Flagellum en IC(irreducible complexity = onherleidbaarheid )


  

ANTI-CREATO ;
1- Flagellum   / Het wankelende icoon van Intelligent Design

2.- Marnix Medema 
-Behe onder de loep
 -Na Darwin forum

3.-Behe ontkracht  
-Waarom is   de muizenval-analogie van Michael Behe misleidend en wetenschappelijk niet overtuigend?
-Waarom houdt Behes onreduceerbare complexiteit geen steek?

4.-Bloedstollingssysteem  

NaDarwin forum
-Muller 
-Links     

5.- Onherleidbare complexiteit II

.

.

1.- zweepstaartmotor         

  

Nota 

ID- proponenten   laten in hun  artikels meestal  een paar  “tekeningen ”  en  “diagrammen ” zien die lijken op  ingenieurs-ontwerpen .Dat is natuurlijk een welkome  “picturale” voorstelling  . Veel ID- produceren  zelf ((of plagiëren )veel van die kunstwerkjes   )http://all-too-common-dissent.blogspot.com/2008/05/if-it-is-enough-to-convict-haeckel-it.html

( tegenwoordig  dus  ook animaties op you tube     * soms zijn dat eigen producties) f net als bij —>* Dembski  : Dit  ID-boegbeeld pleegt  daarbij  (zonder enige terughoudendheid ) flagrant plagiaat  met de waarneembare  bedoeling  zijn “junk-wetenschap” te promoten     = in feite  gaat het hier om een gesofistikeerde toepassing van  frauduleuze “quote mining”  maar dan van  educatief materiaal   afkomstig van een  algemeen  hoog geschatte  universiteit

.

.

Het wankelende icoon van Intelligent Design

Inmiddels is er zoveel over de zweepstaartmotor bekend, dat voorstanders van de ontwerpgedach-te wel erg veel moeten verzwijgen. Daarom: het hele verhaal over het bacteriële flagel.           

Door Arno van ’t Hoog

http://www.bionieuws.nl/artikel.php?id=2042&zoek=evolutie
bionieuws

De bacteriële zweepstaart wordt wel het nieuwe oog van de Intelligent Design beweging genoemd: het voorbeeld bij uitstek van een complexe structuur waarvan het ontstaan nog grotendeels van speculaties aan elkaar hangt.

Bovendien zou het geheel zo complex zijn dat het onmogelijk door mutatie en selectie zou kunnen zijn ontstaan. Immers, als het uitvallen van een van de onderdelen al leidt tot een lamme zweepstaart, dan moeten alle onderdelen toch ooit tegelijk zijn samengebracht.Dit noemen sommigen ‘irreduceble complexity’,( onherleidbaar complex —>  zie Marnix Medema  link/ onderaan  ) een teken van ontwerp – enter the designer.

Tegenover de vraagtekens over het ontstaan staat tamelijk gedetailleerde kennis over de bouw en prestaties van dit eiwitcomplex. En, eerlijk is eerlijk, wie de specificaties van het flagel ziet, kan niet anders dan onder de indruk raken. 

In het flagel zijn enkele honderden eiwitmoleculen zo geassembleerd dat er een zeer efficiënte elektrische motor ontstaat met een diameter van 45 nanometer.

Per seconde draait de motor vijftig tot honderd maal rond zijn as. De flagel van 10 micrometer die aan de motor vastzit zorgt voor een zwiepende voorstuwing van de bacteriecel.


Aug 7, ’06

Zweepstaart- motor van  de  spirocheet, Treponema primitia.

http://www.pandasthumb.org/archives/2006/08/friday_flagellu.html#more
Portion of Figure 3 from Murphy et al. (2006). Top row: Electron microscope “images” obtained by averaging many individual images. Bottom row: corresponding models of the flagellar structures. The scale is the same throughout, so the relative size differences are real. Bottom Left: model of the Treponema (spirochete) flagellumBottom Right: Model of the “standard”Salmonella flagellum. Corresponding structures, presumably homologous (except perhaps the P-ring) share the same colors. Abbreviations: OM = outer membrane, IM = inner membrane, PG = peptidoglycan (cell wall)

http://www.pandasthumb.org/archives/2006/08/friday_flagellu.html#more

From The Origin of Species to theorigin of bacterial flagella                                                       Mark J. Pallen and Nicholas J. Matzke

 Abstract | //In the recent Dover trial, and elsewhere, the ‘Intelligent Design movement has championed the bacterial flagellum as an irreducibly complex system that, it is claimed, could not have evolved through natural selection. Here we explore the arguments in favour of viewing bacterial flagella as evolved, rather than designed, entities. We dismiss the need for any great conceptual leaps in creating a model of flagellar evolution and speculate as to how an experimental programme focused on this topic might look.

http://home.planet.nl/~gkorthof/pdf/Pallen_Matzke.pdf

Intelligent Design Rebuffed

Ken Miller   PNAS  / BIOLOGICAL SCIENCES / EVOLUTION   /Stepwise formation of the bacterial flagellar system

Renyi Liu* and Howard Ochman*, ,

Departments of *Biochemistry and Molecular Biophysics and Ecology and Evolutionary Biology, University of Arizona, Tucson, AZ 85721

Edited by Francisco J. Ayala, University of California, Irvine, CA, and approved March 8, 2007 (received for review January 11, 2007)

http://www.pnas.org/cgi/content/full/104/17/7116?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=&fulltext=%22stepwise+formation%22&searchid=1&FIRSTINDEX=0&resourcetype=HWCIT

The Flagellum Unspun
The Collapse of “Irreducible Complexity”

Kenneth R. Miller

Brown University
Providence, Rhode Island 02912 USA

http://www.millerandlevine.com/km/evol/design2/article.html

http://www.millerandlevine.com/km/evol/

Protonen die de cel instromen – zo’n duizend per omwenteling – zorgen voor de aandrijving van de flagelmotor. De motor kan zelfs stoppen en van draairichting veranderen. Dat laatste stelt bijvoorbeeld E.coli in staat om afgaande op concentraties van voedingsstoffen in het milieu gunstiger omstandigheden op te zoeken. E.coli heeft vier tot zeven flagellen in zijn membraan, en als die dezelfde kant opzwiepen ontstaat een flagelkluwen die de cel voortstuwt.

Naaldstructuur
Er zijn zeker 50 eiwitten betrokken bij de regulatie, synthese en opbouw van een functioneel flagel. Daarvan zitten er naar schatting zeventien eiwitten in de motor en staart. Veel van die eiwitten zijn in veelvoud aanwezig. Ze vormen bijvoorbeeld ringvormige structuren van 26 of meer identieke eiwitmoleculen (L- en P-, MS-, en C-ring), en de staart die zelfs uit duizenden identieke eiwiteenheden bestaat.

Dit is meestal het punt waar aanhangers van Intelligent Design stoppen met de uitleg over het bacteriële flagel.

In het recent verschenen boek ‘Schitterend ongeluk of sporen van ontwerp’ is de uitleg nog beknopter; de zweepstaartmotor lijkt vooral bedoeld om indruk te maken. 

En dat terwijl er veel interessants te melden valt over recente wetenschappelijk doorbraken en langlopende discussies over het ontstaan van het flagel. 

Het flagel is namelijk verwant met het type 3 secretiesysteem (TDSS) van gramnegatieve bacterieën.

Het T3SS is een in de celwand verankerde naaldstructuur die eiwitten transporteert naar cellen van planten en dieren.

Salmonella bijvoorbeeld gebruikt dat systeem om zogenaamde effectoreiwitten uit te scheiden die ervoor zorgen dat de bacterie kan overleven in dierlijke cellen.

De moleculaire bouw van dat systeem lijkt opmerkelijk veel op de basis van de flagelmotor, toont elektronenmicroscopisch onderzoek van vorig jaar (Science 306: 1040).

De gelijkenis gaat nog verder: het flagel is zelf een secretiesysteem. De staart is namelijk opgebouwd uit duizenden flagelline-moleculen.

Dit eiwit wordt via een eiwittransportcomplex in de holte van het flagel gepompt. Dit proces kost energie in de vorm van ATP. 

In het aprilnummer van Nature Biotechnology (23 (4): 475) tonen onderzoekers aan dat het flagel een opmerkelijk efficiënt secretiesysteem is voor allerhande eiwitten.

Ze verwijderden de genen die verantwoordelijk zijn voor de opbouw van de flagelstaart en lieten E.coli zo bijvoorbeeld Green Fluorescent Protein uitscheiden in het kweekmedium. De concentraties en zuiverheid zijn veel hoger dan gebruikelijk bij eiwitproductie door E.coli, stellen de auteurs.

Het flagel is dus niet zo ‘irreducible complex’ als aanhangers van Intelligent Design geregeld voordoen. Verlies van belangrijke onderdelen van het flagel leidt niet tot een totaal verlies van functionaliteit. Maar men moet wel alle functies van het flagel in ogenschouw willen nemem
Voorouder
Het bacterië
le flagel is kortom een motor én een secretor. Die combinatie is voor biologen al langer reden voor discussie over de oorsprong van het flagel. De overeenkomsten in aminozuurvolgorde van de subunits in het hart van de flagelmotor en het T3SS wijzen op evolutionaire verwantschap. 

Sommige onderzoekers concluderen op basis van uitgebreide sequentie-analyse en moleculaire fylogenie dat het flagel en het T3SS een gemeenschappelijke voorouder delen, maar dat ze honderden miljoenen jaren lang onafhankelijk van elkaar zijn geëvolueerd (Gene 312 (2003): 151).

Ook wijzen de onderzoekers op sporen van horizontale genoverdracht – uitwisseling van stukken erfelijk materiaal – tussen bacteriesoorten als een belangrijke factor in de evolutie van het flagel en het T3SS. 

Anderen betwijfelen die hypothese en vinden het plausibeler dat het eenvoudiger T3SS is ontstaan uit het complexere flagel door het verlies van de rotorfunctieMaar ook het idee dat het flagel in rechte lijn uit een T3SS is geëvolueerd staat overeind. Op dit moment zijn er dus drie concurrerende hypotheses, maar, zoals een onderzoeker het stelt:

‘At present, too little information is available to distinguish between these possibilities with certainty.’ (Trends in Microbiology 12 (3) (2004): 113)

Deze ruimte voor uiteenlopende verklaringen heeft met name de Amerikaanse biochemicus Michael Behe geïnspireerd om het flagel op te voeren als het voorbeeld van structuur diesporen vertoont van Intelligent Design. Ook het Nederlandse ID-boek baseert zich op zijn betoog.

Wie echter de structurele en functionele overeenkomsten tussen het flagel en het T3SS naast elkaar zet, kan eenvoudiger, plausibeler verklaringsmodellen opstellenDaarin speelt bijvoorbeeld een op het T3SS lijkend vooroudercomplex een rol, dat door het verkrijgen van nieuwe functies tot een motiliteitssysteem evolueerde. 

Deze maand is nog een ander bouw-steentje aan het beeld van het flagel toegevoegd: het organel speelt een belangrijke rol als externe vochtigheidssensor (EMBO J. 24 (11): 2043). Mogelijkerwijs begon een onbeweeglijk flagel ooit als watersensor, en verkreeg het later een zweepstaartfunctie. Er is dus, naast secretie en rotatie weer een functie voor het flagel bijgekomen. 

Het onderzoek aan het bacteriële flagel heeft al veel meer basis gegeven voor op empirie gefundeerde hypotheses dan de voorstanders van Intelligent Design tot nu toe hebben aangedragen. Het evolutionair onderzoek aan genomen, secretiemechanismen en flagellen maakt het kennisgat en speelveld voor ID geleidelijk kleiner. Wellicht wordt het tijd voor ID-ers om op zoek te gaan naar een biologische structuur waar wat minder over bekend is.

Referenties:

Berg, H.C. (2003) The rotary motor of bacterial flagella. Annu. Rev. Biochem. 72: 19-54. 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=12500982&dopt=Citation


Blocker et al (2003) Type III secretion systems and bacterial flagella: insights into their function from structural similarities. PNAS 100 (6): 3027.

http://www.pnas.org/cgi/reprint/100/6/3027
Tampakaki, A.P. (2004) Conserved features of type III secretion. Cellular Microbiology 6 (9): 805-816

http://gasp.med.harvard.edu/micro200/Goldberg/TTSSreview.pdf

_________________________________________________________________

http://www.talkorigins.org/indexcc/CB/CB200_1.html

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?call=bv.View..ShowSection&rid=stryer.section.4894

Marnix Medema.(MarX)= Behe’s Theorie Onder de Loep

“….. intussen ben ik tot allerlei nieuwe inzichten gekomen, dus sta ik niet meer achter de conclusies van het artikel, hoewel mijn gedachten over functionaliteit in de biochemie wel een belangrijke rol zijn blijven spelen.”
Behe onder de loep <–(alhoewel verouderd en herroepen is het artikel toch  nog altijd volgestouwd met goede achtergrond -info )

“Ik denk nu dat de evolutie van het bloedstollingssysteem wél te verklaren is, maar dan vanuit de functionele hierarchie van het leven (een soort hierarchisch reductionisme, waarin elke ‘onherleidbaarheid’?verklaard kan worden uit functionele veranderingen in een lager niveau). Hier ben ik zeker van plan uitgebreid iets over te schrijven, maar ik weet nog niet of ik dat gelijk op internet wil publiceren. ”

Geplukt uit    Nadarwin(forum); onherleidbaar

Tim spaan  15 09 2004
Is het niet zo dat een onherleidbaar systeem in feite nooit als zodanig kan worden beschouwd omdat elk probleem kan worden verklaard door exaptatie (Mede opgebouwd dankzij een al reeds bestaand orgaan dat oorspronkelijk een andere functie had.)?
MarX  05 02 2005 
Ok, dit is wel een heel makkelijke manier om je ervan af te brengen.
Welnu, als je kijkt naar Behe’s benadering van onherleidbare complexiteit heb je op dit punt gelijk. Behe’s benadering had echter een centrale fout.
Behe keek namelijk alleen naar wat er nodig is in het huidige systeem, in plaats van te kijken wat er nodig was op het moment dat ‘het laatste onderdeel werd toegevoegd’. Na de toevoeging van een onderdeel zal het systeem namelijk altijd geoptimaliseerd worden op dit nieuwe onderdeel, zodat het door zijn optimale precisie wederom onherleidbaar complex wordt. Behe’s onherleidbare complexiteit is dus totaal niet onherleidbaar. Het wordt echter een geheel ander verhaal als je gaat kijken naar de functieleer van een systeem.
Men neme het systeem de muizenval, het foute voorbeeld van Behe.
Deze muizenval heeft maar 1 enkele functie, namelijk het vangen van muizen. Een enkele functie kan worden uitgevoerd door een enkele component. Naar mate componenten toegevoegd worden kan het systeem de functie beter vervullen. Uiteindelijk ontstaat de compleze muizenval.
Het verschil tussen Behe’s analogie en zijn levende systeem, tussen de muizenval en het bloedstollingssysteem, was echter dat de muizenval maar één essentiële deelfunctie bezit (het vangen van muizen) en het bloedstollingssysteem minstens drie (stolling, remming en afbraak).
Immers, zonder stolling werkt het systeem totaal niet, zonder remming zal al het bloed zonder pardon gelijk stollen, en zonder afbraak zullen alle bloedvaten binnen korte tijd verstopt raken door onder andere interne bloedingen.
De kritiek op de onherleidbaarheid van het bloedstollingssysteem is puur gericht geweest op de cascade, die simpelweg door opeenvolgende genduplicatie en gendivergentie ontstaan zou kunnen zijn, zonder te kijken naar dit probleem. Stolling, remming en afbraak zijn essentiele componenten, die niet gemist kunnen voor een zinnig bloedstollingssysteem, in welke vorm dan ook. Een goede analogie hiervoor is het feit dat er geen zinnige klok-systeem bestaat zonder aanwijzing (wijzers), energievoorziening (batterijen) en berekening (raderwerken). Mijn uitdaging voor jullie: verzin een voorloper van het bloedstollingssysteem die kan werken zonder remming of afbraak.
PS:
Met remming wordt bedoeld dat het systeem pas geinduceerd wordt als de werking ervan nodig is.
TIM SPAAN   07 01 2005
Ik heb een keer van horen en zeggen dat Junk DNA als het ware een soort reserve-informatie is. Zolang het geen nadelen opleverd wordt het niet weggeselecteerd maar omdat het geen essentieele functies vervuld kan het naar hartelust muteren. Klopt? Stel nu dat twee van de bloedstollingselementen al reeds in het genenpakhuis waren opgeslagen als Junk DNA. De derde komt er bij en ze ontdekken tot hun stomme verbazing dat ze een geweldig trio vormen en besluiten op tournee te gaan.Naar analogie van de klok; je vind op een dag zomaar de wijzers uit, de batterijen haal je uit je zaklamp en de raderwerken uit de versnellingsbak van je auto et voila… ???
MarX 07 02 2005
 Ten eerste over het Junk DNA.
Het is een misvatting dat pseudogenen een grote bron van genetische variatie kunnen vormen. Ongebruikte genen ondervinden namelijk geen selectie meer, zodat ze ongestraft kapot kunnen gaan. Omdat 99,9% van de mutaties schadelijk is, kunnen mutaties vrijwel nooit voor verbeteringen zorgen in een gen, tenzij op deze verbeteringen geselecteerd wordt.
Een paar mutaties in een (ongeselecteerd) pseudogen maakt het dus al onbruikbaar voor de evolutie, waardoor pseudogenen binnen korte tijd geen nieuwe genetische variatie meer opleveren.
 Daarom is het onzin om te zeggen dat de genetische informatie die gedurende lange tijd is opgeslagen in Junk DNA nog voldoende werkzaam zal zijn om enige waarde te hebben. Als je de mutatiesnelheid van dergelijke genen op geologische, en dus evolutionaire tijdschaal neerzet, verdwijnen ze vrijwel gelijk nadat de selectie erop verdwenen is.

Het tweede onderdeel van je argumentatie
wordt ook wel het argument van co-optie genoemd.
Eiwitten uit verschillende systemen worden bij elkaar gebracht en vormen toevallig een nieuw systeem. Het probleem hiervan is echter dat eiwitten een te grote inherente complexiteit hebben en slechts met een zeer specifiek substraat kunnen reageren. De onderdelen moeten zo precies op hun plaats vallen, dat een toevallige samenkomst van willekeurige eiwitten te verwerpen is.
Bovendien gaat het bij het bloedstollingssysteem niet om enkele eiwitten, maar om deelsystemen van meerdere samenwerkende eiwitten die zeer specifiek afhankelijk van de andere deelsystemen zijn voor hun functionaliteit.
Tim spaan  07 02 2005
Okee, maar dan voor alle duidelijkheid:
Hoe goed weten we dat de drie elementen en hun samenstellingen alledrie tegelijk moeten zijn ontstaan en niet alledrie tegelijk bijeen kunnen zijn gebracht? (Vanuit… wel Junk DNA dan waarschijnlijk niet, maar functionele systemen wellicht?)
 
MarX 07 02 2005
Door een groot toeval (of door gentransfer na differentiatie van een gencomplex in een ander organisme) zou je heel misschien nog kunnen verzinnen dat twee gencomplexen toevallig op elkaar aansluiten.
Maar drie lijkt me te verwerpen…
Waarom is de muizenval-analogie van Michael Behe misleidend en wetenschappelijk niet overtuigend?
Auteur: Stefaan Blancke – Universiteit Gent, vakgroep wijsbegeerte en moraalwetenschap

Inleiding: de muizenval, een model voor onherleidbare complexiteit
Bij Michael Behe, één van de grondleggers van de Intelligent Designbeweging, staat het concept van een onherleidbaar complex systeem (“irreducible complex system”) centraal. Behe zelf definieert een onherleidbaar complex systeem als “een systeem dat samengesteld is uit diverse goed bij elkaar passende en samenwerkende delen die bijdragen aan de basisfunctie, en waarbij de verwijdering van een van de onderdelen leidt tot een falen van het systeem.” En hij vervolgt: “Een onherleidbaar complex systeem kan niet direct worden geproduceerd (dat wil zeggen als gevolg van een voortdurende verbetering van de aanvangsfunctie die middels hetzelfde mechanisme blijft werken) door kleine opeenvolgende wijzigingen van het voorgaande systeem, want elke voorloper van een onherleidbaar complex systeem waaraan een onderdeel ontbreekt, functioneert per definitie niet.”[1] Volgens Behe is de muizenval een treffend voorbeeld van een onherleidbaar complex systeem:
Haalt u zich de eenvoudige muizenval eens voor de geest. De muizenval is bedoeld om de muis te vangen, zodat die niet vrij rond kan lopen en van uw brood eet, aan uw elektriciteitsdraden knaagt of kleine herinneringen aan zijn aanwezigheid achterlaat in de donkere hoeken van uw huis. De muizenval die wij thuis gebruiken bestaat uit een aantal onderdelen, namelijk: 1) een plankje [“platform”] als basis; 2) een metalen klem [“hammer”]; 3) een veer [“spring”]met uitstekende delen die tegen het hout en de klem drukken als de val dichtklapt; 4) een gevoelige pal [“catch”]die reageert zodra er een lichte druk wordt uitgeoefend; 5) een metalen haakje [ “a metal bar”] tussen de pal en het hout dat de klem tegenhoudt zolang de pal niet wordt beroerd. Het geheel wordt bij elkaar gehouden door speciale krammen [“staples”].[2]

Dus zo ongeveer:

Figuur 1: muizenval (John McDonald;http://udel.edu/~mcdonald/oldmousetrap.html; weergegeven met de toestemming van de auteur)
De muizenval bestaat inderdaad uit “goed bij elkaar passende en samenwerkende delen die bijdragen aan de basisfunctie”. De verschillende onderdelen samen vormen een geheel dat in elkaar is gezet om muizen te vangen. Maar is een muizenval onherleidbaar complex? Zijn alle onderdelen werkelijk nodig om een efficiënte muizenval te hebben? Volgens Michael Behe is ze dat in ieder geval:
Stel dat u op een rustig leesavondje plotseling getrappel hoort in de provisiekast. U pakt onmiddellijk uw muizenval. Helaas ontbreekt door een productiefout een van de bovengenoemde onderdelen van de val. Welk onderdeel kan worden gemist? Als het hout ontbreekt, is er niets waarop de andere delen kunnen worden bevestigd. Als de klem ontbreekt, kan de muis de rest van de avond een dansje uitvoeren op de houten basis zonder gevangen te worden. Als de veer ontbreekt, is er geen enkel verband tussen de klem en het hout – de knager zal ook dan ontsnappen. Als de pal of metalen haak tussen pal en hout ontbreekt, zal de klem op het hout neerdalen, zodra wij hem loslaten; als we de val in die hoedanigheid willen gebruiken, zullen we de muis eerst moeten vangen om hem vervolgens met de hand onder de klem te zetten.[3]
Volgens Behe kan je ook in de natuur talloze voorbeelden van onherleidbare complexiteit terugvinden, vooral op het niveau van de cel. Het meest bekende is het bacteriële zweepstaartje (flagellum), maar Behe verwijst ook graag naar trilhaartjes, het bloedstollingproces, het menselijke immuunsysteem, enz. Wanneer hij beschrijft hoe complex deze fenomenen zijn, maken we op een aangename manier kennis met de recent ontdekte, wonderlijke werking van de cellen. De beschrijvingen moeten ons er echter van overtuigen dat de fenomenen inderdaad voorbeelden zijn van onherleidbare complexiteit. Hij wil ons laten geloven dat fenomenen zoals het zweepstaartje niet geleidelijk tot stand kunnen komen door evolutie via natuurlijke selectie. Volgens Behe stelt het zweepstaartje de traditionele, neodarwinistische wetenschap voor een ernstig probleem. Daarnaast meent Behe dat zijn voorbeelden van onherleidbare complexiteit slechts te verklaren zijn door de interventie van een superieure intelligentie.
Voor dit alles staat de muizenval model, maar het is allerminst een goed model. Eerst zullen we zien dat Behe geen slechtere analogie had kunnen bedenken, en wel om twee redenen. Niet alleen loopt de vergelijking tussen een muizenval en een biochemisch systeem hopeloos mank, maar ook is de muizenval zelf geen voorbeeld van onherleidbare complexiteit. Ten tweede zullen we aantonen hoe Behes muizenvalargument slechts een moderne bewerking is van het uurwerkargument van William Paley – een verband dat Behe trouwens zelf erkent. Hieruit moet echter blijken dat Behes onherleidbare complexiteit, net zoals Paleys ontwerp (design), geen ernstig obstakel vormt voor de evolutietheorie.

De muizenval en de cel: not two of a kind
Reeds in zijn belangrijkste werk uit 1996, Darwin’s black box, vergelijkt Michael Behe de muizenval met biochemische processen en structuren op celniveau om het concept van onherleidbare complexiteit duidelijk te maken. Sinds die tijd hebben verschillende critici – wetenschappers en filosofen – aangetoond dat deze analogie geen steek houdt. Je kan een muizenval niet met een cel vergelijken omdat ze simpelweg op een aantal cruciale vlakken te veel van een cel verschilt (Perakh 2004). We bespreken er een drietal:

  1. Complexe biochemische systemen zijn overbodig complex (“redundantly complex”): wanneer één onderdeel wegvalt, wordt zijn functie overgenomen door een ander onderdeel. Op die manier kan het systeem in zijn geheel blijven functioneren. Biochemische systemen beschikken dus vaak over een soort back-up. Muizenvallen hebben dat niet. Geen enkel ander onderdeel kan bijvoorbeeld de functie van de klem vervangen, indien die het om een of andere reden mocht begeven. (Shanks & Joplin 1999; Perakh 2004; zie Behe 2000a voor een reactie)
  2. Muizenvallen planten zich niet voort. Ze hebben geen (voor)ouders en ook geen nakomelingen. Muizenvallen worden door mensen bedacht en zijn gebouwd aan de hand van een blauwdruk. Organismen echter planten zich voort aan de hand van het genetisch materiaal dat ze in zichzelf meedragen, het genoom. Dit genoom is geen blauwdruk, maar kan je best opvatten als een recept. In tegenstelling tot een blauwdruk, legt een recept niet elk detail van het organisme vast. Zo kan er bijvoorbeeld staan ‘maak haren’ zonder dat het recept precies bepaalt waar elk haar moet komen. Evenmin bepaalt één deel van het recept één welbepaald stukje van het eindresultaat, zoals bij een blauwdruk. Een cake bijvoorbeeld is het eindresultaat van alle ingrediënten samen. Wanneer dan die genetische ‘recepten’ bij de voortplanting zichzelf kopiëren, kunnen kleine veranderingen optreden zonder dat het eindresultaat in het gedrang komt. Wanneer die veranderingen voor een beter recept zorgen, kunnen ze bewaard en verder doorgegeven worden. Op die manier kunnen organismen van generatie op generatie geleidelijk evolueren (Young 2004; Perakh 2004).
  3. Dat organismen geleidelijk zijn geëvolueerd, betekent echter niet dat alle onderdelen van een organisme steeds dezelfde functie hebben uitgeoefend. Vaak zijn organismen (en complexe biochemische systemen) opgebouwd uit onderdelen die ooit een andere functie hadden. Dit is onder meer het geval bij Behe’s favoriete voorbeeld, het bacteriële zweepstaartje (cf. Miller 1999; Musgrave 2004). De verandering van functie over de tijd is één van de belangrijkste factoren in de evolutie (Pennock 1999; Miller 1999; Gishlick 2004; Sarkar 2007; Sober 2008). Eisen dat alle onderdelen steeds dezelfde functie hebben vervuld, zoals Behe doet, is daarom absurd. Belangrijk is dat ze een functie hebben uitgeoefend en dat ze daarin beter waren dan de beschikbare alternatieven. Het is daarbij niet belangrijk welke functie. Het is niet omdat een zweepstaartje niet meer werkt wanneer je een onderdeel verwijdert, dat het daarom niet is geëvolueerd. Met minder onderdelen werkte het vroeger ook uitstekend, maar deed het gewoon iets anders. De onherleidbare complexiteit van een muizenval is dus niet te vergelijken met de onherleidbare complexiteit van een biochemisch systeem. Maar is een muizenval zelf eigenlijk onherleidbaar complex?


Figuur 2: Een herleidbaar complexe muizenval (John McDonald; http://udel.edu/~mcdonald/oldmousetrap.html; weergegeven met de toestemming van de auteur)
De herleidbare complexiteit van de muizenval 
Behes muizenval is niet alleen een slecht model voor complexe structuren als het zweepstaartje. Ze is eveneens een slecht voorbeeld van onherleidbare complexiteit. John H. McDonald, bioloog aan de universiteit van Delaware, toont dit aan door telkens een deeltje van de muizenval weg te nemen. Volgens Behes definitie van onherleidbare complexiteit zou de muizenval dan niet langer kunnen werken (Behe 1998; Behe 2001; Behe 2006; …). Maar of de muizenval nu uit zes, vijf, vier, drie of twee delen bestaat, ze kan nog steeds muizen vangen (zij het niet zo efficiënt als de oorspronkelijke versie). Zelfs een ééndelige muizenval is daartoe in staat: ontrol de twee uiteinden van de veer. Buig één einde naar omhoog en laat het andere daarop spannen. Wanneer de muis de val beroert, komt het bovenste einde los van het onderste. De muis zit klem (fig. 2) [4].

Met deze muizenvallen wil McDonald alleen aangeven dat “het feit dat iemand zich iets niet kan voorstellen, niet betekent dat het daarom onmogelijk is. Het zou bijvoorbeeld louter kunnen betekenen dat die persoon slechts een beperkte verbeeldingskracht heeft.”[5] Met andere woorden, de muizenval zegt meer over Michael Behe zelf (of althans over zijn gebrek aan verbeelding) dan over onherleidbare complexiteit. Daarbij schrijft McDonald expliciet dat deze muizenvallen “niet bedoeld zijn als een analogie voor de manier waarop evolutie werkt.”[6] Behe interpreteert zijn punt echter precies op die manier. Eerst beweert hij dat hij het volkomen eens is met McDonald: muizenvallen kunnen inderdaad uit minder stukken bestaan. Alleen, vervolgt Behe, vormen McDonalds muizenvallen geen geleidelijke tussenstappen in de evolutie naar een volbloed muizenval. Daarenboven grijpt een intelligente ontwerper – McDonald – bij elke stap in. De gereduceerde muizenvallen zijn dus geen geschikt voorbeeld van darwinistische evolutie (Behe 2000b).
Op den duur wordt het bijna komisch hoe Behe erop blijft hameren dat een muizenval niet door evolutie, maar door intelligentie is ontstaan. Alsof iemand ooit iets anders heeft beweerd! Denk aan het onderscheid tussen blauwdruk en recept: het is voor iedereen wel duidelijk dat muizenvallen bedacht en gemaakt zijn door intelligente wezens. Mensen maken die, of zoals Behe het zelf schrijft: “De intelligentie die we bewonderen, is die van onszelf.”[7] En toch blijft Behe op die manier de muizenval gebruiken. In zijn recentste boek lezen we opnieuw dat “de muizenval immuun is tegen geleidelijke Darwinistisch geïnspireerde verklaringen.”[8] En wat dan nog?
Om nu aan te tonen dat zelfs een muizenval geleidelijk tot stand kan komen (en zo tegemoet te komen aan Behes extra eis), bedenkt McDonald in 2002 een nieuwe reeks muizenvallen [9]. Deze keer werkt hij echter in omgekeerde richting. Hij vertrekt van een zeer primitieve muizenval met slechts een stukje ijzerdraad. Daarop verandert hij het systeem telkens een klein beetje tot de ijzerdraad uiteindelijk uitgegroeid is tot de muizenval die Behe onherleidbaar complex noemt. Maar onherleidbaar complex is de muizenval duidelijk niet: ze kán geleidelijk tot stand komen en steeds dezelfde functie vervullen. Behalve dat tonen McDonalds muizenvallen ook een essentieel element van evolutie aan: dat een primitieve muizenval beter is om muizen te vangen dan helemaal geen muizenval. Dat brengt ons bij het volgende punt.

Het ontwerpargument: Michael Behe als de moderne William Paley
Volgens Michael Behe kan de onherleidbare complexiteit van biochemische systemen niet door de evolutietheorie worden verklaard. Hij meent dat deze systemen daarom wijzen op de tussenkomst van een zekere intelligentie, een intelligent agent. Zoals de muizenval een muizenvalmaker vereist, vraagt het bacterieel zweepstaartje om een ‘zweepstaartjesmaker’. Door te spreken in termen van biochemische processen en onherleidbare complexiteit, geeft Behe de indruk dat hij een gloednieuw idee introduceert. Zijn argument is echter een moderne heruitgave van het klassieke ontwerpargument, dat ons het meest bekend is in de versie van William Paley (zie ook onder meer Miller 1999; Pennock 1999; Young 2004; Sarkar 2007; Sober 2008).
In Natural Theology (1802) vergeleek de Britse aartsdeken William Paley de talloze complexe adaptaties in de natuur met een uurwerk. Net zoals de ingewikkelde mechaniek van een uurwerk wijst op het bestaan van een uurwerkmaker, wijst de functionele complexiteit (het ontwerp, design) van bijvoorbeeld het oog, op het bestaan van een ‘oogmaker’, God. Dat we longen hebben om te ademen, dat vogels vleugels hebben om te vliegen enz., kan slechts verklaard worden door – en is meteen het bewijs voor – het bestaan van de christelijke God. De filosoof David Hume had al in 1779 de tekortkomingen van dergelijke redeneringen aangetoond. Hij betoogde onder meer dat niemand ooit had gezien hoe een dier of een zintuig gemaakt wordt, in tegenstelling tot bijvoorbeeld een uurwerk. We kunnen dus niet zomaar parallellen trekken tussen organismen en voorwerpen. Hume kon echter geen alternatieve verklaring voor functionele complexiteit bedenken [10]. Slechts met de publicatie van Charles Darwins On the Origin of Species in 1859 beschikken we over een volwaardige, naturalistische verklaring voor het ogenschijnlijke ontwerp in de natuur. Sindsdien heeft de Ontwerper plaats moeten maken voor mutatie, selectie en accumulatie, kortom voor evolutie, als een verklaring voor functionele complexiteit (Dawkins 2006). In de moderne theologie is het ontwerpargument dood en begraven.
Toch vindt Behe het vandaag zinvol om het uurwerk te vervangen door de muizenval en het oog door het zweepstaartje. Hoewel Behe meent dat Paley het niet altijd even goed aanpakte, is hij er toch van overtuigd dat Paleys redenering nog steeds overeind blijft. Hij vraagt: “Maar hoe werd Paley dan precies verworpen? Wie reageerde eigenlijk op zijn theorie? Hoe werd het horloge voortgebracht zonder een intelligente ontwerper?” En zonder blozen vervolgt hij: “Het is verbazingwekkend maar waar, dat het voornaamste argument van de in diskrediet gebrachte Paley nooit verworpen is. Darwin noch Dawkins, natuurwetenschap noch filosofie, niemand en niets heeft ooit verklaard hoe een onherleidbaar complex systeem zoals een horloge zonder ontwerper tot stand heeft kunnen komen.”[11]
In On the origin of species schrijft Darwin over “organen van extreme perfectie en complexiteit”, zoals het oog, dat “als aangetoond kan worden dat er talrijke gradaties bestaan tussen een perfect en complex en een zeer onvolmaakt en eenvoudig oog, waarbij iedere gradatie nuttig is voor de bezitter; als verder het oog ook maar enigermate varieert, en de variaties erfelijk zijn, hetgeen zeker het geval is; en als een bepaalde variatie of modificatie van het orgaan ooit nuttig is voor een dier onder veranderende levensomstandigheden – dat dan de moeilijkheid om te geloven dat een perfect en complex oog door natuurlijke selectie gevormd zou kunnen worden, ondanks dat ze onoverkomelijk lijkt voor ons voorstellingsvermogen, nauwelijks meer als reëel kan worden beschouwd.” [12] Ondertussen heeft Darwin meer dan gelijk gekregen. Ogen evolueren en we hebben een behoorlijk goed idee van de manier waarop dat gebeurt (zie bv. Fernald 2000 & 2004) Ook de evolutie van het zweepstaartje kent steeds minder geheimen (Miller 2004; Musgrave 2004). Het is dus niet omdat Michael Behe zich niet kan voorstellen dat het zweepstaartje is geëvolueerd dat het daarom onmogelijk is.
Besluit
We hebben gezien dat Behes gebruik van de muizenval als een analogie voor onherleidbare complexiteit bijzonder misleidend is. Niet alleen loopt de vergelijking tussen een muizenval en biochemische processen spaak door een aantal essentiële verschillen. Ook blijkt de muizenval zelf niet zo onherleidbaar complex als Behe het voorstelt. Ten slotte hebben we aangetoond dat Behes argument slechts een moderne bewerking is van Paley’s uurwerkargument. Behes ‘onherleidbare complexiteit’ stelt dan ook geen probleem voor de evolutietheorie.
Eindnoten

  1. Behe 1997: 48. In de Engelstalige editie luidt deze passage: “a single system composed of several well-matched, interacting parts that contribute to the basic function, wherein the removal of any one of the parts causes the system to effectively cease functioning. An irreducibly complex system cannot be produced directly (that is, by continuously improving the initial function, which continues to work by the same mechanism) by slight, successive modifications of a precursor system, because any precursor to an irreducibly complex system that is missing a part is by definition nonfunctional.” (Behe 2006: 39).
  2. Behe 1997: 52; Behe 2006: 42
  3. Behe 1997: 53; Behe 2006: 42
  4. http://udel.edu/~mcdonald/oldmousetrap.html
  5. Ibidem: “the fact that one person can’t imagine something doesn’t mean it is impossible, it may just mean that the person has a limited imagination.” [mijn vertaling]
  6. Ibidem: “they’re not intended as an analogy of how evolution works.”[mijn vertaling]
  7. Behe 2000b: “But the intelligence we are admiring is our own.” [mijn vertaling]
  8. Behe 2007, p. 120: “The mousetrap is resistant to gradual Darwinian-style explanations.”
  9. http://udel.edu/~mcdonald/mousetrap.html
  10. Hume, David: Dialogues concerning natural religion. Oxford University Press, 1998 (1779), Oxford.
  11. Behe 1997: 248; Behe 2006: 213.
  12. Darwin 2002 (1859): 186

Literatuur

  • Behe, Michael J. (met een voorwoord van A. van den Beukel): Intelligent Design. De zwarte doos van Darwin. Ten Have, 1997, Baarn.
  • Behe, Michael J.: Intelligent Design Theory as a tool for analyzing biochemical systems. In: Dembski, William A. (ed.): Mere creation. Science, faith and Intelligent Design. InterVarsity Press, 1998, Downers Grove, 177-194.
  • Behe, Michael J.: Self-organization and irreducibly complex systems: a reply to Shanks and Joplin. Philosophy of Science, vol. 67, no. 1, 2000a, 155-162.
  • Behe, Michael J.: A mousetrap defended: response to critics. 2000, http://www.arn.org/docs/behe/mb_mousetrapdefended.htm
  • Behe, Michael J.: Molecular machines: experimental support for the design inference. In: Pennock, Robert T. (ed.): Intelligent Design Creationism and its critics. Philosophical, theological and scientific perspectives. MIT Press, 2001, Cambridge, 241-256.
  • Behe, Michael J.: Darwin’s black box. The biochemical challenge to evolution. Free Press, 2006, New York
  • Behe, Michael J.: The edge of evolution. The search for the limits of Darwinism. Free Press, 2007, New York.
  • Darwin, Charles: Over het ontstaan van soorten door middel van natuurlijke selectie, of het behoud van bevoordeelde rassen in de strijd om het leven. Nieuwezijds, 2002, Amsterdam.
  • Dawkins, Richard: The blind watchmaker. Penguin Books, 2006 (1986), London.
  • Fernald, Russell D.: Evolution of eyes. Current Opinion in Neurobiology, 10, 2000: 444-450.
  • Fernald, Russell D.: Evolving eyes. In: Int. J. Dev. Biol. 48, 2004: 701-705.
  • Gishlick, Alan D.: Evolutionary paths to irreducible systems: the avian flight apparatus. In: Young, Matt & Taner Edis (ed.): Why Intelligent Design fails. A scientific critique of the new creationism. Rutgers University Press, 2004, New Brunswick, New Jersey and London, 58-71.
  • McDonald, John H.: A reducibly complex mousetrap. http://udel.edu/~mcdonald/oldmousetrap.html
  • McDonald, John H.: A reducibly complex mousetrap. Versie 2002 http://udel.edu/~mcdonald/mousetrap.html
  • Miller, Kenneth R.: Finding Darwin’s god. A scientist’s search for common ground between god and evolution. Harper Collins, 1999, New York
  • Miller, Kenneth R.: The flagellum unspun. The collapse of “Irreducible Complexity”. In: Dembski, William A. & Michael Ruse (ed.): Debating design. From Darwin to DNA. Cambridge University Press, 2004, Cambridge, 81-97.
  • Musgrave, Ian: The evolution of the bacterial flagellum. In: Young, Matt & Taner Edis (ed.): Why Intelligent Design fails. A scientific critique of the new creationism. Rutgers University Press, 2004, New Brunswick, New Jersey and London, 72-84.
  • Pennock, Robert T.: Tower of Babel. The evidence against the new creationism. MIT Press, 1999, Cambridge, Massachusetts.
  • Perack, Mark: Unintelligent Design. Prometheus Books, 2004, New York.
  • Sarkar, Sahotra: Doubting Darwin? Creationist designs on evolution. Blackwell Publishing, 2007, Malden /Oxford/Carlton
  • Shanks, Niall & Karl H. Joplin: Redundant Complexity: a critical analysis of Intelligent Design in biochemistry. Philosophy of Science, vol. 66, no. 2 (June 1999), 268-282.
  • Sober, Eliott: Evidence and evolution. The logic behind the science. Cambridge University Press, 2008, Cambridge.
  • Young, Matt: Grand designs and facile analogies. Exposing Behe’s mousetrap and Dembski’s arrow. In: Young, Matt & Taner Edis (ed.): Why Intelligent Design fails. A scientific critique of the new creationism. Rutgers University Press, 2004, New Brunswick, New Jersey and London, 20-31.

Waarom houdt Behes onreduceerbare complexiteit geen steek?

Auteur: Douglas Theobald
Inleiding
‘Irreducible complexity’ (of onherleidbare complexiteit) is een eenvoudig concept en wordt door Michael Behe aangevoerd als een argument pro intelligent ontwerp. Volgens Behe is een systeem onherleidbaar complex als het zijn functie verliest wanneer een (willekeurig) onderdeel verwijderd wordt. Dat wil dus zeggen dat elk onderdeeltje van een systeem absoluut noodzakelijk is voor het functioneren van het geheel. Behe denkt dat onherleidbaar complexe systemen niet kunnen evolueren via directe, graduele evolutionaire mechanismen. Nochtans kunnen gewone genetische processen gemakkelijk zulke systemen produceren. Bijna een eeuw geleden, werden deze exacte systemen voorspeld, beschreven en verklaard door de geneticus en Nobelprijs winnaar H.J. Muller met gebruik van evolutionaire theorie. Dus, zoals verder uitgelegd, zijn zogenaamde onherleidbaar complexe structuren in feite evolueerbaar en reduceerbaar. Behe gaf het concept een slechte naam.
Behes manke argument Behe stelt dat onherleidbaar complexe systemen niet kunnen ontstaan door graduele evolutie. Waarom niet? Zijn redenering gaat als volgt:

  1. Directe, graduele evolutie verloopt enkel via stapsgewijze additie van onderdelen.
  2. Een onherleidbaar complex systeem zonder een bepaald onderdeel is, per definitie, niet functioneel.
  3. Daarom moeten alle directe graduele evolutionaire voorlopers van een onherleidbaar complex systeem disfunctioneel zijn.

Natuurlijk is dat argument foutief omdat de eerste premisse fout is: graduele evolutie kan veel meer doen dan enkel onderdelen bijvoegen. Evolutie kan ook onderdelen veranderen of verwijderen. Daarentegen, als Behe de evolutie van een systeem of structuur bekijkt, probeert hij het te herleiden naar iets meer basisch door enkel onderdelen er af te splitsen (de additie van onderdelen omkeren). Daarom kan onreduceerbare complexiteit ons niets bruikbaars vertellen over hoe een structuur al dan niet evolueerde.
De Mulleriaanse twee-stap
Nu we Behe’s fout hebben blootgelegd, hebben we meteen het beschamend gemakkelijke antwoord op zijn raadsel. Slechts 2 stappen zijn nodig om gradueel een onherleidbaar complex systeem te evolueren uit een functionele voorloper:

  1. Voeg een onderdeel toe.
  2. Maak het noodzakelijk.

Zo simpel is het. Na deze 2 stappen zal het verwijderen van het onderdeel het functioneren van het systeem teniet doen (dus het is onherleidbaar complex), maar het systeem is toch direct en gradueel ontstaan uit een simpeler en functionele voorloper. En dit is nu net hetgeen Behe onmogelijk acht.
Als een wetenschappelijke verklaring is de Mulleriaanse twee-stap zeer algemeen en krachtig, sinds het onafhankelijk is van de biologische kenmerken van het systeem in kwestie. Voorwaar, beide stappen kunnen simultaan gebeuren, in een enkele gebeurtenis, zelfs een enkele mutatie. De functie van het systeem kan constant blijven gedurende dit proces of ze kan veranderen. De stappen kunnen functioneel voordelig zijn (adaptief) of niet (neutraal). We hoeven zelfs geen beroep te doen op natuurlijke selectie in het proces – genetische drift of neutrale evolutie volstaat. Het aantal mogelijke manieren om een onderdeel aan een biologische structuur toe te voegen is praktisch ongelimiteerd, net als het aantal manieren om een systeem te veranderen zodat het onderdeel functioneel noodzakelijk wordt. Gewone, ordinaire genetische processen kunnen gemakkelijk beide processen bewerkstelligen.
Voorbeeld 1: de stenen brug
Een stenen brug geeft een goede illustratie van de Mulleriaanse twee-stap. Beschouw een ruwe ‘precursor’ brug gemaakt van drie stenen (Fig 1). Je kan van begin tot eind over de 3 stenen wandelen, dus de brug overspant een gebied en is derhalve functioneel. Als eerste stap van de Mulleriaanse twee-stap voegen we een onderdeel toe: een platte steen bovenop alle drie de onderste stenen (Fig 2). Of dit nu de functionaliteit van de brug verbetert of niet is irrelevant – dit kan of niet, de brug werkt nog steeds en niet slechter dan daarvoor. In de tweede stap van de Mulleriaanse twee-stap verwijderen we de middelste onderste steen (Fig 3). Voila, we hebben nu een onherleidbaar complexe brug, vermits de laatste stap de platte steen (het toegevoegde onderdeel) noodzakelijk heeft gemaakt voor het functioneren van de brug. Het is nu onmogelijk 1 van de stenen te verwijderen zonder de functie van de brug teniet te doen
 Fig. 1 mulleriaanse tweestap
Fig. 1: de precursor brug met drie stenen
Fig 2. mulleriaanse tweestap
Fig. 2: stap 1, een onderdeel bijvoegen (de platte steen)
Fig 3 mulleriaanse tweestap
Fig. 3: stap 2, het onderdeel noodzakelijk maken. We hebben nu een functionele, onherleidbaar complexe brug.
Voorbeeld 2: hoe pentachlorofenol te eten 
Beter dan een abstract voorbeeld, is er eentje uit de praktijk. Pentachlorofenol (PCP) is een heel toxische chemische stof, voor zover bekend niet natuurlijk voorkomend, dat gebruikt wordt als beschermingsmiddel voor hout sinds de jaren dertig van vorige eeuw. Men erkend het nu als een gevaarlijke vervuilende stof die opgeruimd moet worden. Maar hoe?
Evolutie helpt een handje. Enkele bodem bacteriën kunnen PCP afbreken en zelfs ‘opeten’ (gebruiken). En, handig voor dit relaas, ze doen het op een onherleidbaar complexe manier. De best bekende van deze bacteriën is Sphingomonas chlorophenolica. De PCP molecule is een ring van zes koolstof atomen met vijf chloor atomen en één hydroxyl (OH) groep eraan vast. Chloor en de ring structuur vormen beide een probleem voor bacteriën, chloor omdat het geen natuurlijk verbinding is en er dus weinig of geen enzymen geëvolueerd zijn om ermee om te gaan en de ring structuur omdat het een erg stevige verbinding is die niet gemakkelijk te verbreken valt. S. chlorophenolica gebruikt 3 opeenvolgende enzymen om PCP af te breken: het eerste vervangt 1 chloor met OH. De resulterende verbinding is toxisch, maar niet zo erg als PCP. Het tweede enzym kan op deze verbinding inwerken en in successie 2 chloor atomen vervangen door waterstof atomen. Het resultaat is nog steeds giftig, maar weerom een stuk gemakkelijker om mee te werken en het derde enzym kan uiteindelijk de ring open breken. Op dit punt is wat er over is van PCP goed op weg om voedsel te worden voor de bacterie.
Alle drie de enzymen zijn vereist in het zonet beschreven stappenplan, dus we hebben onreduceerbare complexiteit? Hoe kan dit onherleidbaar complexe systeem geëvolueerd zijn? Eerstens, bacteriën van dit type konden reeds enkele mildere chlorofenolen die natuurlijk in kleine hoeveelheden voorkomen metaboliseren. Het eerste en derde enzym worden hiervoor gebruikt. De cel produceert dus deze enzymen als er chlorofenolen aanwezig zijn. Het tweede enzym (PcpC) is het interessantste; de cel produceert het continu in voldoende mate om effectief te zijn ipv enkel wanneer het nodig is (d.i. aanwezigheid van substraat). Vanwege deze ongewone situatie is er telkens zowiezo PcpC beschikbaar als er PCP te verwerken valt.
De inefficiënte regulatie van PcpC is klaarblijkelijk de sleutel tot het hele proces. Voor zover biologen kunnen zien, is een recente mutatie dat de productie van dit enzym veranderde wat de PCP degradatie mogelijk heeft gemaakt voor de bacteriën (dit is de ‘voeg toe en maak noodzakelijk stap’). Het is ook zo dat PcpC en het eerste enzym in de keten nu lichtjes geoptimaliseerd zijn om met PCP om te gaan; ze verwerken het beter dan de corresponderende enzymen in stammen van S. chlorophenolica die PcpC enkel in de normale rol gebruiken (geen continu productie), maar zeker nog niet zo goed als men zou verwachten voor een oud en goed aangepast systeem. Deze factoren, samen met het feit dat PCP voor zover we weten niet natuurlijk voorkomt, maken een sterke omstandige case dat dit systeem zeer recent is geëvolueerd.
De chemie en waarschijnlijke evolutie van dit systeem worden in veel groter detail uitgelegd in Shelly Copley’s artikel “Evolution of a metabolic pathway for degradation of a toxic xenobiotic: the patchwork approach” in Trends in Biochemical Sciences.
Vertaler: Michael Aelbrecht

ic  IS   verouderdE  TROEP     !
Creationistische “dode paarden ” na DOVER

bron : http://forums.randi.org/showthread.php?t=161310“Ahhh, the same old Blood Clotting, Argument from Ignorance nonsense again.
Because a Creationist don’t know, therefore goddidit!!”

Thromb Haemost. 2003 Mar;89(3):420-8.
Molecular evolution of the vertebrate blood coagulation network.
Davidson CJ, Hirt RP, Lal K, Snell P, Elgar G, Tuddenham EG, McVey JH.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2003 June 24; 100(13): 7527–7532.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1…gdbfrom=pubmed2003, The National Academy of Sciences
Biochemistry
The evolution of vertebrate blood coagulation as viewed from a comparison of puffer fish and sea squirt genomes
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/arti…0/?tool=pubmedJ Mol Evol. 2008 Feb;66(2):185-96. Epub 2008 Feb 19.
Genomic evidence for a simpler clotting scheme in jawless vertebrates.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18283387?ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez. Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_RVDocSum

__________________________________________________________________________________________________

HET BLOEDSTOLLINGSSYSTEEM    (Van het verdwenen NaDarwin Forum)

 *Tim spaan  :  (08 Feb 2005 … Hier vind je een antwoord op “behe onder de loep”( zie hierboven )  )….Lees dit verhaal in de context van onderstaande beweringen.

tjeerdo schreef

“ …Ondertussen zijn we 150-jaar verder. Het principe trial and error staat recht overeind. En dan kunnen wij ergens een gochelaar plaatsen. Waar dan Tim!!….”

Rhodopsine:    Behe ziet het visuele pigment rhodopsine (bestaande uit retineen, een geoxydeerde vorm van vitamine A, gebonden aan het eiwit opsine) als een product van IO, belangrijker nog dan de oogstructuur.27 Hij vermeldt niet dat rhodopsine ook voorkomt in de Halo-bacterie, waar het onderdeel is van een door zonlicht gedreven protonenpomp. Rhodopsine moet dus minstens 600 miljoen jaar geleden zijn ontstaan, en als IO eerst voor een protonenpomp in een bacterie en daarna voor het visuele pigment in drie verschillende oogtypen hebben gediend. Rhodopsine is dus een zeer oud en veelzijdig IO! Behe laat zich overigens nergens in zijn boek uit over de vraag wanneer IO’s zouden zijn neergelegd.

The ‘living fossil,’ Platynereis dumerilii.
Researchers in the laboratories of Detlev Arendt and Jochen Wittbrodt have discovered that the light-sensitive cells of our eyes, the rods and cones, are of unexpected evolutionary origin ; they come from an ancient population of light-sensitive cells that were initially located in the brain.

Bloedstolling: Dit is ook één van Behe’s kernvoorbeelden van een ‘onherleidbaar complex systeem’, wat voor hem inhoudt dat het ontbreken van één van de onderdelen het systeem onwerk-zaam maakt. Maar bij de dolfijn ontbreekt de Hagemannfactor (Factor XII) en toch stolt zijn bloed perfect, terwijl het ontbreken van deze factor bij de mens tot hemofilie leidt.28 Hoewel dit reeds in 1969 bekend was, vermeldt Behe dit feit niet. 

Bacterieflagel: Over dit kroonjuweel van de IO-aanhangers valt ook wat meer te zeggen. De flagel, die in totaal is opgebouwd uit 30 eiwitten, heeft een in het celmembraan gelocaliseerde basis bestaande uit 10 eiwitten. Dezelfde 10 eiwitten vormen het zgn. type III-secretiesysteem (TTSS), waarmee gram-negatieve bacterie챘n hun toxinen in het cytoplasma van de gastheercel brengen.29 We hebben hier, evenals bij het rhodopsine, een voorbeeld van ‘evolutionaire convergentie’, het terugkeren van een eerder ontwikkelde structuur in een latere, meer geavanceerde soort, zoals de vin van de ichthyosaurus terugkeert bij de dolfijn.

Bacteriemotiliteit: Bacterieën van het type Myxococcus xanthus kunnen zich op twee manieren over de voedingsbodem verplaatsen, individueel door slijmuitscheiding, en collectief door vorming van pili (vingervormige uitstulpingen).30 Vernietiging van het gen voor pili-vorming deed de collectieve motiliteit verdwijnen. Echter na 32 generaties ontwikkelden alle acht stammen een collectieve motiliteit groter dan die van de originele stam zonder dat de pili terugkeerden. Deze cellen hadden een nieuw systeem ontwikkeld, bestaande uit een extracellulaire matrix van fibrillen die de cellen samenbinden. Daardoor kon de kolonie zich sneller verbreiden over het vaste groeimedium. Het lijkt me onwaarschijnlijk, dat God over de schouders van de microbiologen meekeek om, zodra de bacterieën door genetische manipulatie hun collectieve motiliteit verloren hadden, hun door middel van een IO-interventie een nieuw bewegingssysteem te verschaffen.

NB.
1.-  Zijn onherleidbare complexe systemen langs ( evolutionaire )genetische weg onmogelijk te verwezenlijken ?       2.-  is het overschrijven van de stollings-cascade genoeg om indruk te maken.

-Op de vraag waar je in de EvoTheorie een open plek a gap ) zou kunnen vinden waar de schepper nog niet door de wetenschap is uitgesloten denk ik dat het ,  het bloedstollingssysteem kan zijn…

(tjeerdo) -Ik heb het hele verhaal van MarX  Medema  doorgelezen en ook ik kan geen verklaring vinden… Terwijl ik dat graag zou hebben dat snap je wel…

Als je echt denkt dat de verklaring die jij  geeft( voor het bloedstollingsysteem en cascade ), over de dolfijn en zo, de juiste is, leg het eens voor aan Marnix  Medema …er werd  het een en ander erover gespeculeerd maar zonder resultaat.( anno 2005 ? )

Tjeerdo  08 Feb 2005

In zijn stuk beweerde  Marx   tijdens de uitleg over bloedstolling:  dat als één van deze eiwitten ontbreekt, zullen er zich bij het desbetreffende organisme ernstige gezondheidsproblemen voordoen.                 Dus hoe zit het met het voorbeeldje van de dolfijn ?

MarX 09 Feb 2005     De Hagemann-factor heeft niets met de onherleidbaarheid van het systeem te maken (hoewel Behe dit wel beweert, maar dit is te wijten aan zijn onjuiste definitie…).De Hagemann-factor is een onderdeel van de cascade die de signaal-inductie voor de bloedstolling verzorgt ……En als je goed leest wat er op mijn site staat, zeg ik daar ook dat deze cascade niet onherleidbaar complex is.

Een dergelijke cascade kan gemakkelijk ontstaan door genduplicatie en divergentie (zie het verhaal over Miller’s beweringen op mijn site).

De onherleidbaarheid (of hoe je het ook wil noemen, in ieder geval het onopgeloste probleem) zit hem in de vraag

Hoe een ooit een voordeel-gevend bloedstollingssysteem bestaan kan hebben die niet( in ieder geval – ) de functies stolling, remming en afbraak gehad heeft

Tjeerdo 09 Feb 2005 Misschien biedt de onderstaande link enkele aanknopingspunten. 

http://biocrs.biomed.brown.edu/Darwin/DI/clot/Clotting.html
Een verhaal wat overeenkomsten heeft met het oog. Van een primitieve fotoreceptorcel naar een orgaan als het oog.De auteur (s) gaan in dit stuk uit van de zeekreeft. En gaan vervolgens een veronderstelling maken hoe een primitief systeem kan uitmonden in de cascade zoals wij het momenteel kennen.

Exon-shuffling zijn gesneden koek denk ik.

http://nl.wikipedia.org/wiki/Stollingsfactor

http://nl.wikipedia.org/wiki/Onherleidbare_complexiteit

…..Evolutiewetenschappers        hebben inmiddels hypothesen opgesteld en bijhorende verklaringen uitgewerkt voor het ontstaan en de ontwikkeling van structuren of organismen die door deIntelligent design-beweging als onherleidbaar complex worden beschouwd.

Volgens evolutiewetenschappers kunnen complexe organismen in een primitievere vorm wel degelijk een voordeel bieden. Het oog is hier een goed voorbeeld van: ook een oog in het beginstadium van z’n ontwikkeling — een lichtgevoelige cel die slechts licht van donker kan onderscheiden — biedt een organisme een dusdanig evolutionair voordeel dat natuurlijke selectie deze eigenschappen zal begunstigen. De redenering van creationisten of intelligent designers dat een “half oog” geen selectief voordeel kan bieden, is volgens evolutiewetenschappers naast de kwestie. Visuele perceptie, hoe rudimentair ook (lichtgevoelige cellen), kan voor een levend wezen het verschil maken tussen leven en dood. Een evolutionair voordeel van een bepaalde genetische wijziging in een organisme, geeft dus grotere kans op overleving, waardoor die organismen weer in staat zijn om hun adaptieve eigenschappen door te geven aan volgende generaties (cumulatieve selectie).

Sinds het ontstaan van het leven, zo’n vier miljard jaar geleden, is visuele perceptie minstens veertig keer ontstaan[1]. De diversiteit is dan ook enorm: van lichtgevoelige plekken bij wormen,facetogen bij insecten, lichtgeleiders bij schaaldieren, tot uiterst verfijnde kijkers bij katachtigen. Met andere woorden: ‘Het oog’ bestaat strikt genomen niet, wel diversiteit in visuele waarneming.

Een andere route waarlangs zo’n systeem kan ontstaan is wanneer de onderdelen van deze systemen oorspronkelijk een andere functie hadden. De onderdelen evolueren aanvankelijk los van elkaar, maar wanneer ze samenkomen biedt dit een dusdanig voordeel dat de samenstelling van de onderdelen gaat domineren in het proces. Dit heet ook wel een emergente eigenschap.

Het idee dat een “niet reduceerbaar complex” systeem niet via een evolutionair proces zou kunnen ontstaan houdt bovendien geen rekening met de mogelijkheid dat dergelijke systemen via een heel andere route dan via het samenstellen van de delen kunnen ontstaan. Het komt bijvoorbeeld voor dat een niet (verder) reduceerbaar complex systeem ontstaat door de ineenstorting van een veel complexer systeem. De Eukaryotische cel geldt als voorbeeld. Daarin fungeren mitochondrien als energiefabriekjes. Die mitochondrien stammen echter af van een intracellulaire parasiet, die na de succesvolle symbiose een groot deel van zijn DNA kon missen (dan wel overdragen aan de gastheer). Tegelijk kon de gastheer, de nu Eukaryotische cel, dat deel van het DNA missen waarvoor de mitochondrion zorgt. Ironisch genoeg ontstaat de niet reduceerbare complexiteit in dit geval dus juist doordat het evolutionaire proces zich van de onnodig geworden elementen ontdoet.

http://en.wikipedia.org/wiki/Irreducible_complexity

Behe and others have suggested a number of biological features that they believe may be irreducibly complex. Bood clotting cascade

The blood clotting or coagulation cascade in vertebrates is a complex biological pathway which is given as an example of apparent irreducible complexity.[49]

The irreducible complexity argument assumes that the necessary parts of a system have always been necessary, and therefore could not have been added sequentially. However, in evolution, something which is at first merely advantageous can later become necessary.[50] Natural selection can lead to complex biochemical systems being built up from simpler systems, or to existing functional systems being recombined as a new system with a different function.[48] For example, one of the clotting factors that Behe listed as a part of the clotting cascade was later found to be absent in whales, demonstrating that it is not essential for a clotting system.[51] Many purportedly irreducible structures can be found in other organisms as much simpler systems that utilize fewer parts. These systems, in turn, may have had even simpler precursors that are now extinct. Behe has responded to critics of his clotting cascade arguments by suggesting that homology is evidence for evolution, but not for natural selection.[52]

The “improbability argument” also misrepresents natural selection. It is correct to say that a set of simultaneous mutations that form a complex protein structure is so unlikely as to be unfeasible, but that is not what Darwin advocated. His explanation is based on small accumulated changes that take place without a final goal. Each step must be advantageous in its own right, although biologists may not yet understand the reason behind all of them—for example, jawless fish accomplish blood clotting with just six proteins instead of the full 10.[53]

MarX 09 Feb 2005
Het probleem zit  NIET in de cascade, die is goed verklaarbaar.
Het probleem zit hem in de combinatie tussen/met  de andere deelsystemen. Het oog is ook niet onherleidbaar complex, omdat het maar een enkele hoofdfunctie heeft (licht waarnemen), en geen tegenstrijdige deelfuncties.
Ik heb Miller’s tekst ook uitgebreid behandeld op mijn site, en heb uitgelegd waarom zijn verhaal niets zegt over bovenstaand probleem.

Tsjok45  09 Feb 2005

1.- Niemand weet tot nu toe(2005) hoe het bloedstollingsproces evolutionair (en in details ) tot stand kwam…. 

Niemand weet hoe het DNA/RNA apparaat en zijn inwendige organisatie en vooral “sturing” tot stand kwam ….Althans zo meen ik het begrepen te hebben ….
en soms word er ook nog bij vermeld
Niemand weet waar het superieure menselijke bewustzijn vandaan komt … etc .. etc … 

OK ; er is een “gap” en persoonlijke ‘( en kollektieve ?) onwetendheid : maar   is dat meteen ook de troon van de Intelligente Ontwerper ? 
(OPGELET   !!! Ik zeg hier NIET dat Medema dat  maar  meteen  ook  doet …. ) 

2.- Echter Het ontbreken van de hageman factor in walvisachtigen
( zie ook  Sjoerd  Bontink  )is niet de enige aanwijzing dat het ( hoogwaardige menselijke )bloedstolling -systeem eventueel toch van iets ” eenvoudiger” kan afstammen …. 

Er zijn een paar summiere ” onderdelen” en “voorlopers ” van het hoogwaardige bloedstollingsysteem van vertebraten gevonden bij( misschien ) fruitvliegjes en ( zeker ) sommige molusca …..

zie hierover een ( on line ) paper uit 2002
http://www.pnas.org/cgi/content/full/022637099v1

” ….The vitamin K-dependent posttranslational modification of glutamate to -carboxyglutamate (Gla) is a striking
biochemical feature of the vertebrate blood-clotting cascade “

abstract : The posttranslational -carboxylation of glutamate residues in secreted proteins to -carboxyglutamate is carried out by the  vitamin K-dependent enzyme -glutamyl carboxylase.
-Carboxylation has long been thought to be a biochemical specialization of vertebrates, essential for blood clotting.
Recently, a -carboxylase was shown to be expressed in Drosophila, although its function remains undefined in this organism.
We have characterized both cDNA and genomic clones for the -glutamyl carboxylase from the marine mollusc, Conus, the only
nonvertebrate organism for which -carboxyglutamate-containing proteins have been biochemically and physiologically
characterized. The predicted amino acid sequence has a high degree of sequence similarity to the Drosophila and vertebrate
enzymes. Although -carboxylases are highly conserved, the Conus and mammalian enzymes have divergent substrate specificity.
There are striking parallels in the gene organization of Conus and human -carboxylases.
Of the 10 Conus introns identified, 8 are in precisely the same position as the corresponding introns in the human enzyme.
This remarkable conservation of intron/exon boundaries reveals that an intron-rich -carboxylase was present early in the
evolution of the animal phyla;
although specialized adaptations in mammals and molluscs that require this extracellular modification have been identified,
the ancestral function(s) and wider biological roles of -carboxylation still need to be defined.The data raise the possibility that most introns in the genes of both mammals and molluscs antedate the divergence of
these phyla.
Misschien is het ook niet “toevallig ” dat zulke ” antecedenten ” worden teruggevonden ? …. Samen met de ERVS en de HERVS in de genomen trouwens …. p.s.
Ik erken trouwens best dat er  altijd  problemen (kunne) ZIJN met de huidige  versies  van  ET ( of van gelijk welke andere  wetenschappelijke theorie …) Alleen over de methodologie bestaat min of meer overeenstemming  ….maar dat zijn wetenschapsfilosofische  vraastukken 

Tjeerdo 09 Feb 2005 ….De achterliggende gedachte is: “Waar wil de auteur naar toe”.

In jouw geval werp je enerzijds een dam tegen ID en anderzijds creeer je openingen ….Dus welke kant kijk ik op?

 “God of the gaps, ” op momenten dat er sprake is van een wetenschappelijke lacune.?  Die filosoferend wordt ingevuld.  Echter ik zoek hierin ontologische en geen teleologische antwoorden.

En  wetenschap heeft niet altijd een pasklaar antwoord.
Echter om af te stormen op een opperwezen, die ons geschapen heeft naar zijn beeld en gelijkenis, en de vrouw uit de rib van de man daar heb ik geen boodschap aan

Marx 10 Feb 2005  ….Logisch. ID heeft ook niets meer met natuurwetenschappen te maken…

Tjeerdo 10 Feb 2005 ….We zijn het op heel veel punten eens. Ook ditmaal.   Komen we dan toch terecht in wetenschapsfilosofie en verplaatsen we de discussie naar analogieen tussen A,B,C,D,E > F. Onder het motto wat kunnen we missen.

Welke katalytische eigenschappen moet B hebben om enzymatische vooruitgang te boeken om D en E te laten voor wat ze zijn en uiteindelijk bij F te komen

 Of wachten wij met zijn allen op fylogenetische resultaten en kijken we naar glutamyl-carboxylase (bijvoorbeeld).

Marx  11 feb 2005  ….Ik zie het ontstaan van de cascade (hoewel dit inderdaad nog te discussieren over laat) niet als het grote probleempunt van het bloedstollingssysteem. Het probleem zit hem volgens mij in het samenkomen van 3 deelsystemen waarvan de functie zonder de samenwerking met de andere deelsystemen nadelig zou zijn: 

Vorming: fibrinogeen dat wordt geactiveerd door trombine tot fibrine
Beperking: Proteïne C en trombomoduline of antitrombine en heparine
Verwijdering: t-PA, plasmine en plasminogeen, alpha-2-antiplasmine

Jij hebt het nu over een dieper niveau, namelijk het zien van een systeem met de eiwitten A,B,C, D en E die F als product hebben.  Ik denk dat het niet zinnig is om te kijken welke van de eiwitten A,B,C,D en E nu essentieel zijn voor de productie van F, omdat er (eiwit)onderdelen kunnen zijn weggevallen of extra specificiteit kan zijn toegevoegd sinds de toevoeging van bijvoorbeeld E.

Je kan niet in het verleden kijken, om te zien hoe (een voorloper of homoloog van) F vroeger geproduceerd werd

Tjeerd  11 Feb 2005

De formulering zou ook kunnen zijn; bijvoorbeeld..

Speel samen blijf samen… Precursors achter elk woord die lijden tot een eindprodukt. Zymogenen en serine-proteases. De woorden op zich zijn via een cascade evolutionair te herleiden. Echter aan de betekenis van de zin wordt nog gewerkt. Is het dan biologische onwetenheid of ID. 

Welke stelling zou een nobelprijs opleveren; zoals zo velen in het verleden die in eerste instantie ” in the gaps” werden geplaatst.Denk maar aan ribozymen. Wat denk jij als onderzoeker. En waar stopt ID als men steeds verschuift binnen definities zonder bewijslast?? 

Nb. …Is convergentie een methode om de zin te begrijpen?

TENSLOTTE

Marx  05 Mrt 2005  …..Ik wil niet beweren dat het bovenstaande probleem een onoplosbaar probleem is, en dat we onze toevlucht zouden moeten nemen in Intelligent Design o.i.d.

Het is momenteel een gat in onze kennis, dat hopelijk gevuld kan worden door nieuwe onderzoeksresultaten. 

Vooral door het werk van Russell Doolittle is er al veel bekend over de evolutie van het bloedstollingsmechanisme, genoeg in feite om de door Behe geformuleerde onherleidbaarheid de cascade uit te sluiten

Het blijft echter een vraag en onderzoekspunt voor de toekomst hoe de interactie tussen de verschillende deelsystemen ontstaan is. 

Met de kennis die we nu hebben lijkt dit nu haast onmogelijk, zoals ik hierboven heb aangegeven, maar des te groter is nu de uitdaging voor de wetenschap.

Tjeerdo  09 Mrt 2005….. Je klinkt als een evolutionist.:  Die alle kennis optelt en geen twijfel heeft over evolutionaire werkingsmechanismen   De lacune die momenteel nog bestaat, wordt optimistisch gesteld ingelopen    Behe is tenslotte ook al op zijn retour.

De tandem genduplicaties in de teleosten  , waarbij VII in zicht komt, specifieke complement factoren in de Lamprei en de hirudine activiteit in de Amphioxus. Sequencing en de studie van hox-genen. 

Misschien kun je als aanvulling op Doolittle iets lezen van C.J.Anderson- J.h. MCVey en Bork.

Zij publiceren regelmatig in het Journal of Hemostasis and Thrombosis.

Of zoeken onder de noemer MRC Clinical Science Center

MarX   22Mrt 2005  …..Ik heb even een bio-informatisch onderzoekje gedaan aan plasminogeen en prothrombine:

Plasminogeen is verwant met prothrombine (EC 3.4.21.5, accesion code P00734). Bij een alignment tussen het plasminogeen en het prothrombine was er een identity van 28% en een E-waarde van 2∙1059. Ze delen de active site van histidine, bij plasminogeen gelegen op 622 aa, bij prothrombine op 406 aa. Ook delen ze een active site van aspartaat, bij plasminogeen gelegen op 665 aa, bij prothrombine op 462 aa. Ook de derde active site (serine) wordt gedeeld tussen de twee eiwitten, bij plasminogeen gelegen op 760 aa, en bij prothrombine op 568 aa.
Ook de klievingssite waar plasminogeen geactiveerd wordt komt overeen tussen de twee eiwitten. Deze klieving op deze site, die bij prothrombine op 363-364 aa ligt, wordt bij prothrombine uitgevoerd door factor XA.
Het is redelijk logisch dat prothrombine en plasminogeen op elkaar lijken. Beiden zijn essentiele componenten van het bloedstollingssysteem.

Thrombine, de actieve vorm van prothrombine, activeert fibrinogeen, dat daardoor in zijn actieve vorm fibrine een stolling zal opwekken.

Na verloop van tijd wordt dit stolsel vervolgens weer weggehaald door plasmine, dat fibrine bindt en losmaakt. De verwantschap laat duidelijk zien dat plasminogeen en prothrombine uit een zelfde voorouder zijn ontstaan en dezelfde eiwit-eigenschappen gebruiken om met fibrine te binden.

Op deze manier was wellicht een snelle evolutie mogelijk, waardoor het probleem misschien ontweken kon worden dat er wel stolling was maar geen afbraakmechanisme om het stolsel weer af te breken

Herman Muller.(1)

 
In 1918, wees Herman Muller  erop dat een van de  te verwachten  resultaten  van langdurige  evolutie  processen de ontwikkeling  zou zijn van ___wat hij  noemde  ____” met elkaar verbonden complexen  
Muller’s  definitie van “met elkaar verbonden ingewikkeldheid” is precies hetzelfde als de definitie van Behe over
onherleidbaarheid ( IC) ” — een systeem van wederzijds onafhankelijke onderdelen en waarbij al  die onderdelen
moeten aanwezig zijn  opdat het systeem  werke 
Volgens Muller is deze  eis echter  een te VERWACHTEN  gevolg  van evolutie .
Behe gebruikt  dezelfde definitie, maar  eiste dat  het als resultaat van evolutie een ONMOGELIJKHEID  was.
De reden voor dat  verschil is  dat Muller evolutie gebruikt als verklaring ;
en Behe   slechts een  bizarre stroman van  eigen makelij hanteert  .
Behe beschrijft evolutie als een voortgaand proces  door de geleidelijke één voor één  toevoeging van  onderdelen ….
Muller, echter, beschrijft evolutie-processen als een  geleidelijke wijzigingen en transformaties  van de onderdelen .
Muller’s de beschrijving is nauwkeuriger.
Nieuwe proteïnen zijn niet bijzonder vaak uitbreidingen van bio- systemen  ; de overgrote meerderheid van evolutie bestaat uit   kleine wijzigingen aan  bestaande   proteïnen, veranderingen  in hun aminozuuropeenvolging  en vandaar dus ook  veranderingen in hun chemie-sche werkingen ….
Behe veronachtzaamde dit volledig en laat daardoor de overgrote meerderheid van evolutieve veranderingen  weg.
Hier is een relevant uittreksel, van pagina’s 463-464 van het artikel:(2)

 … De meeste hedendaagse dieren zijn het resultaat van een lang proces van evolutie, waarin minstens duizenden veranderingen moeten hebben plaatsgevonden
Elke nieuwe mutant was voor  zijn overleving afhankelijk  van “reactiesystemen ”  die  bestaan uit reeds  vooraf ontwikkelde en aanwezige (verworven)
samenwerkende factoren  van (bestaande) gevormde complexe opstellingen (3)

Een ingewikkelde machine  werd geleidelijk aan opgebouwd ____ een machine waarvan de efficiënte werking van de de  met elkaar verbonden interacties  van
zeer talrijke elementaire onderdelen of factoren afhankelijk was, en veel van die onderdelen   ,wanneer  ze nieuw zijn, zijn factoren die slechts
definitief noodzakelijk worden wanneer  andere noodzakelijke  factoren ( die overeenkomstige functies vervulden ) later onafhankelijk zijn veranderd.
Zelfs een lichte verandering in om het even welke dezer  onderdelen  zal zeer waarschijnlijk  de gehele  machinerie fataal storen; …

De evolutie van het bloed klonteringsysteem kan worden gebruikt als voorbeeld om aan te tonen hoe dit in zijn werk gaat .
Het is relevant, omdat  Behe dit als voorbeeld van IC geeft.
De  evolutionaire ontwikkkeling van bloed klonterings- cascades bij  gewervelden  werd door Ken Miller besproken (4) .
Er is in dat  artikel van Miller   een eenvoudig voorbeeld beschreven  van het proces  van Muller uit  1918 .
Een “klonter-maker”eiwit  is eerst en vooral in het bezit van een  soort “kleverige” sectie in het midden  , en dit wordt normaal veroorzaakt  door
kleinere kettingen van aminozuren.
Een andere proteïne (een “protease”) kan ” het  klonter- proces activeren door de aminoketens van de klonter -maker  door te knippen waardoor ze kleverig
worden in de centrale sectie van het eiwit “.
De klonter-maker proteïnen  binden vervolgens samen in een  stevige  groeiende prop-massa ; de klonter .
Het volledige proces is  in mensen___ en in   om het even welk gewerveld dier___ veel ingewikkelder,het omvat  vele proteine- kettingen
waarvan elk afzonderlijk verschillende stadia van  opeenvolgende activeringen  doorloopt ….wat uiteindelijk resulateert in de vorming van een prop …
De eis van onherleidbaarheid  is fundamenteel de eis dat de verwijdering  en ontbreken van om het even welke proteïne uit  de gehele causale
keten/montageband   :het gehele proces zal ruineren
Hier is een illustratief  voorbeeld ( scenario )  van hoe dergelijke “onherleidbaarheid ” van  wederzijdse samenwerkingen  , door evolutie kan zijn onstaan
=
(A) Begin met een systeem dat eenvoudig uit twee proteï
nen bestaat; de klonter-maker en de protease.
De protease wordt “geactiveerd” door contact met weefselproteïne  
– zoals gebeurt  wanneer er een lek  in een bloedvat is.
De geactiveerde protease kon toen de klonter-maker activeren, en de klonter werd gevormd.
(B) Vervolgens hebben we  een genverdubbeling voor de protease. Dit is een redelijk  courant  proces in  de evolutie;
een volledige sectie van het genoom wordt verdubbeld; zodat nu er twee genen zijn,  die allebei hetzelfde proteaseproteïne 
produceren.
Het maakt  geen verschil voor de  werking van het  bloedklonteren ; immers alle proteïnen in kwestie zijn dezelfde  zelfde .
er is een redundant gen(5) onstaan
(C) Daarna hebben we een kleine wijziging ( puntmutatie ) in  één van de gedupliceerde genen.
Er zijn nu twee lichtjes verschillende vormen van de protease.
we ,noemen ze  protease-a en protease-B.
Één van beide kan verder  het  bloed  klonteren sturen .
We hebben dus nu een niet meer onherleidbaar systeem van drie proteïenen
;een van de genen is overtollig geworden .
(D) Veronderstel nu dat er veranderingen( mutaties/puntmutaties )  aan protease- zijn die het een capaciteit geven om protease-B te activeren.
Bijvoorbeeld  worden beide proteïnen  bij  contact met weefselproteïnen geactiveerd;
Maar protease-B krijgt extra activering van geactiveerde protease-a.
Dit soort extra activering kan  selectief  voordeel betekenen door  het versnellen van de reactie van het gehele systeem.
KLeinere  lekken zullen  makkelijker  het signaal geven om het klonteren op gang te brengen  ( de gevoeligheid  is verhoogd om dit te doen )  
(E) Tenslotte zal nu  bloedklontering  vorming  ____ omdat  protease-B door protease-a wordt geactiveerd,___   niet meer uitsluitend  afhangen  van
weefselproteïnen alleen,  en  verdere wijzigingen kunnen deze  rechtstreekse activeringsweg  zelfs verminderen.
Dit maakt het gehele systeem opnieuw “onherleidbaar” , omdat  nu alle drie  de proteïnen nu voor het klonteren zijn  vereist.
Het fundamentele punt is hier dat een IC  van drie in elkaar ingrijpende proteïnen het gevolg kan zijn van  een  evolutionaire veranderingen aan een
eenvoudiger systeem .
Het argument van Behe is een stroman van de evolutie
Behe negeert de rol van wijzigingen aan proteÏnen, en baseert eenvoudigweg zijn argument op het problematische van  het krijgen van een systeem door onderdelen één voor één toe te voegen.
Het artikel van K Miller  gaat gedetailleerd in op  hoe een aanvankelijk  tweedelig eiwitsysteem zich  kan omvormen, en geeft voorbeelden van bekende
organismen 
met functionele bloed-klonterend systemen  die inderdaad middenstadia in dit soort ontwikkeling vertegenwoordigen.Muller kende niet de details de bloed klontering  cascades, maar hij had reeds in 1918 correct de processen voorzien waardoor een systeem dat uit
vele wederzijds onderling afhankelijke delen wordt samengesteld  kan worden  verwacht zich  door evolutie te ontwikkelen  .
ref:
NOTEN
(1) Muller was één van de grote genetici van de twintigste eeuw. Nobelptijs winnaar in 1946 in verband met zijn werk over mutaties
http://nobelprize.org/nobel_prizes/lists/1946.html
(2)Het gerefereeerde ref document van Muller is
“Genetic Variablity, Twin Hybrids and Constant Hybrids, in a Case of Balanced Lethal Factors”, by Hermann J Muller, in Genetics, Vol 3, No 5, Sept 1918,
pp 422-499.
(3)en alternatieve synergieeen ?
(4)
(5)
*een redundant gen is dus gelijk in haar  expressie  van het gen-produkt  als haar oorspronkelijke  “tweelingsbroer ” : in feite kan het dienen als
back -up …
* Natuurlijk zal de hoeveelheid  vrijgekomen  genproduct  verdubbelen ( zolang een van die  beide genen  niet is “uitgeschakeld ” … ) 
ID babbel ;

http://www.overwhelmingevidence.com/oe/blog/haeris/argument_by_technobabble

HaEris writes


One of the great things about Intelligent Design is that it simplifies things. Unlike the theory of evolution it passes the test of Occam’s razor the universally true scentific axiom that given a choice between a complex theory and a simple one, the simple one has the greatest probability of being right. It’s another way of saying that tall-tales and just-so stories are usually false.

ID is so simple that even people who are un-trained in biological sciences can make great and astounding progress. What could be a greater indicator of it’s truth than that?”


Blood Clotting

Theme

Blood Clotting
March 26, 2007
Monday’s Molecule #19. Warfarin—an anticoagulant and a rat poison.

March 27, 2007
Vitamin K. Vitamin K plays an important role in blood clotting.

March 28, 2007


Nobel Laureates: Dam and Doisy. Dam: “for his discovery of vitamin K” Doisy: “for his discovery of the chemical nature of vitamin K”

April 2, 2007
Monday’s Molecule #20. Heparin—an anticoagulant.

April 2, 2007
Blood Clotting: The Basics. Fibrinogen and how it forms clots.

April 4, 2007
Nobel Laureate: Arne Tiselius. “”for his research on electrophoresis and adsorption analysis, especially for his discoveries concerning the complex nature of the serum proteins”

April 4, 2007
Blood Clotting: Platelets. What are platelets and how do they form blood clots?

April 4, 2007
Blood Clotting: Extrinsic Activity and Platelet Activation. Description of the activity of thrombin and the activation of blood platelets.

April 5, 2007
Blood Clotting: Intrinsic Activity. The role of factors VIII and IX. Deficiencies in Factor VIII cause hemophilia A an X-linked form of hemophilia that was common in European royal families descending from Queen Victoria.

April 8, 2007
Genes for Hemophilia A & B and von Willebrand disease. Locations of the F8, F9 and vWF genes on human chromosomes X and 12.

April 12, 2007
Inhibiting Blood Clots: Anticoagulants. How does heparin inhibit blood clotting?

April 15, 2007
Human Anticoagulant Genes. Mapping the genes for anticoagulant factors.

April 16, 2007
Dicumarol and Warfarin Inhibit Blood Clotting. The role of vitamin K in blood clotting.

September 26, 2007
A Synthetic Anticoagulant Related to Heparin. Synthesis of a new anticoagulant to replace heparin.

On the Evolution of the Blood Clotting Pathway

http://sandwalk.blogspot.com/2008/05/on-evolution-of-blood-clotting-pathway.html

Behe vs Lampreys: A modest proposal.

By Ian Musgrave on May 10, 2008

http://pandasthumb.org/archives/2008/05/behe-vs-lamprey.html

The reducible clotting system:

Bony fish and jawless fish have a reduced complement of clotting factors compared to mammals. Jawless fish lack factors IX and V. Tissue factor and factor VII directly activate thrombin, but the explosive coagulation cascade is initiated by factors IX and V acting together.

The older name for Factor V was proaccelerin, the activated from of factor V was known as accelerin, indicating its role in the explosive acceleration of clotting.

2009

http://pandasthumb.org/archives/2009/01/god-of-the-gapsin-your-own-knowledge-luskin-behe-blood-clotting.html#more

Ken Miller    2009

http://blogs.discovermagazine.com/loom/2009/01/02/smoke-and-mirrors-whales-and-lampreys-a-guest-post-by-ken-miller/

http://blogs.discovermagazine.com/loom/2009/01/03/ken-millers-guest-post-part-two/
http://blogs.discovermagazine.com/loom/2009/01/04/ken-millers-final-guest-post-looking-forward/

zie ook

http://www.millerandlevine .com/km/evol/DI/clot/Clotting.html

Repeat-induced point mutation (RIP) en evolutie door genduplicaties    http://nadarwin.nl/Gtica/rip.html

Complexification
http://www.pandasthumb.org/archives/2005/12/_ken_miller_and.html#more

Tomaso Agricola
May 17, ’06

Onreduceerbaar complex   is de strijdkreet van veel Intelligent Design aanhangers, zeker in de VS.

Als voorbeeld van een onreduceerbaar complex voorwerp uit onze dagelijkse omgeving geeft Michael Behe, in zijn boek Darwins black box de muizenval. Wanneer er 1 onderdeel aan deze muizenval ontbreekt, kan zij niet meer functioneren. De onderdelen afzonderlijk hebben geen waarde.

Alleen als geheel zijn ze functioneel.  Wat waar is voor de muizenval, zegt Behe, is ook waar voor onderdelen van levende cellen. 1 van Behe’s voorbeelden is de zweepstaart van een bacterie.

Dit is een soort buitenboordmotor waarmee de bacterie zich voortbeweegt.Deze motor is opgebouwd uit eiwitten en deze zijn inderdaad op een zeer ingewikkelde manier aan elkaar gekoppeld.

Behe acht het niet mogelijk dat deze motor door evolutie is ontstaan. En dat betekent, volgens Behe, dat het is gemaakt door een intelligente ontwerper.Dit verhaal van Behe wordt in Nederland bijvoorbeeld gebruikt door Cees Dekker, o.a. in zijn oratie toen hij werd aangesteld als professor in Delft.

Evolutiebiologen hebben een antwoord op Behe’s argument.Hoewel Behe’s beschrijving van de zweepstaart in principe correct is heeft Behe voor zijn argument een tamelijk ingewikkelde zweepstaart als voorbeeld genomen.Er bestaan bacterieën met zweepstaarten die veel simpeler zijn dan de zweepstaart die Behe beschrijft.Dus niet alle componenten die Behe beschrijft zijn nodig om een werkende zweepstaart in elkaar te zetten.

Uit ander onderzoek blijkt dat het motortje van de zweepstaart veel lijkt op andere celorganellen (onderdelen van 1cellige organismen) in andere bacterieën. Het lijkt bijvoorbeeld heel erg veel op een organel dat Yersinia pestis (een pest bacterie) gebruikt om giffen in andere cellen te spuiten.

Het lijkt er dus op dat de zweepstaart niet in 1 keer in elkaar hoeft te worden gezet, maar dat onderdelen van de motor, wellicht in iets afwijkende vorm, een andere functie kunnen vervullen voor de cel.

Op macrocellulair niveau zijn er voorbeelden in de anatomie die dit soort ‘hergebruik’ laten zien, zoals de veren van vogels, de gehoorbeentjes bij zoogdieren, het ontstaan van longen uitluchtblazen (of zwemblazen) etc..

De sleutel tot Behe’s raadsel is waarschijnlijk dat onderdelen die afzonderlijk geen rol spelen in de voortbeweging wel een nuttige rol vervullen in andere functies en zo toch bijdragen aan het overleven van de bacterie. Het ontstaan van de zweephaar zou dan zijn gebeurd door het anders in elkaar zetten van onderdelen die eerst ergens anders voor werden gebruikt.

De complexiteit van organismen kan naar mijn mening heel goed zijn ontstaan door natuurlijke fenomenen die we nog niet (helemaal) begrijpen. En wanneer we iets niet begrijpen moeten we niet meteen naar tovenarij of hogere machten verwijzen want dat lost in de (over het algemeen agnostische) wetenschap niets op.

Blijkbaar worden sommige wetenschappers (ik noem geen namen) wat zwak in de knieën bij het aanschouwen van zoveel complexiteit, maar de geschiedenis van de wetenschap leert dat wat we vandaag niet begrijpen, de volgende dag opgelost kan worden.

Bovendien is onbegrip alleen, in ieder geval in de moderne wetenschap, nooit een reden geweest om dan maar aan te nemen dat deze complexiteit niet door natuurlijke fenomenen is ontstaan.


De benadering van Behe (en dus Dekker) wat betreft de zweephaarmotor en andere Onreduceerbaar complexe structuren is mijns inziens veel te simpel. Het is ongeveer dezelfde redenering als wanneer je bij een mens de longen eruit trekt en op basis van het overlijden van de persoon tot de conclusie komt dat het menselijk lichaam onherleidbaar complex is en dus door een bovennatuurlijke intelligentie in elkaar gezet.


 zie verder  –>

Complexificatio   http://www.pandasthumb.org/archives/2005/12/_ken_miller_and.html#more 

Op de website van Cees Dekke   http://www.mb.tn.tudelft.nl/user/dekker/personal.htm  een voorstel van experimenten die gedaan zouden kunnen worden om te bewijzen of ID een betere verklaring geeft dan evolutie volgens Darwinisme voor het ontstaan van leven en de rijkheid aan soorten.

Beetje pedant stukje, waarin telkens bij de experimenten stellingen worden genoemd als   “Hier staat ID wél bij stil en Darwinisme niet.’

Of

‘Deze zaken hebben niet de aandacht van het darwinisme, maar ID is wel bereid hiernaar te kijken.’ maar op zich interessant om te lezen.

Cees Dekker heeft in ieder geval nagedacht over methoden om ID al dan niet te bewijzen, op experimentele gronden……Maar hij maakte er zich wel erg makkelijk van af …

___________________________________________________________________________________________________

Onherleidbare complexiteit.    II (1) 

Dit argument wordt gebruikt voor een aantal (er zijn  volgens de creationisten vele voorbeelden te noemen) zaken waarvan beweerd wordt  dat ze  alleen kunnen bestaan waneer alle onderdelen aanwezig zijn. (oog, knie, flagel, richting gevoel van veel dieren die ieder jaar vn de ene naar de andere plek trekken, the human mind)
Notabene het Reformatorisch Dagblad legde de vinger op de zere plek in het argument
(weliswaar om  niet -wetenschappelijke  redenen (punt 2),  , die echter wél werden vermeld onder punt 1 )
quote :
. Er zouden (volgens  Michael Behe )’onherleidbaar complexe systemen’ bestaan die, met andere woorden (volgens Behe)
‘onmogelijk kunnen zijn ontstaan door een darwinistisch scenario’.
Hierachter moet (aldus nog steeds Behe, en ik begrijp dat Dekker ( toen ) en Meester deze redenering onderschrijven) ‘een intelligentie’ zitten.
1.- *Ik zal niet ingaan op de vraag hoe je die ‘onherleidbaar complexe systemen’ zou kunnen herkennen.( dat is  echter wel  DE een natuurwetenschappelijke  vraag en een “allereerste  noodzakelijke wetenschappelijke vereiste” of grondslag van deze ” theorie ”   )  
2.- Dat(punt)  gaat voorbij aan de kern van de zaak( van de orthodoxe gelovige uiteraard ) .
Ik( zegt de schrijver ) zal ook geen gebruik maken van dat vreselijk lelijke anglicisme ‘een intelligentie’.
In plaats daarvan stel ik voor te spreken van de Grote Ongrijpbare Denker, afgekort: god.
(God is ongrijpbaar  en in wezen onkenbaar , slechts bestaand omdat er wordt geloofd   … waarom er dan nog  verder  over  redetwisten ? )

Florens de Wit:

Het argument dat ten grondslag ligt aan ID is dus gewoon dat men niet kan bevatten dat de wereld om ons heen zo mooi in elkaar zit en toch complexe systemen bevat die werken. Het is makkelijk in te zien dat dit geen argument is in natuurwetenschappelijke zin.. Dit is trouwens ook 1 van de punten waarom ID in Amerika als niet-wetenschappelijk wordt afgedaan.


—> Het gaat zeer snel op het gebied van ID; onherleidbare complexiteitoog en zweepstaartmotor zijn inmiddels al onderuitgehaald als argumenten tegen de evolutieleer.

—> Het is nu juist de constante herkauwing van dit soort argumenten die wordt gebruikt om de discussie levend te houden, met als achterliggende gedachte dat zolang erover gediscussieerd wordt -al is het op basis van pseudowetenschap en NON-argumentatie- het de schijn ophoudt van
er zijn geen feiten binnen de evolutie, het is allemaal speculatie”.
Deze manier van discussie voeren is er niet op gericht om inhoudelijk te discussieren maar om de evolutionisten bezig te houden en de aandacht van de hardheid van de feiten en bewijzen voor evolutie voor de leek te vertroebelen.
(zie ook : —>KNIP en PLAK werk ) 
Zo houdt men de twijfelaars binnen de geloofsmuren en maakt men nog kans om daar nieuwe twijfelaars van buiten die muren naar binnen te lokken. Sjoerd Bonting heeft hier een mooi stuk over geschreven.
Informatie in DNA.
Hoe meer de cel onderzocht wordt, hoe ingewikkelder hij wordt.
Na de ontdekking van DNA wordt het steeds moeilijker om evolutie te verklaren.
—> Dat er evolutie plaatsvind is een feit.
—> De enige manier waarop evolutie uberhaupt kan  plaatsvinden is door het voortdurend  aanbod aan nieuwe  genmutaties
—>Voor de wetenschap is het niet aan te tonen dat die mutaties veroorzaakt worden door een buitenzintuiglijk wezen of kracht,
 maar een gelovig wetenschapper is natuurlijk vrij om te geloven dat genmutaties door God (wat dit ook moge zijn) worden veroorzaakt.
ID gaat  niet kritisch op zoek naar methoden om hun theorie te testen.
Ik heb geen enkele referentie kunnen vinden die aangeeft waarom ID beter is dan darwinisme.
Een kritische vergelijking tussen die twee is nog nooit echt gemaakt.

EPJ van de Heuvel: 
Darwins theorie is op talloze manieren getest en tot heden steeds goed bevonden. Een wetenschappelijke theorie kun je veel moeilijker bewijzen dan weerleggen. Wij wetenschappers gooien regelmatig theorieën in de prullenbak na een enkele strijdige waarneming, of een detail dat niet kan kloppen (als we geluk hebben is ons onzin-idee dan nog niet gepubliceerd). 

Belangrijk in het ID-denken is het begrip ”onherleidbaar complex”.
Zo worden  levende wezens of onderdelen ervan
bestempeld die niet door  vereenvoudiging tot primitievere  levensvormen herleid zouden kunnen  worden vanwege het direct
dodelijk zijn  van elke systeemversimpeling.
Dergelijke complexe levensvormen  kunnen dan niet tijdens een langdurig  proces van genetische mutaties in
combinatie met natuurlijke selectie  ontstaan. Dat zou bewijzen dat de evolutietheorie niet juist is. 
Op zich een interessante aanpak.
Om wetenschappelijk overtuigend te zijn  moet dan wel controleerbaar worden  aangetoond dat er echt sprake is van  onherleidbare complexiteit. Zo  mogelijk dient een alternatieve hypothese te worden verstrekt  die het  ontstaan van die leefvormen beter  verklaart, liefst met experimentele  toetsing. Helaas ontbreekt het bij ID aan die verifieerbare feiten.
De onherleidbare complexiteit blijkt  afgeleid te worden via wiskundige  waarschijnlijkheidsberekening  waarbij de
kansinschatting cruciaal is.
In complexe systemen is het toekennen van  kansen aan gebeurtenissen alleen  betrouwbaar mogelijk na het verzamelen
van zeer grote hoeveelheden  statistische gegevens, of als  reactiemechanismen bekend zijn
.
Die  informatie ontbreekt echter bij de  biologische voorbeelden.
Bovendien
worden levende wezens intensief  beïnvloed door hun leefmilieu, en  omgekeerd veranderen ze ook hun  omgeving.
Die continu wijzigende  informatiestroom maakt de  kansberekening niet statisch maar  dynamisch.
Hiermee wordt ”onherleidbare complexiteit”  wetenschappelijk onbewijsbaar.
Verwijzen naar andere  onwaarschijnlijkheden overtuigt  evenmin. Wie stelt dat statistisch  gezien apen nooit een encyclopedie kunnen schrijven kan van  evolutionistische zijde horen dat dit  inmiddels toch is gebeurd,( door de aap die
men  mens noemt )  zij het dat dit proces de desbetreffende apen niet  onveranderd gelaten heeft.
Het ID-kernbegrip ”intelligent ontwerp” biedt evenmin  wetenschappelijk houvast.
Een perfect op temperatuur gehouden
termietenheuvel lijkt een intelligent  ontwerp, maar de bouwende mieren zelf  kunnen dat op zich ook zijn.
(m.a.w de komponenten van een complex “emergent ”  systeem , zijn zelf complexe  systemen van een ander organisatieniveau /etage )
Ingewikkelde  dingen ontstaan niet  noodzakelijkerwijs via doordacht  handelen naar een vooropgezet plan.
–> Menige innovatie is te danken aan een  samenloop van omstandigheden. ( = lucky hits en toevals- ontdekkingen  bijvoorbeeld )
°
(NOTES S )
Serenpiditeit (serenpedity )
°
Wat in de wetenschap “serenpidity ”  heet: 
je bent intensief aan het werk om een bepaald probleem op te lossen, maar het lukt niet. 
Dan gebeurt er iets schijnbaar onbenulligs, of je gaat met heel iets anders aan de slag. 
En terwijl je er totaal niet meer naar op zoek bent, vind je alsnog de oplossing van het hardnekkige probleem. Het beroemdste voorbeeld is de ontdekking van penicilline in 1928. 
Tijdens het opruimen van zijn laboratorium zag Alexander Fleming toevallig hoe een schimmel zich gevestigd had op een kweekplaat met een bacteriënkolonie.
Het viel hem daarbij op dat aan weerszijden van de schimmel geen bacteriën groeiden. 
Bij nader onderzoek bleken die gedood te zijn door een stofje dat die schimmel afscheidde: penicilline.
Zelfs als er wel planmatig ontworpen wordt, kan er sprake zijn van een  variëteit aan intelligenties. :
Een Airbus A380, een superieur intelligent ontwerp, is ontworpen en gebouwd door tijdelijke interactie van vele afzonderlijk niet superieur  intelligente mensen.(  zi ook zwerm-intelligentie )
Zo veronderstelt een complexe natuur niet logischerwijs één continu aanwezige superieure  intelligente persoonlijkheid, ook al is  dat wel een elegante optie.
De ID-bewering dat een ”onbekend intelligent iets” het leven ontworpen  heeft maskeert slechts menselijke onwetendheid.
Om werkelijk een nieuwe wetenschappelijke visie te bewerkstelligen zou ID concrete ontwerppatronen, ontwerpregels en ontwerpdoelen moeten aanleveren waarmee biologen levensprocessen beter zouden kunnen doorzien dan nu met de evolutieleer  het geval is.
Het poneren  van doelstellingen voor het leven -wat  met een ontwerphypothese onontkoombaar is- botst echter structureel met wetenschapsbeoefening
ref ;
 
De zweepstaartmotor
Cees Dekker:
De zweepstaartmotor van een bacterie is het typische voorbeeld. Door zijn onherleidbaar complexe structuur vormt het een probleem voor een direct darwiniaans scenario van voortschrijdende graduele evolutie, omdat het al zijn componenten tegelijk nodig heeft voor een functie waarop geoptimaliseerd kan worden door natuurlijke selectie. Nader onderzoek is nodig om vast te stellen of concrete biomoleculaire systemen herleidbaar complex, dan wel onherleidbaar complex zijn. Tot hoever kunnen systemen worden gereduceerd zonder hun functionaliteit te verliezen? Zulk onderzoek zal het karakter hebben van reverse engineering van de structuur en functie van eiwitcomplexen. Antwoord van professor Gittenberger (Instituut Biologie Leiden):
Dekker verwijst nu naar de ‘zweepstaartmotor’, een ontwerp dat volgens hem niet door toevallige mutaties en selectie tot stand gekomen kan zijn. Maar ook de zweepstaart wankelt inmiddels als voorbeeld; ook daarvan zijn varianten bekend. Je kunt wel degelijk stukjes uit het geheel verwijderen zonder dat het systeem totaal niet meer werkt.
Daarbij denk ik ook aan de experimenten met zogenaamde ‘knock-out’s’, waarbij stukken DNA worden uitgeschakeld.
Lang niet altijd gaat dan alles mis.
En waarom blijven we niet gewoon bij het oog?
Is dat geen voorbeeld (meer) van ID en de zweepstaart (nog) wel?
Het verplaatsten van  het doel ( changing the goal-posts )
Het doel wordt door de ID-ers steeds verder naar achteren geschoven naarmate de wetenschap vordert en het wordt dus nooit bereikt.
Het moeilijkste geval wordt geselecteerd om een daarmee samenhangend probleem op te lossen.
Een onbegrijpelijke startstrategie.
( voor een wetenschappelijk onderzoeksprogramma )
Maar een erg goede rethorische  truuk
Piet Borst  over onherleidbare complexe systemen:

Behe heeft de onherleidbaar complexe systemen bedacht, waarvan er inmiddels enkele, zoals de bloedstolling, uit de discussie zijn verdwenen, omdat er goede scenario’s zijn voor een stapsgewijs ontstaan.
Eukaryotische evolutie is goed te reconstrueren en daarom geen vruchtbare bodem voor ID. Vandaar het terugvallen op bacteriële zweepstaarten.
De reverse engineering van staarten die Dekker voorstelt, is niet uitvoerbaar.
Je kunt uit een complex uitontwikkeld systeem geen onderdelen verwijderen, zoals je ook niet uit een huis, dat steen voor steen is opgebouwd, de onderste stenen kunt halen.
Wel denk ik dat bij eukaryoten die zweepstaartevolutie te reconstrueren zal zijn door voor de hand liggende proeven, die Dekker helaas niet voorstelt.

( zoals hierboven reeds vermeld )
De zweepstaartmotor wankelt momenteel ook al als voorbeeld (er zijn varianten bekend) en
het oog als ‘paradepaardje’ binnen de ID is allang van de baan.
Er wordt gekeken naar de moeilijkste gevallen alsof daarmee gelijk een hele theorie onderuit kan worden gehaald.
—->De makkelijkste oplossing om een probleem op te lossen is door te kijken naar de basis van een probleem.
—->Andere theorieen zoals Relativiteitstheorie, Quantummechanica en Snarentheorie zijn ook niet compleet maar bieden wel oplossingen voor allerlei problemen. Belangrijkste vind ik dat ID niet valt onder de criteria van natuurwetenschappen en daarmee is het bij voorbaat al geen discussie dat het een alternatief kan zijn voor een theorie die wel onder natuurwetenschappen valt. …..
 

Behe’s Empty Box
  • Genetische tijdmachine verklaart complexe evolutie

    Wetenschappers gebruiken ‘moleculair tijdreizen’ om het ontstaan van ingewikkelde eiwitten te achterhalen.

    • Door: Chiel Versteeg
     
     
    © NOchotny
    Een V-ATPase moleculaire machine. Het paars gekleurde gedeelte is de ring van eiwitten die de wetenschappers hebben onderzocht.

    Moleculaire machines zijn een favoriet anti-evolutie argument van creationisten. De ingewikkelde eiwitmachines moeten simpelweg wel ontworpen zijn door een hogere macht. Een moleculair reisje door de tijd laat iets anders zien.Veel van wat cellen doen wordt uitgevoerd door ‘moleculaire machines’. Dit zijn ingewikkelde, gespecialiseerde eiwitten die voor beweging of energie zorgen. Creationisten zien het bestaan ervan als bewijs dat leven ontstaan is door een scheppingsdaad, en niet door evolutie. Volgens hen is door ergens naar te kijken meteen duidelijk of het een product van een intelligent ontwerp is (dit wordt ook het horlogemakerargument genoemd). Nu zijn moleculaire machines volgens creationisten zo ingewikkeld en slim dat ze wel ontworpen moeten zijn. Een onderzoek gepubliceerd in Naturebewijst dat de moleculaire machines wel degelijk door evolutie kunnen ontstaan, zonder dat er een ontwerper aan te pas komt.

  • De universiteiten van Oregon en Chicago werkten onder leiding van Joseph Thornton samen aan een onderzoek naar de vraag hoe complexe moleculaire machines ontstaan via evolutie. De wetenschappers richtten zich op een enkele moleculaire machine, de V-ATPase proton pomp, die er voor zorgt dat de zuurgraad in de cel optimaal blijft. Een onderdeel van deze machine is een ring die waterstofionen vervoert. Bij de meeste organismen bestaat deze ring uit twee verschillende soorten eiwitten, maar bij paddenstoelen is er een derde bijgekomen. Het is een goed voorbeeld van hoe evolutie voor ingewikkeldere systemen kan zorgen. De wetenschappers hebben deze ring dan ook gebruikt voor hun onderzoek.

    Moleculair tijdreizen

    Het team wetenschappers maakte gebruik van wat zij ‘moleculair tijdreizen’ noemen. Computers analyseerden de genen van moderne eiwitten en berekenden het meest waarschijnlijke vooroudergenen. Zo werd er in het verleden gekeken. Met behulp van deze methode konden ze vaststellen dat de complexiteit van moleculaire machines simpelweg veroorzaakt is door een serie normale evolutieprocessen. Het team verwacht dat er in de toekomst ook naar de evolutie van andere moleculaire machines wordt gekeken op deze wijze.

    Met behulp van de vooroudergenen uit het computermodel hebben ze de eiwitten gemaakt zoals die waren voordat er een derde eiwit bij kwam. Vervolgens konden ze de evolutie van de moleculaire machine zelf meemaken. Door kunstmatig voor mutaties te zorgen konden de wetenschappers er stap voor stap achter komen welke genetische verandering de machine complexer heeft gemaakt.

    Uiteindelijk bleek een duplicatie van een van de twee voorouderlijke eiwitten de schuldige te zijn. Een mutatie zorgde er voor dat het eiwit beperkt werd in de plaatsen die het kon innemen in de moleculaire machine. Hierdoor werd het derde eiwit behouden. Het is hierom dat paddenstoelen nu een specifieke configuratie met drie eiwitten hebben in de V-ATPase moleculaire machine. De eiwitten werden zelf dus niet complexer, maar het werden er wel meer. Hierdoor werd de moleculaire machine een ingewikkelder geheel.

    Niet bijzonder

    Volgens de wetenschappers was er maar een enkele, weinig bijzondere mutatie nodig voor het extra eiwit. Genduplicatie komt vaak voor in cellen, en er treden fouten op bij het kopiëren van het DNA. ‘Moleculaire machines zijn niet het resultaat van precisieontwerp. Het zijn groepen moleculen die aan elkaar plakken, bij elkaar geharkt tijdens evolutie door knutselwerk van genen, willekeurige mutatie en een beetje geluk. Ze zijn behouden gebleven omdat ze onze voorouders hielpen te overleven’, aldus Joseph Thornton in het persbericht van de Universiteit van Chicago.

    Bron:

    Gregory C. Finnigan, Victor Hanson-Smith, Tom H. Stevens en Joseph W. Thornton. Evolution of increased complexity in a molecular machine. In: Nature.

Over tsjok45
Gepensioneerd . Improviserend jazzmuzikant . Instant composer. Jamsession fanaat Gentenaar in hart en nieren

One Response to Flagellum en IC(irreducible complexity = onherleidbaarheid )

  1. Pingback: CEL en CELLEER | Tsjok's blog

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

%d bloggers op de volgende wijze: