MIMI en andere MEGAVIRii


MIMI  & co  —>

MIMI <— archief  doc

Mimivirus- the emerging paradox of quasi-autonomous viruses pdf

4678.pdf minimal genome bacillus subtilis  pdf

°

Het allereerste ontdekte  MEGAVIRUS    MIMI  

MIMI 636962104

°

mimi287

Mimi virus /Alexei Kouprianov (via Wikimedia Commons).

Mimi infection

Mimi.Infect2

 Andere megavirii

°

Megavirus

chilensis

 11 oktober 2011   1

Wetenschappers hebben voor de kust van Chili het allergrootste virus ooit ontdekt. Het infecteert waarschijnlijk amoeben.

De onderzoekers hebben het virus de naam Megavirus chilensis gegeven, zo schrijven ze in het blad Proceedings of the National Academy of Sciences. Het virus heeft een diameter van 0,7 micrometer (een micrometer is een duizendste van een millimeter) en is daarmee zelfs groter dan sommige bacteriën.

“Je hebt geen elektronenmicroscoop nodig om het te zien,” vertelt onderzoeker Jean-Michel Claverie. “Je kunt het met een gewone microscoop zien.” Het virus is een flink stukje groter dan de vorige recordhouder: het Mimivirus

Een virus kan zich enkel verspreiden door een cel binnen te vallen. Het megavirus pakt dat slim aan. Het virus heeft een soort haartjes aan de buitenkant en lijkt daarmee een beetje op een bacterie. Amoeben eten bacteriën en werken het virus dus nietsvermoedend naar binnen. Eenmaal binnen kan het virus zijn gang gaan. Het megavirus heeft meer dan duizend genen. Die heeft hij stuk voor stuk nodig om het trucje in de amoeben te volbrengen.

Bronmateriaal:
Ocean trawl reveals ‘megavirus’” – BBC.co.uk

Mark Geels
http://www.sciencepalooza.nl/2013/08/tree-of-life-2-0/         SCHUDDEN AAN DE STAMBOOM VAN HET LEVEN  

07.08.2013

Verschenen in Columns en Opiniede Groene AmsterdammerFocus2 reacties

Tree of Life

“The affinities of all the beings of the same class have sometimes been represented by a great tree”

Deze zin van Charles Darwin uit ‘On the Origin of Species’ is één van de verwijzingen die hij maakt naar de ‘Tree of Life’.

Dit eeuwenoude mythologische symbool heeft sindsdien model gestaan voor de evolutie van al het leven op aarde.

Three Domains  hypothesis  

Tot voor kort werd aangenomen dat deze boom drie hoofdstammen/domeinen had: eukaryoten (cellen met een kern), bacteriën en archae (oerbacteriën)(1) maar in juli van dit jaar werd door twee afzonderlijke publicaties duidelijk dat de stammen er anders uitzien dan gedacht.

De eerste publicatie gaat over nieuwe donkere microbiële materie. Onze kennis over bacteriesoorten was tot nu toe gelimiteerd tot die stammen die we in het laboratorium konden kweken, zuiveren en isoleren, en daarna konden karakteriseren op DNA-niveau.  Een wereldwijd consortium aangevoerd door Amerikaanse en Australische onderzoekers, publiceerde deze maand in Natureeen gigantische studie gericht op het beter in kaart brengen van, wat zij noemen ‘donkere microbiële materie’ – dat wat we nog níet kennen.

De onderzoekers namen op negen verschillende plekken, op de hele wereld (heetwaterbronnen,  bodemsediment, brak water en totaal zuurstofloze (anaerobe) omgevingen) monsters. Met behulp van moderne technieken was men in staat om individuele bacteriën te isoleren en hiervan het DNA te karakteriseren zonder de bacteriën eerst te kweken in het laboratorium.

De resultaten waren veelzeggend: de onderzoekers vonden 20 nieuwe bacteriesoorten die allemaal compleet nieuwe takken vormden aan de bacteriële evolutionaire stamboom. Verder zijn nieuwe evolutionaire relaties tussen bacteriesoorten in detail duidelijk geworden en compleet onverwachte functionele eigenschappen blootgelegd die aan sommige zijtakken van de Tree of Life nog niet waren toegeëigend.

Deze studie heeft in één klap 11% meer diversiteit in bacteriestammen in de wereldwijde databases gebracht en menig hypothese over bacteriële taxonomie en evolutie opgeschud.

De tweede publicatie die de traditionele Tree of Life op zijn grondvesten deed schudden was een Franse publicatie, in Science, over twee reusachtige nieuwe virussen die eencellige infecteren.

Virussen worden niet als levende organismes gezien omdat zij andere levende cellen nodig hebben voor replicatie.

De nieuw ontdekte virussen waren reusachtig: 100x zo groot als normale virussen, bijna zo groot als bacteriën. Daarom dachten de onderzoekers in eerste instantie dat het om bacteriën ging. Toen ze echter nauwkeurig naar de levenscyclus keken, bleken zij zich helemaal niet als bacteriën maar als virussen te vermeerderden.

Ten tweede bleken de nieuwe organismes net zoveel DNA te bevatten als primitieve meercelligen die traditioneel een veel hogere rang op de levensboom hebben. Tenslotte bleek de DNA-sequentie in vergelijking met andere virussen zoveel onorthodoxe stukken te bevatten, dat het leek alsof deze virussen afkomstig waren van een tot nu toe onbekende vierde stam aan de Tree of Life.

Vanwege deze bijzondere verrassingen en vanwege hun vorm zijn deze virussen ‘Pandora-virussen’ genoemd. De nieuwe virussen werden nagenoeg gelijktijdig en eenvoudig in zowel Australië als Chili gevonden, wat de auteurs redelijkerwijs doet geloven dat er wereldwijd veel meer moeten zijn.

Meercellig leven (zoals planten, dieren en mensen( 2 ) op aarde was niet mogelijk was geweest zonder eencellig leven.

Het is goed te realiseren dat bacteriën, eencelligen en virussen miljoenen jaren heer en meester waren, voordat wij ook maar iets betekenden. Wat nu, door middel van moderne technieken blijkt, is dat die voorgeschiedenis veel rijker en gevarieerder is geweest dan het traditionele drie-stammen model ons eerst deed geloven.

Noten

(1)   Dat is niet correct. De drie domeinen zijn eukaryoten, archaea en eubacteria.  (archaea en eubacterie werden vroeger “samengevat “als bacteriae )

(2) …..Ook veel schimmels  zijn   meercellig (paddestoelen). 

PANDORA  virussen

 19 juli 2013   2

pandoravirus

Franse wetenschappers hebben twee megavirussen ontdekt die de boeken ingaan als de grootste virussen die tot op heden zijn teruggevonden. De virussen zijn net zo lang als een honderdste van een menselijke haar. En voor een virus is dat bijzonder indrukwekkend.

De onderzoekers vonden de virussen op twee heel verschillende plekken op aarde. Het ene megavirus – Pandoravirus salinus genaamd – troffen ze voor de kust van Chili aan. Het andere virus Pandoravirus dulcis – in Australië. Beide virussen werden in het water aangetroffen. De virussen zijn ongeveer een micrometer lang. Dat betekent dat u slechts een gewone lichtmicroscoop nodig heeft als u de virussen wilt bewonderen.

Nieuw geslacht
Het gaat niet alleen om twee nieuwe soorten, maar ook om een nieuw geslacht – Pandoravirus. De virussen lijken zowel qua uiterlijk als genetisch namelijk op geen enkel micro-organisme dat eerder is ontdekt, zo schrijven de onderzoekers in het blad Science.

Genen

De pandoravirussen hebben ongeveer 2500 genen. En dat is een enorme hoeveelheid. De meeste virussen moeten het namelijk met zo’n tien genen doen.
Rasterelektronenmicroscoopbeeld van een Pandoravirus.
Raster-elektronenmicroscoop   foto van  pandora virus

De virussen hebben ook dubbel zo veel basenparen (de verbindingen tussen de twee DNA-strengen) als Mimivirussen, tot voor kort de grootste in hun soort.De oorsprong van de nieuwe Pandoravirussen is vooralsnog een mysterie. Onderzoekers kunnen ze niet meteen linken aan soortgenoten.

Het Pandoravirus salinus werd gevonden aan de monding van de Tunquen-rivier in Chili, terwijl dulcis op de bodem van een zoetwatervijver bij het Australische Melbourne werd aangetroffen. De wetenschappers zochten op die plaatsen bewust naar grote virussen, want ook de Mimivirussen zaten in sediment.

Het onderzoek werd gevoerd onder leiding van Nadège Philippe van de Aix-Marseille-universiteit. (tn)

Amoebe
Om te kijken waartoe de virussen precies in staat zijn, lieten de onderzoekers ze los op amoebes. Ze bleken de kern van deze eencellige organismen te veranderen, wat uiteindelijk resulteert in de dood van de amoebe. Wij mensen hebben overigens niets te vrezen van de nieuw ontdekte virussen.

Het feit dat de pandoravirussen eigenlijk op geen enkel bekend virus lijken, suggereert dat we nog veel moeten leren over de wereld der virussen.

Het is ook niet onaannemelijk dat wetenschappers in de toekomst nog grotere en complexere virussen gaan ontdekken. Vandaar dat ze deze megavirussen ook de naam Pandoravirussen hebben gegeven: waarschijnlijk is dit nog maar het begin en gaat met deze ontdekking een doosje vol met verrassingen die de biologie op zijn kop kunnen zetten, open.

Zo wordt er – omdat de megavirussen zo weinig gemeen hebben met organismen die we tot op heden kennen – al voorzichtig gesteld dat het wellicht tijd wordt om een vierde domein aan de drie domeinen van leven (bacteriën, Archaea en eukaryoten) toe te voegen.

Bronmateriaal:
Pandoraviruses: amoeba viruses with genomes up to 2.5 mb reaching that of parasitic eukaryotes” – Science

  • Levende wezens ? :– het is natuurlijk slechts  een kwestie van (rekbare en voorlopige   ) definities–  het lijkt  wellicht tijd  om een  apart  domein ( of zelfs    netwerk ) toe te voegen  aan de domeinen van levende organismen
    • Alleen al   door  het immense verschil in aantal genen met andere virii Daar tegenover  staat dat  (ook deze  mega-virii ) , voor zover ik weet  ,  de  duplicatie-mechanismen  van  andere cellen uit andere domeinen ( in dit geval dus amoeben ? )  nodig hebben  om zich te kunnen  reproduceren  ….. Slechts wanneer er megavirii worden ontdekt die  zich  zelfstandig ( en hun gastheer slechts als “voedsel” gebruiken )  kunnen reproduceren,  is het hek van de dam….

°

Grootste virus ter wereld uit permafrost gehaald en gebruikt om organismen te infecteren

 04 maart 2014 0

virus1

Wetenschappers hebben in Siberisch permafrost het grootste virus ter wereld ontdekt. Het zit er al meer dan 30.000 jaar ingevroren, maar toen onderzoekers het virus ‘wakker maakten’, bleek het nog uitstekend in staat om organismen te besmetten.

Het nieuwe virus heeft de naam Pithovirus sibericum gekregen. Het virus herinnert ons eraan dat het smelten van permafrost niet zonder risico’s is. In het ijs bevinden zich wellicht ziektekiemen die zelfs tientallen duizenden jaren nadat het permafrost ontstond en deze kiemen insloot nog een gevaar kunnen vormen voor de gezondheid van mensen en dieren. Dat schrijven de onderzoekers in het blad Proceedings of the National Academy of Sciences.

1,5 micrometer
De onderzoekers ontdekten het virus in permafrost afkomstig van Siberië. Koolstofdatering toonde aan dat het virus al meer dan dertigduizend jaar in het ijs gevangen zat. P. sibericum is het grootste virus dat onderzoekers ooit ontdekt hebben. Het virus is maar liefst anderhalve micrometer lang (een micrometer is een duizendste van een millimeter). En daarmee zijn ze net iets groter dan de vorige recordhouder: het Pandoravirus.

 

Amoebe
Net als de Pandoravirussen vormt P. sibericum geen gevaar voor mensen. P. sibericum infecteert namelijk – net als de Pandoravirussen – amoebes. En dat lukt de virusdeeltjes blijkbaar zelfs nadat ze meer dan dertigduizend jaar in ijs hebben doorgebracht: de onderzoekers haalden de virusdeeltjes uit het ijs, wekten ze tot leven en brachten ze in contact met een amoebe. De deeltjes drongen de amoebe binnen, vermenigvuldigden zichzelf en maakten zich op om meer cellen te infecteren.

Genetisch
Het nieuw ontdekte virus mag dan groot en na duizenden jaren nog steeds gevaarlijk zijn: genetisch gezien is het dan – in vergelijking met andere grote virussen – weer minder indrukwekkend. Het genoom van het virus telt slechts 500 genen. Ter vergelijking: de Pandoravirussen tellen 2500 genen. De onderzoekers schrijven dan ook dat het nieuwe virus doet denken aan een overgangsvorm: het virus heeft de vorm van de Pandoravirussen, maar doet qua genen meer aan ‘gewone’ virussen denken. “Dit suggereert dat er onder pandoravirus-achtige deeltjes sprake is van een nog onontdekte diversiteit aan ongebruikelijke virusfamilies,” aldus de onderzoekers.

Wat de onderzoekers met name met hun studie wilden achterhalen, is of het mogelijk is om virusdeeltjes die duizenden jaren in ijs gevangen zaten weer te laten doen wat ze voor het ijs kwam ook deden. En dat kan. “Het suggereert dat het dooien van de permafrost – hetzij door opwarming of door industriële exploitatie – in gebieden rond de pool ons niet vrijstelt van toekomstige bedreigingen van de menselijke of dierlijke gezondheid.”

Bronmateriaal:
Thirty-thousand-year-old distant relative of giant icosahedral DNA viruses with a pandoravirus morphology

– PNAS.org
De foto bovenaan dit artikel is gemaakt door TKTK / Julia Bartoli / Chantal Abergel / IGS / CNRS-AMU.

http://www.deredactie.be/cm/vrtnieuws/wetenschap/1.1899168

http://www.nu.nl/wetenschap/3717465/wetenschappers-brengen-30000-jaar-oud-virus-weer-leven.html

http://www.bbc.com/news/science-environment-26387276

(a clickeable  audio  interview  with Prof   Jan-Michel Claverie  on the webpage  )

Over tsjok45
Gepensioneerd . Improviserend jazzmuzikant . Instant composer. Jamsession fanaat Gentenaar in hart en nieren

One Response to MIMI en andere MEGAVIRii

  1. Pingback: INHOUD UVW | Tsjok's blog

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

%d bloggers liken dit: