JUNK DNA ; ENCODE


Note Junk DNA  doc, Notes J

JUNK DNA  Dockx archief  ….

nature12132[1] junk DNA

http://sandwalk.blogspot.be/2008/02/theme-genomes-junk-dna.html

 

,   evolutie, Wetenschap , , , , , , , ,

 

25 juli 2014

‘Ruim 90 procent van menselijk DNA heeft geen functie’

(1)

Grote stukken erfelijk materiaal lijken niet meer te zijn dan biologische bagage die over miljoenen jaren is verkregen.

Dat beweren Britse onderzoekers van de Universiteit van Oxford in PLoS Genetics.

“Wetenschappelijk gezien hebben we geen bewijs (1) dat 92% van ons genenbestand ook maar iets bijdraagt aan onze biologie”,(2) aldus onderzoeker Gerton Lunter tegenover the Guardian.

Al langer was bekend dat slechts 1 procent van het erfelijk materiaal in de mens is verpakt in genen die voor de productie van cruciale eiwitten zorgen om cellen – en daarmee het menselijk lichaam – in leven en gezond te houden.

Het nieuwe onderzoek suggereert dat nog eens 7 procent van het menselijk DNA eveneens belangrijk is in zijn rol om te bepalen waar, hoe en wanneer genen tot uiting komen.

Neushoorns

De onderzoekers kwamen tot hun conclusie na het vergelijken van het erfelijk materiaal van mensen met dat van diverse diersoorten in diverse takken van de evolutionaire stamboom, zoals muizen, honden, paarden en neushoorns.(3)

Wanneer DNA door diersoorten onderling wordt gedeeld en ook in verschillende afsplitsingen van de evolutionaire stamboom bewaard blijft, impliceert dat dat de genen een waardevolle rol spelen.

Volgens Lunter kan hieruit worden afgeleid dat slechts 8,2 procent van het menselijk DNA ‘functioneel’ is, en belangrijk genoeg was om bewaard te blijven tijdens de evolutie.

Tarwe

Toch waken de wetenschappers ervoor te laatdunkend te doen over de grote hoeveelheid ongebruikt genetisch materiaal. “Het is niet zo dat de natuur er per se naar streeft dat soorten een zo klein mogelijk genenbestand hebben. Tarwe heeft bijvoorbeeld een veel groter genenbestand dan wij”, aldus Lunter.

“Een mens is geen ontwerp.(5) We zijn geëvolueerd, en dat is nu eenmaal een rommelig proces. Het overige DNA is in feite gewoon opvulling. Maar het is geen afval, of een last. Op een dag zou het best wel eens van pas kunnen komen.”

Definitie

Overig is de definitie van wat ‘functioneel DNA’ precies is nogal arbitrair. In de nieuwe studie zijn genen functioneel als ze invloed hebben op ons vermogen tot gezonde reproductie.(1e)

Andere wetenschappers hanteren een bredere definitie en oordelen dat een groot deel van de overgebleven 92 procent van het DNA alsnog op een bepaalde manier actief is in het lichaam.(4)

Daarbij horen bijvoorbeeld niet-evolutionair overgeërfde genen die betrokken zijn bij het ontstaan van ziektes zoals laat beginnende Alzheimer.

(Door: NU.nl)

*

 

  •  (1) …..De titel  van dit stuk  is een onjuiste interpretatie van wat er door de wetenschappers beweerd wordt. ‘Geen wetenschappelijk bewijs’ is niet hetzelfde als ‘niet'(of in dit geval )  als ” GEEN “
  • …De kop vh artikel zegt hoogstwaarschijnlijk meer over de huidige stand van de DNA-wetenschap en de biologie  dan over ons lichaam?….                              Neuh, het zegt meer over de journalisten bij NU. ……
  • (1b) …..Klinkt als een harde schijf van een computer.Waarbij 8,2% van de inhoud bestaat uit bestanden om het systeem draaiende te houden, en de rest de gegevens (tekstbestanden, spreadsheets, muziek, films, foto’s, etc. ) zijn die de gebruiker heeft gemaakt/verzameld
  • Een sprekend rommelig persoon (= ook een gebruiker ) verpakt zijn code-woorden   in een hoop rommel. en soms is rommel ook gewoon maar  rommel ( die al dan niet een leven lang werd verzameld ).
  • (1c)Maar zoals altijd lopen vergelijkingen mank en kunnen ze  niet onbeperkt verder worden doorgetrokken om tot valabele conclusies te komen   ….  op moleculair niveau is  levende stof  een  geheel van  chemisch systemen en daartussen zit geen “klassieke  ” hardware …..Bovendien is er geen “gebruiker ” van de “levende stof  “… Er zit geen  homunculus aan een of ander stuur of toetsenbord   of een “besturende geest ” ….
  • (1b)…..Totdat het een functie krijgt!  –> Waar ik aan denk is de  mutatie of  ‘kopieerfout’ in ‘niet nodige’ DNA die bij het kopiëren kan ontstaan.
    Dan kan er namelijk wel een nieuwe functie ontstaan.
    Of die ‘fout’ positief of negatief voor ons is wil ik even buiten beschouwing laten.
    De evolutie kan op deze manier rustig verder gaan zonder heel veel rigoureuze stappen te moeten nemen.  
  • (1c)……Overigens  kan je onder de opgespaarde rommel in de kelder of op zolder , nog dingen vinden die een  inventief  knutselaar nog best kan gebruiken of een fervent  verzamelaar   kan herangschikken tot een  “beter bruikbare “collectie  … Overtollige(=redundante ?)  en  “gebroken “( maar te herstellen )  CHEMISCHE  “info-“dragers in het DNA   worden  vast gebruikt in de  moleculaire evolutie als bouwsteen voor een of andere  “aanpassing”?
  • (1d)…..Waar het bij dit soort discussies om gaat is het duidelijk definieren van functie. Als ik op zolder een heleboel troep heb liggen, kapot / gebroken / geen batterijen / whatever. Dan zou je kunnen zeggen dat die troep geen functie heeft. Maar wat als blijkt dat doordat ik op zolder zoveel troep heb liggen dat mijn huis beter geisoleerd is in de winter? Heeft die troep dan een functie? Of ben ik het die er een functie aan toekent?
  • = Zo ook met stukken troep in ons DNA. We weten dat veel stukken van oude virale infecties zijn. Deze virussen kunnen nooit meer wat doen, ze zijn stuk, het is troep. Stel dat deze stukken nu toevallig een invloed hebben op functionele genen eromheen. Kun je dan spreken van een functie?
  • (1e)Ook ik heb mijn vraagtekens bij de in dit onderzoek gehanteerde definities. Neemt niet weg dat we waarschijnlijk zullen vinden dat inderdaad een groot deel van ons DNA verwijderd of veranderd zou kunnen worden zonder dat dit levensvatbaarheid of voortplanting beinvloedt.

 

  • (2) ….Een paar jaar terug beweerde wetenschappers nog dat 98% van het DNA ‘junk’ was.
    Men is er ook achter gekomen dat (delen van wat vroeger  bij het ) junk’-DNA(hoorde )  in het lichaam een belangrijke rol speelt doordat het speciale vormen van RNA (ribonucleïnezuur) produceert die essentieel zijn voor het leven.
    Dus ‘nutteloos’ is nogal een boute stelling.(Maar niettemin is niet al het DNA  daarom perse “nuttig “)
  • (2b)Dat alles  neemt niet weg dat er een bepaald percentage van het DNA simpelweg geen andere rol speelt dan ruimte innemen op het chromosoom. Het is goed mogelijk dat dit percentage vrij groot is. Hoe groot precies, daar kunnen de meningen over verschillen, en daar zal toekomstig onderzoek ook nog het een en ander over te vertellen hebben.
  • (2c)van 93 % van het DNA weten we niet wat het doet, dus is het overbodig ?Goed, het is best mogelijk dat een deel van die 93 % alleen maar dient om de andere delen op voldoende afstand te houden, en dat dus de basenvolgorde niet van belang is, maar is het daarom overbodig?
    Als je dat vindt, moet je eens het bovenstaande copy-pasten en dan de spaties weghalen.
    Zal je zien dat het toch lastiger te begrijpen is.
  • Er moet niet iets “begrepen” worden door een individuele  gebruiker  … het zijn slechts  chemische opdrachten die  worden uitgevoerd en die het fertiele voortplanten niet in de weg staan ( en natuurlijk geeft het helemaal   niet als die opdrachten niet worden uitgevoerd bij  een  persoon die zich al heeft voortgeplant  )Het gaat in de evolutie namelijk  om populaties en doorlopende kluwens  van  stamlijnen  en  niet om “individuen “; dat zijn slechts voertuigen voor de  overlevende  populatie(s) genen-die zodoende  worden  doorgegeven  naar de genenpool  van de  opeenvolgende generatie(s )van de populaties  van veel  “individuen ” in de onmiddelijke toekomst … Een individu is een beperkt houdbare  (zichzelf hopelijk voortplantende )container  van de  potentieel  doorgeefbare genen die gebouwd werd door de genen van de (mogelijk al overleden ) directe  ouders en  voorouders

 

  • (3) ….als een mens en een neushoorn stukken identiek DNA hebben dan hebben die gelijke stukken  WEL een functie”.
  • Met andere woorden: wanneer twee organismen zoveel overeenkomsten hebben in hun ‘bouwplan’, dan zou hun beider DNA nog veel meer op elkaar moeten lijken wanneer alles een daadwerkelijke  functie heeft.
  • Overigens kun je functionaliteit van een stuk DNA niet bepalen alleen aan de hand van conservatie. Er zijn genoeg functionele genen die tussen deze soorten vrij sterk gedivergeerd zijn.
  • Bovendien vraag ik me af tot welke  groepvan het DNA  ,   LTRs, centromeren en telomeren worden gerekend.

 

  • (4)….Andere wetenschappers stellen, ook als dat de definitie van ‘functioneel’ wat ruimer moet worden genomen, en dat daarom het percentage van DNA dat op enigerlei wijze onze voortplanting en evolutie beinvloedt wellicht wat groter is.
    –> Maar dat neemt niet weg dat er zelfs dan nog steeds een substantieel deel is dat geen andere rol heeft dan ruimte innemen in chromosomen.                                            
  • (4b)—> De bevindingen in dit onderzoek suggereren  niet dat van  90% van het DNA de rol nog niet bekend was, maar dat het eenvoudigweg geen rol heeft, anders dan ruimte innemen op het chromosoom.
  • (4c)–> Dat wil  dus wederom  niet zeggen dat het noodzakelijk “waar” (4d)is, wat de wetenschappers hier stellen. Afhankelijk van de definitie zou men een groter of kleiner getal dan 90% kunnen opperen. Ook verder onderzoek zal dit getal nog beinvloeden.
  • (4d)—> Geen respect voor misplaatste twijfel over de wetenschappelijke methode.
  • Het gaat niet om waarheden. De enige plek die over “waarheden” gaat is de wiskunde….Het gaat erom in de rest van de wetenschappen  of iets werkt. De relativiteitstheorie ( een kombinatie van wiskunde en  waarnemingen ) werkt bijvoorbeeld. Niet alleen in het nu, maar ook in de toekomst. Het voorspelt metingen extreem nauwkeurig. Keer op keer. En deze prestatie van de wetenschap rechtvaardigt de term ‘waarheid’.
  • Waarheid is trouwens  niet een of andere religieuze en/of doctrinaire “absolute”   waarheid  want dat is  slechts  het produkt  van   wens – en/of  magisch denken   of  (kortom) een produkt van  onze psychologie en  ons aangeleerd (of aangeboren )  onvoorwaardelijk  respect voor  autoriteit en de traditie  
  • Ik zet overigens   het – vereren van bomen, ontvoeringen door aliens claimen of de islam of christendom  etc …etc …..    – op één lijn= Het zijn allemaal  ( door hun aanhangers ) niet -falsifeer gemaakte  (bij)geloven 
  • ….tenslotte  is er de  drogreden van  de   omgekeerde bewijslast. Niet ik hoef te bewijzen dat er geen God(en)is. Dat is onmogelijk, net als bewijzen dat er geen onzichtbare koffiepot om pluto draait. Degenen die stellen dat er een god(en) is, dienen dit te bewijzen. En zo lang dit niet lukt, moeten ze het  privé te houden.
  • Iedereen  heeft recht op zijn eigen mening   ….. Alle respect daarvoor…… en recht op zorg verstrekking   als  het een psychiatrische stoornis / cognitieve dissonantie   blijkt in het spel te zijn die erg  storend  de  dagelijkse werkelijkheid ontkent  , de verdere gezondheid bedreigd  en/of het  gewenste (of minstens degelijk geachte  ) maatschappelijke weefsel fundamenteel  bedreigd   .
  • Kritisch zijn is  prima; het is o.a.  de houding om niet klakkeloos iets voor waar aan te nemen en/of  zelf onderzoek te doen of minstens onderzoeken   na te lezen (4e) Als het het geloof betreft, is dat voor velen  zomaar “de waarheid. “Maar dat is dan niet dezelfde kritische houding . Geloof wordt dan klaarblijkelijk, min of meer, wel klakkeloos aangenomen.
  • De wetenschappelijke methode is overigens in zichzelf al extreem kritisch  Religie en wetenschap zijn GEEN  twee gelijkwaardige meningen (die tegenover elkaar staan. )De wetenschap is in haar aard gebaseerd op waarnemingen, onderzoek en is zelfkritisch. Ze stuurt zichzelf bij wanneer het de verkeerde kant op blijkt te gaan. Religie daarentegen is in haar aard gebaseerd op niets meer dan geloven (het woord zegt het al). Dat vind ik een groot verschil. 
  • (4e)Het enige wat jou ervan weerhoudt om alles zelf te onderzoeken is een gebrek aan tijd daarvoor. Maar je kunt wel degelijk een volledig vrije keuze maken in wat je gaat onderzoeken en daar vervolgens diep induiken. Sterker nog, dat gebeurt dagelijks in de wereld door vele duizenden mensen

 

  • (5) ‘De mens is geen ontwerp’ is een metafysische uitspraak, geen wetenschappelijke.
  • (5b) MAAR …..  Aangezien alles duidt op een ongeleid – of slechts door natuurlijke principes geleid – wordingsproces voor de mens en alle andere dieren en levende wezens is de uitspraak “de mens is geen ontwerp” niet meer dan een gezonde wetenschappelijke bevinding….Het is gewoon een wetenschappelijke uitspraak, gestaafd door decennia keurig onderzoek. En  waarom eigenlijk zou dat “metafysisch “moeten zijn? Als je ONTWERP duidelijk definieert valt daar heel goed een uitspraak over te doen. Zonder dat er geloof aan te pas komt.Dat is nou net het punt. Er is geen wetenschappelijke definitie van ‘ontwerp’. Als je die wel hebt hoor ik die graag …. inclusief wetenschappelijke referenties.

 

 

 

Slechts 8,2 procent van ons genoom is functioneel

dna

Slechts 8,2 procent van ons DNA is functioneel. Tot die conclusie komen Engelse onderzoekers.

Het zijn hele andere cijfers dan twee jaar geleden, toen onderzoekers nog beweerden dat 80 procent van ons DNA een belangrijke functie had.

In 2012 stelden onderzoekers dat ongeveer tachtig procent van ons genoom een biochemische functie had.(–> encode )  Maar het onderzoek is omstreden.

Zodra de onderzoekers activiteit op een stukje DNA zagen, concludeerden ze dat het stukje DNA een biochemische functie had. En daar zijn lang niet alle wetenschappers het mee eens: dat er activiteit is, wil nog niet zeggen dat het stukje DNA ook functioneel is. Daarvoor moet je aantonen dat de activiteit die het stukje DNA vertoont, ook belangrijk is.

Evolutie
Onderzoekers van de Oxford University hebben dat nu gedaan. Ze maakten daarvoor handig gebruik van de evolutie. Ze achterhaalden welk deel van ons genoom in een periode van 100 miljoen jaar verandering na verandering heeft weten te vermijden. Want, zo redeneerden de onderzoekers, als DNA niet verandert, wijst dat er immers op dat het één of andere belangrijke functie heeft en om die reden moet blijven zoals het is.

Natuurlijke selectie
De onderzoekers bestudeerden het genoom van verschillende zoogdieren: muizen, konijnen, honden, paarden, mensen, enzovoort. “Door de evolutie van deze soorten heen ontstaan mutaties in het DNA en natuurlijke selectie gaat die veranderingen tegen om nuttige DNA-sequenties intact te houden,” vertelt onderzoeker Gerton Lunter.

“WE ZIJN GENEIGD OM TE VERWACHTEN DAT AL ONS DNA IETS DOET. IN WERKELIJKHEID DOET SLECHTS EEN KLEIN DEEL IETS”

Klein beetje functioneel
Uit het onderzoek van de wetenschappers blijkt dat 8,2 procent van het menselijke genoom functioneel is. “We kunnen niet vertellen waar elk stukje van dit functionele DNA zich in ons genoom bevindt, maar onze aanpak is vrij van aannames en hypotheses,” stelt Lunter. “Zo is het niet afhankelijk van wat we van ons genoom weten of wat voor specifieke experimenten zijn gebruikt om de biologische functie te identificeren.” Als 8,2 procent van ons genoom functioneel is, wat is de rest dan? Dat is zogenoemd junk DNA. “We zijn geneigd om te verwachten dat al ons DNA iets doet,” stelt onderzoeker Chris Rands. “In werkelijkheid doet slechts een klein deel iets.”

Niet allemaal even belangrijk
De onderzoekers wijzen erop dat niet alle stukjes DNA die tot het functionele DNA behoren even belangrijk zijn. Iets meer dan één procent van het menselijk DNA is verantwoordelijk voor de eiwitten die bijna alle belangrijke biologische processen in het lichaam regelen. De overige zeven procent is betrokken bij het aan- en uitzetten van genen die eiwitten coderen. “Welke eiwitten waar en wanneer aangezet worden, moet gecontroleerd worden en de zeven procent gaat daarover,” legt Rands uit.

Zoals gezegd bestudeerden de onderzoekers niet alleen de functionaliteit van het menselijk genoom. Ze keken ook naar het genoom van onder meer muizen, paarden en honden. Uit het onderzoek blijkt dat zoogdieren die nauwer aan elkaar verwant zijn ook een groter deel van hun functionele DNA gemeen hebben. Wanneer we het genoom van muizen en mensen naast elkaar leggen, vallen de overeenkomsten echter mee. Slechts 2,2 procent van ons functionele DNA delen we met muizen. Dat komt doordat het regelgevende DNA (de zeven procent) in de tachtig miljoen jaren waarin muizen en mensen zich afzonderlijk ontwikkeld hebben, sterk veranderd is. “Regelgevend DNA is veel dynamischer dan we dachten,” stelt Lunter. “Het feit dat we slechts 2,2 procent van ons DNA gemeen hebben met muizen laat echter niet zien dat we heel anders zijn,” benadrukt onderzoeker Chris Ponting. “We zijn niet zo speciaal. Elk zoogdier heeft ongeveer dezelfde hoeveelheid functioneel DNA. En ongeveer dezelfde verdeling van functioneel DNA dat heel belangrijk en minder belangrijk is.”

 

 

°

2012

http://www.sciencepalooza.nl/2012/09/%e2%80%98junk%e2%80%99-dna-heeft-eindelijk-een-functie/#comments

30.09.2012

JUNK  DNA en FUNCTIES   
‘Junk’ DNA heeft eindelijk een functie

8 reacties

Jarenlang werden de stukken DNA tussen onze genen letterlijk weggezet als afval – junk DNA.  Deze term werd in 1972 door de Japanse wetenschapper Ohno geopperd; hij voorspelde dat er een bovengrens  was aan  het aantal genen in zoogdieren (30.000) en dat de rest van het DNA niks doet. Hij bleek met zijn voorspelling niet ver naast het correcte aantal te zitten.

Maar uit een grote publicatie begin september van 30 artikelen met veel nieuwe informatie over ons genoom, blijkt dat ons junk DNA niet langer zonder nut is, maar een zeer grote regulerende rol heeft over onze genen. Het lijkt erop dat we nu zelfs meer variatie hebben in deze regulerende DNA-elementen dan in onze genen. Verschillen tussen individuen kunnen we nu waarschijnlijk ook beter verklaren.

Human Genome Project
Na voltooiing van het Human Genome Project in 2003 bleek de mens twintig- tot vijfentwintigduizend genen te bezitten; slechts het dubbele van een ‘simpel’ organisme als de fruitvlieg. Genen worden gebruikt om alle eiwitten in ons lichaam te produceren (en noemen we daarom protein-coding DNA). Maar genen beslaan slechts 2% van ons genoom. Het overige non-coding DNA (en dus niet junk DNA), leidt niet tot de vorming van eiwitten. Er heerste veel onbegrip over de functie van non-coding DNA.

Wetenschappers begrepen maar niet waarom, na een evolutionair proces van miljarden jaren, er zoveel onnuttige informatie in ons DNA zou zitten.

  1. OPGELET  twee wijdverbreide misverstanden liggen ook hier op de loer    nml. dat

    1) we dachten dat er veel junk-DNA was alleen maar omdat we geen functie konden bedenken en

    1. ENCODE krijgt in dit stuk, net als in erg veel andere beschrijvingen die ik elders heb gezien, teveel toegeschreven: er was al langer vermoed dat delen van  het “junk” DNA wel degelijk een functie kunnen hebben (zie epigenetica ) . Als men dat niet had vermoed, zou het consortium helemaal niet zijn opgezet…..

    2) dat we nu de functie weten voor 80% van het menselijk genoom.

    ° de  uitspraken  van ENCODE over junk-DNA zijn   vreselijk overdreven.

    Het is niet zo dat we hele lappen van het genoom als “junk” hebben gelabeld omdat we niet wisten wat het deed. Er zijn een aantal argumenten die aantonen dat er wel degelijk veel junk in ons genoom zit:

    1) Ons genoom KAN niet helemaal functioneel zijn, omdat onze soort dan zou bezwijken aan mutatiedruk.

    2) Er bestaat een grote hoeveelheid variatie in genoomgrootte: Salamanders hebben een 10-maal groter genoom dan wij, longvissen 30-maal. Het is onwaarschijnlijk dat dat allemaal functioneel is (dit staat bekend als de C-value paradox)

    3) Een groot deel van het menselijk genoom (40-50%) bestaat uit defecte transposons, zoals Alu. Deze elementen hebben zich waarschijnlijk uit zelfzuchtige motieven vermenigvuldigd (parasitair DNA).

    De ENCODE-resultaten hebben daar niets aan veranderd. Ze hebben laten zien dat veel stukken DNA eiwitten binden, zoals transcriptiefactoren en histonen, zoals Sidhartha boven prima beschreven heeft, maar ze hebben niet aannemelijk gemaakt dat al die schakelaars ook daadwerkelijk een cellulaire functie hebben:

    Om de analogie met schakelaars door te trekken: het is net zoals oude huizen vaak lichtschakelaars hebben die niet meer aangesloten zijn.

ENCODE
Onderzoekers begonnen al gauw te speculeren dat de sleutel tot onze complexheid als organisme wel eens in het onbegrepen stuk DNA zou kunnen zitten.

Zo werd negen jaar geleden het ENCODE consortium opgericht, een samenwerking van ruim 400 wetenschappers uit 32 onderzoeksinstituten. ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) had zich ten doel gesteld alle functionele elementen van het genoom te achterhalen. Deze aanpak heeft een schat aan informatie opgeleverd over de functies van non-coding DNA. De belangrijkste conclusie uit het hoofdartikel:  

80% van ons DNA vervult een biochemische functie in onze cellen.

(Over dit getal bestaat overigens nog  enige discussie: sommige wetenschappers vinden dat ENCODE wel een erg ruime definitie van het woord ‘functie’ heeft genomen.)

  1. reactie   “....Over dit getal bestaat overigens nog wel enige discussie...”

    Dat is wat zacht uitgedrukt. Van wat ik heb gelezen in de blogosfeer, is deze uitspraak van encode  volledige nonsens. Veel wetenschappers zijn het erover eens dat hoe nuttig de ENCODE-resultaten ook zijn, het helemaal niets zegt over junk-DNA. De storm van artikelen over “het einde van junk-DNA” wordt algemeen beschouwd als een mislukte PR-stunt.

    T. Ryan Gregory van GenomicronS heeft een lijstje bijgehouden van alle hype en de kritiek.

DNA-schakelaars en DNA-vouwing

Een van de interessantste vindingen zijn de 4 miljoen schakelaars in ons DNA die de activiteit van genen aan en uit kunnen zetten. Deze schakelaars kunnen zowel vlakbij (promotors) als verder weg (enhancers) van het gen zitten (zie plaatje).

In verschillende lichaamsceltypen zijn andere combinaties van deze functionele DNA-elementen actief, waardoor in elk celtype andere genen aan of uit staan.

Elk lichaamsceltype heeft zo dus een eigen genetische identiteit. Dit is ook nodig want in bijvoorbeeld een levercel moeten hele andere processen plaatsvinden dan in een huidcel.

Met deze nieuwe kennis in het achterhoofd heeft één ENCODE onderzoeksteam de vouwing van DNA in de cel onderzocht.

Aan DNA-schakelaars moeten eerst speciale eiwitten (transcriptiefactoren) binden om genen te activeren. Daarvoor zal het DNA – normaal met hulp van zogenaamde histon-eiwitten strak opgevouwen in de kern (zie plaatje) – op die plekken eerst ontvouwen moeten zijn. Wanneer DNA ontvouwen  wordt, een teken dat het wordt gebruikt in de cel, is het ook gevoeliger voor een enzym (DNase) dat het DNA op die plek in stukken knipt. Door gebruik te maken van deze eigenschap kun je uitvinden welke stukken DNA actief zijn in een bepaalde cel. Er wordt eigenlijk een soort ‘vingerafdruk’ van de cel gemaakt, iets wat de onderzoekers van ENCODE ook hebben gedaan. Door cellen nu bloot te stellen aan gifstoffen en/of geneesmiddelen kan men bestuderen hoe de ‘vingerafdruk’ verandert en daarmee achterhalen welke genen betrokken zijn.

De resultaten van ENCODE kunnen ook gebruikt worden om met een frisse blik oude onderzoeken opnieuw te bekijken. Een goed voorbeeld zijn de DNA-onderzoeken die het afgelopen decennium zijn uitgevoerd om de genetica van ziekten beter te begrijpen, zogenaamde genome-wide association studies. Hierbij werd gezocht naar mutaties in het hele genoom die gecorreleerd waren aan het voorkomen van een bepaalde aandoening.

In deze studies werden veel zogenaamde SNP’s gevonden, een verandering van één enkele letter in het DNA.

Een ENCODE onderzoeksteam heeft data van deze studies gekoppeld aan hun eigen data en vond dat slechts 12 procent van de SNP’s in genen zat. Het merendeel ligt echter in het non-coding DNA, en waarschijnlijk op een plek waar DNA-schakelaars liggen.

Door ENCODE kan men nu onderzoeken welke genen hierdoor worden beinvloed.

ENCODE zal ons nieuwe aanwijzingen geven over de oorzaken van verschillende ziekten en het zal hierdoor het biomedische  onderzoek in een flinke stroomversnelling brengen.

( de auteur van het artikel )

  1. Laat ik beginnen met te zeggen dat jullie kritiek over hoe ENCODE te veel eer krijgt en/of een overdreven PR heeft gevoerd , een terechte is. Daarom heb ik ook toegevoegd dat er wel enige discussie is over hun uitspraak dat ze van 80% van het genoom hebben bepaald dat het een biochemische functie heeft. Ik had er ook een link bijgevoegd en ik heb ook bewust voor deze link gekozen omdat het een ‘graceful and measured’ stuk was zoals wetenschapsblogger Ed Yong hier schrijft.

    http://blogs.discovermagazine.com/notrocketscience/2012/09/08/ive-got-your-missing-links-right-here-09-september-2012/

    Ed Yong geeft nog een aantal andere links naar blogs met kritiek op ENCODE.

