NOTES terminologie voor C


INHOUD evodisku —->

https://tsjok45.wordpress.com/2012/09/03/evodisku/

Brein van onfortuinlijke Phineas Gage gereconstrueerd

Geschreven 21 mei 2012  

In 1848 belandde tijdens een explosie een staaf in het brein van Phineas Gage. Hij overleefde het, maar zijn persoonlijkheid veranderde radicaal. En dat is nu te verklaren.

Gage stopte met behulp van de staaf explosieven in een steen. De explosieven gingen plotseling af en de staaf schoot door de linkerkaak van Gage heen en kwam er boven op zijn hoofd weer uit. Gage overleefde het ongeluk, maar zijn persoonlijkheid veranderde sterk. Gage was niet langer een aardige, rustige man, maar een onrustige, asociale man.

Phineas Gage met de staaf die zijn hersenen doorboorde. Na het ongeluk leefde Gage nog twaalf jaar. 

Scan
Wetenschappers denken op basis van alle gegevens nu eindelijk te kunnen concluderen hoe Gage aan die nieuwe persoonlijkheid kwam. Ze gebruikten daarvoor onder meer een scan die zo’n 12 jaar geleden van de bewaard gebleven schedel van Gage is gemaakt. De scan was lang zoek, maar de onderzoekers vonden ‘m weer en nu speelt deze een cruciale rol in hun studie die zeer gedetailleerd laat zien wat zich tijdens en na het ongeluk in het brein van Gage afspeelde.

Reconstructie
Op basis van de scan en alle andere gegevens reconstrueerden de onderzoekers het brein van Gage. Uit het onderzoek blijkt dat de staaf ‘slechts’ vier procent van de hersenschors aantastte.

Maar de staaf tastte ook meer dan tien procent van de witte stof in het brein van Gage aan, zo is in het blad PLoS ONE te lezen.

Deze witte stof brengt zenuwcellen die ons in staat stellen om te redeneren en ons dingen te herinneren, met elkaar in contact. â€œWat we ontdekt hebben, is een significant verlies van witte stof die de linkse frontale kwab met de rest van het brein verbond,” vertelt onderzoeker Jack Van Horn.

 â€œDit kan met het oog op zijn nieuwe persoonlijkheid nog wel eens een grotere invloed hebben gehad op meneer Gage dan de schade aan de hersenschors alleen.”

Er is vanzelfsprekend al heel veel onderzoek gedaan naar Gage.

Maar voor het eerst wordt er nu gekeken naar het verlies aan witte stof. En dit onderzoek is heus niet alleen bedoeld om de nieuwe persoonlijkheid van Gage te verklaren. Door het verlies aan witte stof gingen heel wat verbindingen verloren. En dat doet de onderzoekers denken aan diverse hersenaandoeningen zoals Alzheimer. Ook die aandoeningen kunnen leiden tot een nieuwe persoonlijkheid. Wellicht kan het onderzoek naar Gage dan ook leiden tot een beter inzicht in deze aandoeningen.

°

 

°

The different phases of the cell cycle.

In the first phase (G1) the cell grows.When it has reached a certain size it enters the phase of DNA-synthesis (S) where the chromosomes are duplicated.

During the next phase (G2) the cell prepares itself for division.

During mitosis (M) the chromosomes are separated and segregated to the daughter cells, which thereby get exactly the same chromosome set up.

The cells are then back in G1 and the cell cycle is completed. Nobel Laureates, using genetic and molecular biology methods, have discovered mechanisms controlling the cell cycle. CDK-molecules and cyclins drive the cell from one phase to the next. The CDK-molecules can be compared with an engine and the cyclins with a gear box controlling whether the engine will run in the idling state or drive the cell forward in the cell cycle.

http://sandwalk.blogspot.com/2009/04/nobel-laureate-sir-paul-nurse.html

CELFUSIE

de fusie van twee cellen resulterend in een nieuwe cel met het genetisch materiaal van de oorspronkelijke twee cellen.
* Elektroporatie is één van de technieken die hiervoor kan worden gebruikt.

* Genetische modificatie ( GM) =bestaat o.a. uit mutatie , veredeling en celfusie
* Celfusie is een ( andere )manier om DNA te combineren, hierbij laten onderzoekers twee gewone cellen samensmelten
* Bij celfusie worden alle eigenschappen van 2 cellen gecombineerd
* Door celfusie bevat de nieuwe cel de genen van beide cellen

De “bevruchting van een eicel door een spermatozoide” is( bijvoorbeeld bij zoogdieren ) een speciale “natuurlijke ” vorm van “celfusie”van twee haploïde ( = elk de helft van het nucleair genoom van de soort = bij de mens is dat een haploide celkern met 23 chromosomen ipv de 46 van de zygote ) genetische inhouden van hun beider ( vrouwelijke en mannelijke ) nucleus

CELKERN

Nucleus / microscopisch zichtbaar celdeeltje, dat omgeven wordt door een membraan en dat chromosomen bevat.

http://www.wetenschapsforum.nl/moderator/dnabasis/celkern.png

http://www.natuurinformatie.nl/nnm.dossiers/natuurdatabase.nl/i004388.html
Het regelcentrum van de cel waarin DNA, de drager van erfelijk materiaal, ligt opgeslagen.
In de celkern ligt 2 meter DNA stevig opgerold en veilig opgeslagen. Kopietjes van het DNA worden via openingen in het celkernmembraan naar de celvloeistof gestuurd. Deze kopietjes dienen als recept voor de aanmaak van eiwitten die belangrijk zijn voor alle processen in de cel. Tijdens de celdeling is de kluwen opgerold DNA zichtbaar als x-vormige chromosomen.

 

°

Carbon Dioxide Fixation

Carbon Dioxide Fixation in the Dark Ocean

 
 * Photosynthesis is not the only process
of  Co2 fixation
 

Cells require both a source of energy and a source of building blocks for synthesis of organic (carbon-containing) molecules. Some of the most interesting species are those that only need inorganic molecules to survive. They can make all their carbon compounds from carbon dioxide (CO2) by “fixing” it into more complex molecules like sugars.

These species are called “autotrophs'” The most familiar are the plants. As most of you know, plants can grow quite successfully in a glass of water (with minerals). Animals are the most obvious example of “heterotrophs,” species that need to be supplied with complex organic molecules in order to survive. We can’t survive on water alone. We need to get sugars and a host of other compounds from eating other (mostly dead) species.

Plants and algae are autotrophs that get much of their energy from light. Photosynthesis is the process where light energy is converted to chemical energy in the form of ATP and other “high energy” cofactors. Plants and algae are called “photoautotrophs” because they combine the ability to fix carbon dioxide with the ability to use light as a source of energy.

Most people think that these two processes are closely linked. They have been taught that photosynthesis is the process where light energy is used to fix CO2 to make carbohydrates (sugars). That’s not correct (see: The Photosynthesis Song and a Pet Peeve ).1 

There are many species that can efficiently fix CO2 but can’t carry out photosynthesis. They get their energy from the oxidation of inorganic molecules like hydrogen (H2), iron (Fe2⊕), nitrite (NO⊖2), hydrogen sulfide (H2S), or sulphur (S). These species are called “chemoautotrophs” and they are very interesting organisms because the first forms of life were probably chemoautotrophs.

Chemoautotrophs can survive in the dark. They are common in the deep ocean below 200m where light does not penetrate. That’s probably where life began.

Swan et al. (2011) were interested in how these dark ocean bacteria fix carbon dioxide. There are many possibilities but it has been difficult to study their biochemistry because most of the deep ocean species can’t be cultured in the lab. 

Swan et al. decided to isolate single cells from the deep ocean and sequence parts of their genomes to see what enzymes they could make. It turns out that many of these species use the Calvin cycle, the same pathway used by plants, algae, and photosynthetic bacteria (Calvin cycle). The chemoautrophic bacteria use energy supplied by oxidation of inorganic molecules and CO2 fixation by rubisco (ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase-oxygenase) [Fixing Carbon: the Rubisco Reaction].

Rubisco and the Calvin cycle evolved long before photosynthesis. Carbon dioxide fixation to produce sugars does not require photosynthesis. Furthermore, in photosynthetic bacteria and algae most of the energy captured from sunlight is used to make nucleic acids, proteins, and lipids, not carbohydrates.

It’s about time we stopped thinking of photosynthesis as a pathway for the production of carbohydrates.


1. Potato plants use light energy to make ATP, which is then used to make glucose, which is then stored in the roots as starch. Thus, poutine is an excellent source of light energy.

[Photo Credits: (top) Moran, L.A., Horton, H.R., Scrimgeour, K.G., and Perry, M.D. (2012) Principles of Biochemistry 5th ed., Pearson Education Inc. page 463 [Pearson: Principles of Biochemistry 5/E]
(bottom) Ocean Explorer: Chemoautotrophic whale-fall community, including bacteria mats, vesicomyid clams in the sediments, galatheid crabs, polynoids, and a variety of other invertebrates. The 35-ton gray whale was originally implanted on the sea floor at 1,674 m depth in the Santa Cruz Basin in 1998. This image was captured six years later by Craig Smith from the University of Hawaii. Image courtesy of Craig Smith, University of Hawaii.

Swan, B.K., Martinez-Garcia, M., Preston, C.M., Sczyrba, A., Woyke, T., Lamy, D., Reinthaler, T., Poulton, N.J., Masland, E.D., Gomez, M.L., Sieracki, M.E., DeLong, E.F., Herndl, G.J., and Stepanauskas, R. (2011)Potential for chemolithoautotrophy among ubiquitous bacteria lineages in the dark ocean. Science 333:1296-1300. [PubMed] [DOI: 10.1126/science.1203690]

 °
COMMON DESCENT 
The nested hierarchy of descent allows the formation of specific predictions. 
It predicts the possible content of genomes, morphology of yet to be discovered species both extinct and extant, and the shared characteristics of embryos.Common Descent can be falsified by finding violations of the nested hierarchy. Natural selection is directly observed. 
Genetic drift is directly observed. 
Variation and mutation are directly observed. 
Evolution as the change in allele frequencies is directly observed. 
The process of population divergence is directly observed. 
By Jove, the continents move, seas form, mountains rise from the oceans. Scientists walk out into the wastelands of Montana and predict where to find dinosaur eggs, and find entire nesting colonies. 
Scientists camp for years in the Arctic looking in specific strata and find organisms with intermediate features betweens fish and land tetrapods. Scientists predict that there were once species of apes that walked upright and that they will be found in Africa in million year old rock, and they find them. 
Lucky guess? Do you accept Common Descent? 
If so, then the evidence indicates that adaptation is ad hoc, and the process can be directly observed as predicted. 
If you don’t accept Common Descent, then you must apply special pleading and your non-acceptance is no longer science.The Theory of Evolution is a number of interrelated assertions. 
The design inference can explain anything,(a set of characteristics of somethings and any other set of characteristics of that same something ) which is why it is no good at all
 °
COMMON DESIGN ? -Common descent is precies wat dit creationistische COMMON DESIGN denkbeeld tegenspreekt.-Wanneer er een aantal genen gemeenschappelijk zijn geschapen (common design) in onafhankelijke organismen ( “baranomen / baramins /kinds ” ) , dan zou na verloop van tijd in deze genen (in elk baranoom )toch een aantal eigen mutaties onafhankelijk van elkaar optreden.(1)Met andere woorden : 
Wanneer je deze mutaties in een computer zou stoppen om ze te analyseren dan zou hier natuurlijk niets kunnen uitkomen wat”common design” ontkracht en wél omdat 
omdat deze mutaties allemaal onafhankelijk van elkaar zijn opgetreden. (1)Maar dat is nu juist NIET wat we meestal hebben gevonden : wanneer de evolutie-wetenschappen deze mutaties analyseren komt er een puzzel – fylogenetische boom uitrollen die enigzins overeenkomt met de boom die al(min of meer ) was “opgesteld”/afgeleid vanuit de documenten/bewijsstukken uit het fossielenbestand.Het zijn allemaal zeer sterke aanwijzingen voor gemeenschappelijke afstamming, vooral omdat vele(tentatieve ) moleculaire stambomen die tegenwoordig worden opgesteld ( meestal )overeenkomsten vertonen met de (gedetailleerde )bomen en de grote lijnen boom ( voor minsten de zich sexueel voortplantende eukaryoten ) die al opgesteld/samengepuzzeld was geraakt op grond van vergelijkende morfologie/anatomie, geneste hierarchieen (2) en paleontologische sequenties , voordat uberhaupt genetica bestond. Genetica was in dat opzicht een bevestiging van wat al bekend was.NOTEN (1) volgens de meeste creationisten is er alleen maar sprake van degeneratie van de aanvangs-genenstock van elk baranoom /MPG/Baramin /kind 
Maar ook ” uitsluitend ” degeneratie ( genetic meltdown = Sanford ) en in de zin van afname van “informatie ” , is een reeds een tijdje een verlaten optie 

(2)
Hoe kunnen fylogenetische bomen overtuigend ( en erg bruikbaar ) samen te voegen zijn tot een oerdegelijke consensusboom ( en wanneer deze eenheid in de biodiversiteit niet is gegrond in /of afstamt van universele gemeenschappelijke afstamming ) ?

Volgens idiots zijn er “Designrestricties ” en ze lijken het ook heel logisch te vinden dat dat ” … per ongeluk de (“valse”) suggestie wekt van historisch opgebouwde hierarchische genestheid…”

Niet uniek universele afstamming
(=polygenetische stambomen ) zijn voor Idiots een peuleschil ? 
Je dient immers slechts een paar genfamilies bijeen te harken die samen een compleet verdraaid breiwerk aan onsamenhangde relaties laten zien met de gebruikelijke fylogenetische sorteertechnieken.

Evidences of Common Ancestry and Diversity
  • Fossils are mineral replacements, preserved remains, or traces of organisms that lived in the past. Thousands of layers of sedimentary rock not only provide evidence of the history of the Earth itself but also of changes in organisms whose fossil remains have been found in those layers. (a)
  • The collection of fossils and their placement in chronological order (e.g., through the location of the sedimentary layers in which they are found or through radioactive dating) is known as the fossil record. It documents the existence, diversity, extinction, and change of many life forms throughout the history of life on Earth. Because of the conditions necessary for their preservation, not all types of organisms that existed in the past have left fossils that can be retrieved. (c)
  • Anatomical similarities and differences between various organisms living today, and between them and organisms in the fossil record, enable the reconstruction of evolutionary history and the inference of lines of evolutionary descent. (b)
  • Comparison of the embryological development of different species also reveals similarities that show relationships not evident in the fully-formed anatomy. (d)
  • Genetic  fossils    Genetic information, like the fossil record, also provides evidence of evolution. DNA sequences vary among species, but there are many overlaps; in fact, the ongoing branching that produces multiple lines of descent can be inferred by comparing the DNA sequences of different organisms. Such information is also derivable from thesimilarities and differences in amino acid sequences and from anatomical and embryological evidence. (e)
  • Importance  of  Random genetic drift, especially when you  are comparing genetic sequences ;  since most of the changes you  will see are nearly neutral changes that have been fixed by drift

SPECIFIC ATTENTION should be given to the relationship between humans and other species as shown by the combination of sequence comparisons, anatomical similarities, and the fossil record

 

°

CHROMOSOOM  

kort staafje bestaande uit eiwitten en zeer dicht op elkaar gewonden DNA.

Chromosomen/chromatiden –> http://evodisku.multiply.com/journal/item/150/Chromosomenchromatiden

°

CONTROVERSE 

http://sandwalk.blogspot.com/2010/04/argue-both-sides.html

LARRY MORAN

Argue Both Sides
One of the distinguishing features of a true scientific controversy is that there are good arguments on both sides.

In my class on controversies and misconceptions, I teach my students that they have to recognize a real scientific controversy and, when they do, they should be prepared to argue both sides. That’s the only way to demonstrate that they understand the issues.

Unfortunately, this simple concept is not widely practiced—even among scientists. Quite often we see a case being made for one side without even acknowledging that there’s plenty of evidence for the opposing view.
Take for example ;”Junk DNA” . The current literature is full of claims about the demise of junk DNA. The claim is based on some recent findings but nobody ever mentions the older evidence that has to be refuted. When you’re advocating a new model you have to do two things:

(1) present evidence in favor of the old model, and

(2) demonstrate that evidence against your “new” model should be rejected.

You can’t do one without the other.

This rule ONLY applies to controversies within science.

In many cases, the ( debunking of the apologists’ ) trick is to recognize a “real” scientific controversy from one that only appears to be a scientific controversy.
( Note ) ……many Creationists and ID-ots want to ” teach ” false controversies ; in reality the promotion of non-scientific cvontroversies ( as genuine scientific controversies ) are good “strawman building ” devices

 

 

°

 

Evolution-V-Creationism  /  Dictionnary

 Cladogram:    A diagram, resulting from a cladistic analysis, which depicts a hypothetical branching sequence of lineages leading to the taxa under consideration. The points of branching within a cladogram are called nodes. All taxa occur at the endpoints of the cladogram.     SOURCE: UCMP Glossary

 

 Creationism:    1. A religious doctrine in which natural processes are not sufficient to produce the diversity of life we see today. Usually indicates a belief in a literal and historical Genesis or that God created life directly. 2. A political movement to undermine evolution as part of science education in favor of religious doctrine of origins such as a literal reading of Genesis or an Intelligent Designer.     SOURCE: Rubystars
(Anti creato)cambrische explosie
 °
Candida glabrata,—> GIST

°
1.- Schema Carboon in belgie (van Anthonie Hellemond)
2.- Carboon planten / Fred Triep
2.-steenkool carboon en creationisten
3.-verwantschappen tussen planten en stamboom /zie ook
http://www.emc.maricopa.edu/faculty/farabee/BIOBK/BioBookDiversity_5.html
Caudipteryx zhoui
   
 
°
(Bacterieele) Cellulose vertering
°

Ceratosaurus naisicornis  
 
 
°

Chaos theorie

cybernetica, systeemtheorie , zelforganizatie,Complexiteit, evolutie

1.- Antichaos en evolutie
2.- De rol van toeval
3.- Chaos en fractals in de menselijke fysiologie
cybernetica, systeemtheorie , zelforganizatie,Complexiteit, evolutie
Heylighten

De evolutionair Invalshoek ( Knaw )
Tjeerdo ( over Theististische evolutionisten ? )

Het grote uitsterven
Contingentie of Convergentie ?
Evolutie – Filosofie en obscurantisme

Complexity & simplicity
 °
°
Chimpansee
Chirostenotes
Chromosoom ( Note )
-Chromosoom breuken
-DNA defecten en reparatie
samenvatting : DNA-herstelmechanismen
°
CICHLIDEN

 

°

 °
Cocaine en verslaving
 °
°
confusciusornis sanctus
 °
Convergentie
°
°
Creationistische fouten & blunders
http://home.tiscali.be/nadarwin/creationisme.html
 °
°
°
Creationist psychology (Psychologen hebben hun pen versleten …)

Psychologen hebben hun pen versleten …
 °
steenkool carboon en creationisten zie –> carboon planten
°
Waarom zijn creationisten niet in staat serieus genomen te worden ? :
http://groups.msn.com/evodisku/glosc.msnw?action=get_message&mview=0&ID_Message=78&LastModified=4675481479015444211
 °
Classificatie en creationisme
De X-factor bestaat niet
°
OPDOFFER voor CREATIONISME
 °
Cytosine
 °
Cycas revoluta –> carboon planten
°
cycaspalm
–> carboon planten
Advertenties

Over tsjok45
Gepensioneerd . Improviserend jazzmuzikant . Instant composer. Jamsession fanaat Gentenaar in hart en nieren

2 Responses to NOTES terminologie voor C

  1. Pingback: NOTES & Terms « Tsjok's blog

  2. Pingback: Notes C ; Causaal en correlatie | Tsjok's blog

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

%d bloggers liken dit: