Geologie Trefwoord L

 zie onder Geologie



door F.C. Kraaijenhagen

Een gezamenlijke uitgave van de
en de
NGV afdeling LIMBURG
September 1992

1992 © Copyright Nederlandse Geologische Vereniging.

Voor Internet herzien en bewerkt in 2006 door George Brouwers Oisterwijk.

AAngevuld en uitgebreid met

Geologische begrippen   

Klik op een begrip voor de definitie. Wil je meer weten over een bepaald begrip, bekijk dan het thema‘De ondergrond van Nederland’, of gebruik de zoekmachine.

De geologische tijdvakken zijn niet opgenomen in deze begrippenlijst. Zie voor de beschrijving van deze tijdvakken het thema ‘Ondergrondse tijdmachine’.

A  B  C  D  E  F  G  H  I  J  K  L  M  N  O  P  Q  R  S  T  U  V  W  X  Y  Z




An igneous intrusion that has been forced between two layered rock units. The top of the intrusion is arched upwards and the bottom of the intrusion is nearly flat.

Afbeeldingen van Laccolith

<Intruded mass of igneous rock that forces apart two strata and forms a round lens-shaped mass many times wider than thick. The overlying layers are often pushed upward to form a dome. A classic development of laccoliths is illustrated in the Henry, La Sal, and Abajo mountains of southeastern Utah, found on the Colorado Plateau.

Igneous intrusions can be a variety of shapes and sizes. Laccoliths are domed circular shapes, and can be many miles across. Sills are intrusions that flow between rock layers. Pipes or necks connect the underlying magma chamber to surface volcanoes.(Image © RM)
LACCOLITH —> in geology, any of a type of igneous intrusion that has split apart two strata, resulting in a domelike structure; the floor of the structure is usually horizontal. A laccolith is often smaller than a stock, which is another type of igneous intrusion, and usually is less than 16 km (10 miles) in diameter; the thickness of laccoliths ranges from hundreds of metres to a few thousand metres. They can be contrasted with
sills, which are sheetlike intrusions oriented parallel to the bedding of the enclosing rock: a laccolith’s ratio of diameter to thickness should be less than 10; a larger ratio would make the body a sill. Acidic rocks are more common than basic rocks in laccoliths. Although the lower portions of laccoliths are seldom visible, they usually are interpreted as having a relatively small feeder from a magma source below. A well-known example of a laccolith is found in the Henry Mountains, Utah.


An exposed laccolith near the Stillwater igneous complex, Montana, U.S.

James L. Stuby, M.S., P.G.

Devils Tower, in het oosten van Wyoming, Verenigde Staten. De berg is een monoliet die bestaat uit fonolitische porfier. Er wordt vermoed dat Devils Tower een deel van een laccoliet was, waarvan de rest is weggeërodeerd. Omdat de oorspronkelijke vorm van de intrusie niet bekend is, is het onmogelijk dit met zekerheid vast te stellen.

°Lacustrien    is de omgeving en de daarbij behorende omstandigheden van binnenmeren.




A mudflow composed of water and volcanic ash. Lahars can be triggered by the flash melting of the snow cap of a volcanic mountain or from heavy rain. Lahars are very dangerous because they can occur suddenly and travel at great speeds.

Afbeeldingen van lahar

Mt St Helens : lahar path  (links)

(Rechts ) Op 19 maart 1982 veroorzaakte een explosieve uitbarsting van de Mount St.Helens een lahar (de donkere uitstroming in de sneeuw), vloeiend uit de krater de North Fork Toutle River Valley in.
Credit: USGS, Thomas J. Casadevall

Lahars zijn modderstromen, ontstaan door de vermenging van vulkanische deeltjes met water. Vaak veroorzaken deze stromen grote schade aan de omgeving.

Het directe gevaar van een lahar is zijn turbulente stroom, die keien en afgebroken bomen met zich meevoert en alles makkelijk kan meesleuren wat er maar op zijn pad komt.

Zijn kracht is zo groot dat gebouwen en kostbare landbouwgrond helemaal overspoeld kunnen worden door deze cementachtige stromingen die je kunnen meesleuren en verpletteren.

Als je een lahar over je heen krijgt is de kans groot dat je om het leven komt door botbreuken, verdrinking of verstikking.


Image Described in Caption

Lahar at El Palmar, Guatemala (August 14, 1989) — This rapidly moving, hot lahar was generated from eruptive activity at the site of the Santiaguito lava dome. The photo is taken 15 kilometers downstream of the volcano’s summit. Before the lahar arrived the river valley was nearly dry. The event was described by USGS geologist Jeff Marso, who was standing on a bridge overlying the valley: “The lahar passed below us at what seemed an incredible speed (~50 km/hr) and with an overwhelming roar. The front of the flow was approximately 5 m high and filled the river channel. As the hot lahar became larger, small rocks and mud splatter were thrown onto and over the bridge. We decided that we were not high enough and ran for the safety of the far bank. There, ground vibrations made it difficult to stand and we had to shout to be heard over the roar.” Courtesy of Jeff Marso, USGS.

Laminar Flow:

A state of uniform flow within a fluid in which the moving particles travel along parallel paths (compare with Turbulent Flow).

Laminar and Turbulent Flow Landslide:

A downslope movement of rock and soil over a failure surface and under the influence of gravity. Slumps, earthflowsdebris flows and debris slides are examples.

Computer simulation of a “slump” landslide in San Mateo County, California (USA) in January 1997          Afbeeldingen van landslide


Landijs is een dik ijspakket dat onder bepaalde omstandigheden een landgebied van grote omvang overstroomt en bedekt, ongeacht de topografie.



De maximale uitbreiding van het landijs in het Weichselien.




Volcanic rock materials which are formed when magma is ejected by a volcano. Typically used for material that ranges between 2 and 64 millimeters in diameter.

Afbeeldingen van lapilli  <–

<Met lapilli worden in de vulkanologie alle tefradeeltjes bedoeld tussen de 2 mm en 64 mm groot.

Close view of accretionary lapilli from Kilauea Volcano with US dime for scale

Accretionary lapilli on the surface of the Ka`u Desert south of Kilauea caldera.

Rounded tephra balls between 2 and 64 mm in diameter are called accretionary lapilli if they consist of tiny ash particles. Volcanic ash sometimes form such balls in an eruption column or cloud, owing to moisture or electrostatic forces. Lapilli (singular: lapillus) means quot;little stonesquot; in Italian.

1.The lapilli shown in these images formed during explosive eruptions of Kilauea in 1790 A.D. For more information, please see the USGS fact sheet Kilauea’s explosive past. The layer shown in image 2 is one of several found at this location, about 10 km from Kilauea’s summit caldera.

Close view of accretionary lapilli in tephra layer, Kilauea Volcano

2. Layer of tephra consisting of accretionary lapilli surrounded by wind-deposited ash in the Ka`u Desert, Kilauea Volcano.

Lateral Moraine:    An accumulation of till along the sides of a valley glacier that is produced by ice action.

Lateral moraine

Definition: Certain moraines are deposited at the side of the glacier as lateral moraines. Where two lateral moraines combine, a central, medial moraine may be formed.

Lateral moraines are a product of rock fall onto the margin of a glacier. Rock fall is a result of frost weathering of the rock wall and of over-steepening of the cliff by glacial erosion, leading to rock slope failure.

The rock debris is carried along the glacier edge as it moves towards the snout. Melting of the glacier leaves a ridge or bench made of blocky debris on the flank of the valley. Lateral meltwater channels may also be developed.

Lateral moraines occur widely in the Cairngorms. They tend to be quite small features and are often best seen after light snowfalls, sloping down-valley. Good examples occur in middle Glen Feshie and in the Lairig an Laoigh, by Fords of Avon.

Afbeeldingen van lateral moraine definition

Lava:    Molten rock material on Earth’s surface.

Afbeeldingen van Lava

  1. Unusual Lava Types…/Unusual%20lava.html

    One way to classify lavas is by their alkali content, reflected in their weight percent of Na2O + K2O…..

Lava Tube: A tunnel below the surface of a solidified lava flow, formed when the exterior portions of the flow solidify and the molten internal material is drained away.

Afbeeldingen van Lava Tube


Leaching: The removal of soluble constituents from a rock or soil by moving ground water or hydrothermal fluids. Lease Bonus:Money paid to a mineral rights owner in exchange for granting a lease. This payment may be in addition to any rental or royalty payments. Leem –>

Oeverzwaluwnesten in een leemwand

Leem is een mengsel van klei, silt en zand, met relatief veel deeltjes met een grootte van 0,002 mm tot 0,063 mm.   Zie ook:Klei  Löss   Lutum  Silt   Zand

Loam Soil, Coorg



Left-Lateral Fault:

A fault with horizontal movement. If you are standing on one side of the fault and look across it the block on the opposite side of the fault has moved to the left. (Also see Right-Lateral Fault.) 

Levee:  A long continuous ridge built by people along the banks of a stream to contain the water during times of high flow. Natural levees can also be built along the banks of a stream  When the flood water decelerates upon leaving the channel, sediments quickly drop out of suspension and build a ridge over time.


One side of a fold. The dipping rock units between the crest of an anticline and the trough of a syncline. Limestone:  A sedimentary rock consisting of at least 50% calcium carbonate (CaCO2) by weight. Picture of LimestoneLineament: A straight topographic feature of regional extent which is thought to represent crustal structure. A fault, line of sinkholes, straight stream stretch or a line of volcanoes can be considered linear features. Liquefied Natural Gas (LNG):Natural gas that has been converted to the liquid state by reducing its temperature. (At standard surface temperature and pressure the liquification temperature is about -260 degrees Fahrenheit.) 

°Lithification:   The processes through which sediments are converted into sedimentary rock, including compaction and cementation

Lithogenetische eenheid

Een lithogenetische eenheid is een binnen formaties onderscheiden eenheid op grond van hun ontstaanswijze en samenstelling.

Een lithologische eenheid is een gesteentepakket of deel daarvan, dat op grond van macroscopisch waarneembare eigenschappen als een eenheid beschouwd kan worden en als zodanig in kaart gebracht kan worden.



Lithologie heeft betrekking op het gesteente als zodanig; lithologische kenmerken zijn b.v. korrelgrootte, sedimentaire structuren etc.

Lithology:   The study and description of rocks, including their mineral composition and texture. Also used in reference to the compositional and textural characteristics of a rock. Lithosphere:  The rigid outer shell of the earth which includes the crust and a portion of the upper mantle. 


Afbeeldingen van lithosfeer 

Lithosfeer en astenosfeer

De aardplaten worden ook wel lithosfeer genoemd, oftewel steenschaal. Dit omvat de aardkorst en het bovenste gedeelte van de aardmantel. De onderliggende astenosfeer is vervormbaar in plaats van keihard. De lithosfeer beweegt over de astenosfeer op weg naar subductie of gebergtevorming.


De dikte van de lithosfeer onder de continenten is op sommige plaatsen 95 km dik. Op andere plaatsen is de dikte 81 km. Ook op eilanden in de oceaan is de diepte van de lithosfeer-astenosfeer overgang bepaald met als resultaat ongeveer 70 km. Omdat het een eiland is, is het mogelijk te vergelijken met de dikte van de oceanische plaat. Onderzoek van Kawakatsu en collega’s laat zien dat de dikte van de oceanische plaat toeneemt met de ouderdom: 55 km dik bij een ouderdom van 25 miljoen jaar en 82 km dik voor een plaat van 129 miljoen jaar oud. Dat is niet verrassend. Immers, hoe ouder de plaat, des te meer sediment kan zich opstapelen en vervolgens verstenen. Ook koelt een gedeelte van de astenosfeer af en wordt onderdeel van de lithosfeer. 

De lithosfeer is het buitenste deel van de aarde bestaande uit de aardkorst en het buitenste deel van de aardmantel.  Zie ook: Asthenosfeer   Biosfeer


Lithospheric Plate:

A large slab of the lithosphere that can be moved by convection current motion within the mantle. 


Lithostratigrafie is stratigrafie op grond van de lithologie.


Een lithostratigrafische eenheid is een gedefinieerde en benoemde eenheid, onderscheiden op lithologische gronden; gesteentepakket dat zich onderscheidt door lithologie.



The total amount of sediment being carried by a stream or a glacier. Includes suspended materials, dissolved materials and materials moved along Earth’s surface. (Also see: bed loaddissolved loadsuspended load.) Lode:

A rich accumulation of minerals in solid rock. Frequently in the form of a vein, layer or an area with a large concentration of disseminated particles. (See placer deposit for contrast.) Longitudinal Dune:

A long, narrow sand dune that has its long dimension oriented parallel to the direction of the wind.                                                    Afbeeldingen van Longitudinal Dune:

Longitudinal dunefield diagram
When barchan dunes become highly elongated, they may form into longitudinal dunes, also known as linear dunes. In other parts of the world, such as in Africa, great fields of longitudinal dunes can dominate the landscape for hundreds of miles.

Longitudinal Sand Dunes

Image Source

Image Source

Longitudinal Sand Dunes form in a parallel line, depending on the direction of the wind and velocity. Typically, these sand dunes are up to 4 meters high however, in parts of Arabia and Australia the dunes can reach up to and beyond 250 feet high.

Longitudinal Profile:

A cross section of a stream or valley beginning at the source and continuing to the mouth. These profiles are drawn to illustrate the gradient of the stream. Longshore Current:

A flow of water parallel to a coastline that is caused by waves striking the coast at an oblique angle. Longshore Drift:

The movement of sediment along a coastline caused by waves striking the coast at an oblique angle. The waves wash sediment particles up the beach at an oblique angle and the swash back to the sea carries the particles down the gradient of the beach. This produces a zig-zag path of particle movement along the beach.



Löss is een door de wind gevormde afzetting, waarvan het overgrote deel van de korrels kleiner is dan 0,063.Zie ook:Klei Leem Lutum Silt Zand

Löss is een grondsoort dat bestaat uit zeer kleine zandkorreltjes. Deze korreltjes hebben een grote tussen de 2 en 50 µm. De korreltjes zijn zo klein dat het heel gemakkelijk door de wind te verplaatsen is. Löss wordt daarom ook wel een windafzetting genoemd. De geografische benaming voor een windafzetting is een eolische afzetting.

Qua korrelgrootte zit löss tussen de categorie van leem en lutum ( klei ) in. Löss valt zelf onder de categorie Silt, maar niet al het silt is löss. Zodra silt verplaatsbaar is door de wind, spreekt men van löss.

Bouwput met löss bij Eckelrade

Bouwput met löss bij Eckelrade



A relatively flat area in the lower levels of regional elevation. Low-Velocity Zone:

A zone within the upper mantle where seismic wave velocities are relatively low. This zone is located about 35 to 155 miles below the surface.



Lutum bestaat uit plaatvormige deeltjes met afmetingen kleiner dan 0,002 mm.

Kleiwinning nabij de Maas, bij Maalbeek © TNO-NITG


The manner in which light reflects from a mineral surface.

Metallic, submetallic and non-metallic are the basic types of luster. 

Can also be dull

Hematite has a submetallic luster in this specimen, although it can also be dull.


Genus LEEDSICHTHYS en fossiele mesozoische vissen





Mercian 2004 v16 p043 Leedsichthys problematicus, Dawn.pdf 

 caudal fin of Leedsichthys. This was huge: the measure from tip to tip of the tail was 3.6 m. The fin rays bifurcated at intervals until, at the distal end, they were.



Mercian 2004 v16 p043 Leedsichthys problematicus, Dawn.pdf…/Mercian%202004%20v16%20&#8230;

 caudal fin of Leedsichthys. This was huge: the measure from tip to tip of the tail was 3.6 m. The fin rays bifurcated at intervals until, at the distal end, they were.


De vis  , kon ruim 16 meter lang worden. Dat hebben Schotse wetenschappers berekend.

 26 augustus 2013 17:53   26 augustus 2013

Sommige soorten uit het geslacht  Leedsichthys deden  er waarschijnlijk 38 jaar over om een ( maximale ? ) engte van 16,5 meter te bereiken.

Op de leeftijd van 20 jaar besloeg de lengte van die vissoorten   waarschijnlijk nog maar 8 tot 9 meter. …….Dat meldt de Universiteit van Glasgow.

Life reconstructions ( BBC )


Het is voor het eerst dat de  gemiddelde  maximale lengte en de groeicurve  voorkomend in dit  prehistorische vis -genus  nauwkeurig is berekend op basis van wetenschappelijk onderzoek. (1)


Leedsichthys problematicus  cast


Leedsichthys problematicus


Fossil thought to be part of the Leedsichthys jaw, it was found in the 'Star Pit' at Whittlesey, Peterborough

University of glasgow  2010         Major findings  


:Dr Liston worked alongside experts from the University of Oxford, DePaul University in Chicago, Fort Hays State University in Kansas as well as the University of Kansas.

Leedsichthys had been an isolated example of a truly giant filter feeder in the oceans during the age of dinosaurs, with a puzzling gap between it and the first appearance of modern filter-feeders, some 100 million years later. 

“The breakthrough came when we discovered additional fossils, similar to Leedsichthys, but from much younger rocks. These specimens indicated that there were giant filter-feeding fishes for much longer than we thought. We then started to go back to museum collections, and we began finding suspension-feeding fish fossils from all round the world, often unstudied or misidentified,” continued Dr Liston.

Several of the most important new fossils – all from the same extinct bony fish family as Leedsichthys came from sites in the state of Kansas in the US. Other remains meanwhile, originated as far afield as Dorset and Kent in the UK, and Japan.

One of the best preserved Kansas specimens had historically been interpreted as similar to a fanged predatory swordfish. When members of the team began to clean the specimen, they were surprised to find a toothless gaping mouth, with an extensive network of thin elongate bony plates to extract huge quantities of microscopic plankton from large volumes of Late Cretaceous seawater.


De Schotse onderzoekers baseren hun bevindingen op een analyse van verschillende skeletten van de prehistorische vissensoorten uit het genus  . Dat was een ingewikkelde klus, aangezien er niet één compleet skelet is teruggevonden.

“We keken daarom niet alleen naar de botten, maar ook naar interne groeistructuren die je kunt vergelijken met de groeiringen in boomstammen”, verklaart hoofdonderzoeker Jeff Liston. “Op die manier kregen we een idee van de leeftijd en de lengte van de bestudeerde dieren.”

Uit het onderzoek bleek dat de Leedsichthys waarschijnlijk groter kon worden dan de walvishaai, de soort die op dit moment bekend staat als de grootste vis. Walvishaaien kunnen een lengte van ongeveer 14 meter bereiken.



De wetenschappers beschrijven hun bevindingen uitgebreid in het wetenschappelijk tijdschrift Mesozoic Fishes 5: Global Diversity and Evolution.

Net als de walvishaai voedde de Leedsichthys zich met plankton. De grote vissen beschikten over bijzondere kieuwen waarmee ze plankton konden filteren uit het zeewater dat door hun mond stroomde.

“De kieuwen functioneerden eigenlijk als het net van een trawlvisser”, aldus Liston. “De techniek was vanzelfsprekend erg effectief, gezien het grote formaat dat de dieren konden bereiken.”

(Door: Rijnvis    )
uiteraard is dit niet de grootste (bekende )” vis” die ooit leefde
–>  De schatting van de  grootste lengte  van (bijvoorbeeld )  de  prehistorische  haai  C. Megalodon    zit ruimschoots boven de 16 m.—> Megalodon (reuzenhaai) wordt ingeschat op twintig meter lang…
—> Haaien inclusief Megalodon zijn kraakbeenvissen, Leedsichthys is een beenvis. Dat zijn in wezen twee totaal verschillende klassen van dieren, ook al heten ze allemaal ‘vis’.
Dus ik denk niet dat er in het wetenschappelijke artikel staat dat dit “de grootste vis ooit” was, ofzo. Meer iets als “de grootste beenvis ooit”. En dat wordt dan ‘vis’, want journalisten/redacties denken dat hun publiek het anders niet begrijpt.
—>De term “vis” is polyfyletisch… erg lastig dus .
Gould heeft niets voor niets gezegd, “there is no such thing as a fish”.
(Phylogeny )Cladogram after Friedman et al. (2010).[1]
Matt Friedman, Kenshu Shimada, Larry D. Martin, Michael J. Everhart, Jeff Liston, Anthony Maltese and Michael Triebold. 2010. “100-million-year dynasty of giant planktivorous bony fishes in the Mesozoic seas”. Science. 327 (5968): 990–993. doi:10.1126/science.1184743.
Rhinconichthys taylori  2010

Planktonetende zeemonsters

Grote planktonfilterende beenvissen bestonden al 100 miljoen jaar voor de walvis


Een  artist's impression  van  Bonnerichthys , een planktonetende beenvis die ooit rondzwom in de zee boven het huidige Kansas. (Foto Robert Nicholls, )
Een  artist’s impression  van  Bonnerichthys , een planktonetende beenvis die ooit rondzwom in de zee boven het huidige Kansas. (Foto Robert Nicholls, )

Baleinwalvissen, walvishaaien en reuzenmanta’s schuimen al tientallen miljoenen jaren de oceanen af op zoek naar plankton. Maar wie filterde al die kleine organismen in de kleine 200 miljoen jaar daarvoor uit het water? Volgens nieuw onderzoek klaarden grote beenvissen met opengesperde bekken die klus.

Fossielen van oeroude beenvissen liggen vaak al sinds de negentiende eeuw in museumdepots. Deze resten waren echter nooit gecategoriseerd, of lagen in de kast met een verkeerd label eraan gehangen. En terwijl die resten jarenlang lagen te verstoffen, braken onderzoekers hun brein over het hoe en waarom er geen aanwijzingen waren voor het bestaan van grote filtervoeders, soortgelijk aan de huidige baleinwalvis, tijdens het Mesozoïcum (250 tot 65 miljoen jaar geleden).

In die tijdsperiode zijn namelijk ook de hedendaagse planktonsoorten ontstaan. Het leek daarom nogal vreemd dat er vrij plotseling, pas vanaf 65 miljoen jaar geleden, een uitgebreide variatie aan filtervoeders is ontstaan.


De enige aanwijzing voor oudere grote filtervoeders was een handjevol fossiele resten van beenvissen, hoofdzakelijk afkomstig uit Europa. De fossiele beenvissen stamden echter uit een relatief korte tijdsperiode van 165 tot 145 miljoen jaar geleden. En ze behoorden tot de inmiddels uitgestorven Pachycormidae-familie, die juist hoofdzakelijk uit roofvissen bestaat.

Voor biologen leken de grote filtervoederende beenvissen haast op een ‘klein en mislukt evolutionair experiment’.

Onderzoekers uit de Verenigde Staten en Groot-Brittannië publiceren deze week in Science over hun nieuwe analyse van fossiele resten. Op één exemplaar na, dat recent in kalklagen in de Amerikaanse staat Kansas werd ontdekt, waren alle fossielen afkomstig uit musea in Groot-Brittannië, de Verenigde Staten en Japan. Het betrof onder meer een complete schedel, schedelfragmenten, voorvinnen en botresten.

De onderzoekers identificeerden deze fossiele resten als afkomstig van de beenvissoorten Rhinconichthys taylori en Bonnerichthys gladius, 170 tot 65 miljoen jaar oud. Deze ‘voorlopers van walvissen’ hebben dus meer dan 100 miljoen jaar lang bestaan. En niet zoals eerder gedacht maar 20 miljoen jaar. Ook kwamen ze, gezien de vindplaatsen in Europa, de Verenigde Staten en Japan, in verschillende wereldzeeën voor.

Reuzenbekhaai Reconstructies van de fossielen laten zien dat deze beenvissen zo’n vier tot vijf meter lang zijn geweest, vergelijkbaar met de hedendaagse reuzenbekhaai. Toch waren het relatief kleine exemplaren, want de al bekende resten van planktonetende beenvissen haalden lengtes tot maar liefst negen meter. Dat komt overeen met de gemiddelde walvishaai.

De beenvissen moeten, net als hedendaagse baleinwalvissen, met opengesperde bek hebben rondgezwommen om plankton uit grote hoeveelheden water te filteren. Het binnenkomende water werd na filtering weer afgevoerd door kieuwen in de achterzijkant van de kop.

De bestaansperiode van de planktonetende beenvissen sluit precies aan op de opkomst van de hedendaagse filtervoeders. Die kwamen vanaf ongeveer 65 miljoen jaar geleden op en vulden het gat in het ecosysteem dat de uitstervende beenvissen achterlieten.

Als eerste verscheen de reuzenbekhaai, die in de 30 miljoen jaar daarna werd gevolgd door onder meer reuzenmanta’s, walvishaaien, reuzenhaaien en baleinwalvissen.

Stoffige resten uit de fossielenkast kunnen dus nog een heel nieuw licht werpen op de evolutie. Misschien toch wel handig om de labels aan de fossielvondsten uit Darwin’s tijd nog maar eens goed na te lopen.

Paul Schilperoord

Matt Friedman e.a., ‘100-Million-Year Dynasty of Giant Planktivorous Bony Fishes in the Mesozoic Seas’, in Science, 19 februari 2010.

De vindplaats van de fossiele beenvisvinnen in kalkafzettingen in Kansas. (Foto Dr. K. Shimada)

De vindplaats van de fossiele beenvissen  in kalkafzettingen ion Kansas  ( Dr K Shimada )
   Reconstructie van de beenvis Bonnerichthys  aan de hand van fossiele resten. (Foto Dr. M. Friedman, University of Oxford)
Bonnerichthys jawbones and forefinn/ Matt friedman
Bonnerichthys  sciencemag
De grote gefossiliseerde voorvinnen van de beenvis  Bonnerichthys . (Foto Dr. M. Friedman, University of Oxford)
De grote gefossiliseerde voorvinnen  van de beenvis bonneichthys  ( Dr . M Friedman , Univ Oxford )
         Bonnerichthys gladius  &  Rhinconichthys taylori.



 zie onder GENETICA     


LUCA  ;  °LUCA voorlopig nog denkbaar  <—doc archief  

Deel microbiële zwarte materie in kaart gebracht

Wetenschappers hebben het DNA van 201 niet eerder bestudeerde eencelligen in kaart gebracht. Deze resultaten werpen een nieuw licht op de stamboom van het leven.

Een beschrijving van deze micro-organismen verschijnt zondag in Nature.

In totaal leverden de DNA-analyse van de cellen afkomstig van verschillende plekken op aarde 201 nieuwe soorten op. Alle 201 geanalyseerde cellen maakten deel uit van niet eerder beschreven takken van de stamboom van het leven.

Die stamboom beschrijft de relaties tussen alle soorten organismen die in de loop der evolutie ontstonden.


De onderzoekers analyseerden bacteriën en archaea,  Opmerkelijk was dat de bacteriën over eigenschappen beschikten die tot nu toe alleen aan archaea werden toegedicht en vice versa.

Zo bleken de archaea een enzym te hebben om inkepingen in de eigen celwand te kunnen maken zodat celdeling makkelijker wordt. Mogelijk hebben ze  deze eigenschappen verkregen door uitwisseling van genetisch materiaal.

Zwarte materie

Naar schatting leven er miljoenen soorten micro-organismen op aarde, waarvan de overgrote meerderheid nog nooit bestudeerd is, vandaar dat ze ook wel de microbiële zwarte materie genoemd worden. De meeste micro-organismen laten zich niet gemakkelijk kweken in een lab en bestuderen in het wild is onmogelijk.

Sinds een paar jaar gebruiken wetenschappers DNA-technieken om toch meer te weten te komen over al deze micro-organismen. Een veelgebruikte methode is het lukraak in kaart brengen van DNA uit bijvoorbeeld een klein beetje slootwater en daaruit herleiden wat voor soorten organismen er in dat water rondzwommen. Nadeel van die methode is dat je het genetisch materiaal nooit tot op de individuele soort kunt herleiden.


Het Amerikaanse onderzoeksteam gebruikte een methode waarbij het bestuderen van één aparte soort wel kan: met behulp van lasers selecteerden ze steeds één cel vanuit een bepaalde populatie en haalden er vervolgens het DNA uit. Op deze manier verzamelden ze 9000 cellen van bacteriën en archaea uit onder meer de Stille Oceaan, een mijn in South Dakota en van de noordoostkust van Hawaii.

De 201 soorten vormen puzzelstukjes om de genetische stamboom des levens verder in te vullen. Het invullen daarvan staat nog aan het prille begin, benadrukt onderzoeksleider Tanja Woyke.

“Om de helft van de nu bekende diversiteit in kaart te brengen moeten we nog van 20.000 soorten het DNA in kaart brengen. En dan heb ik het nog niet eens over de diversiteit waarvan we nog geen weet hebben”, stelt Woyke.

Door: de Vrieze


° 1
Uiteindelijk toont dit artikeltje aan dat huidige wetenschappers zich niet meer druk bezig houden met het ” theoretische en materieel bewijzen van de evolutie”?
( gevonden en opduikende fossiele bewijsstukken voor de evolutie en genetische sporen * ervan blijven overigens wel erg belangrijke vakgebieden )
Dat is een gepasseerd station … alleen creationisten zitten daar nog op gefocust en vastgeroest
Waar wetenschappers nu mee bezig zijn is uitvogelen *hoe* evolutie precies werkt, en ” hoe het leven op Aarde”is geëvolueerd. en dat is een enorme puzzel

*Moderne(ge- update ) Evolutie-theorie is eigenlijk een onderdeel van de genetica (= o.m. fylogenetica , de zoektocht naar genetische fossielen in genomen en vergelijkingeen van genomen ….. etc …etc …. )

In deze studie: werden nieuwe en diepe vertakkingen (phyla en superphyla) in de lijnen van de Archaea en Bacteria en onverwachte overeenkomsten tussen groepen, die aan lateral gene transfer worden toegeschreven. , gevonden
Maar geen nieuwe soorten dus die een nieuw domein (naast Archaea, Bacteria en Eukaryota) van het leven zouden moeten vertegenwoordigen  …

( —> Misschien 201 nieuwe soorten  maar wel ( tot nu toe )  behorend tot de klassieke  “oude “rijken   ?

( *)Volgens  Craig Venter  behoren zeer veel  extante   “nieuw-ontdekte  “( en te ontdekken )  micro -organismen mogelijk  tot autonome en verschillende  takken van de ongekende  levende oermaterie ( waarvan we niet eens weten  of ze al dan niet onafhankelijk  ” de novo” /abiogenetisch  zijn onstaan


°°°—> Comments op deze  video  waarvan vooral de titel ( creationisten ? ) misleidend is ….

.Craig Venter ontkent de  ” one tree of live  “helemaal  niet ( en al helemaal niet  wanneer men die beschouwd als de stamboom van alle  “hogere organismen” )…. maar  hij vecht wél de(verouderde ) visie aan  die  haar   wortels heeft   in een enkele  (theoretische )LUCA  oorsprong ……De ( onzichtbare en microbieele ) wortels zijn volgens hem misschien  = netwerken = a bush of life  … die niet noodzakelijk  een  enkele gemeenschappelijke  afstamming kennen  ……

In elk geval bestaan er  verschillende  genetische codes  ( of variaties op de  genetische codes )  en zijn er in alle geval in de oceanen ( door Venter  en co   )   organismen ontdekt  die de  sequenties van hun genomen  baseren  op een ander  biochemisch ” alfabet”( zie ook —> synthetische biologie en  de   verwarring scheppende discussies  met IDC-ers  en ” fine Tuners ”  rond de “optimale ” of beste code,( hier op onzer planeet )  die noodzakelijk  moet geschapen zijn door een Intelligent Designer)     dan het gebruikelijke  ….

Of de  verschillende   microbieele  “de novo”  stamlijnen  die het  wortel-netwerk vormen , in staat zijn( of waren )tot  Laterale gen transfert  bespreekt Venter  NIET   in dit korte video  fragment

° 3
We zijn nog lang niet toe aan het “vinden  door eliminatie  van een of ander(theoretisch) LUCA -genoom ; het was /is überhaupt nog een groot raadsel….en deze studie maakt het “vinden van de luca essenties( als die al bestaan ) ” weer verder weg dan ooit

De eukaryoten, zoals we die nu kennen, worden wel verondersteld een symbiose te zijn tussen
1) een “oer-eukaryoot”, mogelijk een uitsluitend op RNA gebaseerde levensvorm, een
2) bacterie
3) en archeon.
Een consequentie daarvan is dat we ook zouden moeten veronderstellen dat het leven (replicerende cellen onderhevig aan mutatie en natuurlijke selectie) meer dan één keer zouden zijn ontstaan (op aarde of daarbuiten).

° 4



°(Roots of ) the tree of life


The Three Domain Hypothesis


– Contradictory Phylogenies for Cyanobacteria







Cross-section of a labyrinthodont tooth

Ima1 labyrinthodont

cette dent découverte dans le rhétien Lorrain est typique des Labyrinthodontes, on distingue une structure fortement plissée et sinueuse rappelant un labyrinthe d’où le nom. Cette caractéristique est issue des poissons sarcopterygiens ancêtres de ces animaux.
labyrinthodont   tand
Labyrinthodont: teeth (or having teeth) characterized by folded sheets of dentine. Such teeth are common in sarcopterygians and basal tetrapods. A pulp cavity is not always present, and the entire tooth may be filled with folded dentine. An outer enamel layer may also be present.                       See image: cross section of labyrinthodont tooth from Eusthenepteron.
Labyrinthodont tooth Labyrinthodont tooth/Author: Moya Meredith Smith/Sources: Parc national de Miguasha// 1996Cross-section through a tooth from Eusthenopteron foordi. The labyrinth pattern of infolded dentine inside the tooth is a characteristic feature shared by the first tetrapods.

1. Having teeth with a labyrinthine internal structure.
2. Of or relating to the Labyrinthodontia, an extinct group of amphibians having a labyrinthine tooth structure.


De eerste amfibieën waren labyrinthodonten, zij waren de eerste gewervelde dieren die het land op trokken. Hun experiment duurde 160 miljoen jaar, van het Laat-Devoon tot in de vroege Jura. Het was een gedeeltelijk succes. Tijdens de hoogtijperiode in het Vroeg-Perm waren zes van de tien labyrinthodonten volledig aan het leven op het land aangepaste insekteneters. Hierna zette het verval in en aan het eind van de Trias waren ze alle uitgestorven. De labyrinthodonten danken hun naam aan de labyrintvormige plooiing van het tandbeen in hun kegelvormige tanden. Deze tanden lijken sterk op de tanden van de rhipidistespiervinnige vissen. Dit en nog een aantal ander skeletkenmerken hebben paleontologen tot de overtuiging gebracht dat de amfibieën van deze spiervinnige vissen afstammen. De Labyrinthodontia worden opgesplitst in twee goed afgebakende orden – de Temnospondyli en de Anthracosauria. Een derde orde, de Ichthyostegalia – de eerste amfibieën – zijn volgens sommige paleontologen primitieve temnospondylen.



kingdom Animaliaanimals »  phylum Chordatachordates

order Ichthyostegalia Save-Soderbergh, 1932
order Temnospondyli Zittel, 1888
order Anthracosauria Save-Soderbergh, 1934

Labyrinthodontia incertae sedis

superfamily Loxommatoidea

(by  Neal Robbins)   Laccocephalus was a prehistoric amphibian of the Rhinesuchidae family. Fossils of it have been found in the Daptocephalus Zone of the Beaufort beds in the Orange Free State of South Africa. There is some debate about when this creature existed. Carroll said that it lived during the Induan, i.e. the first subperiod of the Triassic. However, Anderson and Cruikshank insist that it was of the late part of the Permian period.

P.S. Laccocephalus was in the same family as these genera:


Range: Late Permian or Early Triassic of South Africa.

Phylogeny: Rhinesuchidae: Rhinesuchus + Uranocentradon + Broomistega + *.

Laccocephalus Watson.
Daptocephalus zone, Beaufort Beds, Orange Free State, South Africa
Age: ? Changhsingian
Place: central Gondwana

Comments: previously included with Uranocentradon in the family Uranocentrodontidae. Carroll lists this genus as early Triassic, but according to Anderson & Cruikshank (1978) it is late Permian. Perhaps it is from the early Changhsingian. (MAK 010423).

Laccosaurus is an extinct genus of prehistoric amphibian.

Salamander   Lissamphibia Caudata Urodela

Holotype fossil (GMV 1602) of Laccotriton subsolanus. From Gao & Shubin, 2001.


Fine form. This juvenile Laccotriton has external gills preserved.

Laidleria from Warren (1998)

Laidleria gracilis - life reconstruction by Dmitry Bogdanov


 Laidleria was a temnospondyl amphibian of the Triassic. The systematic paleontology of it is:
Amphibia Linnaeus 1758
Temnospondyli Zittel 1888
Stereospondyli Zittel 1887
Trematosauria Romer 1947
Plagiosauroidea Abel 1919
Laidleriidae Warren 1998
Laidleria Kitching 1957
Laidleria gracilis Kitching 1957
    Laidleria gracilis was 30-40 cm. (11.8 in.-1.31 ft.) in length. Fossil remains of this amphibian have been found in the Cynognathus Zone in South Africa. They date to the early Triassic.
  This excerpt from Palaeos Vertebrates lists physical characteristics of Laidleria:
Characters: 30-40 cm long. Extremely thin, flat skull forming an equilateral triangle; dental teeth larger than corresponding maxillary teeth; dentary tusks present; maxillary excluded from choana by sutural articulation of palatine and vomer; more than 8 palatine teeth; no denticles on parasphenoid; ventral surface of pterygoid ornamented; ascending ramus of pterygoid ornamented; ascending ramus of pterygoid does not contact squamosal; prefrontal and jugal in sutural contact; orbits behind mid-length of skull; quadratojugal with lateral projection; stapes robust, terminating under a solid section of skull roof, with no possible contact with a tympanum; uniform ornamentation of pits surrounded by ridges; strongly armored and “turtle-like;”, no specialized scutes associated with neural spines.
Anne Warren (1998). Laidleria uncovered: a redescription of Laidleria gracilis Kitching (1957), a temnospondyl from the Cynognathus Zone of South Africa. Zoological Journal of the Linnean Society 122(1-2): 167-185).
Graciela Pineiro, Claudia Marsicano, and Nora Lorenzo wrote an article titled A NEW TEMNOSPONDYL FROM THE PERMO-TRIASSIC RUENA VISTA FORMATION OF URUGUAY. It was published in 2007 in Palaeontology, Volume 50, Issue 3, pp. 627-640. The abstract is on this link.
    (Neal Robbins)

    Lapillopsis nana  was a temnospondyl amphibian species that lived in Australia during the early Triassic. Fossils of Lapillopsis date to the Olenakian Age (249.7 – 245 million years ago). Those fossils were found in the Arcadia Formation of the Rewan Group in Queensland.
    Lapillopsis is a member of the family Lapillopsidae. The lapillopsids are in the order Limnarchia. It survived the mass extinction that occurred at the end of the Permian.
    One other member of Lapillopsidae has been identified. It is Rotaurisaurus contundo.
These amphibians were small, which was a common trait among temnospondyls of the early Triassic in Australia.
Another temnospondyl was identied from Lower Triassic fossils found in Queensland. It is Nanolania anatopretia. Adam M. Yates wrote an articl about this spcies. It was published in September, 2000 in the Journal of Vertebrate Paleontology, Volume 20, Issue 3, pp. 484-489. The title is A NEW TINY RHYTIDOSTEID (TEMNOSPONDYLI; STEREOSPONDYLI) FROM THE EARLY TRIASSIC OF AUSTRALIA AND THE POSSIBILITY OF HIDDEN TEMNOSPONDYL DIVERSITY. This excerpt from the abstract says:
A new genus and species of stereospondyl temnospondyl, Nanolania anatopretia, is described from the Early Triassic Arcadia Formation (Rewan Group) of Queensland, Australia. N. anatopretia has several character states that suggest it belongs to the group of derived trematosaurian stereospondyls that include the Rhytidosteidae and Brachyopoidea. These include the absence of a lacrimal, an untwisted quadrate ramus of the pterygoid, and a shallow otic notch. It is tentatively referred to the Rhytiodosteidae. N. anatopretia is the third temnospondyl taxon from the Arcadia Formation to be represented by a skull less than 50 mm long.
The others are the basal stereospondyl Lapillopsis nana and juveniles of the capitosaurid Parotosuchus aliciae. Given that Lapillopsis nana and Nanolania anatopretica are not well known from any larger specimens, it is suggested that they are species that never grew large.
    Yates also says that it is apparent that small and large temnospondyls co-existed to a great extent during the Triassic. The small ones included both basal and derived types.
(Neal Robbins)
 The taxonomy of Lapillopsis is:
Kingdom: Animalia
Phylum: Chordata
Class: Amphibia
Subclass: Temnospondyli
Order: Limnarchia
Suborder: Stereospondyli
Family: Lapillopsidae
Genus: Lapillopsis
Species: Lapillopsis nana

Lapillopsis nana

This genus is from Arcadia Formation of Queensland. The description of this genus is based on many small skulls less than 2 cm long. Superficially it resembles micropholids. They lacked sensory-line grooves and had a long-stemmed interclavicle bone beneath the shoulder region. Both these features indicate that Lapillopsis was more adapted for life on land than any other Triassic temnospondyls from the Arcadia Formation.

Some of the diagnostic features of this genus are long jugal bones extending in front of the eyes. There are well-developed tabular horns and large orbits. The latter feature are probably features of immature animals. Sensory-line canals were not well developed. Some think Lapillopsis is closely related to Micropholis from Germany. Others disagree that it is closely related to the dissorophopids, believing it is more closely related to stereospondyls.

Sources & Further reading   John A Long, Dinosaurs of Australia and New Zealand, University of New South Wales Press


Latiscopidae  almasaurus

Leterpeton austriacum  
Czech Republic

Letoverpeton lived before the dinosaurs in the Early to Middle Permian. Little is known of these primitive amphibians, which are extremely rare members of the Discosauriscidae family.

Name: Amphibia: Urodela; Liaoxitriton zhongjiani  Age: Lower Cretaceous, (~125 m.y.a.)  Size (25.4 mm = 1 inch): 110 mm long (tip of skull to tip of tail along backbone). Matrix: 296 mm by 60 mm   Location: Huludao City, Jiufotang Formation, Liaoning Province of China

Description: This is a fine positive/negative pair of a rarely seen amphibian; a salamander known as Liaoxitriton zhongjiani. . The species takes its generic name from Liaoxi, the general region from which the specimen comes, while the specific name is for the researcher who first discovered this specimen. The detail is incredible; even more remains to be uncovered (see some of the bones of the forearm). Even a 20 mm partial tail of another unknown vertebrate is present.

Phyletogentic analysis of the Urodeles shows that Asia is the origin of the clade, leading to the hypothesis that the basal salamanders radiated from the region. Some salamanders demonstrate neoteny, or the capability of reproducing while in what is apparently the larval state. Note the soft tissue outlines preserved, and what appears to be gill structures, a telltale that this is not a larval form but a neotenic example.

Neoteny is not all that uncommon among modern-day salamanders (some 40 species in 9 different families demonstrate this strategy), with the Mexican Salamander or Axolotl being a prime example. This means that it retains its gills and fins, and it doesn’t develop the protruding eyes, eyelids and characteristics of other adult salamanders. It grows much larger than a normal larval salamander, and it reaches sexual maturity in this larval stage.

The independent occurrence of neoteny in both Mesozoic and recent groups of salamanders makes parallel evolution of numerous morphological features an enduring feature of their history. An example such as this of the first salamander to be discovered from the Mesozoic in the east Asian region








Ces vertébres sont plates et peuvent appatenir à Metoposaurus.

Grosse dent peut être Metoposaurus ? dans tous les cas un animal de plus de 2 m.

Metoposaurus tand

metaposaurus  fr

(ce crâne de Metoposaurus diagnosticus a été découvert en Pologne a Krasiejowa)


File:Metoposaurus bakeri1DB.jpg

Long bone histology of Metoposaurus diagnosticus (Temnospondyli) from the Late Triassic of Krasiejów (Poland) and its paleobiological implications

This image shows microanatomy of the midshaft of Metoposaurus femur. Credit: Photo by Georg Oleschinski

This is the femur of Metoposaurus diagnosticus krasiejowensis as viewed from behind (posterior). The sectioned plane is marked by the white stripe. Credit: Photo by Georg Oleschinski.

Read more at:

Metoposaurus diagnosticus

Metoposaurus diagnosticus weighed half a tonne and was 10 feet long, but its environment had only two seasons: wet and dry. It needed water for its lifestyle, but researchers have discovered the extremely long dry season 230 million drove the species to burrow underground and go dormant

The burrowing behaviour of Metoposaurus was recently discovered by Dorota Konietzko-Meier, of the University of Opole in Poland and the University of Bonn in Germany, and Martin Sander, also of the University of Bonn.

Metoposaurus diagnosticus bones

The study examined a cross-sections of Metoposaurus bones which have growth rings, called annuli. The above image shows annuli in femur samples of metoposaurus diagnosticus. A thick inner phase of fast growth is marked by zI and a broad phase of slow growth can be seen in the middle left image (a1)

Metoposaurus diagnosticus

The broad, flat head broad flat arm bones, wide hands, and large tail of Metaposaurus diagnosticus led the investigators to conclude that this species swam in lakes during the wet season


Dr Michel Lauri, from the Musium National d’Histoire Naturelle said: ‘This animal was much larger than any extant burrowing species I know of, and if it dug, I suspect that the snout (pictured) and tail played a far greater role than the limbs, as we observe in most extant aquatic vertebrates’

The Metoposaurus diagnosticus was thought to be a mostly aquatic animal.  It had small limbs, sharp teeth and a large flat head. Its diet was mainly fish which it captured with its wide jaws lined.

Metoposaurus could reach up to 3m (10 feet) long, weighed 454 kg and was one of the last large amphibians.

Many Metoposaurus mass graves have been found. Researchers believe this was probably from creatures that grouped together in drying pools during drought.

Read more:

partial skull of the amphibian Metoposaurus diagnosticus krasiejowensis

leg bone of Metoposaurus diagnosticus krasiejowensis

part of the armour of Metoposaurus diagnosticus krasiejowensis

skull of Metoposaurus diagnosticus krasiejowensis

Metoposaurus diagnosticus krasiejowensis Sulej, 2002 – rekonstrukcja
Metoposaurus diagnosticus krasiejowensis Sulej, 2002



Micromelerpeton was een amfibie die in het Onder-Perm leefde in wat nu zuidwest-Duitsland is. Hij behoorde tot de Branchiosauriërs: volwassen amfibieën met de kenmerken van larven, zoals uitwendige kieuwen en niet-verbeende elementen in de pols en enkel. Micromelerpeton kon maximaal 20 cm lang worden. In het Onder-Perm lag Duitsland veel zuidelijker dan tegenwoordig. De gemiddelde temperatuur was tropisch en het klimaat vochtig, ideaal voor amfibieën. De voornaamste vijanden van Micromelerpeton waren vooral Sclerocephalus en zoetwaterhaaien zoals Orthacanthus.

Micromelerpeton from the Permian of Germany with Skin Preservation
6” long amphibian Micromelerpeton Credneri is over 260 million years old from Odenhein, Germany. . Micromelerpeton still probably spent much of its time in water close to the shallow sea bottom.
What makes this specimen so exceptional is its state of preservation. It is virtually complete with the exception of a few hand and foot bones. The 1” arrow shaped skull is complete with even patches of its ornamental skin preserved. The body and tail is covered with carbonized skin impressions some even preserving the texture of the skin. As a bonus there are also two partial amphibians also present on the same 13” x 8” stone slab. The 3” partial also has carbonized skin and is nearly complete missing only its head and 3 legs. The two small jaws with sharp teeth are present near the top of the slab. This is a remarkably detailed and important fossil.

  • Order Microsauria. A large group (at least 30 genera) from Carboniferous and Early Permian North America and Europe of mainly terrestrial amphibians, that are characterized by the reduced number of bones in the skull and the occiput-atlas complex. They show some evolution towards a burrowing life style. Two examples of microsaurs are Tuditanus from Ohio, USA, which had lizard-like proportions and Microbrachis from the Czech republic, which is thought to have become secondarily aquatic.Reconstruction of (a) Tuditanus and (b) Microbrachis, from Benton, 1997


Contents: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z
  • Order Nectridea. A group of aquatic early amphibians from the Late Carboniferous to the Early Permian. Many were newt-like in appearance with long flat tails for swimming, such as Sauropleura from Late Carboniferous Europe and North America. Interesting members of this order are Diplocaulus and Diploceraspis from the Late Carboniferous and Early Permian of the USA, which have expanded skulls with large horns growing out of the sides. The juvenile forms have no horns at all and they enlarge throughout life. The function of the horns is still not understood.




Contents: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z


Pantylus is an extinct lepospondyl amphibian from the Permian period of North America.Pantylus was probably a largely terrestrial animal, judging from its well-built legs. It was about 25 centimetres (10 in) long, and resembled a lizard with a large skull and short limbs. It had numerous blunt teeth, and probably chased after invertebrate prey.

Paracyclotosaurus davidi fossil.

The only known example of Paracyclotosaurus davidi,an amphibian that lived in Australia around 235 million years ago.The type specimen of Paracyclotosaurus is the only example of a complete articulated skeleton of a capitosaur, one of the major groups of Triassic temnospondyl amphibians.


  • Phlegethontia      Phlegethontia, an aistopod from the Pennsylvanian.


Les vertébres ont un centra cylindrique. Sur la face dorsale on peut observer une rainure centrale bordée par les facettes d’insertions des arcs neuraux.

v1plagiosauridae    v2plagiosauridae
 Ces vertébres peuvent appartenir à Plagiosaurus ou a Gerrothorax deux animaux aux crânes particuliers


Contents: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z


Contents: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z

Roodgekleurd merg ontdekt in fossielen Spaans amfibieën

Het fossiele skelet van de kikker Rana pueyoi.Een donkerbruine biofilm markeert de plaats waar zacht weefsel aanwezig was.
Michiel van Nieuwstadt

Tien miljoen jaar oud beenmerg is ontdekt in fossiele kikkers (Rana pueyoi) en salamanders (Triton) die zijn gevonden in het noordoosten van Spanje.

Volgens een team van Spaanse en Ierse wetenschappers is het beenmerg (weefsel aan de binnenkant van grote botten waar de meeste bloedcellen worden aangemaakt) bewaard gebleven in zijn oorspronkelijke toestand. Zelfs de oorspronkelijke rode kleur is nog te zien. (Geology, augustus 2006).

De ontdekking is een nieuwe aanwijzing dat kwetsbare, zachte weefsels in fossielen beter bewaard kunnen blijven dan lang is aangenomen. Voor wetenschappers is dat van belang omdat uit deze weefsels sporen van DNA en zelfs de eiwitten van dieren gewonnen kunnen worden.

Paleontologe Mary Schweitzer van de Universiteit van Montana publiceerde vorig jaar in Science over de ontdekking in beenderen van Tyrannosaurus rex van collageen, bloedvaten en mogelijk zelfs bloedcellen. Over het mechanisme waardoor deze weefsels 65 miljoen jaar behouden bleven, heeft zij nog niet gepubliceerd.

In hun studie over salamanders en kikkers opperen Maria McNamara van University College Dublin en haar collega’s dat het beenmerg beschermd is gebleven tegen bacteriën en andere schadelijke chemische processen door een laag omringend bot. Omdat de weefsels van de salamanders en die van T. rex zijn ontdekt in milieus die sterk verschillen (respectievelijk kleisteen en zandsteen) achten de onderzoekers het waarschijnlijk dat de conservering van kwetsbare weefsels in fossielen veel algemener is dan tot nu toe is aangenomen.

In het Libros-bekken, een bekende fossiele vindplaats in Spanje, onderzochten McNamara en haar collega’s 15 volwassen salamanders en 56 volwassen kikkers. Uit zes van de kikkers en één salamander konden de onderzoekers beenmerg halen met een pincet. Omdat dit alleen mogelijk was op plaatsten waar de fossiele botten gebroken waren, veronderstellen zij dat in werkelijkheid een groter percentage van de fossielen beenmerg bevat.


Contents: A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z

Reconstruction of Sauropleura, from Benton, 1997.


Sclerocephalus haeuseri,


Sclerocephalus haeuseri,

Sclerocephalus was een salamander (een amfibie dus) die ongeveer 280 miljoen jaar geleden (in het Onder-Perm) in wat nu zuidwest-Duitsland is leefde. Hij leefde in zoetwatermeren en was met zijn maximale lengte van 2 m één van de grootste amfibieën in Europa ooit. Hij leefde van vis en andere amfibieën. Net als andere amfibieën hadden de larven kieuwen en haalden ze dus hun zuurstof uit het water. De volwassen exemplaren hadden longen en konden dus ook tijdelijk op het land leven.Rare Amphibian with First Conifer - Pfalz, GermanyRare Amphibian with First Conifer - Pfalz, GermanyRare Amphibian with First Conifer - Pfalz, Germany

Rare Amphibian with First Conifer - Pfalz, Germany

(Sclerocephalus sp.) in association with the earliest conifer species (Walchia speciosa). These salamander-like amphibians once inhabited swamps in what is now Southwest Germany. Age: Permian – 295 million years. Location: Odenheim, Germany (Pfalz).

A famous amphibian-like creature widely  regarded as an intermediate form between
ancient amphibians and reptiles.
Baylor County, Texas    / Lower Permian (approx. 280 million years)

  • Order Seymouriamorpha. A small group of reptilomorphs that are close to the intermediary link between reptiles and amphibians, from the Early Permian. They were abundant in the USA and are thought to have had amphibian-like skulls but more reptile-like bodies with powerful limbs that held the body high off the ground.

SIHETUN ( CHINA )124 million year old frog fossil comes from Sihetun, China

This 124 million year old frog fossil comes from Sihetun, China




°TEMNOSPONDYLI  (zie ook  –>   Labyrinthodontia )                                ° TEMNOSPONDYLI

De temnospondylen ontwikkelden zich aan het einde van het Vroeg-Carboon, zo’n 330 miljoen jaar geleden. Gedurende die 120 miljoen jaar van hun ontwikkeling ontstonden er talrijke landvormen waarvan er een aantal erg groot waren (tot zo’n 4 meter). Ze waren het meest algemeen in het CarboonPerm en Trias. Ze werden gekenmerkt door de bouw van de schedel, die een driehoekige tot parabolische vorm had en vaak was versierd met beenkammen, en de wervels (een grote halvemaanvormige, binnenste wervel met kleine, zijdelings gelegen elementen aan het centrum van de wervel). De dieren bezaten grote, puntvormige tanden, wat er dus op wijst dat het roofdieren (vleeseters, viseters of insekteneters) waren. Met de opkomst van de zoogdierachtige reptielen werden de temnospondylen teruggedreven naar de moerassen waar zij vandaan kwamen. Tegen het begin van de Jura stierven de meesten uit. Enkele soorten overleefden in afgelegen delen van de wereld, zoals Australië en Oostelijk-Azië tot in het Vroeg-Krijt. Binnen deze groep was toen echter al wel een aantal vormen ontstaan, die zich zouden ontwikkelen tot de voorouders van onze hedendaagse kikkers en padden.

  • Order Temnospondyli. The main Carboniferous tetrapod group with some 170 genera. They were abundant until the end of the Triassic, even reaching the Cretaceous. There were three main body shapes, crocodile-like, neotenous (larval characters in the adult, and salamander-like.

  Proc.-R.-Soc.-B-2007-Ruta-3087-95 Temnospondylii clade     Temnospondyl phylogeny

temnobodiestemno20composite temnobodiesfossil

temno-skulls-dorsalLabyrinthodontTemnospondyliAbbreviated Dendrogram
     |  |  |--Edops 
     |  |  `--+-Cochleosauridae
     |  `--Saharastega
         |  `--+--Dendrerpeton
         |     `--+--Eugryinus
         |        `?--Dvinosauria (if basal - Ruta et al 2007)
            |   `--Euskelia
            |       |==Dissorophoidea   
            |       |     `--LISSAMPHIBIA
            |       `--Eryopoidea
            `--+?--Dvinosauria (if Limnarchia - Yates &Warren 2000)
                       |   `--+--Rhytidosteidae
                       |       `--Brachyopoidea

Trias and jura temnospondyls  : 

Temnospondyls trias and jura


Op het eiland Madagaskar is het oudste uitgestorven amfibie gevonden dat op de moderne kikker lijkt, de Triadobatrachus massinotide. Hij leefde 250 miljoen jaar geleden.

De schedel leek al op die van een kikker, breed en met grote oogopeningen maar het lichaam was langer, had meer wervels en een kleine staart.

De staartwervels waren nog niet versmolten zoals bij de moderne kikkers en ook waren het scheen- en kuitbeen nog niet versmolten. Daardoor zal de Triadobatrachus massinoti geen beste springer zijn geweest.

De belangrijkste veranderingen die kikkers tijdens de evolutie hebben ondergaan zijn het korter worden van het lichaam en het verliezen van de staart.




De salamanders, verenigd in de Urodela, verschenen voor het eerst laat in de Jura. Hun levende verwanten behoren tot de minst gespecialiseerde amfibieën. In tegenstelling tot kikkers en padden ondergaan zij geen volledige gedaanteverwisseling. Het volwassen dier en de larve leven op dezelfde wijze, beide zijn zwemmende insekteneters met een lange staart. De herkomst van de Urodela is een raadsel. Mogelijk hebben zij met de Anura (die waarschijnlijk van de temnospondyle labyrinthodonten afstammen) een gemeenschappelijke voorouder gehad. Ze kunnen echter ook ontstaan zijn uit een lepospondyle microsauriër. Tot op heden zijn er geen fossielen gevonden die licht op dit probleem zouden kunnen werpen.







Zatrachys Skull 11.5 x 10.8 cmLate Permian / Texas/Oklahoma USA. 

Zatrachys serratus

Amphibia; Temnospondyli; Zatracheidae; Zatrachys //North America; USA; New Mexico; Rio Arriba County; Welles Quarry, Arroyo de Agua//Permian; Wolfcampian; Cutler Fm//(c) Yale Peabody Museum//YPM VP 004166

Laterale(LGT )/Horizontale gentransfert(HGT)Horizontale genoverdracht (HGO)

Trefwoorden (zoektermen )

Lateral gene transfert /  Horizontale  gen transfert   / Horizontale gen overdracht  / aktief delen van genen met andere genomen  / Gene Swapping

Succesvolle ” resistentie – genen , onstaan( door mutaties ) in een bepaalde strain (= stam), maar kunnen zich ook nog eens door “ horizontale gen transfer ” verspreiden in andere bacteria en micro-organismen ( ook van andere soorten ) en zichzelf inbouwen in die ( geinfecteerde ?) genomen , zodat de voordelen van een ergens in het “wild” onstaan resistentie-gen kan worden verworven (zonder afhankelijk te zijn van een mutatie in de verwerver ) en vanuit de bestaande genenvoorraden in de ecologische samenhangen en microbieele fauna’s waarin de verwerver leeft …

Uitwisseling van resistente genen gaat sneller dan zelf muteren;    28 januari 2011 Arjen Dijkgraaf

Bacteriën evolueren vooral door genen over te nemen van andere soorten, en veel minder door mutatie van hun eigen DNA. Dat hebben Todd Treangen en Eduardo Rocha (University of Maryland) vastgesteld door een groot aantal microbiële genomen met elkaar te vergelijken.

MRSA-bacterie: 'Ruilen?'MRSA-bacterie: ‘Ruilen?  Hun publicatie in PLoS Genetics zou onder meer kunnen verklaren waarom bacteriën zo snel resistentie tegen antibiotica kunnen ontwikkelen. Als er eentje eenmaal heeft uitgevonden hoe het moet, geeft hij het recept kant en klaar aan collega’s door.Dát bacteriën relatief gemakkelijk genetisch materiaal uit een andere cel kunnen overnemen om het in hun eigen DNA in te bouwen, was overigens al bekend. Maar tot nu toe werd min of meer automatisch aangenomen dat dat mechanisme ondergeschikt was aan de traditionele evolutie, zoals je die bij meercellige organismen tegenkomt.

 Het betekent vooral dat binnen de evolutiebiologie de nodige aannames op de helling moeten.

bron: University of Maryland

Horizontal Gene Transfer Database (HGT-DB)
Evolutionary Genomics Group. Biochemistry and Biotechnology Department.
Universitat Rovira i Virgili (URV). Tarragona. Spain.
Dr. Michael Syvanen
Toenemende Evolutie snelheid ?

Het was lange tijd een mysterie waarom de snelheid en complexiteit van evolutie met de tijd leek toe te nemen.

Bijvoorbeeld: het fossielen-verslag suggereert dat : eencellig leven voor het eerst ongeveer 3,5 miljard jaar geleden verscheen en toen deed meercellig leven er nog eens 2,5 miljard jaar over om te evolueren.

Dan houd je nog maar iets van een miljard jaar over voor de evolutie van diverse planten, zoogdieren, insecten, vogels en andere soorten die de aarde bevolken.


HGT voegt complexiteit toe en versneld de evolutie

Snellere evolutie is een voordeel ?
ScienceDaily (29 Januari..2007) –
Het is altijd een raadsel geweest waarom de frequentie (en de toename in complexiteit ) van de evolutie schijnt te versnellen , met tijd mee :
Alles in het het fossiele verslag wijst erop dat het eencellig leven ongeveer 3,5 miljard jaar geleden is onstaan , en het duurde tot ongeveer een kleine miljard jaar vooraleer het eerste meercellige leven van start ging … .
Zoogdieren, veel insecten, vogels, bloeiende planten ( en andere soorten die tegenwoordig de aarde bevolken ) moesten wachten tot ver na het
cambrium….Maar ontwikkelden zich in ( geologisch relatief ) korte tijd in vergelijking met vroegere oeroude verdwenen fauna ?(1)
De oude wiskundige evolutie- modellen hielden zich grotendeels bezig met fluctaties in populaties veroorzaakt door puntmutaties
— kleine beperkte willekeurige veranderingen in enige nucleotiden op de DNA- kettingen ( micro-mutaties en graduale accumulaties ).
Een paar andere theorieën hebben zich terzelfdertijd geconcentreerd op de nieuwe combinatie — die bijvoorbeeld onstaan door seksuele selectie ___waarbij de genetische opeenvolgingen in de genomen van de soort opnieuw worden gemengd/gekombineerd door ( bijvoorbeeld) de haploide inbreng van de ouders bij de bevruchting .
Echter , de in de microwereld bekende horizontale genoverdracht (HGT) is een species overschrijdende vorm van genetische overdracht die aan belang wint
in de huidige modelleringen .
HGT is het proces waarbij DNA van één soort ( op de een of andere manier ) wordt geïntroduceerd. in een andere soort ( een soort natuurlijke GM ?)
Het idee werd 50 jaar geleden het eerst voorgesteld en geridiculiseerd , maar de komst van resistente bacteriën en verdere ontdekkingen____ met inbegrip
van de identificatie van een gespecialiseerde prote챦ne die bacteri챘n gebruiken om genen te ruilen___heeft de laatste jaren geleid tot brede acceptatie van het
“Wij weten dat de meerderheid van het DNA in de genomen van sommige dier en plant soorten — met inbegrip van mensen, muizen, tarwe en graan — uit inserties bestaan die afkomstig zijn van HGT … Wij kunnen , bijvoorbeeld , de ontwikkeling van aanpassingern in het immuum systeem van de mens en andere (verwante )gewervelde dieren ___aan een HGT-insertie van ongeveer 400 MY geleden, toeschrijven . “
Het nieuwe wiskundige model dat door Deem en professors Jeong-Man Park werd ontwikkeld tracht om te weten te komen hoe HGT de algemene dynamica
van de evolutie verandert.
In vergelijking met bestaande modellen die slechts met puntmutaties en/ of seksuele nieuwe combinaties , rekening houden geven, toont het model van het Park hoe HGT de snelheid van de evolutie verhoogd en door gunstige selectiedruk vderspreid in populaties .
Deem onderstreepte het evolutionaire belang van” horizontale genoverdracht” in een ” physics today ” artikel van Januari 2007
HGT houdt in dat de genetische info van de modulaire aard is : dat maakt het haalbaar om gehele reeksen van genetische code — zoals genen ___te
ruilen ….dat staat bacteriën toe om antibiotica te overleven .
“Het wordt duidelijk dat het leven verder is geëvolueerd om ook genetische informatie in een modulaire vorm op te slaan,
en nuttige modules van andere organismen over te nemenof en/of uit te wisselen ”
Rice University
Het feit dat we niet weten hoeveel “soorten” zulke oude ” biosferen ” herbergden … maakt natuurlijk zulk een overweging uiterst speculatief …
In elk geval is er toch sprake van een paar getuigen van vroegere rijke biodiversiteiten in het fossielen verslag
( bijvoorbeeld de cambrische explosie )maar die is grotendeels te wijten aan de goede fossilisatie van organismen met harde delen …
en goed bewaarde zeeroude vindplaatsen ( lagerstaten bijvoorbeeld ) die lokaal weinig hebben geleden onder morfogenetische rotsvorming
HGT bij hogere organismen
Rhodinus prolixus. (Credit: Dr. Erwin Huebner, University of Manitoba, Winnipeg, Canada)
Repeated horizontal transfer of a DNA transposon in mammals and other tetrapods
Space Invaders, ExtraTerrrestrials en Bloedzuigers
G. Korthof
In de biologie zijn in 2008 echte, niet virtuele, Space invaders ontdekt: mobiele genetische elementen (of jumping genes) die in het DNA van zeer verschillende dieren zoals sommige ratten, muizen, vleermuizen, hagedissen, en kikkers binnengedrongen zijn en zich daar permanent gevestigd hebben.
Ze zijn verantwoordelijk voor één van de grootste invasie’s van DNA transposons die ooit hebben plaatsgevonden. Er zijn voorbeelden van 100.000 copieën per genoom.
Tot nu toe was het een raadsel hoe die stukken DNA van het ene dier naar het andere overgebracht konden worden. Hoe is dat in zijn werk gegaan? Hoe komt een stuk DNA in zeer verschillende diersoorten terecht?

Rhodnius prolixus

In Nature van donderdag 29 april 2010 staat de gouden tip. Gilbert en collega onderzoekers vonden de Space Invader elementen in een bloedzuigend insect Rhodnius prolixus (zie foto).

Dit insect had al een slechte naam omdat het de verwekker van de ziekte van Chagas overbrengt. Het is een neven-effect van bloedzuigen.

Hetzelfde verschijnsel als bij de malariamug die de malaria parasiet overbrengt wanneer ze bloed zuigt. Rhodnius prolixus is hoofdverdachte in deze zaak, omdat al bekend was dat hij bloed zuigt bij diverse zoogdieren, vogels en reptielen. Niet echt kieskeurig dus.

Maar laten eerst nog even naar de verspreiding van Space Invaders kijken. Het bijzondere is de willekeurige verspreiding van de SPINs (afkorting van Space Invaders) over de 102 diersoorten waarvan een complete genome beschikbaar is. Het gaat in tegen iedere evolutioniare logica omdat de verspreiding niet volgens evolutionaire verwantschap is (Tree of Life). Bij nauw verwante soorten en genera ontbreken de SPIN elementen, en exact dezelfde SPINs komen voor in niet verwante groepen als zoogdieren en reptielen.

Tot nu toe zijn er geen vissen, vogels of andere insecten gevonden met de betreffende SPINs (of gelijksoortige transposons).

Er waren 11 soorten vissen onderzocht: allemaal negarief. Dit lijkt me logisch. Een bloedzuigend insect heeft geen toegang tot vissen. Ook waren de 21 soorten insecten negatief. Ook dat lijkt me logisch. Dit alles wijst op horizontale DNA overdracht. Aan die conclusie valt moeilijk te ontkomen.

Zeer belastend bewijsmateriaal voor het insect Rhodnius prolixus is het gegeven dat hij bloedzuigt precies bij die diersoorten die ook SPINs hebben. Als je naar de exacte DNA volgorde van de SPIN elementen in vertebraten en invertebraten kijkt, dan zie je overeenkomsten van 95% tot 98%. Het is extreem onwaarschijnlijk dat die SPINs door gebruikelijke verticale evolutionaire weg overgedragen zijn, omdat de meest recente gemeenschappelijke voorouder van gewervelden en ongewervelden zeker 500 miljoen geleden geleefd heeft. En de DNA gegevens wijzen allemaal op een tijdstip van het ‘misdrijf’ van plm 50 miljoen jaar geleden.

We zijn dus gebeurtenissen in het verre verleden aan het reconstrueren. Op heterdaad betrappen is dus niet meer mogelijk. Maar gelukkig geldt er in de biologie geen verjaringstermijn! Met al dit belastend bewijsmateriaal op tafel: probeer je dar maar eens uit te praten. Dan moet je een heel goede advocaat hebben.

Maar DNA onderzoek wijst op een medeplichtige: de zoetwater slak Lymnaea stagnalis. Wat zijn rol in deze zaak is, is nog niet helemaal duidelijk. Wel staat vast dat deze -op het oog onschuldige- slak onderdak verleent aan parasitaire wormen die we ook in zoogdieren vinden. En het dier komt wereldwijd voor. Een mogelijk link, dus. Het valt mij op dat de 11 onderzochte Nematode wormen allemaal negatief waren. Nematodes zijn vaak parasitair.

De verdediging wijst op tegenstrijdige data en tunnelvisie, om enige termen uit de rechtspraak te gebruiken. De verdachte R. prolixus komt alleen voor in Zuid Amerika (op kaartje aangegeven met ‘Triatomine bug’) en de SPIN-slachtoffers Tenrec, Lemur, Bushbaby and Xenopus (kikker) komen voor in Afrika, en de Tarsier komt voor in Zuid-Oost Azië. De verdachte moet dus gelijktijdig op drie continenten actief geweest zijn! Dat lijkt zeer onwaarschijnlijk. Een extreem voorbeeld van tunnelvisie!? De continenten waren al 65 miljoen jaar vóór het misdrijf gescheiden (plm 115 miljoen geleden).

De grote open vraag is en blijft: wat is de link tussen de Oude Wereld en de Nieuwe Wereld?

Onze beeldspraak vervolgend: de verdediging wijst er tevens op dat er van meerdere zgn schakelbewijzen gebruik gemaakt wordt. Dat parasitaire Trypanosomen verspreid kunnen worden door uitwisseling van grote hoeveelheden bloed en speeksel tussen bloedzuigende insecten en hun slachtoffers, en dat daarbij ook DNA overgedragen wordt, is nog géén bewijs dat verdachte R. prolixus dit ook gedaan zou hebben.

Ook het feit dat verdachte R. prolixus op zijn eigen continent Zuid Amerika de Oppossum en het doodshoofdaaje (‘Squirrel monkey’) heeft besmet, is geen bewijs dat hij het ook op andere continenten heeft gedaan. Inderdaad, dat doet onmiddellijk denken aan de recente zaak tegen Lucia de B. waarin het schakelbewijs leidde tot de onterechte veroordeling van de verdachte. Trouwens, over de rol van beeldvorming gesproken: het verdachte insect heeft al Chagas ziekte op zijn naam staan, dus … eenmaal een crimineel, altijd een crimineel.

Wat ik graag als aanvullend bewijsmateriaal zou zien is Space Invaders in het bloed van nu levende R. prolixus individuen. En -heel belangrijk!- een bevestiging dat Space Invaders experimenteel via het bloed in het DNA van een organisme overgebracht kunnen worden. Hoe makkelijk is dit eigenlijk? Ook zou het interessant zijn om nader onderzoek te doen aan eventuele soorten die wel door R. prolixus gestoken worden, maar géén Space Invaders hebben, en het mechanisme daarachter ophelderen. Zijn die soorten beter in staat Space Invaders op te ruimen?

Tenslotte, wat hebben die ExtraTerrestrials (ET) er nu mee te maken? ExtraTerrestrials zijn ook DNA transposons. Ze bleken behalve in de verdachte R. prolixus ook in Planaria en de vleermuis Myotis (Euro-Azië) voor te komen.

Het geheel overziend, is dit een prachtig voorbeeld van een onderzoek waar genomics, ecologie en biogeografie op een veelbelovende wijze samengaan!

Dit is evolutie op zijn leukst!


Clément Gilbert et al (2010) ‘A role for host-parasite interactions in the horizontal transfer of transposons across phyla‘, Nature, 29 april 2010

J.K. Pace (2008) ‘Repeated horizontal transfer of a DNA transposon in mammals and other tetrapods‘, PNAS, 4 nov 2008 (hier worden de Space Invaders geintroduceerd).

Wiki artikel over de betreffende groep van bloedzuigende insecten Triatominae.
Space Invaders zult U nog niet vinden in de handboeken of in wikipedia. Wel een algemeen artikel over transposons of ‘Springend gen in wiki. Hoewel het onderwerp transposons voorkomt in Virolution van Frank Ryan (vorige blog) en in het verlengde liggen, komen Space Invaders niet in dat boek voor.

Virussen in ons DNA


Virolution van Frank Ryan is niet zo zeer een boek dat ik zou aanraden als men een diepgaande kritiek zoekt op het neo-Darwinisme.

Nee, ik zou het eerder willen aanraden als men een goed beeld wil krijgen van virussen in ons genoom. Er zijn andere boeken voor kritiek op en alternatieven voor neo-Darwinisme (daarover binnenkort meer).

Het is zeker niet overdreven om te zeggen dat er virussen (dode, slapende en actieve) in ons DNA zitten. Ryan weet dat op een boeiende manier uit een te zetten. Het boek leest heel prettig. Het geheim is, denk ik, dat Ryan (een arts) zelf op zoektocht is naar de rol van virussen in de evolutie. Hij is enthousiast en nieuwsgierig. Hij ‘interviewt’ vele experts en stelt zichzelf bescheiden op. Dat maakt hem sympathiek. Daarom leest het boek zo prettig, ook al kom je bekende (misschien zelfs vele bekende) feiten tegen.

Het hoogtepunt van het boek vind ik zelf hoofdstuk 6: ‘How Viruses Helped Make Us Human’. Van hoofdstuk 6 t/m 15 vond ik het minder goed. Daar probeert hij toch eventjes het neo-Darwinisme te corrigeren en daar is hij toch niet de juiste persoon voor.

Zie ook blogs  van KORTHOF  over horizontal gene transfer en de Tree of Life:

Een aardig boek over biogeografie (maar zonder moleculaire data) is: Dennis McCarthy (2009) ‘Here Be Dragons‘.

Interessante commentaren
(Korthof ) “eukaryotic chauvinism”:
Vermoedelijk worden hier mensen mee bedoeld die menen dat Horizontal Gene Transfer voornamelijk aan de basis van de Tree of Life voorkomt, en dat HGT dus niet belangrijk is voor het midden en de top van de TOL (daar zitten de eukaryoten).
En dus dat de TOL nog steeds overeind staat.
Ik vind al die discussie over ‘belangrijkheid’ niet echt interessant, het is een subjectief oordeel.
Uit evolutionair oogpunt is het interessant is om te bepalen hoeveel procent van het menselijk genoom uit HGT afkosmtig is, wat zich na binnenkomst heeft vermenigvuldigd, wat de schadelijke of positieve effecten zijn van DNA afkomstig uit HGT. Dat soort data geeft inzicht in de rol van HGT in de menselijke evolutie.

Dat er een groot percentage van ons genoom uit mobiele elementen en andere rommel bestaat is inmiddels duidelijk, onduidelijk is of het enig effect heeft op ons fenotype. En dat is evolutionair belangrijk.

Het is ook belangrijk om tijdschalen in de gaten te houden: op een tijdschaal van menselijke individuen en generaties zijn gewone verticale erfelijkheid en gewone mutaties overheersend. Dat zie je ook: kinderen lijken op ouders. Als een kind totaal niet op de ouders lijkt, wordt er meestal niet aan HGT gedacht maar aan een buitenechtelijk kind, of donorinseminatie, of adoptie.
HGT speelt op evolutionaire tijdschalen, niet op menselijke tijdschalen.

PS: Toch is het misschien interessant om de malariaparasiet en de malariamug te screenen op Space invaders etc om te kijken of er via die weg , DNA overgedragen zou kunnen worden….

Michael R Rose and Todd H Oakley The new biology: beyond the Modern Synthesis Biology Direct 2007, 2:30doi:10.1186/1745-6150-2-30
(Quote ) ” ….• We cannot assume in advance the existence, level, or focus of natural selection on a particular biological attribute. The attribute could arise from (i) accidental evolutionary events, (ii) selection on a DNA sequence that evolves independently of the replication of its host, or (iii) unanticipated pleiotropic effects of selection on other characters….”
…..ik vind genomics belangrijk, maar wat hebben we gewonnen als we vervolgens fenotype,
ecologie en biogeografie uit het oog verliezen? Niets!
In tegendeel: dat zou een stap terug zijn!

Maar bij Rose et al ,gaat het wel degelijk ook om de vraag “hoe kom je van geno- naar fenotype” Ze gebruiken daarom metaforen als genetic toolkit
“Ze vergeten het fenotype niet, ze signaleren een probleem.”( denk ik als buitenstaander )Immers ; Het gaat er toch om of het klopt met de feiten en onderzoeksresultaten die
ze aanvoeren?

Horizontal Gene Transfer Database (HGT-DB)
Evolutionary Genomics Group. Biochemistry and Biotechnology Department.
Universitat Rovira i Virgili (URV). Tarragona. Spain.
Dr. Michael Syvanen
Toenemende  Evolutie snelheid   ?

Het was lange tijd een mysterie waarom de snelheid en complexiteit van evolutie met de tijd leek toe te nemen.

Bijvoorbeeld:  het fossielen-verslag  suggereert  dat  : eencellig leven voor het eerst ongeveer 3,5 miljard jaar geleden verscheen en toen deed meercellig leven er nog eens 2,5 miljard jaar over om te evolueren.

Dan houd je nog maar iets van een miljard jaar over voor de evolutie van diverse planten, zoogdieren, insecten, vogels en andere soorten die de aarde bevolken.

Michael  Deem 

“…. wij kunnen de ontwikkeling van het adaptieve immuunsysteem van de mens en andere gewervelden, terugtraceren naar een HGT insertie van ongeveer 400 miljoen jaar geleden….”. It is like having a lot of genetic mutations at once. Enzymes allow DNA to be excised from one species to us,”

Deem said.

“Bacterial geneticists have worked on HGT for 15 to 20 years, but not many of the other evolutionary biologists (have).”

bron :Genetic info swapped between different

Virussen en  bacterieën zijn in staat om  door middel  van HGT (1) 
evolutieprocessen aanzienlijk te versnellen ….suggereert een nieuwe studie.

Michael  Deem…..”Wij vermoeden al  lang   dat het grootste  deel  van  het  DNA in de  genomen van één of andere dier of  planten- soort ___muizen, tarwe , grassen  , met inbegrip van mensen,___  bestaat uit  genetische kapitaal-winsten en  toevoegingen afkomstig  van (historisch hypothetisch )HGT ” (= uitwisselingen , (H)ERV inserties en endosymbiose )
…Bijvoorbeeld, kunnen wij de ontwikkeling en de aanpassings  van het immuum- systeem bij  mensen en andere  gewervelden aan een  HGT-aanvoer   toeschrijven  , eentje  die  ongeveer 400 miljoen jaar geleden plaats  vond ….
[Virussen en bacterieën ] lenen of produceren door mutaties al eens het genetisch recept voor  een nuttige proteïne (= of een gen,) dat kan worden overgebracht naar het genoom van  complexere soorten (2) 
….Ik denk dat HGT  het belangrijkste mechanisme is waardoor nieuwe functies kunnen onstaan “
De evolutie moet dan ook  als een  in toenamende mate versneld   en complexer geheel worden begrepen .
Het ( reeds gevonden )fossielen bestand , wijst  erop dat de eencellige organismen zowat 3,5 miljard jaar geleden ten tonele  verschenen.
Het vergde daarna  2,5 miljard per jaar vooraleer  de eerste multicellulaire leven-vormen waren ontwikkeld .
Maar in de loop van de daarop  volgende miljard jaar, evolueerden die eerste multicellulaire organismen tot de verbijsterende
fossiele en  de huidige BIODIVERSITEITdie nog niet eens  kompleet is  geinventariseerd …
Waarom versnelde het tempo van evolutie zo dramatisch ?
Michael  Deem zegt dat
HGT een significante rol kan gespeeld hebben in het onstaan( en de verdere ontwikkeling )  van vroege multicellulaire organismen ….
(De) “eenvoudige organismen zijn als lego -bouwsteentjes …Zodra je genoeg voorraad (en verschillende ) Lego blokjes hebt, kunt je vrij gemakkelijk   een interessantere structuur  ineen knutselen .
Het kan drie miljard jaar gevergd hebben om die blokjes te maken, maar zodra je  die  hebt, kan  je die op vele en
verschillende manieren combineren . “
“De modulaire structuur van genen maakt  hen voorts  erg geschikt  voor HGT ,  inclusief  de  overdracht van nuttige
programmaatjes  , tussen  de  soorten “, 
voegde hij er  aan toe.
Niet iedereen denkt(vooralsnog )  dat  genen-ruil en HGT   een  prominente rol hebben gespeeld in  het globale evolutie-proces  van grotere meercellige eukaryote  organismen zoals planten en dieren .
Maar HGT is hoogstwaarschijnlijk de  grote oorzaak van de snelle evolutie van micro-organismen,
Otto Berg, professor  moleculaire evolutie aan  de Universiteit van Uppsala (Zweden )die niet betrokken was bij de studie, zegt hierover
(De )”conclusie dat  nieuwe combinaties [ van genen ] en HGT-uitwisselingen ___op zijn minst binnen de prokaryote  microben ____, de evolutie kunnen versnellen, zal  waarschijnlijk niet betwist kunnen  worden,” 
“HGT kan prominenter worden wanneer soorten  daadwerkelijk onder zware overlevingsdruk worden gezet”voegde hij eraan toe.
Bijvoorbeeld, wanneer de bacterieën aan antibiotica worden blootgesteld, moeten zij resistent  worden of verdwijnen /sterven.
Om het even welke  genetische programmatjes  die weerstand tegen de  drugs kunnen verlenen zullen daarom wijd en zijd onder al de aanwezige soorten  bacterieen   worden geleend en gekopieerd .
“Wanneer een (bacterieele )populatie   een nieuwe milieu-uitdaging  of dreiging   (of de kans krijgt   een nieuw ecologisch gebied te  exploiteren,) dan kan  de selectiedruk voor  het verwerven  van  nieuwe [ genetisch gecodeerde en overdraagbare ] functies  zeer sterk  oplopen   en  kan  HGT (4)   een essentieële rol spelen,”
en  bovenop de  occasionele klassieke( random) mutaties( =die misschien  wel van minder cruciaal belang zouden kunnen  zijn
(dan nu wordt beweerd ) in hun rol als aanbrenger van “nieuw  genetisch voer” voor de  zeef van  de natuurlijke selectie ,
in de latere snellere evolutie/ of beter nog  :ontwikkeling of ontplooing  van de mogelijkheden ,van het bekende  leven
je kan het  vergelijken  met een soort natuurlijk  “downloaden van een programmaatje” =  of met een vorm  van
natuurlijk voorkomende  genetische  manipulatie  ….
zelfs op een soort  caleidoscopische manier binnen een aantal fysico chemische en lokale begrenzingen  ?  
(4)= als  een soort  “shuttle”  vector

Horizontale genoverdracht

Horizontale genoverdracht of laterale genoverdracht ( Engels –>Horizontal gene transfer/lateral gene transfer of afgekort HGT )  is een proces waarbij genetisch materiaal tussen twee organismen wordt uitgewisseld (genetische uitwisseling), zonder dat er een familierelatie is tussen de twee. Het overbrengen van genetisch materiaal van het ene organisme op het andere kan op natuurlijke wijze (waarschijnlijk voornamelijk bij zeer eenvoudige organismen), maar ook kunstmatig, door genetische manipulatie, gebeuren.

Horizontale genoverdracht is tegenovergesteld aan verticale genoverdracht, waarbij een organisme zijn genetisch materiaal van zijn ouders overneemt. In de genetica en de evolutietheorie zijn de meeste wetenschappelijke idee챘n gebaseerd op verticale genoverdracht, hoewel tegenwoordig de rol van horizontale genoverdracht een steeds grotere rol wordt toegedicht.


Er zijn drie mechanismen waarop horizontale genoverdracht kan plaatsvinden:

  • Transformatie vindt plaats als een cel vreemd genetisch materiaal ontvangt dat vervolgens tot expressie komt. De cel verandert hierdoor. Celtransformatie is veel voorkomend bij bacteri챘n maar zeldzamer in eukaryoten. Kunstmatige transformatie wordt gebruikt voor medische en industri챘le toepassingen door de moleculaire biologie en biotechnologie.
  • Transductie, waarbij genetisch materiaal van de ene op de andere bacterie wordt overgedragen door een bacteri챘el virus (een bacteriofaag).
  • Conjugatie, een proces waarbij door fysiek contact tussen twee cellen uitwisseling van genetisch materiaal plaatsvindt.


Prokaryoten // Zie voor meer informatie het artikel prokaryoot.

Onderzoek naar prokaryotische organismen heeft laten zien dat in dergelijke simpele vormen van leven horizontale genoverdracht een zeer belangrijke rol speelt.[1][2]

Behalve tussen bacterieën van dezelfde soort kan horizontale genoverdracht ook plaatsvinden tussen zeer verschillende soorten. Men vermoedt dat het een belangrijke rol speelt bij het resistent worden van bacterieën tegen antibiotica. Als één cel resistent wordt, kan hij die eigenschap snel aan andere cellen doorgeven.

 Eukaryoten //Zie voor meer informatie het artikel eukaryoten

Analyse van DNA-sequenties heeft het vermoeden opgeworpen dat bij sommige eencellige eukaryotische levensvormen ook horizontale genoverdracht voorkomt. Het ligt daarom voor de hand dat horizontale genoverdracht een belangrijk achterliggend mechanisme is in de evolutie van protisten.[3]

Bewijs voor horizontale genoverdracht bij eukaryoten is zowel gevonden in DNA van chloroplasten en mitochondriën als celkernen.

Over de rol van horizontale genoverdracht bij meercellige levensvormen verschillen de meningen: voorstanders denken dat bacterieën een rol spelen bij het overbrengen van genetisch materiaal tussen organismen,[4] tegenstanders denken dat horizontale genoverdracht slechts een rol van betekenis speelt bij bacterieën.[5]

Horizontale genoverdracht is waargenomen van bacterieën op bepaalde soorten schimmels, zoals de gist Saccharomyces cerevisiae.[6] Er zijn ook (betwiste) waarnemingen bekend van overname van genetisch materiaal van de endosymbiont Wolbachia door de adzukibonenkever (Callosobruchus chinensis).[7]

Betekenis voor biologische evolutie

In de genetica wordt aangenomen dat biologische evolutie verloopt door de overdracht van genen van ouders op nakomelingen (genen worden georven), waarbij door natuurlijke selectie en/of genetische mutaties de nakomelingen niet precies gelijk zijn aan de voorouders. Als sprake is van horizontale genoverdracht verloopt evolutie waarschijnlijk op een andere manier dan wanneer organismen hun erfelijk materiaal alleen van hun ouders kunnen krijgen.[8]

Volgens de Endosymbiontenhypothese zijn de eerste eukaryotische cellen waarschijnlijk ontstaan uit endosymbiontische bacterieën.[9] Uit de eukaryotische ééncelligen zijn vervolgens meercelligen ontstaan, waarbij volgens de wetenschappelijke consensus horizontale genoverdracht een veel kleinere rol speelt. Hieruit volgt dat er een periode is geweest waarin nog geen “moderne”, darwinistische evolutie plaatsvond.

Betekenis voor fylogenetica //Vergelijkingen van DNA-sequenties geven de indruk dat er vaker horizontale genoverdracht heeft plaatsgevonden, ook over de grenzen van fylogenetische domeinen. De fylogenetische geschiedenis van soorten zou in dat geval niet ontrafeld kunnen worden door alleen steeds verder vertakkende stamlijnen voor een bepaald gen te tekenen.[10]

Horizontale genoverdracht is daarom een mogelijke confounder bij het opstellen van stamlijnen gebaseerd op vergelijkingen van DNA-sequenties. Het probleem is dat bij deze vergelijkende onderzoeken vaak maar één gen gebruikt is. Twee soorten bacterieën die slechts ver verwant zijn maar juist dat gen hebben uitgewisseld zullen in de fylogenetische stamboom als nauw verwant worden weergegeven, zelfs al zijn de meeste andere genen verschillend. De fylogenetica probeert dit probleem te ontwijken door meer genen mee te nemen bij vergelijkend onderzoek.

Zo is het meest gebruikte gen bij fylogenetisch onderzoek naar prokaryoten het 16s rRNA gen, omdat de sequenties op dit gen bij nauwe verwantschap redelijk vergelijkbaar zijn. Recent is echter geopperd dat 16s rRNA genen ook horizontaal overgedragen kunnen worden, hoewel dit niet vaak voorkomt. Dit betekent dat alle eerder aan de hand van dit gen opgestelde fylogenetische stamlijnen opnieuw ter discussie staan.

Argument tegen genetische manipulatie ?

Aanhangers van de (omstreden) theorie dat horizontale genoverdracht ook bij hogere levensvormen voorkomt zoals Mae-Wan Ho hebben dit aangevoerd als argument tegen genetische manipulatie. Door horizontale genoverdracht zou kunstmatig genetisch materiaal veel makkelijker in de natuur terecht kunnen komen.

Zie ook


Uitwisseling DNA tussen bacteriën massaler dan gedacht
2 november 2011

Lange tijd veronderstelde   men, dat  HGT  tussen verschillende soorten bacterieen  niet zo  veel voorkwam of in ieder geval niet op zo’n grote schaal.

Amerikaanse wetenschappers hebben  nu   een gigantisch netwerk van recent uitgewisselde genen blootgelegd in meer dan 2000 bacteriën, verspreid over de hele wereld. Het betrof onder andere DNA dat betrokken is bij antibioticaresistentie. Het betekent dat genen zich nog sneller verspreiden dan gedacht. De resultaten zijn gepubliceerd in de Nature-uitgave van deze week.

Sinds de jaren vijftig is bekend dat bacteriën  stukjes DNA aan elkaar kunnen overdragen. Zo passen ze  zich snel aan op hun omgevingZe wisselen antibioticaresistentiegenen uit, maar ook genen om nieuwe stoffen als energiebron te kunnen gebruiken of om zware metalen te kunnen verwerken. Tot nu toe was niet bekend op welke schaal dit fenomeen optreedt.

De Amerikanen van het Massachusetts Institute of Technology (MIT) vergeleken daarom de DNA-volgorde van 2.235 bacteriesoorten met elkaar, op zoek naar identieke genen. Die moesten het gevolg zijn van recente uitwisseling, zo redeneerden de wetenschappers, want anders had evolutie over tijd wel gezorgd voor verschillen in de DNA-volgorde.
De zoektocht leverde 10.000 genen op die via HGT door het bacterierijk vloeiden. Opvallend was dat zelfs totaal verschillende bacteriesoorten genen met elkaar uitwisselden en dat sommige identieke genen zich op duizenden kilometers van elkaar vandaan bevonden. Dat betekent dat genen zich razendsnel over de aarde kunnen verspreiden.

Verontrustend was dat er bij zestig procent van de uitwisselgebeurtenissen tussen bacteriën die op en in de mens voorkomen een antibioticaresistentiegen betrokken was en dat er veel uitwisseling was tussen mensgeassocieerde bacteriën en hun tegenhangers in de veeteelt.
In de intensieve veeteelt wordt veel antibiotica gebruikt, wat leidt tot antibioticaresistente bacteriën. Als zulke resistenties hun weg vinden naar ziekteverwekkers dan kan dat leiden tot onbehandelbare en dus levensgevaarlijke varianten, zoals MRSA en EBSL

the zoo on your skin

live on our skin

In a thorough survey of our skin microbiome, Elizabeth Grice identified species from at least 205 different genera. Your forearm has the richest community with an average of 44 species, while your nostril, ears and inguinal crease (between leg and groin) are the most stable habitats. Grice also found at bacteria from a specific body part have more in common than those from a specific person. Your butt microbes have more in common with mine than they do with your elbow microbes

Resistente  Schimmels 


Per jaar overlijden in Nederland ongeveer 50 mensen aan een ernstige longinfectie die veroorzaakt wordt door een resistente stam van de schimmel Aspergillus fumigatus. Die stam kwam voor 2000 nog niet voor in Nederland, maar is door het gebruik van schimmelbestrijdingsmiddelen in de land- en tuinbouw aan een opmars bezig.

“Het is vermoedelijk een onbedoeld bijeffect van middelen die in het milieu worden gebruikt”, stelt arts-microbioloog Paul Verweij van het UMC St. Radboud in Nijmegen. Verweij deed onderzoek naar de resistente schimmel. “We vermoeden dat per jaar 200 tot 400 patiënten ernstig ziek worden door de schimmel, en dat tientallen van hen overlijden.”

Alleen maar mensen die al ziek zijn, kunnen extra ziek worden van de resistente schimmel. “Hij komt in de natuur veel voor; iedereen ademt de schimmels iedere dag in. Als je echter al verzwakt bent, word je er extra ziek van en kan je er zelfs aan overlijden”, aldus Verweij. (anp/svm)

Aspergillus fumigatus.

Hoe kan de schimmel Aspergillus fumigatus resistent raken? Het antwoord daarop is van levensbelang voor mensen met een verzwakt immuunsysteem. Aanwijzingen zijn mogelijk te vinden in het landbouwkundig gebruik van schimmelbestrijders, fungiciden. Onderzoekers van Plant Research International en van het Universitair Medisch Centrum St. Radboud te Nijmegen werken dan ook nauw samen.Aspergillus fumigatus is een schimmel die overal in huis en buiten voorkomt en bij mensen met een verzwakt immuunsysteem infecties kan veroorzaken.

Normaliter is behandeling goed mogelijk met schimmelbestrijders. Maar steeds vaker komt het voor dat de aspergillusstam resistent is tegen de deze fungiciden.

Uit de landbouw is al langer bekend dat schimmels resistent kunnen raken tegen fungiciden. Dat is te verklaren doordat het gebruik van die fungiciden in bijvoorbeeld banaan en tarwe vaak hoog is. In de humane geneeskunde is het gebruik van schimmeldodende middelen echter zo laag dat resistentieontwikkeling in patiënten vrijwel niet voorkomt. De selectiedruk die leidt tot resistente Aspergillus-stammen vindt dus ergens anders plaats.

Resistente stammen
De onderzoekers ontdekten dat een deel van Aspergillus-stammen die ze her en der verzameld hadden inderdaad resistent was. Vervolgens testten ze of de gevonden stammen resistent waren tegen 30 landbouwfungiciden en tegen medicijnen met vergelijkbare actieve stoffen. Dit bleek het geval voor vijf fungiciden.

Ook keken de onderzoekers naar de interactie tussen de schimmels en de actieve stof in de fungiciden. Het gen van de schimmel codeert voor een eiwit met een driedimensionale structuur, waarop de actieve stof van het fungicide aangrijpt. De vijf fungiciden pasten als enige precies en dat is extra aanwijzing dat Aspergillus in het milieu onder selectiedruk staat.

Maar daarmee is nog niet verklaard hoe de resistentie optreedt en welke stof de verandering veroorzaakt. Het kan door een fungicide komen, maar ook door iets anders omdat vergelijkbare actieve stoffen ook veelvuldig gebruikt worden in verf, kit, kleding, behangplaksel en op schuttingen.

Het bewijs welke stof en toepassing de selectiedruk veroorzaakt, is nog niet geleverd. Onderzoekers  van  Wageningen univ werken nauw samen met onderzoekers van het Universitair Medisch Centrum St. Radboud om dit raadsel op te lossen.


Het identificeren van de selectiedruk van fungiciden/biociden op Aspergillus fumigatus

Resistentie in Aspergillus fumigatus en Mycosphaerella graminicola en M. fijiensis tegen azoolfungiciden berust op analoge mechanismen (cyp51).

Resistente A. Fumigatus-stammen worden aangetroffen in het (landbouw)milieu en vertonen kruisresistentie met fungiciden.

Genoverdracht van bacterie naar plant /Genoverdracht tussen bacterieën /Genoverdracht via virussen

Gentechnologie is gebaseerd op natuurlijke processen.   Overdracht van genen treffen we in de natuur immers aan bij bacteriën en virussen. Die genoverdracht komt  neer op een recombinatie van DNA.    

integratie ( insertie )  van  retro virus -genomen  en  DNA virus-genomen 
Retrovirus(1) insertion in herpesvirus in vitro en  in vivo.
reticuloendotheliosis virus (REV),(2) in a herpesvirus,(3) Marek’s Disease  virus (MDV).(4)
Studies hebben aangetoond  dat retrovirussen kunnen integreren  en verder muteren  in het genoom  van herpesvirussen tijdens co -infectie.
*  Deze interactie heeft het potentieele vermogen  om het specifiek  gastheren – bereik en de fitness  van deze  ziekteverwekkende ( hier : hespes-)virussen
te verhogen en  te  resulteren in nieuwe infectieuze agentia en pathogenen .

*  Dit verschijnsel laat eveneens  toe  genetisch materiaal uit te wisselen tussen deze virussen en de gastheercellen waarin ze zich samen  reproduceren

Retroviruses en herpesviruses zijn  natuurlijk voorkomende pathogenen bij mensen en dieren.
Co-infection van dezelfde gastheecelr met beide virussen is vrij algemeen .
Deze studie duidt aan dat retrovirus direct in een herpesvirusgenoom kan integreren .
Specifiek, tonen wij  de  insertie aan  van een non-acute retrovirus,( reticuloendotheliosisvirus(4 ), in een herpesvirus (Marek- ziektevirus (MDV)) genoom.
Beide virussen kunnen lymphomas  T bij kippen veroorzaken en co챘xisteren vaak in het zelfde dier.
De integratie( = dmv  “integrase” inplakken ” van retro-translated  DNA ) van  REV-genoom   in MDV kwam ( ondanks de   experimenteel verminderde
aanwezigheid van    MDV  in vitro ) voor , in een co-infectie-experiment op korte termijn.
Wij leveren ook suggestief bewijs dat REV ook  in pathogene  MDV  situaties  , in het verleden is  opgenomen  geworden .
De  homologe  sequenties  van  REV  ,  worden gevonden  in de  LTR   dgedeeltes  van oncogeen  MDV maar niet in non-oncogene MDV .
Deze resultaten bieden  de mogelijkheid  aan  dat  retrovirale informatie door het  herpesvirus kan worden doorgegeven  en dat de herpesvirus-expressie  uitdrukking door retrovirale elementen kan worden gemoduleerd.
Bovendien kan  retrovirus  een nuttig hulpmiddel verschaffen  om  de functies  van het  herpesvirus dmv   door insertional mutagenese te bestuderen

tik in op de zoekmachine  Retroviridae
zie ook   RNA-virus
tik in op de zoekmachine   reticuloendotheliosis virus (REV)
tik in op de zoekmachine   Herpesviridae
zie ook   Herpesvirussen
(4) Marek disease  virus  /Herpes viridae

zie ook ;
Zeeslak is van alle dieren het meest plant
De zeeslak Elysia chlorotica, enkele centimeters lang, heeft ten minste één gen dat nodig is voor fotosynthese ingepikt van een alg.
16 december 2008
De zeeslak Elysia chlorotica  is niet alleen een dier, hij is ook een beetje een plant.
Ten minste één gen dat nodig is voor fotosynthese blijkt deel uit te maken van het eigen DNA van de slak.
Over die ontdekking schreven Amerikaanse onderzoekers in het wetenschappelijke tijdschrift Proceedings of the National Academy of Sciences.
Het was al langer bekend dat deze groene zeeslak fotosynthese kan bedrijven. Fotosynthese is het omzetten van kooldioxide en water in suikers en zuurstof, met energie uit zonlicht. Deze chemische reactie is kenmerkend voor planten en algen, maar andere organismen blijken in staat om de moleculaire machinerie die ervoor nodig is over te nemen.

De groene zeeslak doet dat door groene algen (Vaucheria litorea) leeg te zuigen. Niet al het algenmateriaal wordt verteerd. De zeeslak neemt de zogeheten bladgroenkorrels op in zijn cellen en laat deze door fotosynthese suikers produceren. Dat doen bladgroenkorrels in een alg of een plant ook.

Het mechanisme werkt zo goed dat zeeslakken die twee weken lang de juiste algen eten, de rest van hun leven geen voedsel meer nodig hebben. Dat betekent dat de zeeslak net als planten zijn eigen voedselvoorziening verzorgt.

Hoe Elysia chlorotica in staat was om de bladgroenkorrels aan de praat te houden buiten een plant was een raadsel. Bladgroenkorrels zijn compartimenten in een plantencel. Ze hebben eigen genen, maar zijn grotendeels afhankelijk van eiwitten die elders in de plant of alg worden gemaakt, met genen in de celkern.

Mary Rumpho van de universiteit van Maine ontdekte hoe de zeeslak dat probleem oplost. Hij heeft ten minste één cruciaal gen voor fotosynthese overgenomen van de alg Vaucheria en geïncorporeerd in zijn eigen DNA. Het ingebouwde gen, psbO, codeert voor een eiwit dat het element mangaan op zijn plaats houdt in een complex van eiwitten dat nodig is voor fotosynthese. Het is aannemelijk dat de zeeslak nog meer plantengenen heeft ingebouwd.

Maar blijkbaar is dit niet ingebouwd in het genoom van   de  verticaal  door te  geven voortplantingscellen .De nieuwe   zeeslak  zygotye  moet dus eerst de juiste algen  eten  voor deze genen kunnen worden ingebouwd  in de somatische  genomen …. 

Elysia chlorotica heeft  aan twaalf uurtjes licht per dag genoeg  en hoegt  niet noodzakelijk
voedsel tot zich  te nemen op de wijze die wij gewend zijn te zien bij dieren.

Hoe het beestje aan deze functionaliteit gekomen is, is nog niet exact bekend.
Duidelijk lijkt wel dat het op de één of andere manier gelukt is om de genen van de algen
die het eet op te nemen in het eigen genoom.
Een gegeven dat al lang bekend is bij wetenschappers, maar nog niet inzichtelijk gemaakt is.
Voor fotosynthese heb je chlorofyl nodig, maar ook chloroplasten.
Voor het eerste wordt gecodeert door genen van het beestje,
maar het tweede genetische programma  moeten ze via het eten van algen verkrijgen.

Het zou kunnen  dat  slakken  het gen ( de genen )voor de chloroplasten constructie
zijn verloren / of dat er een paar  kapot zijn  gemuteerd ( net zoals bij het gulo
gen gebeurde   en er daarna een  gen product (vitC)moest worden opgenomen uit het voedsel
(bij  de mens en zijn naaste verwanten  )

Een tweede  mogelijkheid  is dat er een erv in het  spel is
: bijvoorbeeld  :als een van de voorouders van dit beestje ooit eens geinfecteerd is geraakt
met een virus die genen voor fotosynthese in zijn pool had zitten.
Het is sinds enige tijd bekend dat virussen soms het DNA aanpassen van de geinfecteerde gast cel, als dit gebeurd in een aantal zaadcellen kan deze verandering doorgegeven worden aan het nageslacht. HGT  dus
Maar in dit geval is en blijft het  ook net als de eerstvermelde mogelijkheid    een  werkhypothese,


“Plantaardige “salamander uitgeplozen


Amfibielarven kunnen zonne-energie oogsten dankzij algen in hun cellen. Dat begint al heel vroeg.

Bioloog Ryan Kerney maakte het vorig jaar al op een congres bekend. Nu heeft het ook de kritische blik van collega’s doorstaan en staat het in de wetenschappelijke literatuur: er bestaan salamanders die als embryo voor een deel bestaan uit algen. De eencellige plantjes zitten niet alleen in de eimassa, maar nestelen zich ook in de cellen van de dieren. Voor de zich ontwikkelende salamandertjes levert dat extra voedingsstoffen op, zodat ze sneller groeien. Later in hun leven hebben ze niets meer aan algen in hun cellen, want dan slijten ze hun dagen voornamelijk onder de grond, waar het donker is.

Een van de grote vragen is, hoe het komt dat het afweersysteem van de salamandertjes de algen niet aanvalt. Waarschijnlijk is het antwoord, dat de invasie al plaatsvindt voordat er afweercellen zijn. Misschien zelfs al voor de eieren gelegd zijn, in de eileider van moeder salamander. Omdat ze er bijna vanaf het begin zijn, worden ze niet als ‘vreemd’ gezien. Ook is nog onduidelijk hoe de algjes zich in de cellen weten te werken. Ze moeten daarvoor niet naar het licht toe bewegen, zoals gebruikelijk, maar juist richting donker. Waarschijnlijk worden ze gelokt door de stikstof die de salamanderembryo’s uitwasemen. Dat is afval voor het dier, maar voedsel voor de plant.

Je kunt je ook nog afvragen waarom deze samenwerkingsconstructie niet meer in de natuur te vinden is. Een dier met plantencellen in zich kan vrijwel leven van licht alleen, en dat is natuurlijk heel handig. Misschien komt het wél meer voor, maar hebben we nog niet goed genoeg gezocht, oppert Kerney in PNAS. Voorlopig is de gevlekte salamander echter het enige gewervelde dier dat deels plantaardig is.

Elmar Veerman

Salamanders op zonne-energie

wo 4-08-2010

Gewervelde dieren die in hun cellen algen kweken en zo zonne-energie oogsten? Klinkt bizar, maar ze blijken echt te bestaan.

Embryo’s van de gevlekte molsalamander (Ambystoma maculatum) worden al tientallen jaren bestudeerd, maar tot nu toe had niemand opgemerkt wat bioloog Ryan Kerney vorige week op een congres bekendmaakte: dat die aanstaande salamandertjes van binnen bezaaid zijn met eencellige algen. Het is al lang bekend dat de larven een innige relatie onderhouden met de algen van de soort Oophila amblystomatis – Oophila betekent zelfs ‘liefhebber van eieren’. Maar de onderzoekers dachten altijd dat de algjes zich buiten de cellen ophielden, en daar profiteerden van de afvalstoffen die zo’n embryo uitstoot. Kerney keek nog eens goed en merkte op dat de cellen ook van binnen groene puntjes bevatten. Er zitten algen in. Dat is spectaculair, want nog nooit eerder gezien bij gewervelde dieren. Wel bij koralen en bij zeeslakken, wat ook al behoorlijk bizar is.

Bij nader onderzoek zag hij dat de algen in de salamandercellen meestal vergezeld waren door meerdere mitochondriën, de energieleveranciers van de cel. Handig, want die kunnen de afvalstoffen van de alg (zuurstof en koolwaterstoffen) direct gebruiken, terwijl de alg juist hun CO2 graag lust. Nu is de vraag natuurlijk hoe die algen in de cellen terechtkomen, en waarom het afweersysteem van de salamanders geen korte metten met ze maakt. Van het laatste is nog vrij weinig bekend, maar over het binnenkomen heeft Kerney wel een idee. Op het moment dat het zenuwstelsel zich begint te vormen, is namelijk extra algenactiviteit te zien vlak buiten het embryo. Dat zal waarschijnlijk ook het moment zijn waarop ze enteren.

De embryo’s zijn trouwens omringd door een gelei-achtige massa, net als bij kikkers. Kerney heeft ontdekt dat in de eileiders van volwassen salamanders, de plaats waar die gelei gevormd wordt, dezelfde eencellige algen voorkomen. Het zit er dus dik in dat moeder salamander ze expres aan haar nageslacht meegeeft. Uit eerder onderzoek was al gebleken dat salamanderembryo’s van deze soort langzamer groeien als er geen algen aan te pas komen. Lees een uitgebreider verhaal over deze ontdekking bij Nature News.

Elmar Veerman

Aan een volwassen gevlekte salamander is niet te zien dat hij in zijn jeugd deels op zonne-energie heeft geleefd. (Foto dmills727 / Flickr)

Maar aan het dril is duidelijk te zien dat er groene algen actief zijn. Ook in de embryo’s zelf dus, de streepjes in de geleimassa. (Foto dmills727 / Flickr)

Mole Salamanders  //


Horizontal transfers were long thought to be specific to Prokaryotes, with the exception of the spread of transposable elements among closely related species and of intracellular transfer from mitochondria and plastids
to the nuclear genome (5, 6).
Recent studies report an increasing number of transfers into eukaryotic genomes from other, less ancient organelles (7), endosymbionts (8), and free-living organisms (9), showing that genetic diversification by horizontal transfer propels
eukaryotic evolution (see the figure).

For example, more than 5% of the gene repertoire of the diatom Phaeodactylum tricornutum probably originated from bacteria



With a Little Help from Prokaryotes

Organisms need to innovate to tackle new challenges. This can be achieved by tinkering with their genetic repertoires.
Gene or genome duplications followed by evolution into new functions have thus shaped eukaryotic genomes (1).
Alternatively, organisms may acquire other organisms’ innovations by horizontal gene transfer. Bacteria and Archaea (Prokaryotes) adapt predominantly by transfer
(2), and closely related strains of the same species can differ by a large fraction of their genes repertoires
(3). On page 1207 of this issue, Schönknecht et al. (4) present evidence of massive gene transfers from Prokaryotes to a eukaryote, the unicellular red alga Galdieria sulphuraria.

Gene Transfer from Bacteria and Archaea Facilitated

Evolution of an Extremophilic Eukaryote

Some microbial eukaryotes, such as the extremophilic red alga Galdieria sulphuraria, live in hot, toxic metal-rich, acidic environments.
To elucidate the underlying molecular mechanisms of adaptation, we sequenced the 13.7-megabase genome of G. sulphuraria.
This alga shows an enormous metabolic flexibility, growing either photoautotrophically or heterotrophically on more than 50 carbon sources.
Environmental adaptation seems to have been facilitated by horizontal gene transfer from various bacteria and archaea, often followed by gene family expansion.
At least 5% of protein-coding genes of G. sulphuraria were probably acquired horizontally. These proteins are involved in ecologically important processes ranging from heavy-metal detoxification to
glycerol uptake and metabolism. Thus, our findings show that a pan-domain gene pool has facilitated environmental adaptation in this unicellular eukaryote.




Legionella pneumophila

Legionella pneumophila is een voor de mens pathogene bacterie. Deze gramnegatieve bacterie veroorzaakt infecties in de ademhalingswegen; infecties die tot longontsteking en bij sommige mensen tot sterfte kunnen leiden. Legionellosis, ook wel veteranenziekte genoemd, kwam voor het eerst in het nieuws in 1976, toen na een bijeenkomst van Amerikaanse oud-soldaten (“American Legion”) in Philadelphia een groot aantal van de deelnemers met longontsteking werd opgenomen.


Microscopische foto van Legionella pneumophila [Met dank aan: Dennis Kunkel].

Microscopische foto van weefsel geïnfecteerd met Legionella bacteriën. Een speciale kleuring maakt de cellen extra goed zichtbaar.

Legionella pneumophila komt zowel voor in grond als oppervlaktewater, maar ook in water in fonteinen, vijvers, luchtbevochtigers, waterleidingen en airconditioners. Deze laatste waren de oorzaak van het uitbreken van de ziekte in het hotel in Philadelphia. Recent was er een uitbraak van legionellosis op een bloemententoonstelling in Bovenkarspel met enkele tientallen doden als resultaat. Hier waren naar alle waarschijnlijkheid waterleidingen de oorzaak, waarbij de bacteriën werden verspreid via fonteinen in vijvers (aërosolen)

Infectie: legionellosis

Structuurformule van het aminozuur cysteïne.

Legionella pneumophila stelt hoge eisen aan haar voedingsmedium. Het aminozuur cysteïne en hoge concentraties ijzer zijn nodig voor groei. Alhoewel zij vrij kan overleven in water komt de bacterie vooral voor als parasiet; zij leeft intracellulair in protozoa in de bodem en in oppervlaktewater. Daarnaast is de bacterie ook aanwezig in biofilms in de buizen van waterleidingen, waarin zij zich naar alle waarschijnlijkheid kan vermeerderen. Dit kan plaatsvinden in water met een temperatuur tussen 25 en 55 °C.

Hierbij kunnen grote aantallen bereikt worden als het water langere tijd stilstaat. Door sterke doorstroming kan aangroei van de bacterie worden voorkomen. Ook kan zij zich vermeerderen in de longcellen van de mens. In de fagosomen, die bedoeld zijn om indringers in het menselijk lichaam onschadelijk te maken, voelt Legionella pneumophila zich juist uitstekend thuis.

De tijd tussen de besmetting en het optreden van de eerste ziekteverschijnselen (de incubatietijd) is circa twee tot tien dagen. De ziekte begint met een snel opkomende hoofdpijn, spierpijn en een ziek gevoel, gevolgd door longontsteking met koorts boven 39 graden Celsius. De patiënt hoest en is soms kortademig. Een deel van de patiënten heeft last van braken en diarree. De ziekte kan zeer ernstige gevolgen hebben, maar is door directe toediening van de juiste antibiotica goed te behandelen.


Het grote verschil tussen infectie met anthrax en Legionella is dat de laatste geen sporenvormer is en dat deze waarschijnlijk alleen parasitair kan overleven. Dit is een heel belangrijk aspect in het bedenken van preventiemethoden en beleidsmaatregelen, om te voorkomen dat er nieuwe uitbraken van Legionella ontstaan. Het is echter niet aangetoond dat Legionella strikt parasitair is; er zijn zelfs een aantal bewijzen gevonden dat deze bacterie bijvoorbeeld in biofilms en in protozoa kan overleven. Dat zou betekenen dat de infectie bestrijding ernstig bemoeilijkt wordt. Bij de leerstoelgroep Levensmiddelenhygiëne en -microbiologie van de Wageningen Universiteit, wordt er onderzoek gedaan naar dit specifieke gedrag van de Legionella bacterie (de website over dit onderwerp is helaas nog niet klaar). Andere links met info over deze infectie zijn te vinden op: (Ga naar KIWA en Legionella (“praktische info”)) links naar andere sites)

LINK ARCHIEF en verdwenen sites


 inhoud  L





De komplete aanklikbare “NaDarwin” is hier te vinden 

internet archief nadarwin Rechtstreeks aanklikbaar

Quick site:

Hardnekkige misverstanden
Darwins evolutietheorie (makkelijk)
Sporen van Evolutie
Het Fossielenbestand
Geologie & de ouderdom v/d aarde
Creationistische fouten & blunders
Is creationisme wetenschap?
Artikelen van Arjan Kop
De niet-zo-missing links gallerij
Reacties op de site
Zoeken ( niet meer relevant /: werkt niet meer  )



M.plantaris/  De vingerafdruk van evolutie/Onfunctionele organen/
Atavisme & ‘Junk’ DNA/  Homologieen

Evolutie met een staartje  2004, lay-out herzien in 2005
Bart Klink

staart van het staartenverhaal
Een reactie op het artikel “Heeft de mens een gedegenereerde staart?” van Peter Scheele
Bart Klink  Maart 2006

 Homoloog en analoog



 Creationistische fouten en blunders 

Want dat zijn er nogal wat…   :
Te weinig mensen voor een oude aarde?    /Dubois’ Wadjak schedels
Verse Dinobotten?  / Stof op de maan /De Vollosovitch Mammoet & de Hualalai vulkaan/Wat zegt u, professor Simpson? / Feduccia’s vogelvingers/Hoezo een klipdas?/ Het vogelbekdier  ,/’Polystrate’ bomen/Plesiosaurus opgedoken? /Racisme  Bewijzen voor Evolutie of Degeneratie?/ Onherleidbaar?


INTRODUCTIE / fossilisatie /fossiel bestand /cambrische explosie …etc …

(evodisku links) —>

Bericht 9 

Moderne reptielen en amfibieen Na Dar…
Moderne Reptielen & AmfibieenOver het ontstaan van kikkers, slangen, krokodillen, enz….

Reptielen  <—  De evolutie v/d ReptielenOver de oorsprong en evolutie van vroege Amnioten….


(evodisku2 links) 

  • NaDarwin Walvis (Tsjok45)
    op Van de wal in de visgronden
    op KWASTEN Tetrapoden ten voeten uit. (Tsjok45)
    op De niet-zo-missing links gallerij (1) Vogelevolutie 

        op Pluimgewicht 



    GENETICA    *

    1.-Onstaan van nieuwe genen /Marnix Medema   

    2.-Repeat-induced pointmutations(Rip)en evolutie door genduplicaties  /Marnix Medema   

    3.- De evolutie van de menselijke geslachtschromosomen / Geslachtsbepalende systemen WEL herleidbaar!  / Fedor steeman

    Haeckel/Ontogenie en fylogenie/Embryonale vogelpoten 



    Welkom op:
    146 jaar na Darwin

    Zoals de ondertitel al aangeeft is deze website bedoeld om de bewijzen voor de evolutietheorie te bundelen. Anno 2005 is het 146 jaar geleden dat de Britse bioloog Charles Darwin met het publiceren van ‘The Origin of Species’ het begrip biologische evolutie en de theorie van natuurlijke selectie een vaste vorm gaf nadat deze al overwogen waren door voorgangers als Lamarck. 
    Aanvankelijk waren Darwin en de zijnen roependen in een woestijn, maar sinds die tijd zijn er meer bewijzen gekomen voor de evolutietheorie volgens welke het leven zich heeft ontwikkeld uit simpele beginsels, in de vorm van ontdekkingen die zijn gedaan in de paleontologie, embryologie, genetica, en een reeks andere wetenschappelijke terreinen.

    Evolutie is nu een hoeksteen van de moderne biologie en wordt op school tijdens biologie lessen onderwezen. Dit laatste stuit de ‘creationisten’, die om religieuze redenen de evolutietheorie verwerpen, tegen de borst. En zij hebben hun onvrede met de evolutietheorie al veelvuldig laten blijken op internet.
    Met deze website trachten wij de evolutieleer in het onderwijs te rechtvaardigen, door de creationistische argumenten van antwoorden te voorzien en ook uit te leggen waarom de moderne wetenschap een creatie zoals zij die zich voorstellen hebben verworpen. Het doel is het creationisme uit de wetenschap te weren, met creationisme als persoonlijk geloof of filosofie heeft niemand hier moeite. Iedereen moet immers zelf weten wat hij of zij gelooft, maar te proberen creationisme wetenschappelijk te bewijzen is enkel het negeren van feiten en dat stellen we hier aan de kaak. Waar we geen moeite mee hebben is het theïstisch evolutionisme, wat wil zeggen dat men gelooft dat God het leven heeft geschapen door middel van evolutie. We ontkennen hier niet het bestaan van (een) God, we maken alleen duidelijk dat het leven op aarde een gemeenschappelijke oorsprong/voorouder heeft en in de loop der tijd zich heeft ontwikkeld. 

    De vraag hoe dit gebeurd is, met Goddelijke hulp of door natuurlijke processen of iets anders laten we in het midden.

    Tim Spaan
    Thomas de Wilde
    Rutger Jansma


    Het nadarwin forum is al een hele tijd gesloten omdat het gehackt was door ( waarschijnlijk ) moslim fundamentalisten. 
    Daarna heeft men ook besloten om te stoppen met het forum. 
    Nu is  ook  de site     helemaal weg : 
    je kon daar  vroeger   veel  info vinden over evolutie.

    zie hierover meer op :

    Wanneer je dat   NADARWIN  naslagwerkje nodig hebt, weet je dus waar je het kan vinden …. 
    De  nederlandstalige  creationisten  zijn er nog niet vanaf ,….no way ….