    En hier nog een andere link naar een artikel van de hand van Faye Flam.

     http://ksj.mit.edu/tracker/2012/09/skeptical-takes-elevation-junk-dna-and-o

    Het artikel van Ed Yong geeft nog iets anders aan: namelijk, hoe moeilijk het is om in een stuk alle nuances en voorbehouden te stoppen, zowel het enthousiasme als de scepsis over het project te vangen, en er een coherent geheel van te maken voor een algemeen publiek én een wetenschappelijk publiek.

    Vooral dit laatste kan ik beamen.

    ENCODE  ZELF

    ENCODE logo.png

    ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements)

    http://en.wikipedia.org/wiki/ENCODE

    Junk-DNA

    De belangrijkste vondst van het  ENCODE PROJEKT  is dat in het menselijk ‘junk-DNA’ maar liefst vier miljoen genetische schakelaars liggen besloten. Deze schakelaars bepalen of een gen meer of minder actief wordt, zoals de dimmer op een schemerlamp.

    Het systeem van genetische schakelaars blijkt extreem complex. De computerberekeningen om de data te analyseren duurden bij elkaar opgeteld meer dan 300 jaar.

    ENCODE geeft een voorbeeld  van een   niet -coderende sequenties  met   biochemische functie

    http://eoswetenschap.eu/artikel/junk-dna-krijgt-eerherstel

    7 september, 2012

    …….. Een voorbeeld van één ‘verborgen’ functioneel element is een stukje RNA (een vorm van DNA die een boodschap kan overbrengen) dat voorlopig nog ‘incRNA’ wordt genoemd, en dat als een kleine schakelaar functioneert voor de genen die in de buurt liggen. ‘

    De incRNA’s werken als minuscule schakelaars in een gigantisch complex elektronisch netwerk. Zij bepalen welke proteïnen er door de genen worden aangemaakt, waar ze worden gemaakt (in welke soort cellen) en op welk tijdstip’, legt de Amerikaanse hoofdonderzoeker John Stamatoyannopoulos van de University of Washington in Seattle tijdens een telefonische persconferentie uit.

    ‘We kenden de incRNA’s al langer, maar het is dankzij ENCODE dat we ze voor het volledige menselijke genoom en voor verschillende biologische contexten beter hebben leren kennen. Ze treden nu echt op de voorgrond.

    En dat geldt ook voor de andere functionele elementen die we hebben kunnen identificeren in het junk-DNA.

    Ik zou zelfs durven zeggen dat we op termijn de status van het gen als kleinste eenheid van erfelijke informatie moeten gaan herzien, want deze elementen spelen zeker ook een niet te onderschatten rol in de overerfbaarheid van fysieke eigenschappen.’ 

ENCODE  en de  wereld van DNA

03 maart 2013

Het is oorlog in de wereld van de genetica. Het Encode-project, dat vorig jaar wereldwijd het DNA-onderzoek op zijn kop zette door te zeggen dat er meer DNA functioneel is dan men eerder dacht, ligt onder vuur bij collega-genetici. 

“Dit is geen werk van wetenschappers. Dit is het werk van een groep slecht opgeleide laboranten”.

Met deze woorden gaat Dr. Dan Graur van Houston University (Texas) de onderzoekers van het Encode-consortium te lijf in het vakblad Genome Biology and Evolution.

“Alles was Encode beweert is fout. Om te beginnen zijn hun statistieken vreselijk”, verkondigde de wetenschapper in de Britse krant The Guardian.

http://gbe.oxfordjournals.org/content/early/2013/02/20/gbe.evt028.full.pdf+html

http://blogs.scientificamerican.com/the-curious-wavefunction/2013/02/21/encode-applemaps-and-function-why-definitions-matter/

http://www.guardian.co.uk/science/2013/feb/24/scientists-attacked-over-junk-dna-claim

Encode (Encyclopedia Of DNA Elements, red.) is een project waarbij negen jaar lang meer dan vierduizend vorsers hebben gewerkt aan het ontrafelen van het menselijk DNA.

Tot voor kort was men ervan overtuigd dat slechts drie procent van het DNA functioneel is, .

De overige zevenennegentig procent werd bestempeld als ‘junk-DNA’. De onderzoekers van Encode verstomden echter in september 2012 de wetenschappelijke wereld. Zij concludeerden dat tachtig procent van het menselijke DNA een cruciale functie heeft in het lichaam.

Toch niet zo nutteloos

Encode verklaarde dat achttien procent van die nutteloos geachte DNA werkt als een soort schakelbord dat genen aan- en uitschakelt. Dit bepaalt of een cel een darmcel, spiercel dan wel niercel zal worden. Ook regelt het junk-DNA de hoeveelheid proteïnen die een bepaald gen moet produceren.

Die resultaten liggen nu onder vuur.

Graur en enkele onderzoekers van Johns Hopkins University (Baltimore) noemen de cijfers van Encode absurd.

“Omdat een stuk DNA biochemische activiteit vertoont, heeft het nog geen noemenswaardige functie in de cel”, aldus Graur.

Encode zou veel te snel concluderen dat DNA functioneel is.

Graur argumenteert dat de data van Encode niet betrouwbaar zijn en dat het project vooral slaagde op vlak van marketing en het creëren van een massahype.

Onderzoeksbudget is doorn in het oog

Dr. Ewan Birney van het Europees Instituut voor Bio-informatica is een van de onderzoekers achter Encode. Hij noemt de kritieken onterecht.

“De manier waarop men ons aanvalt, is oneerlijk en ongemotiveerd. Dr. Birney benadrukt dat de focus op de bijeengesprokkelde data moet liggen en niet op de hypotheses.

Volgens hem legt de discussie een te grote nadruk op het begrip ‘functioneel’.

De overvloedige data die zijn team heeft verzameld is bruikbaar voor geneeskundige en wetenschappelijke toepassingen in de toekomst. Volgens Birney is het grote budget waarover het Encode-consortium kon beschikken een doorn in het oog van Graur en andere critici.

Dr. Kevin Verstrepen, verbonden aan de KU Leuven en de VUB, zegt dat de waarheid ergens in het midden ligt.

“Graur haalt goede argumenten aan. De drie procent van ons DNA dat de genen bepaalt, is vrij resistent voor veranderingen. Fouten in ons DNA hebben meestal een negatief effect. In de functionele drie procent komen die fouten zelden voor. In het junk-DNA komen wel veel veranderingen voor. Dat ze zo vatbaar zijn voor veranderingen, is een indicatie dat ze geen sterke functie hebben.”

Evolutionaire speeltuin

Dr. Verstrepen haalt aan dat junk DNA, een term van Francis Crick, een te negatieve betekenis heeft gekregen.

Verstrepen beklemtoont dat ze misschien geen grote functie hebben, maar kunnen gezien worden als een evolutionaire speeltuin: ze bieden basismateriaal om verder te evolueren.

Verstrepen zegt dat de Encode-onderzoekers correct werk hebben geleverd.

“Heel veel erfelijke ziektes kunnen we niet plaatsen op het functionele DNA, maar op wat we junk DNA noemen. Dat DNA is misschien niet cruciaal, zoals het Encode-consortium beweert, maar heeft vaak wel een functie.”

Volgens hem is het in zekere zin waar dat Encode te sterke conclusies heeft getrokken en deze nogal krachtig geformuleerd heeft. Aan de andere kant stelt hij dat het niet eenvoudig is nuances aan te brengen wanneer je heel ingewikkelde genetische materie naar een breed publiek wil brengen.

Dr. Graur moet ook in eigen borst kijken wanneer hij Encode beschuldigt. “Met de stijl waarin hij Encode aanvalt maakt hij zich schuldig aan dezelfde praktijken die hij Encode verwijt”, aldus Verstrepen. V

Volgens hem heeft het consortium genoeg kanalen om zich te verdedigen. Deze discussie kan dan ook zelf nog tot interessante bevindingen leiden. (JB) 

Cryptogenomicon

http://selab.janelia.org/people/eddys/blog/?p=683

1.- Onderzoekers in de biologie weten al vijftig jaar dat genen worden gecontroleerd door regulerende elementen in niet-coderende DNA.
2.- Het is duidelijk dat in ieder geval de belangrijkste ENCODE papers niet zoiets beweren als wat de kranten publiceren
3.- Het menselijk genoom bezit veel junk-DNA

Maar genoomgrootte varieert nogal veel tussen verschillende soorten ….
Je zou kunnen denken dat blijkbaar meer complexe organismen, zoals de mens , meer DNA zouden moeten bezitten dan eenvoudiger organismen zoals eencellige amoeben, maar dat blijkt niet waar te zijn.
Salamanders hebben 10 X meer DNA dan wij; LONGVISSEN ongeveer 30 X meer.
____Misschien weten we niet echt weten hoe “complexiteit” te definiëren of te meten: misschien zijn we gewoon te antropocentrisch wanneer we denken dat we zelf een voorbeeld van ” grote (indien al niet de beste )
complexiteit ” zijn . Wie zegt dat amoeben minder complex zijn dan de mens? Ooit gekeken naar een amoebe? ____

De belangrijkste constatering is niet alleen dat heel verschillende wezens zeer verschillende genoom -maten bezitten maar vooral dat zelfs “hierarchisch geneste “soorten zeer verschillend genoom -maten kunnen hebben.

Dit feit, verrassend destijds, smeekte om een goede uitleg.
Als er twee soorten onderling vergelijkbaar zijn , maar waarbij hun genoom tot 10x kan verschillen in grootte, wat is al dat extra DNA dan voor nodig ?

Deze observatie over genoom maten (genaamd de ‘C-waarde’ paradox, om technische redenen) ondersteunde het idee dat een genoom misschien snel kon uitbreiden (en/of krimpen) (op een evolutionaire tijdschaal)
als gevolg van een aantal neutrale (niet-adaptieve) processen – Ofwel :
dat misschien vele organismen DNA zonder directe functionele effecten op het organisme zelf , moesten dulden ….. DNA dat evolutionair werd gecreëerd , in stand gehouden(en replicerend doorgegeven ) ;
in het bijzonder door ingebouwd geraakte neutrale mutaties en/ of zelfs parasitaire mechanismen in het(gastheer) genoom

Iemand noemde dat allemaal “junk” DNA, en dat was waarschijnlijk een ongelukkige term, want dat heeft veel mensen van bij het begin woest gemaakt ; het is immers nogal beledigend om iemand te vertellen dat zijn
prachtige huis vol staat vol met troep.

Een belangrijke ontdekking die een bevredigende verklaring van de C-waarde paradox leverde , was de ontdekking dat genomen, vooral die van dieren en planten , grote aantallen transposons (mobiele) elementen
bevatten .

Die Mobiele genetische elementen repliceren zich op de (meestal lichte) kosten van hun gastheer -genoom-replicatie mechanismen .

Zo bezit ongeveer 10% van het menselijke genoom ongeveer
een miljoen kopieën van het kleine beweegbare element genaamd Alu.

Een ander groot deel van het genoom bestaat uit een mobiele element L1.
Transposons zijn gelieerd aan virus-achtige taktieken , en we denken dat ze voor het grootste deel parasitair van aard zijn . Ze infecteren een genoom, repliceren zich , verspreiden en vermenigvuldigen zich ,
en uiteindelijk zullen ze sterven, muteren, en vervallen een/of , hun DNA-sequenties verliezen .

Soms zal een zich replicerend en hoppend Alu element aankomen op een andere plaats(locatie) in  het gastheer  genoom
waarbij het iets in dat genoom  om zeep helpt . Maar meestal zal een nieuwe Alu sprong gewoon ergens in de junk belanden zonder merkbaar effekt ( omdat het geen   echte of noodakelijke  functie binnen het gastheer genoom , vervult )

Het leek erop dat als we kijken naar al de verschillende genoom -maten, bijna alles van die” raadselachtige” grootte variaties kan worden wordt verklaard door het genoom te beschouwen als volgestouw met verschillende aantallen van krachtige en verschillende transposons.

Sommige wezens, zoals kogelvis, hebben slechts lage transposon – belastingen
Sommige wezens, zoals salamanders, longvis, amoeben, maïs, en lelies, zijn beladen met enorme aantallen transposons.

Het menselijk genoom bestaat ongeveer voor 50% uit transposon-afgeleide sequenties _____ net op de 50% grens waarbij iemand kan gaan beweren : “het menselijk genoom is meestal junk”
en iemand anders evengoed kan zeggen “het menselijk genoom is meestal geen junk “.

In 1980, verschenen twee belangrijke papers – door Orgel en Crick , en door Sapienza en Doolittle – mooi en uitgebreid en met het argument dat het genoom “egoïstisch”( selfisch ) of “junk” DNA, bevat ….. grotendeels transposon-afgeleide sequenties en in soms vrij grote hoeveelheden

Ze waren wel zo voorzichtig te verklaren  dat , bijvoorbeeld, het verrassend zou zijn als de evolutie niet af en toe sommige nuttige functies uit deze deze grote hoeveelheid extra DNA-sequentie zou kunnen ineen prutsen
Sterker nog, we vinden nu vele interessante voorbeelden van transposon-afgeleide spullen die worden/werden gecoöpteerd voor organismale functies (maar dit zijn de uitzondering, niet de regel).

Zonder te proberen om hatelijke of pedant academisch te zijn , houd ik er rekening mee dat  ze beide papers en  hun auteurs onvermeld laten noch citeren  /
Dat  betekent, (ongeacht wat we lezen in de kranten) dat ENCODE eigenlijk niet probeerde hun (goed ondersteunde ) gegevens (over het junk DNA ) te interpreteren

Transposon afgeleide sequenties zijn het schoolvoorbeeld van “junk DNA” omdat we positief kunnen identificeren wat transposon-afgeleide sequenties zijn en wat niet , dmv een geautomatiseerde analyse en reconstructie van de evolutionaire geschiedenis van transposon- invasies van de  genomen.
Er is kans op ander niet-functioneel DNA “junk” in het DNA die we op dit moment niet kunnen herkennen , maar het belangrijkste punt is dat de dode restanten van vele transposons iets voorstellen wat we met een hoge mate van waarschijnlijkheid (nog steeds ) kunnen indentificeren –

Niet-coderende DNA is deels junk, deels regulatorisch , deels onbekend

Het is cruciaal om te beseffen  dat “niet-coderende” DNA  GEEN  synoniem is   voor “junk” DNA.  Het  huidige model  van het menselijke genoom, dat ENCODE nu systematisch en volledig bevestigd en  heeft  uitgebreid, is dat het ongeveer 1% eiwit-codering(, in misschien ongeveer 20.000 “genen”) gemiddeld ongeveer 1500 basen omvat  (waarbij het begrip ” gen ” amorf, maar nuttig is , we kennen er eentje   als we eentje  zien ).

Genen worden aan-en uitgezet door regulerende DNA-gebieden, zoals promoters en versterkers(enhancers )  – zoals  reeds al vijftig jaar werd uitgewerkt r, te beginnen met hoe bacteriële virussen(bacteriofagen )  werken .

Bij dieren en  mensen, zitten er ( denkt de auteur )  misschien 10-20 regulerende gebieden per gen, elk misschien 100-300 basen lang, dus, heel ruw, misschien in de orde van ongeveer 1000-6000 grondslagen van coderende informatie tenbehoeve van regulatorische  sdequenties per  1500 codering bases in een gen.

I’m only giving hand-wavy back of the envelope notions here because it’s actually quite difficult to pin these numbers down exactly; our current knowledge of regulatory DNA sequences in detail is distressingly incomplete. Ik ben alleen het geven van de hand golvende achterkant van de envelop begrippen hier, want het is eigenlijk heel moeilijk om deze cijfers vastpinnen precies; onze huidige kennis van regulerende DNA-sequenties in detail is bedroevend onvolledig. That’s something that ENCODE’s trying to help figure out, in systematic fashion, and where a lot of ENCODE’s substantive value is. Dat is iets dat ENCODE probeert figuur te helpen, in een systematische manier, en waar veel ENCODE de inhoudelijke waarde. The point is, we already knew there was likely at least as much regulatory DNA as coding DNA, and probably more; we just don’t have a very satisfying handle on it all yet, and we thought we needed an ENCODE project to survey things more comprehensively. Het punt is, we al wisten dat er waarschijnlijk minstens zoveel regulerende DNA als coderend DNA, en waarschijnlijk meer, we gewoon niet hebben een zeer bevredigend handvat op het nog allemaal, en we dachten dat we nodig hadden een CODEREN project te overzien dingen uitgebreider.

So when you read a Mike Eisen saying “those damn ENCODE people, we already knew noncoding DNA was functional” , and a Larry Moran saying “those damn ENCODE people, there is too a lot of junk DNA” , they aren’t contradicting each other. Dus als je leest een Mike Eisen zeggen “die verdomde ENCODE mensen, wisten we al niet-coderende DNA was functioneel” , en een Larry Moran zegt “die verdomde ENCODE mensen, er is te veel junk-DNA ‘ , zijn ze niet tegenspreken elke andere. They’re talking about different (sometimes overlapping) fractions of human DNA. Ze hebben het over verschillende (soms overlappende) fracties van menselijk DNA. About 1% of it is coding. Ongeveer 1% van het coderen. Something like 1-4% is currently expected to be regulatory noncoding DNA given what we know (and our knowledge about regulatory sites is especially incomplete). Iets als 1-4% wordt momenteel verwacht dat de regelgeving niet-coderende DNA gegeven wat we weten (en onze kennis over de regelgeving sites is vooral incompleet) zijn. About 40-50% of it is derived from transposable elements, and thus affirmatively already annotated as “junk” in the colloquial sense that transposons have their own purpose (and their own own biochemical functions and replicative mechanisms), like the spam in your email. Ongeveer 40-50% van het is afgeleid van transposons, en dus bevestigend reeds geannoteerd als “junk” in de omgangstaal zin dat transposons hebben hun eigen doel (en hun eigen biochemische functies en replicatiemechanismen), net als de spam in uw e-mail . And there’s some overlap: some mobile-element DNA has been co-opted as coding or regulatory DNA, for example. En er is enige overlap: sommige mobiele-element DNA werd gecoöpteerd als codering of regulatoire DNA, bijvoorbeeld.

Now that still leaves a lot of the genome. Nu dat laat nog veel van het genoom. What’s all that doing? Wat is dat allemaal doen? Transposon-derived sequence decays rapidly, by mutation, so it’s certain that there’s some fraction of transposon-derived sequence we just aren’t recognizing with current computational methods, so the 40-50% number must be an underestimate. Transposon-afgeleide sequentie snel vervalt, door mutatie, dus het is zeker dat er een aantal fractie van transposon-afgeleide volgorde nog niet herkennen met de huidige computationele methoden, zodat het 40-50% nummer moet een onderschatting zijn. So most reasonable people (ok, I) would say at this point that the human genome is mostly junk (“mostly” as in, somewhere north of 50%). Dus de meeste redelijke mensen (ok, ik) zou op dit punt zeggen dat het menselijk genoom is meestal junk (“meestal” als in, ergens ten noorden van 50%).

At the same time, we still have only a tenuous grasp on the details of gene regulation, even though we think we understand the broad strokes now. Op hetzelfde moment, we hebben nog slechts weinig greep op de details van de genregulatie, hoewel we denken dat we nu begrijpen de grote lijnen. Nobody should bet against finding more and more regulatory noncoding DNA, either. Niemand zou inzetten tegen het vinden van meer en meer regelgeving niet-coderend DNA, ofwel. The human genome surely contains a lot of unannotated functional DNA. Het menselijk genoom bevat zeker veel unannotated functionele DNA. The purpose of the ENCODE project was to help us sort this out. Het doel van het ENCODE project was om ons te helpen dit uitzoeken. Its data sets, and others like them, will be fundamental in giving us a comprehensive view of the functional elements of the human genome. Zijn datasets, en anderen zoals zij, zal fundamenteel zijn in het geven van ons een uitgebreid overzicht van de functionele elementen van het menselijk genoom.

ENCODE’s definition of “functional” includes junk ENCODE’s definitie van “functionele” omvat junk

ENCODE has assigned a “biochemical function” to 80% of the genome. CODEREN heeft een “biochemische functie” tot 80% van het genoom toegewezen. The newspapers add, “therefore it’s not junk”, but that’s a critically incorrect logical leap. De kranten voegen, “daarom is het niet junk”, maar dat is een kritisch onjuiste logische sprong. It presumes that junk DNA doesn’t have a “biochemical function” in the sense that ENCODE chose to operationally define “function”. Zij veronderstelt dat junk-DNA niet een “biochemische functie” in de zin dat ENCODE ervoor gekozen om operationeel “functie” te definiëren. So in what sense did ENCODE define the slippery concept of biological function, to allow them to assign a human genome fraction (to two significant digits, ahem)? Dus in welke zin heeft ENCODE bepalen de glibberige begrip van biologische functie, om hen in staat stellen om een ​​menselijk genoom fractie (tot twee significante cijfers, ahem) toe te wijzen?

ENCODE calls a piece of DNA “functional” if it reproducibly binds to a DNA-binding protein, is reproducibly marked by a specific chromatin modification, or if it is transcribed. CODEREN noemt een stuk DNA “functionele” als het reproduceerbaar bindt aan een DNA-bindend eiwit, reproduceerbaar wordt gekenmerkt door een specifieke chromatine modificatie, of als het wordt getranscribeerd. OK. OK. That’s a fine, measurable operational definition. Dat is een prima, meetbare operationele definitie. (One might wonder, why not just call “DNA replication” a function too, and define 100% of the genome as biochemically functional, but of course, as Ewan Birney (the ENCODE czar) would tell you, I would never be that petty. No sir.) I am quite impressed by the care that the ENCODE team has taken to define “reproducibility”, and to process their datasets systematically. (Men kan zich afvragen, waarom niet gewoon bellen “DNA-replicatie” een functie ook, en bepalen 100% van het genoom als biochemisch functioneel, maar natuurlijk, als Ewan Birney (de ENCODE tsaar) je zou vertellen, zou ik nooit dat kleine . Nee meneer.) Ik ben behoorlijk onder de indruk van de zorg die de ENCODE team heeft genomen om “reproduceerbaarheid” te definiëren, en om hun datasets systematisch te verwerken.

But as far as questions of “junk DNA” are concerned, ENCODE’s definition isn’t relevant at all. Definitie, maar voor zover de vragen van “junk DNA” betreft, ENCODE is niet relevant bij allen. The “junk DNA” question is about how much DNA has essentially no direct impact on the organism’s phenotype – roughly, what DNA could I remove (if I had the technology) and still get the same organism. De “junk DNA” vraag is over hoeveel DNA heeft in wezen geen direct effect op fenotype van het organisme – ruwweg, wat DNA kon ik verwijderen (als ik de techniek) en nog steeds hetzelfde organisme. Are transposable elements transcribed as RNA? Zijn transposons getranscribeerd als RNA? Do they bind to DNA-binding proteins? Hebben ze binden aan DNA-bindende eiwitten? Is their chromatin marked? Wordt hun chromatine gemarkeerd? Yes, yes, and yes, of course they are – because at least at one point in their history, transposons are “alive” for themselves (they have genes, they replicate), and even when they die, they’ve still landed in and around genes that are transcribed and regulated, and the transcription system runs right through them. Ja, ja, en ja, natuurlijk zijn ze – omdat minstens op een punt in hun geschiedenis, transposons zijn “leven” voor zichzelf (ze hebben genen, ze repliceren), en zelfs wanneer ze sterven, hebben ze nog steeds in landden en om genen die worden getranscribeerd en gereguleerd, en de transcriptie-systeem loopt dwars door hen heen.

Thought experiment: if you made a piece of junk for yourself — a completely random DNA sequence! Gedachte-experiment: als je een stuk schroot voor jezelf gemaakt – een volstrekt willekeurige DNA-sequentie! — and dropped it into the middle of a human gene, what would happen to it? – En liet het in het midden van een menselijk gen, wat zou er gebeuren om het te? It would be transcribed, because the transcription apparatus for that gene would rip right through your junk DNA. Het zou worden getranscribeerd, omdat de transcriptie apparaat voor dat gen recht zou rippen via uw junk-DNA. ENCODE would call the RNA transcript of your random DNA junk “functional”, by their technical definition. ENCODE zou het RNA-transcript van uw willekeurige DNA junk “functioneel”, door hun technische definitie noemen. And if even it weren’t transcribed, that would be because it acted as a different kind of functional element (your random DNA could accidentally create a transcriptional terminator). En als zelfs dat niet getranscribeerd, dat zou zijn omdat het fungeerde als een ander soort functioneel element (een willekeurige DNA kan per ongeluk maak een transcriptiebeëindiger).

The random genome project De willekeurige genoomproject

So a-ha, there’s the real question. Dus a-ha, er is de echte vraag. The experiment that I’d like to see is the Random Genome Project. Het experiment dat ik graag zou willen zien is de Random Genome Project. Synthesize a hundred million base chromosome of entirely random DNA, and do an ENCODE project on that DNA. Synthetiseren honderd miljoen base-chromosoom van geheel willekeurige DNA, en geen CODEREN project op dat DNA. Place your bets: will it be transcribed? Plaats uw inzet: het zal worden overgeschreven? bound by DNA-binding proteins? gebonden door DNA-bindende eiwitten? chromatin marked? chromatine gemerkt?

Of course it will. Natuurlijk zal het.

The Random Genome Project is the null hypothesis, an essential piece of understanding that would be lovely to have before we all fight about the interpretation of ENCODE data on genomes. De Random Genome Project is de nul-hypothese, een essentieel stuk van begrip dat mooie voordat we aan alle strijd over de interpretatie van de gegevens te coderen op genomen zou zijn. For random DNA (not transposon-derived DNA, not coding, not regulatory), what’s our null expectation for all these “functional” ENCODE features, by chance alone, in random DNA? Voor willekeurige DNA (niet transposon-afgeleide DNA, geen codering, geen regelgeving), wat is onze null verwachting voor al deze “functionele” ENCODE functies, alleen door toeval, in willekeurige DNA?

(Hat tip to The Finch and Pea blog, a great blog that I hadn’t seen before the last few days, where you’ll find essentially the same idea.) (Hoed topje naar De Vink en Pea blog, een geweldige blog die ik niet eerder had gezien de laatste paar dagen, waar je in wezen hetzelfde idee vindt.)

Evolution works on junk Evolutie werkt op junk

Even if you did the Random Genome Project and found that a goodly fraction of a totally random DNA sequence was “functional”, transcribed and bound and chromatin-marked, would this somehow diminish your view of the human genome? Zelfs als je dat deed de Random Genome Project en vond dat een flink deel van een totaal willekeurig DNA-sequentie was “functioneel”, getranscribeerd en gebonden en chromatine-gemarkeerde, zou dit een of andere manier verminderen uw weergave van het menselijk genoom?

Personally, I don’t think we can understand genomes unless we try to recognize all the different noisy, neutral evolutionary processes at work in them . Persoonlijk denk ik niet dat we kunnen begrijpen genomen tenzij we proberen om alle verschillende erkennen luidruchtig, neutraal evolutionaire processen aan het werk in hen . Without “noise” — without a background of specific but nonfunctional transcription, binding, and marking — evolution would have less traction, less de novo material to grab hold of and refine and select, to make it more and more useful. Zonder “ruis” – zonder een achtergrond van specifieke, maar niet-functionele transcriptie, binding, en markering – evolutie zou minder grip hebben, minder de novo materiaal te houden van en te verfijnen grijpen en te selecteren, om het meer en meer bruikbaar te maken. Genomes are made of repurposed sequence, borrowed from whatever happened to be there, including the “junk DNA” of invading transposons. Genomen zijn gemaakt van hergebruikt volgorde, geleend van wat er gebeurd om er te zijn, met inbegrip van de “junk DNA” van binnenvallende transposons.

As Sydney Brenner once said, there’s a difference between junk and garbage; garbage is stuff you throw out, junk is stuff you keep because it just might be useful someday. Zoals Sydney Brenner zei ooit, er is een verschil tussen rommel en vuilnis, vuilnis is dingen die je eruit gooien, junk is dingen die je te houden, want het zou wel eens nuttig zijn.

Conflict of interest/full disclosure: I was a member of the national advisory council to the NIH National Human Genome Research Institute at the time ENCODE was conceived and planned – so I’m not quite as innocent and disinterested in policy questions of NIH NHGRI big science projects and media engagement strategy as this post may have made it sound. Belangenconflict / full disclosure: ik was een lid van de nationale adviesraad voor de NIH National Human Genome Research Institute op het moment ENCODE is bedacht en gepland – dus ik ben niet zo onschuldig en belangeloze in beleidsvragen van NIH NHGRI grote wetenschappelijke projecten en media engagementstrategie als deze post kan het geluid gemaakt hebben.

http://sandwalk.blogspot.be/search/label/Genes

Mijn foto

18 september 2012

ENCODE project is een mijlpaal, maar 80% functioneel dna roept vragen op

Nota  : 

  • ……when further questioned as to how much of this ‘functional’ DNA was actually important or necessary to cell processes one of the leads of the Genome project , downgraded the estimate to around 40% (which is probably finger-in-the-air but gives an idea).

Op 20 september 1952 werd door Alfred Hershey en Martha Chase aangetoond dat DNA en niet eiwit de drager van de erfelijke informatie is: dat is exact 60 jaar geleden! Nog maar 60 jaar!

2012

Het ENCODE project (Encyclopedia of DNA Elements) is een mijlpaal in het genetisch onderzoek van de mens. Genetica begon met Mendel en met name met de herontdekking van Mendel in 1900. Ongeveer 50 jaar later werd de chemische structuurformule van DNA ‘ontdekt’ (of beredeneerd? of voorspeld?) door James Watson en Francis Crick (1953), en nog eens 50 jaar later (2001) werd de complete basevolgorde van het menselijke dna vastgesteld (Human Genome Project). In 2012, dat is maar 11 jaar later werd vastgesteld welke delen van het menselijk dna ‘actief’ zijn (ENCODE). ‘Actief’ is iets anders dan het aantal genen dat de mens heeft.

Hoeveel genen heeft de mens?

2001

In 1999 dus 2 jaar voor de afronding van het HGP, schatte de bekende evolutie-bioloog John Maynard Smith het aantal genen van de mens op 60.000 tot 80.000 [1]. Als het om eiwit-coderende genen gaat is dit in onze ogen belachelijk hoog, maar het was toen de gangbare opvatting [2]. ‘Genen’ waren toen vrijwel synoniem met ‘eiwit coderend dna’. Er waren zelfs nog hogere schattingen. Eén jaar vóór de afronding van het Human Genome Project werd het aantal genen teruggebracht van 120.000 naar 81.000. Midden jaren 80 stond in verscheidene handboeken het berekend aantal van 100.000 genen [3]. In het boek dat Nature ter gelegenheid van de afronding van het Human Genome Project in 2001 publiceerde wordt er gesproken over 30.000 – 40.000 genen [3]. Enigzins teleurgesteld werd er bij gezegd: only about twice as many as in worm or fly! Let op de grote spreiding! Het waren schattingen (predictions). Dit is toch best opvallend als je bedenkt dat de dna sequence bekend was. Uit die tijd dateert ook het beroemde percentage van 1,5% van het menselijke dna dat codeert voor eiwitten.

‘Niet-coderend’ dna
In 2001 was er niet veel aandacht voor niet-coderende genen, d.w.z. genen die alleen RNA produceren en geen eiwit. De schatting was dat er ‘duizenden’ niet-coderende RNAs zouden bestaan, maar met zekerheid slechts enkele honderden [3:p.105).

ENCODE: hoeveel genen heeft de mens?
Volgens ENCODE [4]:

20.687 protein-coderende genen
18.441 RNA-genen
_____________________
39.128 genen totaal    (*1)

Grappig dat we met dit aantal weer terug zijn op het peil van 2001! En dan heb ik nog niet meegerekend dat eiwit-coderende genen gemiddeld ongeveer 4 verschillende eiwitten produceren (tgv alternative splicing) waardoor er plm. 80.000 eiwitten worden geproduceerd, waardoor we terug zijn bij de schattingen van eind jaren 90. Zou je kunnen zeggen. Wat zeker opvalt is dat het aantal RNA-genen enorm omhooggeschoten is ten opzichte van 10 jaar geleden. Bijna net zoveel als ‘gewone’ genen. En dan heb ik nog niet genoemd 11.224 pseudogenen: ‘dode’ genen waarvan een deel soms in sommige celtypen in sommige individuen afgelezen wordt. Die tel ik even niet mee.

Hoeveel dna is functioneel?
De controversiële claim van ENCODE is dat 80% van het menselijk dna ‘biochemisch functioneel’ is. Maar hun definitie van ‘functioneel’ is heel ruim:

“Operationally, we define a functional element as a discrete genome segment that encodes a defined product (for example, protein or non-coding RNA) or displays a reproducible biochemical signature (for example, protein binding, or a specific chromatin structure).” [4]                  (2)

Vrij vertaald: 80% van het menselijk dna ‘doet iets’. Dit is een veel ruimere defintie dan gebruikelijk in de (evolutie)biologie. In de evolutie betekent ‘functioneel’ dat iets survival value heeft (fitness). Maar de taak die ENCODE zichzelf gesteld heeft is alle activiteit van alle dna vast te stellen in dat is inclusief modificaties van histonen die aan dna vastzitten. En ook als het dna maar in één celtype actief is. Zo heeft ENCODE de activiteit in 147 verschillende celtypes getest. Dat is nieuw. Het gaat om de totaliteit. Wil je een compleet overzicht dan moet je alles meenemen. Zo is die 80% ontstaan.

Nog maar een paar jaar geleden stond in een standaardwerk [5] dat van een typisch genome één derde (33%) wordt afgelezen (dat heet: transcriptome omdat het op transcriptie gebaseerd is, dat is de productie van RNA). Volgens ENCODE is dat nu 62%. De rest is betrokken bij histonen, en andere eiwitten die aan dna binden. Van die 62% is de meerderheid intronen, want die worden ook afgelezen, maar daarna er uit geknipt (splicing).

Maximum aantal genen?
Zou het menselijk genoom echt 100.000 ‘genen’ kunnen hebben? [10] Of een miljoen??? Volgens Manfred Eigen [6] kan een organisme niet onbeperkt veel genen hebben omdat die informatie iedere generatie betrouwbaar gecopieerd moet worden en mutaties zullen zich op den duur ophopen zodat de originele informatie verloren zal gegaan. Anders gezegd: het aantal informatie dragende bases heeft een maximum. Dat wordt bepaald door de mutatiefrequentie. De maximale mutatiefrequentie is het omgekeerde (reciprocal) van het aantal informatie dragende bases. Dus heb je een mutatiefrequentie van 1 op de miljoen dan zal het maximum aantal informatieve bases 1 miljoen zijn.

We moeten dus genen omrekenen in bases. Schattingen in de literatuur voor het totaal aantal relevante bases (exons) van de mens is 30 miljoen bases (30 Mb) verdeeld over 180.000 exons [7]. Als je het aantal RNA genen erbij optelt zou je grofweg op 60 miljoen bases komen (schatting!). Verder hebben we nog dna dat betrokken is in gen regulatie. Volgens ENCODE [8] zou dat tenminste zo veel bases in beslag nemen als eiwit-coderende genen, dus tenminste nog eens 30 miljoen. Totaal: tenminste 90 miljoen bases. Uit de literatuur [9] blijkt dat de mutatiefrequentie in de orde van 1 op de 100 miljoen is. De menselijke soort zou dus net zoveel significant dna hebben dat hij kan onderhouden. Te mooi om waar te zijn? Gezien het feit dat het berekeningen op de achterkant van een bierviltje gemaakt zijn, lijkt dat inderdaad te mooi om waar te zijn!

Postscript  
(19 – 23 sept):

Als we die 80% functioneel dna omrekenen naar bases: 80% van 3,2 miljard bases =  2,56 miljard bases, dan is niet in te zien hoe die bases onderhouden kunnen worden als er een mutatiefrequentie is van 1 : 100 miljoen (1 : 10-8) per generatie! Het menselijke genome zou maximaal 100 miljoen bases functioneel dna kunnen bevatten. Dat is 3,1% van het totale dna. ENCODE komt neer op ruim 25x hoger! Daar kom ik zeker nog een keer op terug!

Populatiegeneticus en evolutiebioloog Joe Felsenstein heeft bevestigd dat de error threshold een onafhankelijk argument tegen 80% functioneel dna in het menselijk genome is (hier).

Een onafhankelijke (ruwe) berekening gebaseerd op “very roughly, maybe on the order of about 1000-6000 bases of noncoding regulatory information per 1500 coding bases in a gene” (Sean Eddy):

aantal bases in genen:        20.687 x 1500 = 31.030.500 bases
aantal bases in regulators: 20.687 x 3500 = 72.404.500 bases
totaal:                                                           103.435.000 bases
in het menselijk genome die er toe doen.

Dus 103 miljoen komt heel aardig overeen met mijn berekening gebaseerd op het idee van Manfred Eigen [6] (nl 100 miljoen)!

Postscript 3 Okt 2012
“Mammalian conservation suggests that ~5% of the human genome is conserved due to noncoding and regulatory roles ” [11]. Dit is dus méér dan alleen eiwit-coderende genen (“Short noncoding RNAs are as strongly constrained as protein-coding regions”) en méér dan de schatting 3,1% hierboven.
Een onafhankelijk manier om het percentage functioneel dna te bepalen is misschien het perc. dna dat in zoogdieren geconserveerd (constrainted, conserved) is?

Noten

  1. John Maynard Smith (1999) The Origins of Life  (p.16).
  2. Mark Ridley (2000) Mendel’s Demon meldt 60.000 genen, tabel op p. 82.
  3. Carina Dennis, Richard Gallagher (2001) The Human Genome. Palgrave. p. 19; p.67; p.72; p.110; p.112.
  4. The ENCODE Project Consortium: ‘An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome‘, Nature 57-74 6 sep 2012 (Open Access). “we annotated 8,801 small RNAs and 9,640 long non-coding RNA (lncRNA) loci” dus totaal 18.441 RNA genen.
  5. James Watson et al (2008) Molecular Biology of the Gene (sixth ed.), p.705.
  6. Manfred Eigen (1996) Steps Towards Life, p.20:  “the longer a sequence is, the more accurate its reproduction must be, otherwise errors accumulate in successive generations and the original information is lost”.
  7. Targeted Capture and Massively Parallel Sequencing of Twelve Human Exomes.
  8. “raising the possibility that more information in the human genome may be important for gene regulation than for biochemical function.” zie: [4].
  9. Joris A. Veltman & Han G. Brunner (2012) De novo mutations in human genetic disease Nature Reviews Genetics 13, 565-575 (August 2012).
  10. In: Peter Sudbery (1998) Human Molecular Genetics, p. 36 wordt genoemd dat het theoretisch maximum bij de mens 100.000 genen zou zijn gebasserd op o.a. het aantal gemuteerde genen dat tolerabel zou zijn (maar is schatting!).
  11. Lucas D. Ward (2012) Evidence of Abundant Purifying Selection in Humans for Recently Acquired Regulatory Functions, Science 28 September 2012

uit de reacties 

(*1)

Wat ik niet gemeld had was dat het totaal aantal bases in het menselijk genoom 3,2 miljard bases is. Daarom neem ik aan dat die 80% van 3,2 miljard is, dus 2,56 miljard. Dit is vele malen meer dan de 90 miljoen bases waar ik op uit kom.

Als die 2,56 miljard van belang zijn voor de fitness van het individu dan zou een dergelijke hoeveelheid informatie moeilijk of niet intact gehouden kunnen worden in de loop van de menselijke evolutie gezien de mutatiefrequentie. Het probleem dat ik beschreef in mijn blog wordt dus vele malen groter. In feite is 2,56 miljard significante bases niet intact te houden. Dat is het probleem.

(2)De controversiële claim van ENCODE is dat 80% van het menselijk dna ‘biochemisch functioneel’ is.

Het is  heel duidelijk hoe ze via een optelsom van de verschillende celtypen aan de 80% komen. Ewan Birney suggereerde dat als men meer celtypen zou meenemen in het onderzoek, men zelfs tot 100% ‘functioneel’ DNA zou kunnen komen.

Je hebt het over niet-coderende genen en omdat de terminologie in ENCODE toch al zo lastig is, is het misschien beter alles vanaf het begin van de discussie duidelijk te maken. Ik dacht dat per definitie genen eiwit-coderend waren.

RNA dat niet afgelezen wordt is geen gen. Dat wordt niet zo genoemd, ook in het artikel van ENCODE niet. Ze hebben het over RNA-elementen. Neemt niet weg, zoals ENCODE ook laat zien, dat dit niet een functie kan hebben.

°……Het begrip ‘RNA genes’ is geen interne contradictie. Je vindt het begrip bv hier: Non-coding RNA genes and the modern RNA world
Als genen stukken dna zijn met een begin en eind, die gereguleerd worden, net als coderende genen op bepaalde tijdstippen in bepaalde celtypen worden afgelezen, evt introns kunnen bezitten, wat is er fout aan het begrip rna genen?

De berekening op het bierviltje zou best eens kunnen kloppen.

Het is interessant dat ENCODE 2007 het heeft over’ biologically active’ en ENCODE 2012 over ‘biochemically active’ (jouw Zouden ze dat ‘verbeterd’ hebben ?

°  Nog even een linkje naar dit blog van ‘the finch and pea’ van Mike White. Een mooie nabeschouwing over het junk DNA en een     kritiek op het ijverig uitrekenen van de percentages. Vooral de laatste alinea is prachtig.
http://thefinchandpea.com/2012/09/20/the-non-functional-concept-of-genome-function/#more-6686

°  Echter ,  hun definitie van ‘functioneel’ is heel ruim:
“Operationally, we define a functional element as a discrete genome segment that encodes a defined product (for example, protein or non-coding RNA) or displays a reproducible biochemical signature (for example, protein binding, or a specific chromatin structure).” [4]

Gerdien de Jong

Vrij vertaald: 80% van het menselijk dna ‘doet iets’.

Dat is een heel vrije vertaling, maar het geeft wel aan waar het probleem met ‘functional’ hier ligt. ‘A reproducible biochemical structure‘ kun je niet zonder meer vertalen in ‘iets doen’.

http://selab.janelia.org/people/eddys/blog/?p=683
“Thought experiment: if you made a piece of junk for yourself — a completely random DNA sequence! — and dropped it into the middle of a human gene, what would happen to it? It would be transcribed, because the transcription apparatus for that gene would rip right through your junk DNA. ENCODE would call the RNA transcript of your random DNA junk “functional”, by their technical definition.”

° Om te concluderen dat DNA ‘iets doet’ moet je laten zien wat het doet: dat is niet gebeurd. 

° Inderdaad de definitie van functioneel is het probleem. Testen wat het fenotypisch effect is van duizenden rna transcripts en duizenden dna-eiwit complexen is werk voor duizenden biologen van deze en de komende generaties.

Nog interessanter dan een stukje random dna in een gen laten integreren is het ‘The random genome project: Synthesize a hundred million base chromosome of entirely random DNA, and do an ENCODE project on that DNA’. Dat is niet zomaar interessant, het is het verplichte CONTROLE experiment!

Zonder dat kun je de data van ENCODE niet interpreteren. Maw je moet weten wat een groot stuk random dna voor activiteiten vertoond met de ENCODE testen. Ik heb geleerd dat controles de essentie zijn van een wetenschappelijk experiment. Zo’n controle heeft ENCODE niet gedaan. Wel reproduceerbaarheid, maar dat is niet genoeg. 

°Maar wat nu als die biochemische modificaties van dna en histonen die ENCODE gevonden heeft, geen enkel effect hebben op het fenotype van de drager? op zijn gezondheid? op de evolutionaire fitness (aantal nakomelingen)? dwz evolutionair neutraal zijn?

°Waarom mag iets niet evolutionair neutraal zijn?. Als iets “displays a reproducible biochemical signature (for example, protein binding, or a specific chromatin structure)”, is het dan niet gewoon ook belangrijk, onafhankelijk of het iets doet met het fenotype etc?

°…..Het gaat er niet om of het belangrijk is, maar dat de auteurs duidelijk moeten zijn: iets ‘functioneel’ noemen terwijl je in de verste verte de functie niet kent, is misleidend of tenminste uitermate verwarrend.

°ENCODE doet goed onderzoek maar hun taalgebruik is ontzettend verwarrend. gedeetelijk komt dit ook omdat het genoom op biochemisch niveau zelf zeer verwarrend is. Maar je hoeft het daarom nog niet verwarrend te omschrijven!!!

In de evolutiebiologie zijn we al gewend aan split genes: introns middenin genen die wel afgelezen worden maar daarna uitgeplitst en afgebroken. en we zijn gewend aan neutrale variatie in base verschillen (Kimura).

Maar er worden kennelijk ook vele stukken dna afgelezen (=transcriptie) ver buiten plekken waar een gen ligt. Daarvan zegt ENCODE dus dat ze evolutionair neutraal zijn: ze hebben geen aantoonnare functie (geen eiwit of regulator functie):
“no specific benefit to the organism” = dragen niet bij aan de evolutionaire fitness. Daarom is het zeer verwarrend om dat desondanks ‘biologically active‘ te noemen.
ENCODE suggereert dat die stukken dna ‘probeersels’ zijn van evolutie: doet het iets waar het organisme achteraf baat bij heeft (fitness verhogend) en dan gaat selectie dat bevorderen. Zoiets is aangetoond voor bijv. transposons die heel soms per ongeluk een gunstig effect hadden op het organisme.
Maar we blijven voorlopig met een genoom zitten dat een heleboel activiteiten vertoond waarvan we geen flauw idee hebben waar het goed voor is.

 

 

 

 

DNA needs to interact with proteins and RNA to direct the activity of a cell. ENCODE is attempting to catalog these interactions.

http://arstechnica.com/staff/2012/09/most-of-what-you-read-was-wrong-how-press-releases-rewrote-scientific-history/
http://arstechnica.com/science/2013/05/carnivorous-plant-has-deleted-most-of-its-junk-dna/

 

°

 

 

Over tsjok45
Gepensioneerd . Improviserend jazzmuzikant . Instant composer. Jamsession fanaat Gentenaar in hart en nieren

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

%d bloggers op de volgende wijze: