraagt als gegeven. Ik laat Peter Borgers mening over Darwinistische verklaringen voor wat ze zijn. Het enige wat ik doe is kijken of de conclusies die Peter Borger wil trekken volgen uit de biologie die hij aandraagt :  je kunt geen opener mind hebben. Maar een ‘open mind’ en iemands opvattingen steunen zijn twee geheel verschillende zaken. Met een ‘open mind’ kun je heel goed iets verwerpen.
De vraag is dus of Peter Borger gefundeerd redeneert. Dat is de enige vraag hier, en in het geheel van elke discussie de belangrijkste. “Gefundeerd redeneren” is niet: vanuit een standpunt redeneren. Gefundeerd redeneren is: goed en en logisch argumenteren.
Over Cai et al 2008 vertel ik hoe Cai et al 2008 redeneren, en dat er een zekere mate van onderbouwing van die redenering is, en wat die onderbouwing is.

Peter Borger in Journal of Creation 2 (jammer genoeg niet opklikbaar) stelt daar een bewering tegenover. In zijn reactie op dit blog herhaalt hij die bewering. Zo’n bewering is alleen dat, en geen argument, en geen redenering. Het belangrijke punt is niet of je door een bepaalde bril kijkt, maar of je een bewering van een argument kunt onderscheiden.

Als Peter Borger in zijn reactie zegt “Aannemelijker is dat het gen vervalt” dan is dat weer een bewering. Waarom is dit aannemelijker? Omdat Peter Borger het zegt.
Peter Borger zegt( in zijn antwoord op Gerdien’s artikel )   :

1) Ze (= Gerdien ) zegt: “Nu hadden we gezien dat mutaties in zo’n redundant gen soms tot sterfte leiden en vaak tot een nadelig fenotype.”
(PB)En dan is het dus per definitie geen redundant gen.

Peter Borger zegt daarmee dat ik verkeerd citeer.

Nu staat op blz 79 van JoC 1
The SRC gene family is among the most notorious genes known to man, since they cause cancer as a consequence of single point mutations
ook op blz 79
… mice is which the SRC gene has been knocked out are still viable.
en op blz 80: “Despite their cancer inducing properties, half of the SRC genes appear to be redundant
Zodat ik correct citeer. Redundant en mutatie zijn twee verschillende zaken, met verschillende effecten. Redundant: gen weg, geen effect. Mutatie: fout gen, effect.
En daarmee zijn we op wat ik over dit stuk JoC 1 zei: Peter Borgers conclusie op blz 84 staat in directe tegenstelling tot het gepresenteerde materiaal.
Peter Borger zegt in zijn blog comment dat er door VIGE’s veroorzaakte variatie te over is die gericht is op een nuttige eigenschap voor het milieu van het organisme op dat moment.

In stuk JoC 3&4 gaat het vooral over door VIGE’s veroorzaakte variatie. Er staat veel over variatie, maar iets over gerichte variatie ontbreekt.

Als er variatie “te over” is die op een nuttige eigenschap gericht wordt, dan zou er te verwachten zijn dat er een tabel van die gevallen was gepresenteerd. Er staat niets, behalve de bewering dat VIGE’s op een of andere manier gericht werken. Dan moet verteld worden hoe VIGE’s gericht werken, in een aantal voorbeeld gevallen. Al met al, een niet onderbouwde bewering.
Peter Borger zegt in zijn blogcomment:

Ook zegt GdeJ: “Niets in het verhaal toont ‘frontloading’ aan.”
Maar ook niets in de biologie toont microbe naar mens evolutie aan. De genetische code valt ook al af, want dat is gewoon het meest optimale ontwerp om mutaties te bufferen.

Twee punten hierbij:
a )Hier lijkt het er toch op dat door van onderwerp te veranderen gemaskeerd wordt dat er echt niets in Peter Borgers verhaal frontloading aantoont.

Sorry, niet van onderwerp veranderen, Peter Borger.

Er zijn vier Journal of Creation stukken. Samen hadden die frontloading aan moeten tonen. Dat had beredeneert moeten worden. Een bewering is niet voldoende.

b) In de evolutiebiologie is de gemeenschappelijke genetische code een van de argumenten voor een gezamenlijke voorouder van alle levende organismen.

Waarom optimaliteit van de genetische code dit argument zou ontkrachten is niet duidelijk; het is een niet terzake doende opmerking in dit verband. Ook met een geoptimaliseerde genetische code is deze genetische code dezelfde voor alle organismen.
° In andere blogcomments, niet van Peter Borger, komt een aantal keren het gezichtspunt naar voren dat er over feitelijk materiaal gepraat moet worden, of dat het over genetica moet gaan, met eventueel verschil in opvatting over die genetica.
Er is geen meningsverschil over genetica, of over feiten. De artikelen die Peter Borger aanhaalt zijn terug te vinden in de algemene wetenschappelijke literatuur. Deze artikelen geven op zich geen aanleiding anti-evolutie te zijn. Het gaat over Peter Borgers manier van omgaan met de gegevens. Het gaat over hoe conclusies getrokken kunnen worden, en wat een bewering is, en wat een argument.

°Er is ook een vraag Peter Borger stuk voor stuk te weerleggen. Daarmee ben ik bezig, want ik neem stuk voor stuk een aantal van Peter Borgers beweringen door.
Dat stuk voor stuk weerleggen is niet door de aangehaalde biologie te weerleggen. De aangehaalde biologie is standaard-literatuur: de weerlegging van de opvatting van Peter Borger is al door de oorspronkelijke schrijvers gegeven.
Of men in de wetenschap openstaat voor alternatieven of falsificaties? Ik heb een groot aantal veranderingen in opvatting langs zien komen, ook over mobiele elementen.

Falsificatie bereik je niet door van te voren een opvatting te poneren en daar alles naar toe te praten. Ga nu niet zeggen: is dat niet wat evolutie doet, want het antwoord is nee. Er ligt omstreeks 200 jaar onderzoek onder het hele idee evolutie. Met herhalingen en correcties.
°De uitgeverij De Oude Wereld heeft me het boek ‘Terug naar de Oorsprong’ toegestuurd. Peter Borger en de Oude Wereld: dank daarvoor.

°Ik lees creationisme vanaf Ouweneels ‘De Ark in de Branding’, en het is prettig bij te blijven.

Pietje de Leugenaar ?
http://www.humo.be/images/pietje250.jpg
De Beste genetische code 
http://www.vkblog.nl/bericht/289130/Het_Borger-Van_Straalen_debat_op_U-tube #commentaar
“….Alle levende wezens hebben dezelfde genetische code omdat het de beste is tegen het bufferen van fouten (mutaties)…..
Maar als we constateren dat de universele genetische code de beste is ter voorkoming van genetische fouten en men concludeert dat het ,
het product is van natuurlijke selectie…
Ja, dan zijn ze niet meer wetenschappelijke bezig…”

“….de conclusie dat de extante (bekende)  genetische code  de aller- aller- allerbeste is,
is   overtrokken zoals je kan lezen in het onderzoek.

” ….Wat verwacht je van een genetische code als het een product is van schepping?
= Dat er geen betere mogelijk is.”  ? 

P. Borger :
” Klopt! Alle levende wezens hebben dezelfde genetische code omdat het de beste is tegen het bufferen van fouten (mutaties).”

RB :  Bewijst de stelling dat ” er geen betere genetische code mogelijk is tegen het bufferen van fouten ”   (dit is een stelling, het is geen fenomenaal feit),
dat de code zelf het product is van een intelligente ontwerper? 
Is het echt nodig om die  non-sequitur onzin  die aan dergelijke  stelling wordt verbonden  nog meer bloot te leggen?

Als ik je goed begrepen heb, volgt uit de aanname dat er een Schepper is, de voorspelling dat DNA de best mogelijke genetische code is tegen het bufferen van fouten.?

Ik zal je vertellen wat er volgens mij niet aan klopt.
Dan mag je zelf bepalen of het telt.

Ten eerste volgt de voorspelling niet noodzakelijk uit de aanname. 
Het staat de Schepper vrij om voor een minder goede genetische code te kiezen.
Gezien de vele voorbeelden van unintelligent design, is dat zelfs heel waarschijnlijk.

Ten tweede is de voorspelling niet toetsbaar.  Daarvoor is ze niet concreet genoeg.

Als ik een steen met een bepaalde snelheid in een bepaalde richting werp, kan ik dankzij Newton heel nauwkeurig voorspellen waar de steen terecht zal komen .

“Er is geen betere mogelijk” is geen criterium waar een onderzoeker in het lab iets mee kan.
Hoe weet je a priori hoe de best mogelijke code eruit moet zien?

Ten derde kan ik makkelijk aantonen dat er wèl een betere mogelijk is. 
Daar hoef ik het lab niet voor in.
Een driedubbel set chromosomen (triploïd) is namelijk nog beter dan het dubbele set (diploïd) dat we nu hebben.
Tomasso

A) Gaarne wil ik aan deze discussie toevoegen dat de bewering dat de gevonden DNA code de best mogelijke code is 1 van de leugentjes is die Peter vooraf  in de discussie stopt. Diegenen die toegang hebben tot de literatuur zijn uiteindelijk in staat te controleren of die bewering klopt.

Hij klopt niet.

Aangezien deze claim van Peter meer dan een jaar geleden hier
http://www.vkblog.nl/bericht/225424/Proof_of_the_Intelligent_Design_of_Life
op het blog van onze defender of the integrity of science al eens is bediscussieerd (mijn bijdragen straten vanaf 14-10-2008 16:12) zie ik geen reden om het geheel nog eens te herkauwen zoals jullie hier nu doen.
Toen is het al ontmaskerd als onwaarheid.
Wie ondanks dat dat soort beweringen toch blijft herhalen is een doodordinaire leugenaar.

B) 
http://www.vkblog.nl/bericht/289130/Het_Borger-Van_Straalen_debat_op_U-tube#commentaar
zie kommentaren van Tomasso

(Eellco) Het hele artikel van Freeland et al. (2000) is hier te lezen:
http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/17/4/511.pdf
Kun je zelf rustig nalezen wat ze gedaan hebben, en wat ze concluderen.

Voor de geïnteresseerde lezer hier de samenvatting van het artikel van Freeland en co:

Mol Biol Evol. 2000 Apr;17(4):511-8.
Early fixation of an optimal genetic code.
Freeland SJ, Knight RD, Landweber LF, Hurst LD.

The evolutionary forces that produced the canonical genetic code before the last universal ancestor remain obscure.
One hypothesis is that the arrangement of amino acid/codon assignments results from selection to minimize the effects of errors
(e.g., mistranslation and mutation) on resulting proteins.
If amino acid similarity is measured as polarity, the canonical code does indeed outperform most theoretical alternatives.
However, this finding does not hold for other amino acid properties, ignores plausible restrictions on possible code structure, and does not address
the naturally occurring nonstandard genetic codes.
Finally, other analyses have shown that significantly better code structures are possible.
Here, we show that if theoretically possible code structures are limited to reflect plausible biological constraints [= dus natuurlijke beperkingen] ,
and amino acid similarity is quantified using empirical data of substitution frequencies, the canonical code is at or very close to a global optimum
for error minimization across plausible parameter space.
This result is robust to variation in the methods and assumptions of the analysis.
Although significantly better codes do exist under some assumptions, they are extremely rare and thus consistent with reports of an adaptive code:
previous analyses which suggest otherwise derive from a misleading metric.
However, all extant, naturally occurring, secondarily derived, nonstandard genetic codes do appear less adaptive.
The arrangement of amino acid assignments to the codons of the standard genetic code appears to be a direct product of natural selection for a system
that minimizes the phenotypic impact of genetic error.
Potential criticisms of previous analyses appear to be without substance.
That known variants of the standard genetic code appear less adaptive suggests that different evolutionary factors predominated before and after
fixation of the canonical code.
While the evidence for an adaptive code is clear, the process by which the code achieved this optimization requires further attention.

Echter  ;  Wat Borger beweert wordt niet ondersteund door Freeland et al ….He(= Borger )  is just one lying son of a bitch!
Peter Borger  :
 ….De auteurs doen net alsof deze code het product is van natuurlijke selectie, terwijl ze daar geen seconde onderzoek aan hebben besteed.
Het hele natuurlijke selectie-verhaal komt uit de lucht vallen.
Het is een nepconclusie.
Zeer slechte wetenschap.
Indoctrinatie in zijn puurste vorm…..”

( Tomasso )
1.- De conclusie die de auteurs trekken doet hier even niet ter zake.
De vraag is of wat Peter Borger  over het artikel schrijft een eerlijke weergave is van het artikel
2.- en of uw conclusies volgen uit wat in het artikel aan gegevens wordt gepresenteerd. 

De auteurs laten in hun analyse zien dat de code door natuurlijke processen kan zijn ontstaan en dat er niet een intelligente ontwerper voor nodig is geweest

Bovendien laten ze zien dat de code waarschijnlijk niet ontworpen is door een intelligente ontwerper, omdat het niet een optimale code is wanneer zij was ontstaan in een wereld zonder de normale natuurlijke beperkingen.

De gegevens in het artikel laten zien dat het zeer waarschijnlijk is dat de code is ontstaan onder natuurlijke omstandigheden.Peter Borger beweert op basis van dit artikel, ( en) bij herhaling, precies het tegenovergestelde als in het artikel staat. (1)

Niet alleen over de conclusie, maar ook zijn beschrijving van de gegevens ( = quote mining ) is niet terug te vinden in het originele artikel.
Dat is zijn goed recht, niemand kan  dwingen om iets anders op te schrijven, maar  dat hij dan niet niet de beledigde creationist uithangt wanneer ik zeg dat hij dus zit te liegen.

Het is  een  vermomde  leugen  gebaseerd op  tendentieuze en partijdige interpretaties en  vooral  misquoting ( en data selectie )van  wetenschappelijke artikels

(1)
Het volledige citaat dat Borger  heeft  verknipt is als volgt:

If our definition of biosynthetic restrictions is a good approximation of the possible variation from which the canonical code emerged, then it appears
at or very close to a global optimum for error minimization: the best of all possible codes.”

Hun “definition of biosynthetic restrictions” was dat de codes op natuurlijke wijze moesten kunnen onstaan uit de pre-biotische chemie.

Een belangrijkste boodschap uit het artikel van Freeman is dat een echte designer het heel anders had aangepakt.
Dit is dus geen bewijs van het bestaan van een designer
.

Want wanneer je er vanuit gaat dat een code ook kan zijn ontworpen, dan doet de huidige genetische code het helemaal niet zo goed en zijn er veel  betere codes. 

Hier hebben Freeland et al. in hetzelfde artikel ook naar gekeken (zoals Borger waarschijnlijk weet, hij citeert ten slotte uit het artikel, maar doet nog steeds net alsof het niet bestaat) en hierover schrijven ze:

Equivalent calculations based on the unrestricted set of possible codes are much more variable over parameter space, placing code optimality between 76% and 97% relative to the global optimum arrangement of codon assignments.

Dan blijkt dat, wanneer de ‘designer’ geen last had gehad van evolutionary pre-biotische randvoorwaarden, er wel betere codes te bedenken zijn,
(toch gek dat Borgers designer daar blijkbaar wel last van had).

De uitspraak The best of all possible codes slaat dus alleen maar op die codes die op natuurlijke wijze zijn ontstaan.
Expliciet niet op designer codes.
Die zouden het veel beter moeten doen dan de huidige standaard code.

Ik geef hierboven , voor de geinteresseerde lezer  de  link naar het artikel en een samenvatting  en  hier  (nogmaals) de conclusie
van het artikel van Freeland waar Borger zo graag uit citeert.
Let vooral op de eerste zin met de opmerking over natural selection. 
Alles bij elkaar laat dit zien dat Dr. Borger Freeman et al dingen in de mond legt en daarmee de lezers een rad voor ogen draait.
Er is sprake van bewuste misleading van de lezers
Conclusions
We have presented comprehensive evidence that the standard genetic code is a product of natural selection to minimize the phenotypic impact of genetic
error; the arrangement of codon assignments meets, to an extraordinary degree, the predictions of the adaptive hypothesis and cannot be explained as
an artifact of stereochemistry, biosynthetically mediated code expansion, or analytical methodology.
However, the process by which an adaptive code evolved at present remains unclear, and yet its resolution may be of key importance to our understanding
of the amino acid components universal to life.

zie ook =

http://pandasthumb.org/archives/2008/10/the-best-possib.html

Tomasso’s Blogje  : http://www.vkblog.nl/bericht/289230/Fall-out

http://www.vkblog.nl/bericht/225424/Proof_of_the_Intelligent_Design_of_Life
Borger / Truman     JOC artikels

http://creation.com/images/pdfs/tj/j21_2/j21_2_90-100.pdf
http://creation.com/images/pdfs/tj/j21_3/j21_3_84-92.pdf

Over de optimalisering van de code ;

http://www.americanscientist.org/issues/pub/ode-to-the-code/1
http://genome.cshlp.org/content/17/4/401.full
http://www.hamedahmadi.com/publications/Optimality_Genetic_Code_Coevolution.pdf

DARWINISME AFGEDANKT 

Het boek ”Terug naar de oorsprong, of hoe de nieuwe biologie het tijdperk van Darwin beëindigt”
(De Oude Wereld, 2009) van dr. Peter Borger licht de genetische basis van de micro-evolutie toe.

A) 
In het eerste deel maakt Borger korte metten met natuurlijke selectie als drijvende kracht 
achter macro-evolutie.

1(Het probleem van Mivart)

Selectie kan volgens de auteur alleen plaatshebben als er iets te kiezen valt:
Een hert met genetische informatie voor de vorming van een gewei moet eerst bestaan om
selectie op geweigrootte te kunnen ondergaan en niet omgekeerd.
De natuur kan de dieren pas daarna selecteren op de grootte van een gewei.

PB >” Mivarts probleem “( oa de mantra = wat is het voordeel van een halve vleugel, een half oog
–> het onherleidbaarheids principe ( IC)van Behe ) “wordt zeker niet opgelost door natuurlijke selectie.

2(No new information ) 
Natuurlijke selectie kan niet voor nieuwe informatie zorgen, die moet er vooraf zijn.
PB ( samen met mivart ) concludeert dat het selectiemechanisme conserverend is: 
het houdt voordelige eigenschappen bij bestaande soorten in stand.

3.- (Genetica ) 

Geen creationist twijfelt eraan dat de genetische wetenschappen( o.a. de wetten van Mendel )
de natuurlijke selectie (= volgens de crea’s dus–> micro-evolutie )ondersteunen.
Ze vormen echter geen bewijs voor de macro-evolutie-Er is nog steeds geen evolutionair mechanisme bekend waardoor nieuwe genetische informatie aan het al bestaande DNA kan worden toegevoegd, waardoor totaal nieuwe basistypen zouden ontstaan, (Peter Borger in zijn boek ”Terug naar de oorsprong”.)

4.- (tegen het gradualisme}
Daarnaast ziet Borger overvloedig bewijs tegen Darwins evolutie, die in kleine stapjes zou
verlopen.

5.-(Tegen sexuele selectie )

onzin natuurlijk /
deze uitspraken van PB worden trouwens nergens bewezen door onderzoek van PB zelf
of ondersteunt door de wetenschappelijke literatuur die
Borger naar eigen inzicht en bruikbaarheid natuurlijk wel interpreteerd en citeert..
hij noemt dat legitieme data mining maar het is niets anders dan creationistische misquoting) 

4.-En ze zullen wel degelijk verdwijnen door accumulatie van inactiverende mutatie
(Maar er staat echter wel selectiedruk op/ als”backups” zijn deze “dubbels en reserves”
immers voordelig … Dit is een woordspelletje ;want ” redundantie” betekent heel wat meer
dan overtolligheid zie 1 ) 

Geoffrey Miller

PB ; Miller gaat uit van Darwin’s sexuele selectie om al deze typies menselijke eigenschappen
te verklaren. Zijn ideeen worden zelfs niet door de evolutiebiologen gezien als belangrijk,
want dan zouden vrouwen deze eigenschappen ontberen.
En dat is niet het geval.

Onzin : 
-vrouwen hebben ook geen penis( wel een clitoris ) terwijl hun zonen dat wel hebben
omgekeerd hebben ze borsten , wat hun zonen dan weer ontberen ( maar die hebben dan wel
tepels )
-vrouwen zijn ook creatief, intelligent enz… alleen ligt dat anders
( heeft het andere aspecten of facetten )dan bij mannen(= wat niet wil zeggen minderwaardig )
– zelfs de hersenen van mannen en vrouwen verschillen … 

De levende wereld barst van de contingente verschijnselen,  ?
( een “gelukkig toeval ” (Jay Gould) )

Overigens…..   hebben evolutie-biologen het meer over rudimentaire organen, in plaats van
redundantie.
Dit houdt in, dat sommige organen lang geleden een doel hebben gehad, maar dat deze
inmiddels geen nut meer hebben.
Zoals sommige spiertjes bij de oren, bijvoorbeeld.

Creationisten en ID-ers betogen normaal gesproken dat deze rudimentaire organen wel nuttig 
zijn. Ook is het idee van ID-ers dat evolutie-aanhangers blijkbaar gewoon onbekend zijn met
het nut van deze organen.

(En hieronder  zijn de rollen ineens omgedraaid …..Nu is het ineens het failliet van Darwins ideeën dat bij iemand de hersenen gedeeltelijk zijn uitgevallen…Grappig!)

-Redundantie is één van de grote kenmerken van de menselijk hersenen en onverklaarbaar met Darwin. Er zijn talloze neuronale wegen die leiden naar hetzelfde doel.-

( en nog eens  over sexuele selektie en G. Miller ) -Bovendien is een klein beetje muzikaliteit zinloos, waardoor positieve selectie is uitgesloten.( dat muzikanten meestal betere toegang hebben tot het andere geslacht wordt uiteraard niet vermeld )

(intelligent ontwerp )
Vele voorbeelden wijzen volgens de auteur  ” op een intelligent ontwerp.”
Waarom hebben sommige zaden –zoals die van de Javaanse kalebas– bijzonder verfijnde
aerodynamische vormen, zodanig dat mensen hun hoofd erover breken om ze te kunnen nabootsen
bij vliegtuigen?

B)
(YEC creationisme en uiterst snelle micro- evolutie)
In het tweede deel van het boek
”Terug naar de oorsprong” beschrijft Borger hoe de genetische informatie zich na de zondvloed
op aarde heeft ontwikkeld.
Zijn model noemt hij de ”Generale en universele theorie over biologische verandering” (GUToB):

(waarom zijn alternatief voor abiogenesis niet is te falsiferen ?) :
pb :   ” De oorsprong van het leven kan niet in wetenschappelijke termen worden beschreven,
het heeft geen naturalistisch begin. “

m.a.w.  het is dus  nooit  de (natuur) wetenschap die de  oorsprong kan verklaren (  de  nep- wetenschap kan het dus wel  ?)

(frontloaded )
Pb  = Leven is geschapen met zogenaamde pluripotente baranomen:
genetische informatiedragers waarin alle variatie die later optrad binnen de soorten,
was opgeslagen .

(Vige’s)
Het gaat om zijn stelling dat variatie niet het product is van toevallige mutaties,
maar dat van o.a. VIGE’s.

(Random )

PB“random mutation betekent namelijk dat ze niet dan wel door het milieu worden gedirigeerd
en dan een fitness effect hebben.”

BK
Nee Peter! Nee, nee, nee!
Dat is niet wat ze ermee bedoelen, en dit staat al tientallen jaren letterlijk in de
handboeken.

Wat is de gangbare definitie van random en non-random mutaties?
Wat is in detail het verschil met Peters opvatting ervan?

HET EINDE 

Bart Klink:
“Ik gaf slechts aan dat PB’s conclusie niet volgt uit de data. 
Omdat hij dit wel beweert, misleidt hij de argeloze lezer. 
In mijn recensie van PB’s boek schijf ik dat de ultrageconserveerde niet-coderende elementen
interessante vragen oproepen, maar dat er ook plausibele antwoorden zijn.
Dit wordt echter weer door PB genegeerd. 
Er is dus wel degelijk onderzoek naar dit (schijnbaar?) opmerkelijke fenomeen gedaan,
zie de referenties in mijn stuk.
Er komt ongetwijfeld ook nog meer onderzoek.

* Evolutiebiologen zijn over het algemeen niet geïnteresseerd in het werk van creationisten, 
om dezelfde reden dat astronomen niet geïnteresseerd zijn in astrologie en chemici niet in 
alchemie.” 

PB: “Het punt is dat deze generatie wisselingen binnen drie generaties plaats vonden, 
die zich slechts 60 jaar in het verleden uitstrekken. 
Het zijn paralelle generaties. 
In 10000 jaar heb je 500 generaties en je wilt niet weten hoeveel paralelle generaties. 
Dat vergt een heel andere mathematische benadering.”

Terrence 06-02-2010 14:24
25 parallelle stambomen met bij elkaar 705 generatiewisselingen zijn hetzelfde als 705
generatiewisselingen in 1 directe afstammingslijn.
Het gaat van moeder op moeder dus er zijn geen speciale berekeningen nodig.
Er zit in de studie immers ook een directe afstammingslijn van 121 generaties (Pedigree 5)
die geen substituties heeft.
0 mutaties in 121 generaties.
Waar de mutaties te vinden zijn: Pedigree 1 (58 generaties),
15 (26 generaties) en 22 (34 generaties).
Als we de rest erbuiten laten en de gemiddelde mutatiesnelheid berekenen via deze 3 stambomen
krijg je een gemiddelde van 1 mutatie per 40 generaties.
40 x 93 = 3720 generaties = +- 75.000 jaar.
Gewoon van alle studies een gemiddelde mutatiesnelheid maken en doortrekken naar het begin.
Dat niet accepteren zorgt er sowieso voor dat:
a) er geen reden is om te zeggen dat mtEva zonder ‘evolutionistisch paradigma’ ongeveer
6.000-6.500 jaar geleden leefde wat je eerst deed.
b) je kunt je eigen berekeningen die je zelf maakte niet gebruiken, want ik doe dezelfde
berekening als jij deed.

PB: “…Ik heb er wel eens een beetje aan gerekend en 93 mutaties zijn wel binnen 500 jaar 
te accumuleren. Het vergt totale outbreeding in de populatie voor de een bottleneck.”

93 mutaties in 500 jaar, 4 mutaties per generatie.
Dat heeft men nog nooit gezien in al die studies naar mitochondriaal DNA.
Dat is 320x de gemiddelde geobserveerde mutatiesnelheid.

PB: “…De bottleneck hebben we in het creationisticeh model in de vorm van een grote boot…”

Ik dacht dat we dit deden met alleen observatie.
Ik laat de chimp-mens connectie erbuiten.
Breng jij de boot naar binnen!

MOPS :
Ah, het ene gat vullen met het andere.
Door de grote boot te introduceren worden alle problemen in gutob alleen maar groter. 
Durf je de discussie over de grote boot aan te gaan? 
Want ik mag hieruit wel afleiden dat je die als een realiteit ziet?

PB ; Ik zie geen probleem voor het creationistiche model.”
MOPS ; Maar dat betekent niet dat ze er niet zijn.

D 06-02-2010 15:41
PB:

“….Totaal 3 substituties over bij elkaar (vanuit 25 stambomen) 705 generatiewisselingen.”

Het punt is dat deze generatie wisselingen binnen drie generaties plaats vonden, die zich 
slechts 60 jaar in het verleden uitstrekken. Het zijn paralelle generaties. 

In 10000 jaar heb je 500 generaties en je wilt niet weten hoeveel paralelle generaties. 
Dat vergt een heel andere mathematische benadering.


”  Ik heb er wel eens een beetje aan gerekend en 93 mutaties zijn wel binnen 500 jaar te accumuleren. Het vergt totale outbreeding in de populatie voor de een bottleneck.
De bottleneck hebben we in het creationisticeh model in de vorm van een grote boot.
Ik zie geen probleem voor het creationistiche model.”

D: Ja…dit soort antwoorden laat je toch gigantisch twijfelen over iemand zijn integriteit.
Terrence komt gewoon met keiharde feiten aan onderbouwd door onderzoeken.
Wat doet Peter? Die zegt:
“Ik heb er wel eens een beetje aan gerekend en 93 mutaties zijn wel binnen 500 jaar te 
accumuleren. Het vergt totale outbreeding in de populatie voor de een bottleneck.”

Echt niet normaal, wat is dit voor crap? “Ik heb er weleens aan gerekend en het is wel binnen 500 jaar te acculumeren. “

Ik bedoel, hier wordt gewoon niet gerekend naar feiten, maar puur en alleen om het maar in 
die 500 generaties te kunnen proppen. 

En na veel moeite en valse aannames en waardeloze wetenschap, ja dan krijg je het in 500 generaties.

En dat voor iemand die staat voor science, laat me niet lachen…

Tenenkrullend
Zoals Terrence duidelijk laat zien heb je gewoon een gigantisch probleem, het is niet in
6000 jaar te proppen. Als echt wetenschapper zou je geeneens willen om het in een 6000 jaar te
willen proppen maar zou je gewoon willen weten wat de uitkomst is, naar de waarnemingen.

Mangamonga IV 
“…..Nou, daar zijn we dan.
De memes Peter Borger en diens Gutob sterven een roemloze dood.
Op dit blog zachtgekauwd door echte wetenschappers, en vervolgens op het zwakke nekje
gestapt door een verlichte gristenbroeder.
Wat rest zijn dieptreurige doodsspartelingen, een aanblik dat ik – gevoelige ziel –
liever niet langer aan wil zien.
Het ga u allen goed.
Denk altijd om uw spelling!
Mango ”

-vkblog.bericht 299121- (niet meer bereikbaar )
http://www.sterrenstof.info/?p=953#comments

Over tsjok45
Gepensioneerd . Improviserend jazzmuzikant . Instant composer. Jamsession fanaat Gentenaar in hart en nieren

One Response to Dr Peter Borger en Co

  1. I believe this site contains very fantastic composed content articles.

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

%d bloggers op de volgende wijze: