MICROBIEELE ZWARTE MATERIE


°

 zie onder GENETICA     

°

LUCA  ;  °LUCA voorlopig nog denkbaar  <—doc archief  

Deel microbiële zwarte materie in kaart gebracht

Wetenschappers hebben het DNA van 201 niet eerder bestudeerde eencelligen in kaart gebracht. Deze resultaten werpen een nieuw licht op de stamboom van het leven.

Een beschrijving van deze micro-organismen verschijnt zondag in Nature.

In totaal leverden de DNA-analyse van de cellen afkomstig van verschillende plekken op aarde 201 nieuwe soorten op. Alle 201 geanalyseerde cellen maakten deel uit van niet eerder beschreven takken van de stamboom van het leven.

Die stamboom beschrijft de relaties tussen alle soorten organismen die in de loop der evolutie ontstonden.

Enzym

De onderzoekers analyseerden bacteriën en archaea,  Opmerkelijk was dat de bacteriën over eigenschappen beschikten die tot nu toe alleen aan archaea werden toegedicht en vice versa.

Zo bleken de archaea een enzym te hebben om inkepingen in de eigen celwand te kunnen maken zodat celdeling makkelijker wordt. Mogelijk hebben ze  deze eigenschappen verkregen door uitwisseling van genetisch materiaal.

Zwarte materie

Naar schatting leven er miljoenen soorten micro-organismen op aarde, waarvan de overgrote meerderheid nog nooit bestudeerd is, vandaar dat ze ook wel de microbiële zwarte materie genoemd worden. De meeste micro-organismen laten zich niet gemakkelijk kweken in een lab en bestuderen in het wild is onmogelijk.

Sinds een paar jaar gebruiken wetenschappers DNA-technieken om toch meer te weten te komen over al deze micro-organismen. Een veelgebruikte methode is het lukraak in kaart brengen van DNA uit bijvoorbeeld een klein beetje slootwater en daaruit herleiden wat voor soorten organismen er in dat water rondzwommen. Nadeel van die methode is dat je het genetisch materiaal nooit tot op de individuele soort kunt herleiden.

Lasers

Het Amerikaanse onderzoeksteam gebruikte een methode waarbij het bestuderen van één aparte soort wel kan: met behulp van lasers selecteerden ze steeds één cel vanuit een bepaalde populatie en haalden er vervolgens het DNA uit. Op deze manier verzamelden ze 9000 cellen van bacteriën en archaea uit onder meer de Stille Oceaan, een mijn in South Dakota en van de noordoostkust van Hawaii.

De 201 soorten vormen puzzelstukjes om de genetische stamboom des levens verder in te vullen. Het invullen daarvan staat nog aan het prille begin, benadrukt onderzoeksleider Tanja Woyke.

“Om de helft van de nu bekende diversiteit in kaart te brengen moeten we nog van 20.000 soorten het DNA in kaart brengen. En dan heb ik het nog niet eens over de diversiteit waarvan we nog geen weet hebben”, stelt Woyke.

Door: NU.nl/Jop de Vrieze

COMMENTS 

° 1
Uiteindelijk toont dit artikeltje aan dat huidige wetenschappers zich niet meer druk bezig houden met het ” theoretische en materieel bewijzen van de evolutie”?
( gevonden en opduikende fossiele bewijsstukken voor de evolutie en genetische sporen * ervan blijven overigens wel erg belangrijke vakgebieden )
Dat is een gepasseerd station … alleen creationisten zitten daar nog op gefocust en vastgeroest
Waar wetenschappers nu mee bezig zijn is uitvogelen *hoe* evolutie precies werkt, en ” hoe het leven op Aarde”is geëvolueerd. en dat is een enorme puzzel

*Moderne(ge- update ) Evolutie-theorie is eigenlijk een onderdeel van de genetica (= o.m. fylogenetica , de zoektocht naar genetische fossielen in genomen en vergelijkingeen van genomen ….. etc …etc …. )

°2
In deze studie: werden nieuwe en diepe vertakkingen (phyla en superphyla) in de lijnen van de Archaea en Bacteria en onverwachte overeenkomsten tussen groepen, die aan lateral gene transfer worden toegeschreven. , gevonden
Maar geen nieuwe soorten dus die een nieuw domein (naast Archaea, Bacteria en Eukaryota) van het leven zouden moeten vertegenwoordigen  …

( —> Misschien 201 nieuwe soorten  maar wel ( tot nu toe )  behorend tot de klassieke  “oude “rijken   ?

( *)Volgens  Craig Venter  behoren zeer veel  extante   “nieuw-ontdekte  “( en te ontdekken )  micro -organismen mogelijk  tot autonome en verschillende  takken van de ongekende  levende oermaterie ( waarvan we niet eens weten  of ze al dan niet onafhankelijk  ” de novo” /abiogenetisch  zijn onstaan

 

°°°—> Comments op deze  video  waarvan vooral de titel ( creationisten ? ) misleidend is ….

.Craig Venter ontkent de  ” one tree of live  “helemaal  niet ( en al helemaal niet  wanneer men die beschouwd als de stamboom van alle  “hogere organismen” )…. maar  hij vecht wél de(verouderde ) visie aan  die  haar   wortels heeft   in een enkele  (theoretische )LUCA  oorsprong ……De ( onzichtbare en microbieele ) wortels zijn volgens hem misschien  = netwerken = a bush of life  … die niet noodzakelijk  een  enkele gemeenschappelijke  afstamming kennen  ……

In elk geval bestaan er  verschillende  genetische codes  ( of variaties op de  genetische codes )  en zijn er in alle geval in de oceanen ( door Venter  en co   )   organismen ontdekt  die de  sequenties van hun genomen  baseren  op een ander  biochemisch ” alfabet”( zie ook —> synthetische biologie en  de   verwarring scheppende discussies  met IDC-ers  en ” fine Tuners ”  rond de “optimale ” of beste code,( hier op onzer planeet )  die noodzakelijk  moet geschapen zijn door een Intelligent Designer)     dan het gebruikelijke  ….

Of de  verschillende   microbieele  “de novo”  stamlijnen  die het  wortel-netwerk vormen , in staat zijn( of waren )tot  Laterale gen transfert  bespreekt Venter  NIET   in dit korte video  fragment 

http://sandwalk.blogspot.be/2013/02/craig-ventor-discusses-tree-of-life.html

° 3
We zijn nog lang niet toe aan het “vinden  door eliminatie  van een of ander(theoretisch) LUCA -genoom ; het was /is überhaupt nog een groot raadsel….en deze studie maakt het “vinden van de luca essenties( als die al bestaan ) ” weer verder weg dan ooit

De eukaryoten, zoals we die nu kennen, worden wel verondersteld een symbiose te zijn tussen
1) een “oer-eukaryoot”, mogelijk een uitsluitend op RNA gebaseerde levensvorm, een
2) bacterie
3) en archeon.
Een consequentie daarvan is dat we ook zouden moeten veronderstellen dat het leven (replicerende cellen onderhevig aan mutatie en natuurlijke selectie) meer dan één keer zouden zijn ontstaan (op aarde of daarbuiten).

° 4

 

 

°(Roots of ) the tree of life

http://sandwalk.blogspot.be/2013/07/what-should-we-teach-about-tree-of-life.html
http://sandwalk.blogspot.ca/2007/03/web-of-life.html

 

Theme
The Three Domain Hypothesis
http://sandwalk.blogspot.be/2007/05/theme-three-domain-hypothesis.html

_http://sandwalk.blogspot.be/2013/07/the-largest-prokaryotic-genomes.html

– Contradictory Phylogenies for Cyanobacteria
http://sandwalk.blogspot.be/2013/07/contradictory-phylogenies-for.html

Over tsjok45
Gepensioneerd . Improviserend jazzmuzikant . Instant composer. Jamsession fanaat Gentenaar in hart en nieren

3 Responses to MICROBIEELE ZWARTE MATERIE

  1. Pingback: INHOUD G | Tsjok's blog

  2. Pingback: FYLOGENETICA | Tsjok's blog

  3. Pingback: VERKLARENDE WOORDENLIJST PALEONTOLOGIE E | Tsjok's blog

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

%d bloggers op de volgende wijze: