Natuurlijke Selectie


ANTI-CREATO    ;  

_____________________________________________________________________________________________________

Zie( eerst en  vooral en   ter orientering )   : natuurlijke selektie  <—ARCHIEF /  DOCX

http://nl.wikipedia.org/wiki/Natuurlijke_selectie

http://www.evolutietheorie.ugent.be/node/455

http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/evo_25

Wat is natuurlijke selectie?

Auteur: Dominique AdriaensVakgroep Biologie, Universiteit Gent

Eén van de fundamenten van evolutie is natuurlijke selectie, m.a.w. een soort natuurlijke filter die inwerkt op organismen (planten, dieren, bacteriën, etc) en vooral dan in de kans tot het zich voortplanten van deze organismen. Deze filter zal er namelijk voor zorgen dat bepaalde organismen een hogere kans zullen hebben om zich voort te planten dan andere. Belangrijk is dat het hier dus niet gaat over zwart of wit (dus voortplanten of niet voortplanten), maar over tinten grijs (dus variatie in de kans dat een organisme zich zal kunnen voortplanten).

Natuurlijke selectie kan best begrepen worden als de combinatie aan positieve en negatieve factoren die gepaard gaan met de omgeving waarin organismen leven, en die een impact kunnen hebben op de kans dat die organismen zich kunnen voortplanten in die specifieke omgeving. Deze omgeving dient wel in de brede zin te worden beschouwd, en omvat zowel de niet-biologische omstandigheden (klimaat, geologie, waterkwaliteit, etc.) als de biologische omstandigheden (soorten waarmee het organisme in competitie leeft, predatoren van die organismen, beschikbaarheid van voedselbronnen, etc.). Nu, dit houdt ook in dat zolang er niets verandert aan die omgeving, er steeds dezelfde filter inwerkt op die organismen. Dit kan al een verklaring bieden waarom in bepaalde omgevingen evolutie sneller gebeurt dan in andere omgevingen, en waarom er bijvoorbeeld zogenaamde levende fossielen zijn.

Natuurlijke selectie zal inwerken op alles dat de volgende eigenschappen vertoont: variatie, voortplanting enovererving. De variatie is zowel op het niveau van genetische variatie (genotypische variatie) als variatie in het bouwplan (fenotypische variatie). Dit kan bijvoorbeeld de variatie in de kleur van de huid zijn (zie figuur – A). Fenotypische variatie, al dan niet als rechtstreeks gevolg van genotypische variatie), bepaalt namelijk hoe goed een organisme zal kunnen functioneren in zijn omgeving (hoe goed het zijn voedsel zal kunnen verzamelen, hoe goed het aan predatoren kan ontsnappen, hoe goed het met temperatuursschommelingen kan omgaan, etc.). Zo zullen bijvoorbeeld dieren met een donker gekleurde huid sneller opgewarmd geraken in geval het zonnig maar relatief koud is (zie figuur – B). Hoe beter zo een organisme functioneert, hoe meer kans dat het organisme zal kunnen overleven tot het moment dat het geslachtsrijp wordt. Dit kan ook een positieve invloed hebben op de kans dat zo een organisme een geschikte partner vindt die bereid is met hem/haar te paren. En, zo kan dit ook een positieve invloed hebben op het aantal nakomelingen dat dit organisme kan voortbrengen, evenals dit een positieve invloed kan hebben op de zorg dat het organisme kan bieden aan zijn nakomelingen (en zo dus de overlevingskans van zijn nakomelingen dan bevordert). Dit wil dus zeggen dat dit fenotype (bouwplan) dat beter kan functioneren in zijn omgeving, ook meer kans heeft om zich voort te planten. Het vermogen dat dit organisme nu had om goed te functioneren in die omgeving ligt op één of andere manier vertaald in het genotype. Dit impliceert dat door de overerving van dit vermogen, de kans ook groter is dat de nakomelingen ervan ook meer kans zullen hebben om te overleven (bvb. de kans dat ze ook een donkere huid zullen hebben, en dus beter tegen de koude zullen kunnen, is groter).

Dit is natuurlijk enkel van toepassing, indien de omgeving constant blijft (zie hoger)! Indien bijvoorbeeld de gemiddelde temperatuur van de omgeving zou stijgen, dan kan dit als resultaat hebben dat die nakomelingen met de donkere huid juist minder goed kunnen functioneren in die nieuwe omgeving, en daardoor minder kans hebben om zich voort te planten, en als gevolg ook minder kans om die eigenschap van een donkere huid door te geven aan de volgende generatie. Dan zullen het juist andere fenotypes zijn (bvb. diegene die een blekere huid hebben, of minder beharing) die nu beter zullen kunnen functioneren (zie figuur – C).
natuurlijke selectie
Figuur A stelt een natuurlijke populatie van organismen voor, die een variatie in huidskleur vertonen (donkere en bleke huiden). Indien de klimaatsomstandigheden zouden veranderen, waarbij er nog voldoende zonlicht is maar de temperatuur zou naar beneden gaan, dan zouden vooral die dieren met een donkere huid sneller opgewarmd geraken en beter kunnen functioneren in hun nieuwe omgeving. Als gevolg zouden die meer kans hebben om zich voort te planten, waardoor na generaties er meer individuen met een donkere huid zullen zijn dan met bleke huid (Figuur B).

Indien nu de omgeving terug zou veranderen, bvb. naar een warmere temperatuur, dan zouden die enkele individuen die toch nog een relatief bleke huid hadden, nu beter kunnen functioneren. Dan zouden nu deze individuen meer kans hebben zich voort te planten, en zou de populatie na een aantal generaties bestaan uit meer individuen met bleke huiden (Figuur C).

Nu, dit toont dan ook aan hoe belangrijk het is dat er steeds voldoende variatie is in een populatie (dus dat er steeds wel een paar individuen zijn die een blekere huid ontwikkelen, of minder haar ontwikkelen, ook in een omgeving die minder gunstig is). Mocht dit niet zo zijn, dan zou bijvoorbeeld door genetische verarming(minder genetische variatie, en dus ook minder fenotypische variatie) een kleine verandering in de omgeving een zodanig effect kunnen hebben dat alle organismen in een populatie zouden verdwijnen, en een soort bijvoorbeeld kan uitsterven.
Zie ook:

°

http://whyevolutionistrue.wordpress.com/2013/02/07/lost-birds-and-natural-selection/

http://whyevolutionistrue.wordpress.com/page/2/

I

UIT EEN ( erg leerzame ) DISCUSSIE   :

Belangrijkste(BEWERKTE )  bron http://korthof.blogspot.be/2013/02/joris-van-rossum-promoveert-aan-de-vu.html#comment-form

*

    Marleen en    DEEN

zie vooral ook    voor een  verhelderende  samenvatting en een  verdere  uiteenzetting van (enkele  van ) diverse  ideeen daarover , door   Marleen  e.a.   //  http://ascendenza.wordpress.com/2013/02/10/dawkins-en-gould/

(met enkele   notities /toevoegingen en andere rangschikkingen  ,  van mezelf )

SELECTIE -UNIT  

Het organisme (= bij uitbreiding ook de  sociale groep / familie) (1)    is het vehikel van de genen.
Neemt niet weg dat het dit ( =  door de genen bestuurde) vehikel (=  het voertuig van de genen = voornamelijk dus  het individu )  een asexueel organismen  of een  sexueel gedifferentieerd  koppel dat zich kan voortplanten  ) is dat blootstaat aan de  natuurlijke selectie….
Het is   echter   nog steeds het gen (of de set genen) dat zichzelf voortplant, niet  zozeer de groep(of het individu ) .
m.a.w.
Het gen maakt enkel gebruik van de groep, net als dat het gebruik maakt van het individu (= wat niet meer is dan een samenwerkingsverband van verwante cellen= een kolonie  ),  om dat voor elkaar te krijgen.

(1) Het is wel bekend dat genen ook ons gedrag beinvloeden.
O.a. Het gedrag is dan (‘een deel van  ) het fenotype van de genen(-set  )

In het geval van kin selection wordt dit gedrag geselecteerd.
Wellicht vindt er in dit geval natuurlijke selectie plaats op niveau van de (sociale) groep en dus niet op niveau van het gen.
De groep of familie heeft door hun gedrag een hogere ‘fitness’.

  1. Natuurlijke selectie kan alleen werken als er variatie is: welke variatie bestaat, hoe die ontstaat, wanneer en waar, is belangrijker voor evolutie (dwz voor afstamming over verandering) dan natuurlijke selectie.

    Natuurlijke selectie is niet iets dat je op aanvraag kunt uitschakelen. Fenotype is een eigenschap als lengte, snavelvorm of wat dan ook. Fitness is overleving en reproductie. Er is altijd een statistisch verband tussen twee grootheden die je meet aan elk individu in een populatie.

    Formeel heeft selectie niet met DNA van doen, maar met de covariantie tussen ouders en kinderen. Meet lengte van de ouders een populatie. Meet lengte van hun kinderen. Bereken een covariantie tussen ouders en kinderen. Voor de meeste kenmerken vind je een positieve covariantie – langere ouders hebben gemiddeld langere kinderen, dat idee. Dat is wat je nodig hebt voor selectie. Die covariantie mag veroorzaakt worden erfelijkheid via DNA, maar culturele erfelijkheid werkt hetzelfde. Voor selectie hoef je niets over DNA epigenetica ontwikkeling etc te weten. Het is leuk als je het wel weet.

 

*

ID  =  TEACH THE CONTROVERSY  =  Opnieuw Onderhuids  ID – Creationisme  in Nederland  ?  : 

Nederland kan het maar niet afleren  ; ook niet in 2012 en 2013   en dat zelfs  aan de VU ( nog steeds   een  akademisch   bolwerk van de  “christelijke  visie  ” ,  zeker wat de theologie en de filosofie  betreft  )  ….

http://www.thepostonline.nl/column/de-vu-knijpt-darwin-in-het-donker/comment-page-1/

….. Zoiets doen ze graag een beetje stiekem, daar bij de VU. Stiekem schoppen tegen de evolutietheorie. Stilletjes zeggen dat er misschien toch niks van klopt. Lekker opschrijven dat héél misschien, je weet het maar nooit, God iets in de melk te brokkelen heeft. Dat vinden ze lekker, daar bij de VU. Alleen hoeft de buitenwereld dat niet echt te weten. Ze hangen het niet aan de grote klok.

Misschien komt die schuchterheid wel door die affaire na de inaugurele rede van wiskundige Ronald Meester, dertien jaar geleden. Die beweerde daarin heel parmantig dat je wiskundig kon aantonen dat het leven nooit vanzelf kon zijn ontstaan. De kans daarop was véél te klein, zo rekende Meester. Darwin had ongelijk. Evolutie, daar zat een ‘Iets’ achter. Prompt viel heel het vaderland over Ronald Meester. Biologen uiteraard, maar ook wiskundigen.

God, perhaps?

Maar al die heisa heeft hoogleraar Meester niet echt op andere gedachten gebracht. Of het heeft hem hooguit geleerd dat je zoiets beter niet al te hard kunt roepen in dit land.

En nu gaan ze bij de VU stiekem te werk. Afgelopen december was Meester een van de twee promotoren van filosoof Joris van Rossum. Da’s alweer een tijdje geleden, maar nu is er ineens gedonder over die promotie ontstaan. Pas onlangs ontdekten een aantal biologen, van buiten de VU, wat deze Van Rossum in zijn proefschrift beweert. Namelijk dat Darwin ongelijk heeft. Of niet het hele verhaal heeft verteld.

Er is méér aan de hand dan louter selectie. God, perhaps?

Nee, dat zegt Van Rossum niet.

  Dr Van Rossum

Maar op de achtergrond zie je Meester driftig ‘ja’ knikken.

wat is ID =creationisme <—doc

Teach the controversy 95 stellingen in een notedop <—doc

ID-ER  ? 

“De diskussie moet zich niet beperken  tot god en Darwin “

Marleen  ……Van Rossum heeft zichzelf blijkbaar een heel speciaal plekje toegewezen(.Ergens  tussen   een gewone“Darwinist “(= eigenlijk is dat een  gidswoordje/verklikkertje  ….    beter is dus  = een  moderne evolutie-  bioloog) en/ of  (evenwaardige ? ) creationist, dat kan natuurlijk niet.

(Er zit namelijk   geen  dergelijk  plaatsje  tussen die twee  , net zoals je niet  “een beetje zwanger” kunt zijn , of een beetje wetenschapper / een beetje gelovige(wanneer dat laatste  straffe  uitspraken doet over/uit   het  kontroleerbare en aanvulbare  kenniscorpus van je vakgebied   )

DEEN05 februari, 

  1. “Hij(Van Rossum)  zegt zelf tussen het creationisme en het darwinisme te staan.”
    Ik zie de positie van Van Rossum zelf als de logische volgende stap in stealth-creationisme.

    Eerst had je ID, waarbij je zegt “het is ontworpen, maar ik zeg niet door wie (althans niet hardop waar wetenschappers en atheïsten het kunnen horen)”. En nu heb je van Rossum, die zegt “ik zeg niet dat ID de oplossing is”.

    Het probleem is natuurlijk dat wij, die de creationisme- en ID-discussies een beetje volgen, precies kunnen traceren waar zijn ideeën vandaan komen. 

    (Eventjes samengevat )

    1. * Ik dacht dat het de gewoonte was om ( je proefschrift )te beginnen met een korte samenvatting van je claim, maar nee,( dat doet van Rossum niet )  aan het eind van de introductie zijn we nog steeds geen steek wijzer over wat het probleem met natuurlijke selectie, of seksuele voortplanting, zou kunnen zijn.(typische woordkramerij  van  ID-ers (en theologen )  ? )

      Het volgende hoofdstuk begint niet veel beter.

      * “werd begeleid door een wiskundige en promoveert in de wijsbegeerte”
      ….. Goh, wat een verrassing. Wat ik me dan wel weer afvraag met een wiskundige als begeleider: waar is de wiskunde gebleven? Er staat geen enkele vergelijking in, voor zover ik kan zien. En dat terwijl bijvoorbeeld een relevant gebied als populatie-genetica toch een rijk terrein is voor wiskundige inzichten.

      *Verder heb ik nog even gekeken bij de “List of creationist claims” op TalkOrigins, claim CB350, Sex cannot have evolved. Geen van de referenties daar komt in de literatuurlijst voor.

      *En ten slotte: uiteraard ontbreekt het concept van “gene duplication” compleet.

      Hoe kan het ook anders?

      GEEN ID-ER  verzekerd hij ons …..  Oh, kom op zeg. In een discussie van (onder meer) het werk van Richard Lenski:

      “The changes caused by mutations and retained by natural selection were never the creation, the design, of something substantial: a new protein, biochemical pathways, or morphological features. (p. 37)”

      1. Dan had hij zich ook niet tot zijn werk uit 2004 moeten beperken, maar ook dat uit 2008 moeten lezen. Hoe kan hij dat in vredesnaam gemist hebben?

        Merk trouwens op dat het Van Rossum het werk van Lenski omschrijft als

        “examples of evolution by common descent that showed all aspects of the theory – evolution, random variation, and natural selection” en zichzelf daarbij tegenspreekt in zijn bewering dat “sexual reproduction has served as a condition for the principle of natural selection (p. 26)”.

Mijn foto

Joris van Rossum promoveert aan de VU op weerlegging van de Darwinistische verklaring van het ontstaan van sexuele voortplanting

04 februari 2013

http://korthof.blogspot.be/2013/02/joris-van-rossum-promoveert-aan-de-vu.html#comment-form

Het onderwerp
De evolutionaire verklaring van de oorsprong van geslachtelijke voortplanting. Is dit probleem door de promovendus ontdekt? Niet echt.

(filosofie ) Proefschrift Joris van Rossum:
‘On sexual reproduction as a
new critique of the theory of
natural selection.

Kritiek  op  ” natuurlijke selectie ” als (hoofd) mechanisme van de evolutie  ….

De promotoren
Prof. dr. R. van Woudenberg (*)  en Prof. dr. R.W.J. Meester zaten met Cees Dekker in de redactie van de Intelligent Design bundels ‘Schitterend ongeluk of sporen van ontwerp?‘ enEn God beschikte een worm’.

(*) …Ik lees op het blog van Jan Riemersma (ma 4 feb): “prof. Rene van Woudenberg, een bewonderaar van Plantinga” dat is een belangrijk stukje inside information dat samen met “De evolutietheorie wordt door Plantinga met een zeker gemak ontdaan van zijn belangrijkste ingrediënt, de natuurlijke selectie;” duidelijk maakt waarom van Rossum zich eveneens met gemak van natuurlijke selectie ontdoet! Er wordt mij opeens een hoop duidelijk…..

Ook de VU evolutiebioloog  Nico Van der Stralen  zat in de  beoordelingskomissie ….( van een ) een filosofisch proefschrift.

DEEN   ….. Van Straalen in de Volkskrant:

“Ik had het als biologisch proefschrift nooit laten passeren. Maar ik vond het als wijsgerig proefschrift verdedigbaar.”

Of van de voorpagina van BioNieuws:

“Dat er veel secundaire en verouderde literatuur wordt aangehaald heb ik ook geconstateerd, maar filosofen promoveren ook op Aristoteles. Daar heb ik dus niet echt een punt van gemaakt”.

Ik kan me niet voorstellen dat hij veel vrienden maakt bij wijsbegeerte met zulke opmerkingen.

*  gert korthof  …… filosofisch proefschrift.  toegelaten door een evolutiebioloog in de leescommissie die zegt dat filosofen uit verouderde literatuur mogen citeren (Aristoteles). Een bioloog die niet als bioloog oordeelt maar vindt dat het proefschrift als filosofisch ermee door kan. Maar dan gaat hij weer zijn eigen expertise te buiten.

Een bioloog kan niet oordelen of een filosofisch proefschrift OK is.

DEEN

*Citeren uit verouderde literatuur is(dus)  niet het probleem – zeker wanneer het erom te doen is om historische context te geven. Het negeren van relevante nieuwere literatuur wel – en ik mag hopelijk toch aannemen dat dat in de filosofie net zo goed opgaat.

Zoals gezegd, ik kan me zo voorstellen dat die opmerking over Aristoteles nogal beledigend overkomt voor filosofen.

gert korthof

  1. (Dat wordt dan : )  …..proefschrift toegelaten door een evolutiebioloog die oordeelt dat je recente biologische literatuur mag negeren als je het maar een filosofisch proefschrift noemt, terwijl de evolutiebioloog die dat zegt niet deskundig is op filosofisch gebied, en het proefschrift tevens zou afwijzen als het een biologisch proefschrift zou zijn geweest. Met mijn aantekening dat de promovendus zich uitspreekt over de kwaliteit van empirisch bewijsmateriaal.

    *Tenslotte

    Gert van Maanen had een filosoof opgebeld die het proefschrift een onvoldoende gaf….Wetenschapsfilosoof en opponent Henk de Regt..(Het stuk van Van Manen is van de voorpagina van BioNieuws.)

     

Dit is wat Nico van Straalen schreef  op   Facebookgroep ‘Wetenschap’  

http://www.facebook.com/home.php?#!/groups/214349838659823/

  1. “Het klopt dat ik het proefschrift heb beoordeeld, als lid van de leescommissie. Ik was niet erg gelukkig met de draai die eraan gegevenw red, maar ik vond het wel verdedigbaar. Filosofie is debat.

    Van Rossum voegt een nieuw element toe aan de discussie over de evolutie van seksualiteit namelijk dat het te beschouwen is als een premisse en niet als een uitkomst van de evolutietheorie. Daar kun je over discussieren.

    De vraag is waarom vrijwel alle planten- en diersoorten seksuele reproductie kennen, terwijl er ogenschijnlijk grote nadelen aan kleven in termen van de klassieke Darwiniaanse theorie over natuurlijke selectie.

    Over het onderwerp is zeer veel geschreven, er zijn een groot aantal verklaringen gegeven maar er is geen algemene overeenstemming over, ook niet onder evolutiebiologen.
    Een bezwaar is wel dat Van Rossum een waaier aan biologische verschijnselen schaart onder de Engelse term “sex”, terwijl maar een deel van toepassing is op zijn argumentatie.

    Er wordt geen onderscheid gemaakt tussen vermeerdering, aseksuele voortplanting, recombinatie, apomiktische en automiktische parthenogenese, enz.


    Ook is een bezwaar dat het proefschrift niet uitblinkt in beheersing van de recente literatuur.

    Het proefschrift richt zich vooral op een boek van de Engelse evolutiebioloog Richard Dawkins uit 1976. Ondertussen is er in de biologie wel het een en ander gebeurd!

    Dit punt, dat ook door de critici wordt aangevoerd, verzwakt het proefschrift zeker; aan de andere kant kun je zeggen dat het in de filosofie niet ongebruikelijk is om een proefschrift te richten op een historisch belangrijke publicatie, ook al is die al enige tijd geleden.
    Door Gerdien de Jong c.s. wordt aangevoerd dat Van Rossum ten onrechte geen onderscheid maakt tussen de “eenheid van selectie is het gen” en “natuurlijke selectie grijpt aan op het gen”.

    Het eerste is correct zoals bedoeld door Dawkins e.a. maar het tweede is niet correct: ook al is het gen de eenheid van selectie, natuurlijke selectie grijpt aan op het fenotype.

    De critici hebben hierin volkomen gelijk.

    Toch zou ik ter verdediging van Van Rossum willen aanvoeren dat juist Dawkins weinig ruimte laat tussen het gen en het fenotype. Processen volgend uit interacties tussen genen, de eenheid van het genoom, de fysiologie van de cel, de ontwikkeling van het individu vanuit een bevruchte eicel, de complexiteit van de epigenetica, worden door hem niet of nauwelijks besproken.

    Dawkins legt een directe relatie tussen een gen en een fenotypische eigenschap.

    Dat is hem niet kwalijk te nemen overigens, maar op dezelfde manier vind ik het ook minder bezwaarlijk dat Van Rossum het betreffende onderscheid niet gemaakt heeft.

    Maar laat het duidelijk zijn dat ik absoluut geen aanhanger ben van “intelligent design” zoals Van Rossum en zijn promotoren.”

     ( reactie  februari 10, 2013 om 16:16   op blogartikel  van Marleen

    1. Volgens Nico van Stralen Facebookgroep ‘Wetenschap’ (zie hierboven )
      “Van Rossum voegt een nieuw element toe aan de discussie over de evolutie van seksualiteit namelijk dat het te beschouwen is als een premisse en niet als een uitkomst van de evolutietheorie. Daar kun je over discussieren.”

      <Niet waar…..

      Dawkins had het al opgemerkt in THE SELFISH GENE p.47:

      “…since the existence of sexuality is a precondition for the whole chain of reasoning which leads to the gene being regarded as the unit of selection. I believe there are ways of escaping from the circularity, but this book is not the place to pursue the question. Sex exists.”

      1. (gerdien februari 10, 2013 )

        Het is juist dat Van Rossum denkt een nieuw element toe te voegen aan de discussie over de evolutie van seksualiteit namelijk dat seksualiteit bij Darwin te beschouwen is als een premisse en niet als een uitkomst van de evolutietheorie.

        Jammer genoeg voor Van Rossum is er niet zo’n premisse. De premisse die Gert Korthof aanhaalt( het bestaan van sexuele voortplanting =” sex exists ” )  is de

        1.-voorwaarde voor ‘het gen als eenheid van selectie’ –( = ….existence of sexuality is a precondition for the whole chain of reasoning which leads to the gene being regarded as the unit of selection…”)

        2.- niet de voorwaarde voor het “voorkomen van evolutie.”

        Bij Darwin maakt het niet uit hoe voortplanting werkt.

    1. Dawkins (1976) koppelt gen en fenotype helemaal niet direct. (Wat Nico van Straalen opmerkt in de zin die begint met Processen ..) is allemaal van na 1976. met andere woorden, Nico’s bewering is niet correct.

      Zie hfst 3 van Dawkins (1976.) Na wat biologie geeft hij een voorbeeld.

      Dawkins(1976) zegt oa op blz 40-41;

      One oarsman on his own cannot win the ox and Ca boat race. He needs 8 colleagues. … Rowing is a cooperative venture.” (Dan komt er iets over hoe de coach oarsmen kiest). … “It is only on average that the best men tend to be in the winning boat”. “The oarsmen are genes. ….As far as the survival of any one body is concerned, all its genes are in the same boat. “… …..”A gene which cooperates well with most of the other genes which it is likely to meet in successive bodies …. will tend to have an advantage”.


      blz 48: “I hope to have said enough … to show that there is really no disagreement here. Just as whole boats win or lose races, it is indeed individuals who live or die, and the immediate manifestation is nearly always at the individual level. But the long-term consequences of non-random individual death and reproductive success are manifested in the form of changing gene frequencies in the gene pool”.
      (Italics zijn van Dawkins.  )

J van rossum

 

In december 2012  promoveerde Joris van Rossum aan de VU op een filosofische verhandeling over de evolutietheorie. Hij stelt dat natuurlijke selectie het bestaan van seksuele voortplanting niet kan verklaren. Het bestaan van seks is volgens Van Rossum een falsificatie van Darwin’s evolutietheorie.

Die conclusie is een fundamentele misvatting, stellen Arjen de Visser, Rolf Hoekstra, Duur Aanen en de Utrechtse evolutiebioloog  Gerdien  de Jong   in een brief in Bionieuws.

Waarom is sex niet weggeselecteerd  ? 

Seksuele voortplanting geeft voordeel op lange termijn

10 april 2012

Wetenschappers vinden  genetisch bewijs dat seksuele voortplanting beter is voor soortsbehoud dan aseksuele reproductie.

Schotse wetenschappers schrijven dat deze week in Genome Biology and Evolution.

Eigenlijk was het al wel duidelijk dat seksuele voortplanting evolutionair de voorkeur geniet bij de hogere organismen ….. Er gaat wel veel tijd en energie verloren in de vele paringsrituelen die het dierenrijk rijk is, dat er hoe dan ook, wèl een groot evolutionair voordeel aan sexuele voortplanting   moest vastzitten.

Genetisch bewijs daarvoor ontbrak echter nog grotendeels. De Schotten brengen daar nu verandering in door het DNA van fruitvliegjes die aan seksuele voortplanting dan wel aan aseksuele voortplanting deden te onderzoeken.

……   Het bleek dat het steeds opnieuw   combineren van(verschillende  ) moeder- en vader-DNA zorgde dat schadelijk stukjes genetische informatie binnen een paar generaties verdwenen.

Bij ( vliegjes  met )aseksuele (clonale ) voortplanting   hoopten  “slechte ” mutaties / kombinaties  zich snel op in de opeenvolgende generaties van die asexuele lijn . ….. omdat vliegjes uit die asexuele  groep zich minder goed voortplantten en vaker kindervliegloos stierven ,verdween dat matige en weinig flexibele  DNA snel uit de populatie……   of     ” de aanwezigheid  van  een   nieuw optredende  groep  asexuele vliegjes     verdwijnt  vermoedelijk snel uit de  totale  fruitvliegjes  populatie  waarbinnen   ze onstonden  ” …..Die bestond uiteindelijk   alleen nog uit vliegjes die zich seksueel voortplantten.

“De resultaten vormen een sterk bewijs dat seksuele voortplanting een soort in staat stelt om te zorgen dat schadelijk( of ondermaats )  DNA op lange termijn uit zijn genetische informatie wegblijft,”     zegt Penny Haddrill tegen de BBC

° Door willekeurige mutaties van genen krijg je ook meer variatie. Voor een individu of een enkele lijn zal een mutatie vaker ongunstig dan gunstig zijn. Een klein deel van de mutaties kan echter tot positieve nieuwe eigenschappen leiden waardoor een nieuwe lijn ontstaat die sterker is.

  1. Toch zijn er nog een hoop organismen die zich  blijvend  asexueel voortplanten. Naast eencelligen zijn er ook veel planten, schimmels, insecten, vissen en zelfs reptielen*, amfibieen en vogels die zich( occasioneel of langdurig )  asexueel(kunnen )  voortplanten.
  1. Volgens mij is het verhaal dus iets
  2.  genuanceerder.
  • °Soorten die zich asexueel voortplanten kunnen bijvoorbeeld investeren in veel nakomelingen ipv een paar genetisch goede nakomelingen. Wat je bij veel soorten ziet is asexuele reproductie bij lage populatiedichtheden voor snelle kolonisatie van een habitat of voedselbron , om vervolgens over te schakelen naar sexuele reproductie wanneer het druk genoeg is.(overbevolking en/of de voedselbron uitgeput )  bijvoorbeeld   bladluizen – bepaalde donderbeestjes die zich voeden met paddestoelen  ……zie daarover ook  in bredere context :

Systematiek.

De bladluizen of Aphididae worden tegenwoordig ondergebracht in de onderorde Sternorrhyncha, samen met de schildluizen (Coccidae en Pseudococcidae), de bladvlooien (Psyllidae) en de witte vlieg (Aleyrodidae). Met de onderorde van de cicaden (Auchenorrhyncha) en de wantsen (Heteroptera) behoren ze tot de orde der snavelinsecten of Hemiptera. Bladluizen op naam brengen, is morfologisch haast een onmogelijke opdracht. In een studie van 1995 stellen E. Jörg en G. Lampel : “The taxa of the Aphis fabae group s. str. are morphologically difficult to separate or inseparable.” De moeilijkheid om bladluizen te determineren is gedeeltelijk waarschijnlijk ook te wijten aan de verschillende verschijningsvormen die een enkele soort binnen een jaarcyclus doorloopt.

 

Levenscyclus.

(-NOTA :     merk  vooral  op dat de sexuele vormen  en de sexueel bevruchte  overlevende -eitjes  “verschijnen ” voordat de herfst overgaat in de(dodelijke )  winter  )

Er bestaan twee typen ontwikkelingscycli :

  1. auto-ecisch : gastheer of waardplant specifiek (auto + Gr. oikos, huis = zelfde huis)
  2. hetero-ecisch : met wisselende gastheer of waardplant

Bij de auto-ecische cyclus bewonen de bladluizen één of een paar specifieke plantengenera – o.a. de zuringluis. Bij de hetero-ecische cyclus huizen de bladluizen op planten van twee verschillende families. Herfst, winter en lente vertoeven ze op een houtachtige waardplant (= de primaire waardplant) en in de zomer voeden ze zich op een kruidige plant (= secundaire waardplant) – o.a. de zwarte bonenluis.

Aphis fabae

Cyclus van de zwarte bonenluis (Aphis fabae).

  • A : fundatrix ¹
  • B : fundatrigenia ²
  • C : emigrant in de lente
  • D : ongevleugelde exule
  • E : gevleugeld exule of emigant in de zomer
  • F : gynopara of emigrant van de herfst ³
  • G : mannetje
  • H : ovipara
  • I : ei

Aphis rumicis

Cyclus van de zuringluis (Aphis rumicis).

  • A : fundatrix
  • B : ongevleugelde vorm
  • C : gevleugelde vorm
  • D : sexupara
  • E : ovipara
  • F : mannetje
  • G : ei
  • ¹ vleugelloze stammoeder die ontwikkelde uit een overwinterd eitje 
  • ² vleugelloze levendbarende bladluis die parthenogenetisch levend door de fundatrix werd gebaard 
  • ³ een gevleugelde vorm die enkel sexuele wijfjes voortbrengt (lat. parere, voortbrengen of baren) 

De levenscyclus van de zwarte bonenluis is waarschijnlijk de best bestudeerde en laat ons zowat met alle fenotypen kennismaken. Al naargelang de klimatologische omstandigheden komen de fundatrices in de tweede helft van maart uit de eitjes en gaan zich voeden op de winterplant. Na drie tot vier weken zijn ze volwassen en beginnen ze hun jongen voort te brengen (= de fundatrigeniae). In de tweede helft van april treffen we zowel ongevleugelde als gevleugelde fundatrigeniae op de winterplant aan. De gevleugelden (fundatrigeniae alatae) migreren naar de zomerplanten waar ze enkele dagen na de laatste vervelling jongen beginnen te baren. In de maanden september / oktober verschijnen de gynoparen en de mannetjes en migreren de gynoparen naar de winterplant. Op de winterplant worden de ongevleugelde oviparen geboren die daar hun eitjes zullen leggen om te overwinteren.

  • In sommige gevallen kunnen  asexuele  populaties  duizenden jaren overleven zonder seksuele reproductie, of zelfs de mogelijkheid hiertoe verliezen.(Denk aan bepaalde raderdiertjes )
  • *  zo bijvoorbeeld  bestaat het vermoeden dat
  •  wijfjes  die stranden  op een onbewoond eiland (zonder mannetjes  dus ) kunnen overgaan op parthenogenese ( –> zie het geval van een   komodovaraan in gevangenschap en bij afwezigheid van mannetjes  )
  • zie ook 
  •  http://en.wikipedia.org/wiki/Evolution_of_sexual_reproduction        

Joris van Rossum //advalvas.vu.nl/achtergrond/reactie-joris-van-rossum-op-de-kritiek-op-zijn-proefschrift”…..  5. Ik zou beweren dat mijn werk de theorie van natuurlijke selectie zou falsificeren. Zo nadrukkelijk trek ik deze conclusie nergens.

Hoofdstuk 4 behandelt de delicate relatie tussen een falsificatie in haar meerdere betekenissen en de conclusies van mijn werk.

De bovengenoemde bewering is daar echter niet aan te treffen. ...”

Mijn foto

   …..  hoofdstuk 2: The Inability of the theory of Natural Selection to Explain Sexual Reproduction, ……..wat is het verschil met falsificatie?
°
Van Rossum  (in Nederlands Dagblad):Volgens Van Rossum is het correct dat ZIJN  interpretatie van de ideeën van Dawkins, Monod en Williams afwijken van huidige literatuur. 
‘Mijn punt is dan ook juist dat de biologen die ik behandel een fout maken als ze beweren dat met hun model biologische eigenschappen te verklaren zijn. Dit is een van de belangrijkste stellingen van mijn werk.
°
Gerdien De jong  :  
Met andere woorden,
1) volgens Van Rossum begrijpt alleen Van Rossum D, W en M;
2) en volgens Van Rossum heeft de hele huidige literatuur D, W, M niet begrepen.
°
(Riemersma )
seksuele voortplanting, het husselen van genen, past toch als geen ander verschijnsel bij Darwins idee van natuurlijke selectie? 

  1. Bovendien: als Van Rossum meent dat hij een conceptuele (een filosofische fout, zeg maar) fout heeft ontdekt in Dawkins voorstel dat het gen de ‘eenheid van selectie’ is, dan betekent dit toch niet dat natuurlijke selectie niet deugt: dan betekent dit in eerste instantie dat Dawkins inzichten niet juist zijn…..

    1. Korthof :  waarom zou er  ….. (alleen  )sexueel  worden  voortgeplant .)….als het asexueel ook kan (voor een vrouw dan, parthenogenese, stekje van de Fuchsia)?

      Waarom zou je nakomelingen produceren die maar de helft van jouw genen bevatten en de andere helft van een vreemde?

Gerdien de Jong
Het was nogal een hype, “waarom seksueel als het ook aseksueel kan,” 
– in veel gevallen(= dus niet altijd en overal  )  kan het doodgewoon niet aseksueel. Bijvoorbeeld omdat de mannelijke gameet het centriool dat nodig is voor de verdeling van de chromosomen over de dochtercellen meebrengt, en de vrouwelijke gameet die niet heeft.
Of, bij de zoogdieren, omdat in de zygote de vaderlijke genen een ander methyleringspatroon hebben dan de moederlijke, en de vaderlijke genen nodig zijn bij de aanleg van de placenta.
Het methyleringspatroon wordt pas later bijgesteld tot ‘nieuw individu’. 
  1. methylering etc zijn NU nodig, maar het houdt in dat de handhaving van seksuele voortplanting in beesten die NU uitsluitend seksueel zijn een fysiologische zaak is.

    Parthenogenese in vertebraten is redelijk zeldzaam.
    Veel van de evolutionaire redenering was: “stel dat een vrouwtje twee dochters maakt in plaats van een dochter en een zoon” waarbij voor het leuke van de redenering alle praktische bezwaren niet telden.
    In de vroege literatuur over seksuele voorplanting en de vraag ‘waarom niet aseksueel’ werden oorsprong en handhaving van seksuele voortplanting(=waarom het niet “weggeselecteerd raakte ? )  op één hoop gegooid.

    Alles over ‘kosten van mannetjes’ ‘genetische variatie als bescherming tegen ziekten’ gaat over handhaving van seksuele voortplanting.

    De oorsprong van seksuele voortplanting is een heel andere, als ik de recente literatuur goed lees: alle eukaryoten (organismen met een echte celkern) hebben de meiose, en zijn van oorsprong (facultatief) seksueel. Daarmee komt de oorsprong van de meiose, en daarmee van seksuele reproductie, samen te hangen met de oorsprong van de eukaryoten – en dat is nogal een groot onderwerp.
    Het beste voorstel dat ik gezien heb is dat de meiose met die vorm van recombinatie begint als DNA reparatie en verdediging tegen Horizontal Gene Transfer, in een proto-eukaryoot, dus voordat het mitochondrium kwam samenleven ( ** ) .

    (**)Het verschil tussen een protoeukaryoot en een eukaryoot is het mitochondrium. De protoeukaryoten hebben het dus wel ‘lang genoeg’ gered, maar niet op zichzelf….

    (Tsjok)Ze hebben dit  “bacterieel”  deeltje ingevangen–> endosymbiose theorie   )

    Het idee is eerst haploide eukaryoten die zo af en toe aan syngamie gevolgd door meiose doen: dwz isogamie met een bijna volledig haploide levenscyclus.

    Dan isogamie met een levenscyclus die overschuift naar diploid.

    Dan de oorsprong van anisogamie, dwz twee typen gameten, een die een grote hoeveelheid voedsel meeneemt voor de volgende generatie, en een tweede die daar profijt van trekt door snel en klein te zijn. 

    En dan anisogamie met gedwongen afhankelijkheid van elkaar. 

    1. het idee is dat de protoeukaryoot zijn DNA in een meiose met recombinatie repareerde, en HGT met nadelige effecten kon verhinderen. Niet-repareren en HGT zou tot verstoring van whatever protoeukaryoten eigenlijk deden om in leven te blijven,  leiden.

      1. Natuurlijke    selectie blijft   overal en altijd aanwezig  , onder meer  omdat het uit de covariantie tussen fenotype en fitness bestaat: het is niet te vermijden. Mutaties geven ” het tempo en  het  ‘wat’ &’ waar’ ….. Dat is niet bepaald nieuw of wereldschokkend.

        Maar  denk vooral niet dat ALLE evolutie( noodzakelijk ) het gevolg is van natuurlijke selectie  

        ( Tsjok) er is (bijv oorbeeld).  ook genetische drift  ) maar vroeg of laat  gaat  de  NS in alle geval   een rol  spelen  ….

Marleen

Het hele ( creationistisch getinte  ? ) schrijfsel   staat of valt met de stelling dat  : 

” ….Dawkins (en Monod etc.) beweerd zouden hebben dat natuurlijke selectie ( uitsluitend ( althans dat wordt  toch weliswaar heimelijk  , gesuggereert ) ) op niveau van het gen opereert….”
Aangezien het niet waar is dat vermelde   schrijvers/biologen dit beweerd hebben, staat het hele proefschrift op losse schroeven. (=  het gebruikt nml  een stroman )

°gert korthof

-Dawkins etc hebben ‘the replicator’ ingevoerd als vervanger van het organisme om ‘parasitair dna’ (selfish dna, bv ALU is een miljoen maal gecopieerd in de mens) en ‘kin selection’ (het gaat niet om het individu maar om genen in het individu die ook in verwanten voorkomen) te kunnen verklaren……

Anders zou je moeten zeggen dat

(bijvoorbeeld )  alle ALU repeats nuttig zijn voor het organisme en een verwante helpen ten koste van jezelf nuttig zou zijn voor jezelf. Omdat ALUs zich vermenigvuldigen en dus hun frequentie ten opzichte van al het andere DNA toeneemt is dat stukje DNA kennelijk de unit of selection……..en altruisme: genen zijn kennelijk de unit of selection omdat die profiteren van altruisme.

– ALU heeft eigenschappen die het mogelijk maken zich te vermenigvuldigen gedurende opeenvolgende generaties (celdelingen) in het milieu van de cel. Die moleculaire eigenschappen van ALU zijn adaptaties om zich te vermenigvuldigen.

Het maakt ook  niet uit HOE ALU het doet: het vermenigvuldigt zich frekwenter (  ten opzichte van al  het ander DNA .)Kennelijk heeft ALU een eigenschap die andere stukken DNA niet hebben. Die eigenschap is een adaptatie.

 DEEN …..Het idee is….. dat, vanuit het oogpunt van een ALU sequentie, de rest van het DNA en de enzymen in de cel gewoon deel uitmaakt van zijn “leefomgeving“. Het is binnen die leefomgeving dat het zich voortplant en evolueert en dat er selectie plaatsvindt – niet op het niveau van de menselijke voortplanting

      //  Alle organismen zijn afhankelijk van externe energie en grondstoffen bronnen, per definitie zou ik zeggen, dat is niet specifiek voor ALU. Voor ALU zijn alle energie en grondstoffen bronnen in de cel de externe bronnen.

DEEN,/Marleen  :    dat het Alu in de cel zou leven is eigenlijk net zo als met virussen. Die leven ook in de cellen, maar worden niet als levende organismen beschouwd. Toch zijn ze aan natuurlijke selectie onderhevig. Dus wanneer we ALU als een virus zouden beschouwen is het probleem eigenlijk opgelost wat mij betreft. Maar dan moet men zich wel realiseren dat een virus gebruik maakt van de eiwitten en ander materiaal van de cel.

  …..evolutie  (geldt voor )ieder self-replicating system dat erfelijke variatie produceert dat verschil in fitness oplevert,

Natuurlijke selectie in de RNA-wereld …

RNA uit de RNA-wereld is ook onderhevig aan natuurlijke selectie.
(want )
 …..evolutie  (geldt voor )ieder self-replicating system  *dat erfelijke variatie produceert dat verschil in fitness oplevert,

(Tsjok   * ……Ook immaterieele ” ideeen ” ( memen ? ) ,  hun  dragers  ( bijvoorbeeld talen / muziek / beelden )/ en   vehikels ( schriften /kunstwerken ) evolueren wanneer ze in staat zijn veel verschillende ontvangende  breinen als  nieuwe   materieele voertuigen ,  (vertikale en horizontale  verspreidings  )    verdere copieermachines te gebruiken
Die hersenen zullen bovendien die ontvangen  “ideeen ” muteren /aanpassen aan de persoonlijke inzichten , verworvenheden en werking van het  “bewoonde ” brein ( dat fungeert als gastheer ) —>

http://en.wikipedia.org/wiki/Origin_of_language

http://en.wikipedia.org/wiki/The_Language_Instinct

http://en.wikipedia.org/wiki/Evolutionary_linguistics

)

Marleen

Peter Schuster meent dat ….in de evolutie onderscheid kan worden gemaakt tussen genotype en fenotype. Hij past dit dit toe op RNA-moleculen : nml …. dan is een RNA-molecuul zowel fenotype
als genotype, waarbij het de sequentie( het stukje op zichzelf fiunctionerend code /recept ) is die het genotype vormt
en de structuur ( driedimensionale materieele ontwikkelde verschijningsvorm= het stereometrisch molecuul- type ) het fenotype , is.

Schuster over RNA:
“….genotype and phenotype are two features of the same molecule, sequence and structure, respectively.”

Daaruit kan waarschijnlijk afgeleid worden dat = het genotype en fenotype van de Alu sequentie misschien gezocht kunnen worden in de RNA-versie van de sequentie dat wellicht een
speciale structuur heeft. Dat stukje wordt dan in reverse getranscribeerd om er DNA van te maken.

(Naar Marleen  )

“…..(Uiteindelijk  moet  er in de loop van de verdere ontwikkeling van het ” levende “uit de  dode stof  , ergens   ) …. een punt  zijn waarop het genotype in fenotype overgaat ( en dat heeft Schuster heel duidelijk aangegeven). Dat bevindt zich op niveau van het RNA. Verwijzingen naar Schuster zijn inderdaad erg nuttig(  want  hij   weerlegd  daarmee  de  these  dat   “fitness achteraf geredeneer” is . )

(Natuurlijke  selectie  is daarom  geen) post hoc redenering  (en/of  evolutie  is  niet het resultaat  van een  cirkelbeweging )….Er is  veeleer  ( sprake van )een helica, een wenteltrap  die evolutie ‘vooruit’ stuwt. 

http://digilander.libero.it/quartetto.duemondi/pictures/Wenteltrap.jpg

Wenteltrap

http://www.tbi.univie.ac.at/~pks/Preprints/pks_251.pdf

gert korthof februari 10, 2013 om 15:34

Het phenotype van ALU:

  1. The resulting elements successfully propagated in diverging primate lineages until about approximately 20 Myr ago, conserving similar sequence features and essentially the same Alu RNA secondary structure.

    We suggest that until that time the same “retropositional niche”, molecular machinery making possible the proliferation by retroposition, constrained the evolution of Alu elements in extant primate species.

    (‘Monophyletic origin of Alu elements in primates‘).

    Dus: ALU is een dna sequence met de Alu RNA secondary structure als phenotype, wat het mogelijk maakt zich te vermenigvuldigen.

    De “retropositional niche” is het milieu (de germline cellen van primaten) waarin ALU zich kan vermenigvuldigen.

    Het is parasitair, selfish dna omdat het zich vermenigvuldigd binnen het genome van de gastheer zonder bij te dragen aan de fitness van de gastheer, net als virussen.

    • (Marleen ) Het is nu wel duidelijk. Wat ik me wel afvraag is wat de auteurs precies bedoelen met de secondary structure of ALU-RNA. Net zoals bij Schuster het fenotype van RNA de structuur van het RNA is ?

      (Korthof )

      1.  hoe Dawkins ALU (surplus DNA) zou verklaren zie p.47 TSG:

        “But from the point of view of the selfish genes themselves, there is no paradox. The true ‘purpose’ of DNA is to survive, … The simplest way to explain the surplus DNA is to suppose that it is a parasite, or at best a harmless but useless passenger…”

 

Marleen 

…..Het ( proefschrift  van Van Rossum  ) is  geen (deugdelijke )filosofie ( zie  hieronder op (1) de brief van wetenschapsfilosoof  Henk  De Regt ) en geen(deugdelijke )  biologie: het gaat uit van een fout gegeven.

(het is met andere woorden een  stroman  die hier wordt aangevallen wanneer  Van Rossum bij zijn beweringen ( over Dawkins en co) blijft  ) 

(Marleen schreef iets uitgebreider op haar blog : ) 

” …..De inmiddels gepromoveerde Joris van Rossum stelt dat de verschillende biologen en met name Richard Dawkins uitgaan van het idee dat natuurlijke selectie op het gen inwerkt.

Maar Dawkins stelt juist dat niet het gen maar het fenotype door natuurlijke selectie geselecteerd wordt; het gen is daarentegen de eenheid van selectie.

Dawkins geeft in zijn boek ‘The Selfish Gene’ het voorbeeld van roeiers en een boot( zie hierboven ook hierboven  G De Jong ) . De roeiers zijn de genen, ofwel de uniteiten van selectie en de boten(= het voertuig )  zijn het fenotype (de eiwitten, de cellen, de organismen).

De beste roeiers (= de genenset ) winnen de race, maar doen dat niet afzonderlijk.

Het is de boot die wint en de roeiers krijgen allemaal een medaille (= worden doorgegeven aan de volgende generatie). Dit voorbeeld wordt door Dawkins nog verder uitgebreid (maar heeft voor de discussie  over Van Rossum )verder geen zin.

Aangezien het proefschrift uitgaat van een fout gegeven is haar stelling ongefundeerd. ” 

gert korthof februari 10, 2013 om 16:45

Dawkins heeft het over:

– 8 roeiers in 1 boot.

  1. many good genes are in bad company
    – the pool of alternative candidates is the gene pool


    Goede genen worden continue getest in het team van 8 genen.
    Gemiddeld zullen de goede genen in winnende boten zitten.


    Maar hier is mijn probleem:
    Nu zijn er in de mens plm 30.000 roeiers (eiwit coderende en rna coderende genen) + een hele hoop nietsnutten (junk DNA).
    Je zou oneindig veel wedstrijden moeten houden waarbij iedere alternatieve kandidaat roeier aan de beurt komt om getest te worden tegen alle andere roeiers.
    Dit gaat mijn wiskundig talent te boven!

    Ik hoop dat een wiskundig genie heeft uitgerekend hoeveel westrijden je moet houden om al de 30.000 roeiers te testen en hoe lang dat duurt rekeninghoudend met het feit dat er gedurende al die wedstrijden zich nieuwe roeiers aanmelden (=de novo mutaties) en hoe effectief goede roeiers geselecteerd en slechte roeiers geëlimineerd kunnen worden.niet

    Echter  

    (Marleen )

    NIET  ……. iedere roeier wordt noodzakelijk   één voor één getest, maar de hele ploeg

    ( = de totale aanwezige genenset( hoeveel genen zijn er minimaal nodig om een onafhankelijk levensvatbaar  zichzelf voortplantend organisme mogelijk te maken   ?)   van het “voertuig “zelf , neemt deel  de race …. en  ontvangt een prijs  :   het  plant zich voort  met inbegrip van de constructie van een nieuw voertuig  met het oog op mogelijke  toekomstige sleet  /En natuurlijk kunnen  er ook roeiers vervangen worden  door betere varianten/equivalenten  ervan   )

    TENSLOTTE ; 

    (Marleen )

    De inmiddels gepromoveerde promovendus ging er van uit dat Dawkins het gen of  GENOTYPE  beschouwde als dat “wat onderhevig is aan selectie,” ……. terwijl Dawkins, vooral met zijn roeiboten voorbeeld, laat zien dat het het FENOTYPE   is dat geselecteerd wordt. Van Rossum   heeft Dawkins dus verkeerd geinterpreteerd. Dit is een fundamentele fout aangezien zijn stelling dat seksuele reproductie niet kan voortkomen uit natuurlijke selectie daarop( een kritiek op  grotendeels  Dawkins     gebaseerd is

    • Dat van Rossum Dawkins verkeerd heeft geinterpreteerd is duidelijk, dat beweert zowel Gerdien de Jong (zie haar artikel in Bionieuws) als Nico van Straalen. (Zie zijn commentaar in de groep Wetenschap op Facebook).
      Het uitgangspunt van het proefschrift zit   helemaal fout ….  nml
      Als je beweert dat natuurlijke selectie het gen betreft dan zit je behoorlijk fout. Het is ook uiterst irritant als hij daarmee de grote biologen probeert te weerspreken.
      Het is zo verdomd pretentieus !

      (1)

      Evolutieproefschrift: kritiek van wetenschapsfilosoof Henk de Regt

      VU-wetenschapsfilosoof Henk de Regt zat in de leescommissie van het omstreden evolutieproefschrift van Joris van Rossum. Als enige adviseerde hij negatief. Hij betreurt het dat de discussie het imago van de wetenschapsfilosofie beschadigt.

      Geachte redactie,

      Ad Valvas #10 bespreekt het proefschrift van Joris van Rossum, dat media-aandacht kreeg omdat biologen uit Utrecht en Wageningen bij de rector magnificus tegen deze promotie protesteerden. Ik was lid van de leescommissie en heb (als enige) negatief geadviseerd. De promotie kon zodoende doorgaan, want een leescommissie hoeft niet unaniem maar slechts in meerderheid positief te oordelen.

      Wat ik nu betreur, is dat in de media de suggestie gewekt wordt dat een filosofisch proefschrift dat een onjuiste of achterhaalde weergave van de evolutietheorie geeft, toch acceptabel kan zijn. Alsof in de filosofie alles maar mag en kan. Dit is een misvatting: wetenschapsfilosofen die (bijvoorbeeld) de evolutietheorie onderzoeken, moeten (1) die theorie goed begrijpen en (2) hun filosofische conclusies goed beargumenteren.

      De discussie gaat nu over de vraag of het proefschrift aan voorwaarde 1 voldoet. In mijn advies aan de promotoren Ronald Meester en René van Woudenberg heb ik beschreven dat het proefschrift in elk geval niet aan voorwaarde 2 voldoet. De extreem sterke conclusies van Van Rossum zijn onvoldoende onderbouwd. Een passage uit het Advalvas-artikel illustreert dit. Bioloog Nico van Straalen, die het proefschrift goedkeurde, stelt dat seksuele reproductie ‘vooralsnog een nog niet goed begrepen probleem is.’ Van Rossum beweert echter iets veel sterkers: de theorie van natuurlijke selectie zou ‘fundamenteel’ niet in staat zijn om seksuele reproductie te verklaren. Dat is nogal een verschil. Om die laatste stelling te bewijzen zou hij een goede filosofische analyse moeten geven van wat wetenschappelijke verklaring inhoudt – dat heeft hij niet gedaan. Een vooralsnog onbegrepen fenomeen bestempelen als fundamenteel onverklaarbaar vereist een gedegen filosofische argumentatie, die helaas ontbreekt.

      Het proefschrift sluit af met een non sequitur: het ‘naturalistische paradigma’, dat de werkelijkheid in louter natuurlijke, materiële termen wil verklaren, zou in gevaar zijn. Maar zelfs als seksuele reproductie niet middels natuurlijke selectie te verklaren zou zijn, dan hoeft het naturalisme nog niet opgegeven te worden. De naturalistische benadering is in de biologie (en in de wetenschap in het algemeen) zeer succesvol gebleken. Door Van Rossum voorgestelde alternatieven als vitalisme, dat het bestaan van een niet-materiële ‘levenskracht’ aanneemt, hebben daarentegen geen enkele empirische toets doorstaan.

      Henk de Regt (UHD wetenschapsfilosofie, Faculteit der Wijsbegeerte)

      Henk de Regt

      11 februari 2013

      (2) Zie ook  hieronder   de kritiek van wetenschapsfilosoof en Bioloog  Arno Wouters  

      1. Arno wouters   is gepromoveerd in de wetenschapsfilosofie (om precies te zijn: in de filosofie van de biologie).

        studeerde biologie in Wageningen en filosofie in Groningen. Hij promoveerde als wetenschapsfilosoof, en specialiseerde in de filosofie van de biologie.
        Hij publiceerde o.a. over ‘explanation in biology’. (homesite)

         

      ‘Evolutie van seks prima te verklaren’

      Filosoof Pouwel Slurink over omstreden VU-promotie evolutietheorie

      dinsdag 12 februari 2013
      ‘Als een universiteit op een levensbeschouwelijke grondslag berust, moet haar identiteit niet dogmatisch doorsijpelen in het onderzoek.’ Zo reageert filosoof Pouwel Slurink op de omstreden verhandeling over de evolutietheorie waarop filosoof-bioloog Joris van Rossum promoveerde aan de protestantse Vrije Universiteit. Pouwel zelf is in 2002 aan de katholieke Radboud Universiteit Nijmegen gepromoveerd op Why Some Apes Became Humans, over de evolutie van kennis, bewustzijn en cultuur.

      Natuurlijke selectie kan het bestaan van seksuele voortplanting niet verklaren, stelt Van Rossum in zijn proefschrift On Sexual Reproduction as a New Critique of the Theory of Natural Selection.

      Hoe terecht is die kritiek op de evolutietheorie?, is de vraag aan Slurink.

      ‘Ik heb het proefschrift niet gelezen’, antwoordt hij. ‘Ik ken het dus alleen via de berichtgeving erover. Ik kan wel iets zeggen over de claim dat natuurlijke selectie het bestaan van seksuele voortplanting niet kan verklaren. Vanuit het individu gezien lijkt seks inderdaad vreemd. Dat stopt daar veel energie in, terwijl het er maar de helft van zijn genetisch materiaal mee doorgeeft. Ongeslachtelijke voortplanting lijkt dus veel logischer.

      ‘Die komt ook veel voor, bijvoorbeeld bij bacteriën, veel planten en sommige soorten insecten. Als je gaat kijken zie je dat het om soorten gaat die veel in dezelfde omgeving verblijven. Neem bladluizen, die planten zich in de zomer vooral ongeslachtelijk voort en dat gaat inderdaad enorm efficiënt, ze poepen er soms wel twintig generaties per jaar uit. Maar in het najaar gaan ze wel paren, en daar komen opeens gevleugelde vormen uit voort. Doordat die vleugels hebben, komen ze in allerlei verschillende soorten omgeving terecht.

      ‘Dat is belangrijk voor waar wij het nu over hebben, want willen de bladluizen in verschillende soorten omgeving overleven, dan moeten ze adaptief zijn, zich aanpassen. En dat lukt eerder als ze voortkomen uit geslachtelijke voortplanting, omdat ze dan verschillende soorten genen hebben. Het is een lotto: zet verschillende types uit en de kans is groter dat sommige daarvan de eigenschappen bezitten die nodig zijn om te overleven in een bepaalde omgeving. En daar gaat het om, volgens de evolutietheorie. Die kijkt niet vanuit het gezichtspunt van het individu – waarvoor geslachtelijke voortplanting zoals gezegd vreemd lijkt te zijn – maar vanuit dat van de genen. Vanuit evolutionair gezichtspunt gezien plant je je niet als individu voort; je genen planten zich via jou voort.

      ‘Je kunt het vergelijken met een band. Je kunt altijd dezelfde bezetting houden. Je kunt ook zeggen: we nemen eens een nieuw drummer, we nemen eens een nieuwe gitarist. Als je dat geregeld doet is de kans groter dan je je aanpast aan de omgeving en een hit scoort.’

      Volgens Slurink is de claim dat natuurlijke selectie het bestaan van seksuele voortplanting niet kan verklaren al vaker gemaakt, en is die ook al veel vaker weerlegd. Ook de Wageningse evolutiebioloog Arjen de Visser stelde dat Van Rossum achter de feiten aanloopt. ‘We kunnen de evolutie van seks in principe prima verklaren’, stelde hij in Resource, het blad van zijn universiteit. ‘Daarover is ook heel veel gepubliceerd, maar Van Rossum haalt maar weinig en selectief relevante literatuur aan.’

      Samen met drie collega’s schreef De Visser in vakblad Bionieuws dat Van Rossum nooit had mogen promoveren. Zijn promotoren, die ‘geen expertise in de evolutiebiologie bezitten’, hadden hem niet moeten begeleiden. Een van hen is VU-hoogleraar filosofie René van Woudenberg. De ander Ronald Meester, VU-hoogleraar waarschijnlijkheidsrekening. Meester en Van Woudenberg zijn onder meer bekend van het door hen samen met Cees Dekker geredigeerde boek Schitterend ongeluk of sporen van ontwerp? – Over toeval en doelgerichtheid in de evolutie, dat vaak wordt gezien als een pleidooi voor Intelligent Design.

      ‘Ondanks het feit dat formeel juist is gehandeld’, heeft VU-rector magnificus Lex Bouter op 8 februari geschreven in een brief aan de evolutiebiologen die het oneens zijn met de promotie van Van Rossum, ‘en dat er dus kennis is van de wijsbegeerte van de biologie in het promotieteam, wil ik benadrukken dat het raadzaam zou zijn geweest een evolutiebioloog bij het promotieteam te betrekken.’ In de commissie, die het werk na voltooiing beoordeelt en adviezen kan geven voor verbeteringen, zat wel een evolutiebioloog, Nico van Straalen. ‘Ik vond het wel verdedigbaar omdat het originele gezichtspunten bevat en een relevant probleem aan de orde stelt.’, zei de hoogleraar dierecologie aan de VU tegen het Reformatorisch Dagblad.Dat er veel secundaire en verouderde literatuur wordt aangehaald, heb ik ook geconstateerd, maar filosofen promoveren ook op Aristoteles. Daar heb ik dus niet echt een punt van gemaakt.’

      Moeten we ons nu zorgen maken over het academisch niveau van de VU?

      ‘Ik ben zelf aan een katholieke universiteit gepromoveerd, de Radboud Universiteit Nijmegen’, zegt Slurink. ‘Ik sta daar inmiddels wat verder van af, dus ik kan nu wel zeggen dat ik het gevaarlijk vind om een universiteit te bouwen op een levensbeschouwing. Als een universiteit op een levensbeschouwelijke grondslag berust, moet haar identiteit niet dogmatisch doorsijpelen in het onderzoek. Daar lijkt het ook op bij het onderzoek dat René van Woudenberg nu doet voor de Templeton Foundation.

      Persoonlijk denk ik dat je in plaats van je over de hele linie tegen de wetenschap te verzetten, beter kunt kijken hoe je vanuit de wetenschap zinvolle filosofie kunt bedrijven. Wat de VU doet, tendeert naar selectief verzet. Zo verzet Van Woudenberg zich tegen de radicale conclusies die Dick Swaab trekt uit zijn hersenonderzoeken, terwijl veel hersenwetenschappers genuanceerdere standpunten innemen. Dit neigt ertoe een karikatuur te maken van de wetenschap. En dan impliciet laten dat het christelijk geloofsgoed beter is, zonder te kijken naar de redenen waarom mensen dat geloofsgoed achter zich gelaten hebben. Alsof terugkeer naar religie nog een optie is… Je moet niet proberen om gaten te schieten in de wetenschap, in de hoop dat God in een iets groter gat blijkt te zitten. Dan krijg je de God van de gaten.’

      Maarten Meester

      Zie verder:
      Het proefschrift van Joris van Rossum On Sexual Reproduction as a New Critique of the Theory of Natural Selection
      Open brief Van Rossum, reactie op reactie biologen

      20  februari 2013

      Van Rossums Rode Haring

      Gastbijdrage Arno Wouters

      Joris van Rossum betoogt in het proefschrift waarop hij in december vorig jaar aan de VU promoveerde bij de faculteit wijsbegeerte dat “the theory of natural selection” ontoereikend (“insufficient”) is, ‘ontoereikend’ in de zin dat deze theorie niet alle biologische verschijnselen kan verklaren. Van Rossum pretendeert een nieuw en fundamenteel probleem m.b.t. het ontstaan van seksuele voortplanting naar voren te brengen: de “theorie van natuurlijke selectie” zou het bestaan van seksuele voortplanting veronderstellen en het ontstaan daarvan dus niet kunnen verklaren. In deze gastbijdrage laat ik zien dat Van Rossums argumentatie berust op een opeenstapeling van fundamentele misvattingen betreffende de evolutiebiologie. Tevens zal blijken dat de verklaring van het ontstaan van seksuele voortplanting irrelevant is voor het punt dat Van Rossum wil maken.

      Wat Van Rossum bedoelt met de “theorie van natuurlijke selectie” is niet helemaal duidelijk. Hij gebruikt de uitdrukking vanaf de eerste pagina, maar pas op p. 22 staat iets wat als definitie bedoeld zou kunnen zijn:

      The theory of natural selection holds that through natural selection, sexual selection and genetic drift, organisms were designed in an evolutionary process of adaptation, and that this process furnishes an explanation for the design of all biological phenomena.

      De theorie van natuurlijke selectie wordt hier dus opgevat als de stelling dat alle biologische verschijnselen te verklaren zouden zijn op basis van natuurlijke selectie, seksuele selectie en genetic drift. Van Rossum vergeet zijn bewering dat deze theorie onder evolutiebiologen algemeen gangbaar is van bewijsmateriaal te voorzien. Dat zou hem ook niet gelukt zijn: er is geen enkele bioloog die meent dat er ook maar één verschijnsel (biologisch of niet) uitsluitend op basis van deze drie processen te verklaren is. De beschikbare variatie (of het ontbreken daarvan), de onderliggende genetica en de structuur van de populatie spelen immers impliciet of expliciet een rol in elke evolutionaire verklaring.

      Op de meeste plaatsen lijkt Van Rossum met de uitdrukking “theorie van natuurlijke selectie” echter te doelen op verklaringen die zich baseren op het principe van natuurlijke selectie. In de rest van het stuk ga ik er vanuit dat dit is wat hij met die uitdrukking bedoelt. Het zou ook erg raar zijn om Van Rossums stelling dat de theorie van natuurlijke selectie seksuele voortplanting niet kan verklaren te lezen als ‘de stelling dat alle biologische verschijnselen te verklaren zijn op basis van natuurlijke selectie, seksuele selectie en genetic drift kan niet alle biologische verschijnselen verklaren’, inplaats van als ‘de stelling dat alle biologische verschijnselen te verklaren zijn op basis van natuurlijke selectie, seksuele selectie en genetic drift is niet houdbaar.’

      De opvallendste misvatting in Van Rossums proefschrift is het idee dat natuurlijke selectie slechts optreedt bij entiteiten die naar voortplanting streven en om de beperkte bronnen die voortplanting mogelijk maken concurreren (zie bijv. figuur 2 op p. 45).

      Hoewel het principe van natuurlijke selectie een belangrijk rol speelt in Van Rossums proefschrift wordt het niet expliciet gedefinieerd. Van Rossum geeft bovendien geen argument voor zijn bewering dat dit principe seksuele voortplanting veronderstelt. Twee ernstige tekortkomingen.

      Er is dan ook geen enkele grond voor de stelling dat het principe van natuurlijke selectie seksuele voortplanting veronderstelt. Zoals ieder leerboek in de evolutiebiologie duidelijk maakt, stelt het principe van natuurlijke selectie dat in een populatie van zich voortplantende individuen waarin (1) de individuen van een generatie onderling verschillen met betrekking tot een bepaald kenmerk (variatie), (2) er in de omgeving waarin die populatie leeft een consistente relatie is tussen dat kenmerk en de voortplantingscapaciteit (fitnessverschillen), en (3) er in die populatie een consistente relatie is tussen het kenmerk van de ouder en het kenmerk van de nakomeling (erfelijkheid), de frequentieverdeling van dat kenmerk van generatie op generatie verandert in de richting van het kenmerk dat correleert met de meeste voortplantingscapaciteit.

      Het betreft een statistisch beginsel, van toepassing op alle entiteiten die aan de voorwaarden (variatie, fitnessverschillen en erfelijkheid) voldoen. Dat natuurlijke selectie voortplanting veronderstelt is geenszins een nieuwe bevinding. Zonder voortplanting immers geen erfelijkheid. Het begrip voortplanting moet daarbij zeer ruim genomen worden: elk proces waarin er een gelijkenis gecreëerd wordt tussen de kenmerken van een entiteit op een zeker tijdstip en een andere entiteit op een eerder tijdstip kan als voortplantingsproces gelden, ook bijvoorbeeld het kopiëren van schilderijen of het leren van een taal (zie bijvoorbeeld Language, Thought and Other Biological Categories (1986) van de filosoof Ruth Millikan – een boek waar je als je een filosofisch proefschrift over natuurlijke selectie wilt schrijven toch echt van op de hoogte hoort te zijn). Het principe van natuurlijke selectie veronderstelt dus, anders dan Van Rossum beweert noch seksuele voortplanting, noch entiteiten die streven naar zelfbehoud en voortplanting: het feitelijk plaatsvinden van een voortplantingsproces (in deze zeer ruime zin) volstaat.

      Evenmin veronderstelt het beginsel van natuurlijke selectie het bestaan van concurrentie: consistente fitness verschillen volstaan. Die kunnen door concurrentie ontstaan, maar ook door, bijvoorbeeld, verschillen in efficiëntie. Stel je hebt een populatie van zich ongeslachtelijk voortplantende organismen in een situatie waarin voldoende voedsel, ruimte etc. is. Er zijn twee varianten, die gemiddeld even lang leven. De ene variant haalt meer energie uit hetzelfde voedsel als de andere variant, is daardoor iets sneller volwassen en krijgt als gevolg daarvan gemiddeld 1 nakomeling meer. In dat geval zal het aandeel van die variant in de populatie toenemen, hoewel er geen concurrentie optreed.

      Om te bewijzen dat het principe van natuurlijke selectie seksuele voortplanting niet kan verklaren zou een overtuigende analyse waaruit blijkt dit principe seksuele voortplanting veronderstelt volstaan. Toch is Van Rossum na de (ongemotiveerde en onterechte) constatering dat het principe van natuurlijke selectie, seksuele voortplanting veronderstelt niet klaar met zijn argument. Dat komt omdat er volgens hem twee “interpretaties” of “versies” zijn van het beginsel van natuurlijke selectie, elk met hun eigen veronderstellingen. De ene interpretatie werd volgens Van Rossum door Darwin ontwikkeld, de andere door Dawkins. De versie van Dawkins zou anders dan die van Darwin geen seksuele voortplanting veronderstellen.

      In werkelijkheid betreft het verschil echter niet het principe en haar veronderstellingen maar de entiteiten waarop het principe van toepassing is: organismen resp. genen. Omdat Van Rossum echter meent dat Dawkins een interpretatie van het principe van natuurlijke selectie ontwikkeld heeft die geen seksuele voortplanting veronderstelt, probeert hij te beargumenteren dat ook deze “versie” seksuele voortplanting niet kan verklaren. Zijn argument komt er op neer dat dit gewijzigde beginsel uitsluitend eigenschappen van de genen (stukjes DNA die tijdens het voortplantingsproces van ouder op kind worden overgedragen) kan verklaren. De redenering die tot deze conclusie leidt, blinkt niet uit door helderheid (p. 69):

      When we conclude that the gene is unit of selection, this means that the process of adaptation always takes place on the level of the gene, and that adaptations are expressions of DNA which are always part of the gene and evolve for its benefit. It is on the level of the gene that we can account for design though the evolutionary process of adaptation. But the fundamental implication of this is that the gene as unit of selection has no explanatory relation with the sexually reproducing organism. With genes as unit of selection, natural selection can exclusively account for the specific constitution of these genes themselves, and can only account for adaptations that are phenotypic expression of part of those genes. Consequently, with genes as unit of selection, no account can be given for the design of anything that is the expression of DNA that exceeds the level of the gene — cells, organs, macroscopic structures, let alone the organism itself — all these fall outside of the explanatory potential of natural selection.

      Kromme zinnen, ontbrekende lidwoorden, onduidelijkheden in de verwijzing van woorden als ‘we,’ ‘this’ en ‘which,‘ onduidelijke of onjuiste verbindingswoorden, verkeerd gebruikte leestekens, onduidelijkheden in de logica en een typefout — het wordt de lezer niet gemakkelijk gemaakt.

      De belangrijkste onduidelijkheid: waarom zou uit de aanname dat natuurlijke selectie slechts eigenschappen kan verklaren die de expressie zijn van de genen, volgen dat het principe van natuurlijke selectie niets kan verklaren dat boven de genen uitgaat? De genen beïnvloeden toch niet alleen hun eigen constitutie maar ook allerlei andere eigenschappen van het organisme?

      Dit laatste lijkt echter precies het punt te zijn waar het Van Rossum om gaat: voordat de genen het organisme kunnen beïnvloeden, moet er wel een organisme zijn. Voordat genen die in een organisme ingekapseld zijn, zich over de wereld kunnen verspreiden, moeten die organismen bovendien bereid en instaat zijn zich voort te planten. Daar het ontstaan van dergelijke organismen niet op basis van fysische en chemische eigenschappen te verklaren zou zijn, moet de “theorie van natuurlijke selectie,” om volledig te zijn, verklaren hoe uit de eerste genen (volgens van Rossum zouden dat in de oersoep zwevende zich zelfstandig replicerende stukjes DNA zijn) zich seksueel voortplantende organismen kunnen ontstaan. Daar een dergelijke inkapseling de reproductie van die oergenen niet ten goede zou komen, kan de “theorie van natuurlijke selectie” het ontstaan van zich seksueel voortplantende organismen niet verklaren en is dus onvolledig. Zo ongeveer verloopt, naar ik de indruk heb, Van Rossums argument.

      Om het probleem van deze redenering te zien is het van belang in de gaten te houden dat het bij natuurlijke selectie altijd gaat om verschillen in fitness tussen de in een populatie aanwezige varianten. Een nieuw type organisme krijgt in het selectieproces de overhand als dit type organisme meer nakomelingen produceert dan de andere gelijktijdig in de populatie aanwezige typen organisme (z’n directe voorgangers). Hoe dit nieuwe type zich zou gedragen ten aanzien van niet meer aanwezige voor-voorgangers is dus niet van belang. Van Rossums bezwaar dat het voor de eerste onafhankelijke replicators geen voordelen biedt om zich in seksueel reproducerende organismen in te kapselen is daarom alleen van toepassing als de overgang van de eerste onafhankelijke replicators (de zich replicerende entiteiten waarmee het evolutieproces ooit begon) naar seksueel reproducerende organismen in één stap plaats gevonden heeft. Indien deze overgang, zoals doorgaans aangenomen wordt, in een aantal stappen plaats vond (als zich bijvoorbeeld uit de eerste replicators eerst aseksueel voortplantende organismen gevormd hebben) is de vraag of die overgang in z’n geheel voordeel oplevert irrelevant. Het gaat om de voordelen van elke stap afzonderlijk.

      Voor zover ik weet stellen evolutiebiologen zich de weg van de eerste onafhankelijke replicators naar zich seksueel voortplantende organismen ongeveer als volgt voor: onafhankelijke replicators → aseksueel voortplantende prokaryoten (de eerste organismen) → aseksueel voortplantende proto-eukaryoten → seksueel voortplantende eukaryoten. Als zij gelijk hebben (Van Rossum geeft geen argument tegen deze opvatting) is het nieuwe probleem van seksuele voortplanting dat Van Rossum meent te signaleren (nl. wat is het voordeel van de overgang van onafhankelijke replicators naar seksueel reproducerende organismen?) niet meer dan een schijnprobleem. Het werkelijke probleem van het ontstaan van seksuele voortplanting is het probleem hoe uit aseksuele proto-eukaryoten seksuele eukaryoten geëvolueerd kunnen zijn. Voor Van Rossums stelling dat de “theorie van natuurlijke selectie” ontoereikend is, lijkt echter vooral de vraag van belang hoe uit de eerste onafhankelijke replicators aseksuele prokaryoten ontstaan kunnen zijn. Dit probleem is niet nieuw (ik kom er zo op terug) en heeft niets van doen met het ontstaan van seksuele voortplanting. Terwijl Van Rossum een heel hoofdstuk besteedt aan de hem bekende verklaringen van het ontstaan en (vooral) de handhaving van seksuele voortplanting (problemen die, zoals ik zojuist uitgelegd heb, irrelevant zijn) gaat hij echter nergens in op de voorgestelde oplossingen voor het probleem van het ontstaan van de eerste organismen. Een ernstige omissie.

      Als Van Rossum zich in het probleem van het ontstaan van prokaryoten verdiept had, zou hij wellicht ontdekt hebben dan er nog wat meer bezwaren aan zijn redenering kleven. Van Rossum laat het evolutieproces beginnen bij zich zelfstandig replicerende stukjes DNA. Hij ontleent dit idee aan een populair-wetenschappelijk boek van Dawkins, waarin deze betoogt dat in de biologische evolutie de genen de enige replicators zijn en daarmee de eenheden van selectie. Echter, uit de stelling dat de genen de eenheid van selectie vormen, volgt geenszins dat het evolutieproces begonnen moet zijn met vrij in de oersoep zwevende genen. Evenmin volgt uit die stelling in combinatie met de observatie dat de genen van de eukaryoten en een groot deel van de prokaryoten uit DNA bestaan dat de eerste replicators uit zelfstandig replicerende stukjes DNA bestonden.

      In feite is er geen enkele grond voor die veronderstelling. Integendeel, er is een belangrijk argument tegen deze opvatting: DNA kan zich helemaal niet zelfstandig repliceren. Daar is een hele batterij aan eiwitten voor nodig. Het probleem van het ontstaan van organismen is dus het probleem hoe de eerste organismen konden ontstaan uit combinaties van DNA en eiwitten. Voor volledigheid in Van Rossums zin moet het bovendien mogelijk zijn het ontstaan van die combinaties te verklaren, hetzij rechtstreeks uit de fysische en chemische eigenschappen van DNA en eiwitten, hetzij op basis van natuurlijke selectie beginnende bij entiteiten wier ontstaan volledig op basis van fysische en chemische eigenschappen te verklaren zou zijn.

      Geen van deze problemen is nieuw en Van Rossum draagt geen redenen aan voor de veronderstelling dat deze problemen principieel onoplosbaar zijn. Voor beide problemen zijn oplossingen voorgesteld. Het probleem hoe samenwerking tussen zelfstandige replicators onstaan kan, bijvoorbeeld, werd in 1971 in exacte vorm gegoten door Manfred Eigen. Eigen laat vervolgens zien hoe toevallige functionele interactie tussen naburige replicators tot zich replicerende functionele combinaties van replicators (zgn. hypercyles) kan leiden. Eörs Szathmáry’s ‘stochastic replicator model’ uit 1986 verklaart hoe zich binnen gecompartimentaliseerde hypercyles specialisatie kan ontwikkelen, waarbij het niet langer zo is dat alle replicators zichzelf reproduceren en er bovendien componenten in het reproductieproces betrokken kunnen raken die zelf geen replicator zijn (denk bijvoorbeeld aan een systeem met 2 typen replicators, waarbij het ene type zorg draagt voor de replicatie van alle replicators, terwijl de replicators van het andere type een eiwit produceren dat dit proces versnelt). RNA gooit hoge ogen als mogelijke eerste replicator, maar er zijn ook andere kandidaten: eenvoudiger nucleïnezuren en kleimoleculen. Is er eenmaal zo’n zich replicerend systeem gevormd dan kan natuurlijke selectie leiden tot vervanging van de replicator: RNA kan de plaats innemen van klei of simpeler nucleïnezuren, DNA dat van RNA. Van Rossum had ter onderbouwing van zijn stelling dat het ontstaan van organismen niet volledig verklaard kan worden door “de theorie van natuurlijke selectie” zijn pijlen op dit soort modellen moeten richten, inplaats van op de modellen die het ontstaan en handhaving van seksuele reproductie verklaren.

      In een opiniestuk in Bionieuws (2 februari 2013) wijst een viertal evolutiebiologen Van Rossums bewering dat de evolutietheorie seksuele voortplanting niet kan verklaren als misvatting van de hand. Van Rossum is niet onder de indruk van deze kritiek. In een reactie in Ad Valvas, (6 februari 2013), die ook in Bionieuws (16 februari 2013) gepubliceerd werd, zegt hij dat genoemde evolutiebiologen het fundamentele probleem waar hij op wijst negeren. Daar heeft hij in zekere zin gelijk in: zij gaan niet in op het enige probleem dat (zoals ik hierboven heb laten zien) indien onoplosbaar werkelijk van belang zou zijn voor Van Rossums stelling dat “de theorie van natuurlijke selectie” niet volledig is, nl. het probleem van het ontstaan van aseksueel reproducerende prokaryoten. Ironisch genoeg besteedt ook Van Rossum zelf geen letter aan dit probleem. Wel besteedt hij nogal wat aandacht aan een probleem waarin hij naar eigen zeggen niet in geïnteresseerd is (nl. de handhaving van geslachtelijke voortplanting) en beweert hij herhaaldelijk dat alle hem bekende pogingen om dit probleem en het probleem van de oorsprong van seksuele voortplanting (waarvan hij zegt dat hij daar wel in geïnteresseerd is) falen. Zijn argumentatie voor de stelling dat een bepaald model faalt beperkt zich in cruciale gevallen tot de bewering dat niet alle biologen het er over eens zijn. Ook beweert hij meer dan eens dat het probleem dat hij meent te signaleren (hoe zijn uit de eerste zelfstandige replicators zich seksueel voortplantende organismen ontstaan?) ten grondslag ligt aan de veronderstelde onmacht het ontstaan en de handhaving van seksuele voortplanting te verklaren, zonder ook maar een poging te doen verband te leggen tussen het door hem gesignaleerde probleem en het vermeende falen. De kritiek van de evolutiebiologen is dus, ondanks dat zij niet ingaan op het probleem waar het werkelijk om gaat uitermate relevant.

      Kunt u het nog volgen? Ik wel, maar dat heeft me heel wat moeite gekost. Op geen enkel punt in het proefschrift maakt Van Rossum de structuur van zijn argumentatie duidelijk. Van filosofiestudenten zou een dergelijke tekortkoming al in hun bachelorscriptie niet meer geaccepteerd worden.


      (Met dank aan Gerdien de Jong, die mij op dit proefschrift attendeerde en mij aanmoedigde dit commentaar te schrijven en te publiceren)  (2)

    °

    http://ascendenza.wordpress.com/2013/02/15/recombinatie-en-evolvability/#comments

    Na  lezing  van het geweldige artikel van Arjan de Visser en Santiago Elena , is het duidelijk dat Joris van Rossum dat niet gelezen heeft voor het schrijven van zijn proefschrift.

    Dit is dan alvast een kritiekpunt  (1)

    Wat Joris van Rossum  wél  doet is selectief citeren. (2)

    Hij citeert één zinnetje uit het abstract van het betreffende artikel, dat zou moeten aantonen dan men echt niet zou weten hoe het zit met seksuele reproductie en dat men daarover nog in het duister zou tasten. Het betreffende citaat in het proefschrift bevindt zich op pagina 128 en zegt het volgende:

    “…while others again simply claim that ‘despite many years of theoretical and experimental work, the explanation of why

    sex is so common as a reproductive strategy continues to resist understanding’[De Visser and Elena 2007: p. 139].

    Dit citaat dient in het artikel van de Visser en Elena als inleiding voor een review die juist laat zien hoe selectie van seksuele reproductie mogelijk is. Had van Rossum het maar doorgelezen want dan had hij het relatief recente concept van evolvability kunnen ontdekken en had hij kunnen zien dat selectie wel degelijk verantwoordelijk kan zijn voor het ontstaan van seksuele reproductie.

    Het artikel van de Visser en Elena laat zien hoe recombinatie gedurende de meiose de mogelijkheid schept voor de associatie van twee of meer ‘gunstige’ genen op hetzelfde chromosoom. Door recombinatie kunnen deze op hetzelfde chromosoom terecht komen en het organisme een hogere fitness verlenen. Dezelfde redenering gaat op voor ‘ongunstige’ mutaties. Deze kunnen door recombinatie op hetzelfde chromosoom terecht komen. Het organisme verdwijnt door selectie uit de populatie waardoor de genenpool als met twee (of meer) vliegen in één klap zijn ongunstige genen kwijt is. Je kunt daarom stellen dat evolutie veel sneller gaat en dat er sprake is van een toename in evolvability.

    Volvox

    Volvox (zie box 1 in het artikel)

    Dit alles moet natuurlijke afgezet worden tegen aseksuele voortplanting. Daarbij gaan ‘gunstige’ genen, die bij gebrek aan recombinatie zich in verschillende individuen bevinden concurrentie aan. Het ‘betere’ gen wint, maar dat ander gen dat lang niet slecht was verliest en verdwijnt. Niet onbelangrijk is ook het feit dat bij variërende selectiedruk de zich seksueel voortplantende organismen in aantal winnen van de zich aseksueel voortplantende populaties. Dit is in lijn met de verwachtingen als men aanneemt dat seksuele reproductie de evolvability doet toenemen. De conclusie van de Visser en Elena is dat er nog veel studie nodig is met korte en lange termijn-modellen om deze processen te verduidelijken.

    Dit is een zeer beknopte weergave van hetgeen mij interesseerde in het artikel en ik kan dus ook beticht worden van selectief concluderen. Maar dit is dan ook geen proefschrift en het artikel kan door iedereen gelezen worden en hier onder becommentarieerd worden.

    Met dank aan Gert Korthof en Dr. Arjan de Visser voor het complete artikel.

    Correctie (16-02-2013):
    Ik vernam van Arjan de Visser dat evolvability, zoals het in zijn review gebruikt wordt, niet alleen gebaseerd is op een toename in adaptie, maar eerder op een toename van de potentie tot adaptie door bijvoorbeeld veranderingen in de genetische architectuur.
    Het gaat dan om effecten die de kans op evolutionair uitsterven van een seksuele lineage verlagen doordat er een toegenomen potentie te adapteren aan nieuwe, onvoorziene omstandigheden , ontstaat.

    (1)

    1. gerdien februari 16, 2013 

      De Visser en Elena is niet het enige artikel dat Van Rossum aanhaalt maar niet gelezen heeft.

      Net als bij De Visser en Elena beperkt Van Rossum zich ook bij het artikel van Hoekstra (2005) tot het aanhalen van de eerste zin van het abstract:

      Van Rossum: “others claim that increasing variation does make natural selection more effective, at least in some organisms [Hoekstra 2005], suggesting support for the lottery model,” (blz 128)

      1. Hoekstra (2005),  News & Views in Nature:

        “According to a proposal put forward many years ago, sexual reproduction makes natural selection more effective because it increases genetic variation. Experiments now verify that idea — at least in yeast.” (en het gaat niet over het lottery model)


      Van Rossum gaat ook hier niet verder in op de inhoud van het artikel, en noemt het artikel waar de N&V bijhoort ,in het geheel niet.

      Dit soort gedrag, eerste zinnen van abstracts pikken en verder duidelijk niet lezen, levert een student snel een onvoldoende op bij een scriptie. Het is de taak van de begeleider dit te zien en af te straffen.

      Nog meer voorbeelden:
      Okasha, S. [2006], Evolution and the Levels of Selection, is een bijzonder goed boek, duidelijk over het topic van Van Rossum en geschreven door een filosoof.

      In dit boek wordt duidelijk verteld wat ‘levels of selection’ zijn en waarom Dawkins het daar niet over heeft.

      Dan zegt Van Rossum (blz 51-52):

      “The controversy around establishing the unit of selection arises from a couple of circumstances. First, because more levels in the hierarchy of life can be subject to the principle of natural selection, and second, because the nature of adaptations found in living beings does not unambiguously point at one single unit.¹²”
      En noot 12 is: 12 See Okasha [2006] for an elaborate analysis.
      Nu zou men bij een behoorlijk filosofisch proefschrift verwachten dat er meer komt over wat in het boek van Okasha staat. Niets dus.

      Verderop, op blz 101, in noot 20: [Okasha 2006: p. 177].
      Een net proefschrift had verteld wat er in Okasha stond en waarom. Bovendien zijn statements als (blz 69):

      “Consequently, with genes as unit of selection, no account can be given for the design of anything that is the expression of DNA that exceeds the level of the gene – cells, organs, macroscopic structures, let alone the organism itself – all these fall outside of the explanatory potential of natural selection” volledig onmogelijk voor wie Okasha gelezen heeft.

      Idem leerboek van Ridley (2004).

      Dit wordt geciteerd voor selectie op HIV en op Biston betularia. Samen met wat oude artikelen van Lenski zijn dit de enige voorbeelden van selectie die Van Rossum noemt.

      Wel zegt Van Rossum (blz 33) :

      “When we search in scientific literature for validations for the proposed mechanisms behind the evolutionary process of adaptation, and focus on the most important one, natural selection, we find these to be surprisingly scarce.”

      Daarbij vergeet van Rossum te vermelden dat Ridley (2004) ook selectie op snavels in de Darwin vink Geospiza fortis noemt, en, belangrijker, dat Ridley (2004) de verzamelstudie van Kingsolver (2001) noemt, die 63 gevallen van tussen 1984 en 2001 gepubliceerde natuurlijke selectie behandelt.

      Dus Van Rossum heeft niet erg goed gezocht.

      (Dit is niet een volledige lijst).

    (2)

    1. Precies dat selectief citeren maakte Arjan de Visser kwaad.

      • Het zou niet moeten kunnen dit selectief selecteren. Nota bene een zin die door de review van het geciteerde  artikel zelf , weerlegd wordt.
        Zie ook de correctie aan het eind van dit blogbericht die ik van Arjan kreeg. Het concept evolvability is niet eenvoudig te begrijpen.

        • Nog wat over evolvability: van Rossum stelt op pagina 37 naar aanleiding van een experiment van Lenski uit 2004 dat:

          “Some genetic changes that could be located involved defects in DNA repair leading to hypermutability,although these mutator lines did not exhibit proportionally greater
          adaptation or specialization.”



          Maar de lineages lieten in 2011 juist wèl een grotere capaciteit voor adaptie zien, kortom ze bezaten evolvability. Waarom niet dat artikel aanhalen ?
          http://www.sciencemag.org/content/331/6023/1433.abstract

    °

    (mijn(= Tsjok )  voorlopig  ) OPINIE    ( zonder al te veel  poespas , opsmuk   of overbodige beleefdheden  –>   komt neer op het volgende  ;  

    Naamloos

    Net zoals zo vele anderen   voor hem tracht , volgens mij , Van Rossum  ,(weliswaar langs een omweggetje )  Dawkins   (= de  Ultra -“darwinist “/ Anti  christ  ….   )af te schilderen als foutief  en achterhaald (= niet meer relevant ) ___>  want   Darwin zat “hoogstwaarschijnlijk    toch wèl  juist “maar laten we het zoveel als mogelijk   stil  houden  ( een strategie die verre van origineel is ) en wél door zijn luidruchtigste en succesvolle huidige   Grote Leerling  Verdediger( en  vooral ergerlijke  militante atheist  ) zoveel als mogelijk te diskrediteren  ,    …..of  zoiets ….. misschien is dit het oogmerk  van deze stealth creationist ? Bovendien  hanteert deze  promovendus  onversaagd  een  typisch creationistisch  hulpmiddel ; namelijk  het  mis quoten uit de voorhanden relevante literatuur ( die hij slechts gedeeltelijk en vooral erg  selectief    aanhaalt met een voorkeur voor ietwat  oudere  papers  waarvan hij de (ondertussen  gepubliceerde )  updatings verzwijgt  )

    – Zodanig zelfs dat zijn  staaltjes  “quote-mining”  een schijnbare (autoriteits ) ondersteuning vormen  die  dikwijls  het  tegenoversgestelde  beweren van  wat in die komplete  papers  is geschreven ….

    *(En oh ja ,  vergat ik bijna  ….)peter borger11 februari, 2013 12:30  ”  Ben ik even blij met Van Rossum. 
    Na drie jaar opnieuw enorme wetenschappelijke kritiek op Darwins meest achterlijke stelling…..Het einde van de Darwinistsche religie komt dichterbij….”

     Duidelijk dus uit  welke  hoek  het waait  en /of  waar Van  Rossum op  veel   bijval kan rekenen  …. toch ?  )
     ______________________________________________________________________________________
    Klik  —>  WP     
    (of alternatief ( voor zolang het nog on line is )
    _____________________________________________________________________________ 

VERDER  / lees ook  : 

 (1)

Evolutieblog van Gert Korthof

http://korthof.blogspot.be/2013/02/creationisten-juichen-te-vroeg-over.html#comment-form

  1. Het zijn niet alleen creationisten, maar ook de Intelligent Design aanhangers en ‘ietsisten’, inclusief Joris van Rossum zelf, die te vroeg gejuicht hebben bij het verschijnen van dit proefschrift.

    De creationisten die het scheppingsverhaal in Genesis als historische gebeurtenis opvatten juichten te vroeg omdat het proefschrift de gemeenschappelijke afstamming van al het leven erkent.

    Maar Intelligent Design aanhangers juichen ook te vroeg omdat er feitelijk geen of zeer weinig speelruimte voor ingrepen van een Designer overblijft als je erkent dat organismen zich aanpassen aan verandere milieu omstandigheden door evolutionaire processen.

*Schuster (pdf) <–

Justin R. Meyer, Devin T. Dobias, Joshua S. Weitz, Jeffrey E. Barrick, Ryan T. Quick, Richard E. Lenski, Repeatability and Contingency in the Evolution of a Key Innovation in Phage Lambda Science 27 January 2012: Vol. 335 no. 6067 pp. 428-432 DOI: 10.1126/science.1214449

..This study shows the complex interplay between genomic processes and ecological conditions that favor the emergence of evolutionary innovations.

Natuurlijke selectie onder de loep:

http://www.kennislink.nl/publicaties/natuurlijke-selectie-onder-de-loep

(2)

20 februari 2013

VAN  ROSSUMS RODE  HARING

gastbijdrage Arno Wouters

http://korthof.blogspot.be/2013/02/van-rossums-rode-haring.html#comment-form

  1. (G Korthof ) Wat me vooral opvalt aan het geheel ( van het betoog van Arno wouters ) is dat het uiterst belangrijk is om beweringen die je (= inzonderheid  JvR) doet goed te definieren en als je verschillende beweringen doet, ze goed te onderscheiden, en duidelijk aan te geven welke conclusie(s) uit welke stelling volgen, en welk bewijsmateriaal je aandraagt voor welke stelling.

    1. (Arno Wouters )
      Inderdaad, het is in theoretische artikelen en boeken (filosofisch, biologisch of anderszins wetenschappelijk) uitermate belangrijk om nauwkeurig te zijn in taalgebruik en argumentatie. Filosofen hebben daar vaak meer training in dan empirische wetenschappers (in hun opleiding wordt er meer aandacht aan besteed dan in opleidingen als biologie, omdat ze geen experimenten hoeven uit te denken en uit te voeren hebben filosofen meer tijd om aandacht te besteden aan taalgebruik en argumentatie, filosofische argumentaties zijn vaak ingewikkelder dan argumentaties in de empirische wetenschappen etc.). Ik beschouw de aandacht voor nauwkeurig taalgebruik en argumentatie dan ook als een belangrijke inbreng van filosofen in wetenschappelijke discussies.

      Het gaat me dan ook zeer aan het hart dat Van Rossums proefschrift in dit opzicht schromelijk tekort schiet. De eerste alinea van zijn introductie:

      “This work introduces a new critique of the theory of natural selection. In order to properly understand the critique, it is essential to understand the theory itself, but this understanding is not as widespread as often assumed. As Jacques Monod, a biologist who will play an important role in this work, remarked [1973], a curious aspect of the theory of evolution is that everybody thinks he understands it.”

      en de vele passages waarin hij beweert dat “wij” iets aan het analyseren zijn, kunnen als perfecte illustratie dienen van het begrip ‘gotspe’.

  1. (Marleen )  

    Arno  , bedankt voor de uitleg over de ‘Theory of natural selection’.

    Los daarvan spelen er eigenlijk twee problemen:

    1. van Rossum beweert dat natuurlijke selectie seksuele voortplanting veronderstelt;

    2. Natuurlijke selectie is niet toereikend voor het verklaren van het ontstaan van seksuele selectie.

    Deze twee problemen moeten wel duidelijk gescheiden worden.

    Je schrijft:
    “Van Rossum geeft bovendien geen argument voor zijn bewering dat dit principe seksuele voortplanting veronderstelt. ”
    van Rossum stelt (ergens in het begin van zijn proefschrift) dat natuurlijke selectie zoals door Darwin ontworpen in The Origin uitgaat van het reeds bestaan van seksuele reproductie. Dat zou zijn argument zijn. Over de geldigheid daarvan kan men van mening verschillen.

    Verder ben ik erg blij met je opmerking over het DNA en de eiwitten:
    “DNA kan zich helemaal niet zelfstandig repliceren. Daar is een hele batterij aan eiwitten voor nodig. Het probleem van het ontstaan van organismen is dus het probleem hoe de eerste organismen konden ontstaan uit combinaties van DNA en eiwitten.”

    van Rossum gaat daar inderdaad helemaal de fout in en dat is al op pagina 21, waar ik ook een noot bij had staan.

    JvR stelt daar dat replicators, zoals gedefinieerd door Dawkins in de primordiale soep, gelijk staat aan het DNA in cellen. Hij beweert dan ook dat replicators zijn omdat ze kopieen van zichzelf maken. Nu is er in de primordiale soep nog geen sprake van eiwitten die het proces leiden, terwijl dit in de cellen wel zo is. De vergelijking gaat dus mank.

    Ik ben een grote fan van Dawkins, maar het verbaast me inderdaad dat er in een proefschrift naar hem gerefereerd wordt en dat we Dawkins’ boek erbij moeten halen om te weten wat hij precies bedoelde. Het is inderdaad een populair wetenschappelijk boek en heeft een grote impact gehad op ons denken, maar of je er naar kunt refereren in een filosofisch wetenschappelijke context weet ik zogauw niet.

    1.  Ha! Dawkins? dat is nog niets in vergelijking met het citeren van een jurist (rechter) in het proefschrift van JvR! 

      “In the words of Phillip E. Johnson: ….” (pag 139).

      Ook op pagina 29 en 141 wordt hij genoemd en Behe komt ook af en toe om de hoek kijken. Regelrechte ID op de VU Ongelooflijk en onbegrijpelijk 

       

       

  1. [Los van problemen met de uitdrukking ‘natuurlijke selectie’] spelen er eigenlijk twee problemen:

1. van Rossum beweert dat natuurlijke selectie seksuele voortplanting veronderstelt;

2. Natuurlijke selectie is niet toereikend voor het verklaren van het ontstaan van seksuele selectie.

Deze twee problemen moeten wel duidelijk gescheiden worden.”

    Ik neem aan dat je in 2 “seksuele voortplanting” bedoelt waar “seksuele selectie” staat?

    Zo ja dan is dit mijn antwoord:

    Als ik het proefschrift goed begrepen heb is (1) Van Rossums enige argument voor (2).

    Dat (d.w.z. dat (1) zijn argument is voor (2))  …. is volgens mij ook de reden waarom hij het probleem dat hij denkt te signaleren nieuw noemt en waarom hij z’n schouders ophaalt over de kritiek van De Jong, Visser, Aanen en Hoekstra en zegt dat zij aan het probleem dat hij signaleert voorbij gaan.

    Zoals ik in mijn gastbijdrage zeg: *in zekere zin* heeft hij daar gelijk in, ze stellen (1) immers niet ter discussie. Zoals ik eveneens zei: toch is hun kritiek uitermate relevant immers hoe zou het kunnen dat (1) juist is terwijl er toch goede verklaringen zijn van het ontstaan van seksuele voortplanting. Daarom moet Van Rossum ter verdediging van (2) niet alleen (1) aanvoeren maar ook:

    (3) elke bestaande poging het ontstaan van seksuele voortplanting te verklaren op basis van natuurlijke selectie is mislukt.

    Hij beweert dat te doen maar zoals De Jong c.s. aantonen strandt die poging op gebrek aan inzicht in de relevante literatuur.

    Afgezien daarvan beweert Van Rossum herhaaldelijk dat:

    (4) het vermeende mislukken van alle pogingen het ontstaan van seksuele voortplanting te verklaren is te wijten aan (1).

    Zoals ik mijn gastbijdrage stel doet hij echter geen enkele poging een verband aan te tonen tussen het (vermeende) falen van de pogingen om seksuele voortplanting te verklaren en (1).

    (4) is dus slechts een loze bewering.

     

     
    WARHOOFD , SLODDERVOS of toch een nieuwe creationistische / ID-campagne ? en vooral
    “Teach the controversy ”

     

    (DEEN )

    1.-Arno Wouters (met tievoegingen tussen haakjes )   ….. “het ( terloops ) noemen van Schopenhauer, Popper en Kuhn zie ik NIET  als (voldoende ) wijsgerige inbreng!”

    Sterker nog, ik(Deen )  zie het inbrengen van vooral Kuhn als een waarschuwingssignaal,(= een “gidswoord” dat aangeeft dat de kans groot is dat we te maken hebben met   pseudo-wetenschap – : ongeveer in dezelfde categorie als “ze geloofden Galileo ook niet”.

    En het is niet alleen de filosofische inbreng die tegenvalt – Ik vroeg me eerder ook al af waar de wiskundige inbreng gebleven is. (zie punt 4)

     
    2.- Als je van Rossum’s argument uitkleedt, lijkt er weinig over te blijven dan
    “natuurlijke selectie kan geen nieuwe informatie creëren”.
    Vandaar dat één van de eerste dingen die ik gedaan heb na het lezen van zijn inleiding, is zijn proefschrift doorzoeken op vermeldingen van gen-duplicaties
    3.- Ik denk dat het niet geheel onjuist is om te stellen dat voortplanting een voorwaarde is voor evolutie.
    Maar
    Waar Van Rossum vandaan haalt dat SEKSUELE voortplanting noodzakelijk is, snap ik absoluut niet.
    Hij spreekt zichzelf bovendien tegen wanneer hij Richard Lenski’s werk met E. Coli omschrijft als
    “examples of evolution by common descent that showed all aspects of the theory – evolution, random variation, and natural selection” –
    terwijl bij mijn beste weten E. Coli zich niet seksueel voortplant.

    Het is trouwens onredelijk om te spreken over de “aanname” van voortplanting – seksueel of niet – aangezien voortplanting geen aanname is, maar een observatie.

    “Consequently, with genes as unit of selection, no account can be given for the design of anything that is the expression of DNA that exceeds the level of the gene —cells, organs, macroscopic structures, let alone the organism itself — all these fall outside of the explanatory potential of natural selection.”

    Volgens mij zit in dit  ( sleutel) citaat inderdaad één van de voornaamste denkfouten in het hele proefschrift.

    Waarom zou natuurlijke selectie moeten verklaren hoe vanuit genen organismen ontstaan?
    Hebben we daar geen andere takken van de biologie voor?
    Denkt hij werkelijk iets zinnigs te kunnen zeggen over voortplanting zonder naar de wisselwerkingen tussen genen en hun omgeving te kijken?
    Waaraan ik wil toevoegen, dat de “omgeving” van genen ook andere genen omvat.
    Sommige van die genen bevinden zich op hetzelfde chromosoom, maar andere zitten op andere chromosomen, of buiten de celkern, of in andere cellen, of in compleet andere individuen
    – bijvoorbeeld van het andere geslacht.
    Als je het op deze manier bekijkt, is seksuele voortplanting gewoon een andere vorm van samenwerking tussen genen,
    en past dus prima binnen de gen-centrische benadering van evolutie.

     

    4.-Voorspelbaarheid van seksuele voortplanting ?

    Je kunt bepaalde wiskundige modellen opstellen, die voorspellen onder welke omstandigheden seksuele voortplanting voordelen oplevert boven ongeslachtelijke voortplanting.
    (Zie bijvoorbeeld voor een kort overzicht met wat voorbeelden.  )
    http://www.nature.com/scitable/topicpage/sexual-reproduction-and-the-evolution-of-sex-824
    Dus in die zin zou je kunnen zeggen dat het te voorspellen is.

    Overigens, nogmaals, van een proefschrift dat mede begeleid werd door een wiskundige had ik verwacht dat er meer aandacht voor dit soort modellering in het proefschrift zou zijn.
    Of we seksuele reproductie ook hadden kunnen voorspellen als we er nog nooit van hadden gehoord is uiteraard niet meer te zeggen.
    Martin zei…

    @Arno: zie p.22-23:

    “What [this study] does challenge is the idea that the known versions of the theory of natural selection
    (versions, like those of Darwin and Dawkins, which can be distinguished on the basis of different interpretations of the mechanism of natural selection) can provide an account of all features of living beings,
    as it will be shown that these versions are fundamentally incapable of explaining a specific – albeit salient – feature of many organisms, namely sexual reproduction.”

     

    Dit is een typisch wiskundig argumentatie patroon; met dank aan promotor Meester.
    Als je beweert “voor alle x geldt y” dan hoef je maar één x te vinden waarvoor y niet geldt om de bewering te ontkrachten.
    Dus hierboven wordt eerst gezegd dat :
    “natural selection can provide an account of all features of living beings” met de nadruk op ALL.

    Vervolgens wordt gezegd dat er een feature is dat niet door natural selection verklaard kan worden, en de gewenste contradictie is bereikt.

    Op p. 22 wordt niet gezegd wie die bewering (“all”) gedaan zou hebben.

    Ik meen dat Darwin dat NIET  beweerd heeft?

    Uit de argumentatiestructuur van het proefschrift kun je zien dat het opzet is.

    De veronderstelling dat van Rossum verward zou zijn is naïef.
    De VU is bezig met een cultureel tegenoffensief, en het proefschrift past daarin.

    Het is dan ook geen toeval dat van Woudenberg en Meester promotoren zijn – dat past in tegendeel perfect in het plaatje.
    Het gaat er niet om of het klopt wat er in het proefschrift staat;

    het gaat om het culturele (publieke) effect ervan.  

    oftewel :

    **  Teach the controversy  –>  zie the  “wedge  document & strategy “

    http://en.wikipedia.org/wiki/Wedge_strategy

_______________________________________________________________________________________________

een soort  hypothetisch “speculatieve ” benadering, volgens Lynn Marghulis    , van    ;    onstaan sex <—doc

Wikipedia,

°RICHARD DAWKINS   https://tsjok45.wordpress.com/2012/09/04/richard-dawkins/

 *Zorgt natuurlijke selectie voor de ondergang van de mens? Lees er   hier alles over!

Over tsjok45
Gepensioneerd . Improviserend jazzmuzikant . Instant composer. Jamsession fanaat Gentenaar in hart en nieren

3 Responses to Natuurlijke Selectie

  1. Pingback: INHOUD L/M/N « Tsjok's blog

  2. Pingback: ANTI-CREATO « Tsjok's blog

  3. Pingback: God, sex en evolutie « Tsjok's blog

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

%d bloggers op de volgende wijze: